在破获了白莲教传教事件之后，乾隆部署在各省展开抓捕任务。扶沟县的教徒看到河南各地在抓捕“弥勒转世”教，知道是在抓白莲教徒，赶紧到客店给刘之协报信。刘之协判断情况不妙，当机立断，立刻逃走。刘之协出逃时很是聪明，据事后被抓捕的教徒供认，刘之协选择了从水路逃跑，而官府在布置抓捕时，却判断他要从山间小路逃跑。
乾隆亲自部署的抓捕任务失败，刘之协从官府眼皮之下逃走，此时他也被认定是白莲教的核心人物。乾隆得知刘之协逃跑之后大怒，饬令各省严密抓捕，并特意嘱咐抓住刘之协之后要小心照顾，不得使他绝食饿毙，送到京内审问后再凌迟处死。
刘之协逃出河南之后，先回到安徽太和潜藏。觉得安徽地方上抓捕的太紧，刘之协又奔赴湖北襄阳，藏匿在当地白莲教头目家中。
乾隆严令各地官员追捕，不料查了一年多，怎么也找不出刘之协。乾隆是个执拗的人，他从来不肯承受任何的挫折，他有着强力的欲望，想要什么，就一定要得到，哪怕以举国的国力，发动一场旷日持久的战争来实现，他也愿意。现在他所要的，就是将刘之协抓捕，送到京师，跪在他的脚下颤抖。于是一场战争开始了。
各地的抓捕行动搞得鸡飞狗跳，衙役乘机敲诈勒索，倾家荡产者不可枚数。武昌府同知常丹葵在抓捕刘之协时，“吓诈富家无算”，穷人也逃不掉，赤贫者按户给人头钱。抓到的嫌疑犯用船送省城，每船运一二百人，在船上饿毙的立刻抛尸江中。安徽地方上为了抓刘之协，因为“轿头”与“教头”谐音，竟将几百名“轿头”抓捕。
整个清廷的地方官员都被动员起来抓捕刘之协，河南地方上的官员，养廉银也被扣去，不抓到就不发。可刘之协却杳如黄鹤，一去不返，再无踪迹。在白莲教中，刘之协起着精神领袖的作用，但他从不公开露面，在背后操控一切。很多教徒只知道“牛八”，而不知道刘之协。他所确立的“牛八”王双喜儿被发配新疆，多年之后还有许多教徒不远万里前去朝圣。
从河南扶沟逃脱之后，刘之协逃到湖北，协调各地教头，组织力量以备起事。
而清廷在各省漫天撒网的抓捕行动，直接促成了白莲教的起事，嘉庆谕旨中曾指出：“地方官办理不善，四处搜求刘之协。以致匪党无可容身，纷纷蠢动。”
各地的抓捕行动中，一个村庄抓出一个教徒，则整个村子都要受牵连，称为“贼开花”。只有给钱孝敬，方能得以幸免。武昌府同知常丹葵奉派到宜都县查办教徒。一到宜都，常丹葵就抓了数千人，又将当地的有钱人列出名单，按照名单敲诈勒索。这个常丹葵后来也没好下场，嘉庆四年，常丹葵因为在追捕刘之协时任意拷打、勒索民众，被嘉庆下旨革职解京审讯。
而依照清律，凡加入地下宗教者，都要严刑处罚，不是处死，就是流放。一些教徒在被擒拿后招供道：“教头说，当官的要追究入教的，是断断不能容的，与其拿到官府受苦，不如大家闹一场再做理会。”走投无路，恐惧威胁之下，一些地方上白莲教头目开始准备起事。
宜都地方上的富豪聂杰人曾加入白莲教，后来退出。常丹葵到宜都之后，敲诈了聂杰人多次，搞得他几近倾家荡产。此时宜都的教徒张正谟正暗中准备，私下制造火药，打造刀枪，又在山内存储粮草，联络各地教徒到宜都、枝江一带聚集。到了嘉庆元年正月，张正谟听说官府要抓他，就聚了一千多人涌到聂杰人家中，让他带头闹事。聂杰人看到人多势众，有刀又有枪，就把心一横，加入起事。
宜都闹事之后，附近枝江的教徒随即发动，起来响应。宜都、枝江教徒开始行动后，各地教徒也打起旗帜，加入起事。聂杰人起事之后，湖北巡抚惠龄派总兵官富志那领兵围剿。聂杰人、张正谟统领的到底是乌合之众，接仗之后立刻溃败。聂杰人此年已经六十八岁了，哪里有心思再玩命，就带了五个人跑到官兵阵前磕头投降。带头大哥聂杰人一走，队伍自然难带。张正谟乘雨夜偷袭，想将聂杰人给弄回来，却被官兵打得落花流水，遂退到山间据险困守。
得到聂杰人被捕的消息后，嘉庆并未特别开心，他指示军机处，尚有为首的张正谟没有抓到。军机大臣阿桂、和珅则字寄惠龄，一方面给予表彰，另一方面则要继续努力，务必擒住张正谟。
张正谟带了一万余教徒，又裹挟了民众约万余人，在山中守到六月份，瘟疫发作，粮食缺乏，被清军攻破山寨。张正谟很够意思，在被捕前将教徒名册烧毁，以保护教徒。张正谟被俘获后，军机处在审讯时追问刘之协的下落。不想张正谟供称，教内的人都只是听过刘之协的大名，但从没人见过他。
就在宜都、枝江等县起事之后不久，五省教乱中声势最为浩大的一支奇兵出现。这就是襄阳的齐王氏和姚之富。齐王氏（王聪儿）是襄阳地区白莲教领袖齐林的二老婆。齐林本是衙役，在乾隆五十九年因为教案被抓捕诛杀。十九岁的齐王氏继承了丈夫的地位，成为襄阳一带教徒首领。齐王氏武艺高超，善使双刀，出战时打扮成戏剧中樊梨花的形象，头戴双雉尾，一身软甲，奔驰冲突。
姚之富是齐林的弟子，年龄较大，经验丰富，是齐林之后襄阳地区最有影响力的教首。他始终辅佐王聪儿，运筹帷幄，是白莲教中的关键性人物。姚之富与刘之协也有着密切联系。刘之协从扶沟逃出后，一度藏在姚之富家中。白天躲藏在地窖里，晚上再出来商量起事。
见官府抓捕教徒甚急，刘之协建议齐王氏、姚之富：“若不造反，也站不住了。”遂约定各地教徒在嘉庆元年三月初十辰时起义。不想枝江的聂杰人、张正谟提前行动，打乱了计划。二月份，当阳的教头杨起元也行动了，所以不到三月初十襄阳也跟着发动。
嘉庆元年六月，军机大臣和珅审讯在郧阳抓获的教首曾世兴、祁中耀时，二人供认：“邪教实系刘之协是老师傅，在姚之富家中见过。刘之协为人极狡诈，不肯在贼营居住，多在附近村庄藏匿，暗出主意。”
能抓住刘之协，这可是天大的功劳，贪功心切的和珅遂单独字寄前线将领永保、恒瑞，要求务必将刘之协设法生擒，接送至京。
在审讯了姚之富的徒孙王兰之后，军机处对姚之富也有了全面了解。据王兰供认，曾拜姚之富的徒弟李长富为师，因为习教者要被抓了送官，就跟随李长富一起聚结了三千人起事。姚之富住在襄阳彭家疃，年近六十，是个驼子，面色微黑，头发半白，有两个儿子。姚之富还有四十八个徒弟，分为四十八线，起事之后，声势浩大。
刘之协的徒弟刘起荣，与刘之协一起出逃，也跟着姚之富在襄阳一起起事。嘉庆二年正月，刘起荣被擒获。军机处审讯时用夹棍严刑逼供，想问出刘之协的下落。不料刘起荣却坚称不知，道：“小的今已被擒，还肯替他瞒着吗？就是夹死，小的也指不出地方。”
嘉庆二年，因为在湖北难以发展，齐王氏、姚之富出击川陕，与四川地方上的起事者会合。刘之协也离开湖北，前往河南发展教徒。
四川地方上的主要头领有徐添德、王三槐、冷天禄、苟文明等人。王三槐是四川东乡县人，平日里学习巫术，帮人治病。不想被诬告修炼白莲教，王三槐的父母妻子被抓入官府，王三槐独自出逃。达州徐添德、东乡冷天禄等人因为习教被追捕甚急，遂约了王三槐一起起事，聚集了七百多人，攻破东乡县城，杀了县官。攻破县城之后，王三槐发现父亲已死在狱中，只救出了母亲和妻子。
齐王氏、姚之富进入四川之后，四川教军领袖王三槐认为四川是四川人的地盘，故而不接纳湖北过来的人，双方没有合作。嘉庆三年，王三槐向清军投诚，被送到北京交给军机大臣审讯。
持续了几年的战事，才抓到王三槐这样的大头目，太上皇乾隆高兴坏了，给军机大臣们加官进爵。军机大臣和珅处理军机事宜，办理谕旨，日夜操劳，晋封公爵。军机大臣福长安同在军机处值班，功劳倍著，赏封侯爵。王杰、董诰此时已从军机处退休，但嘉庆初年也曾帮助办理过军事，予以奖赏。军机大臣沈处、戴衢亨、那彦成虽然刚入军机处行走，也朝夕值班，极为辛苦，特加恩交部从优议叙（吴熊光在军机处半年也就离职）。
审讯时，王三槐坚称自己只是为父母报仇，是被“官逼民反”。嘉庆看到王三槐的供词后震撼良久，一度想留他一条命。
齐王氏、姚之富从四川进入陕西，在陕西蓝田受阻，退至三岔河，准备由郧西返回湖北。各地清军都汇集在三岔河，将齐王氏、姚之富包围。齐王氏、姚之富带了三千多老弱妇幼，力敌不支，纷纷战死，清军请功时自吹道：“余党三千余众尽行歼毙。”
齐王氏、姚之富带了十几名女教军爬上绝顶悬崖，一起跳崖自尽。齐王氏（王聪儿）死时不过二十二岁，却搅动得西北天翻地覆。教军的重要领袖齐王氏、姚之富、王三槐等人死去后，教乱并未平息，反有蔓延之势。
就军事角度而言，此次战事蔓延五省，但清廷初期却没有形成有效的处理。在君权独大的情况下，军机大臣可以为皇帝处理军政，提供有效意见，并筹划一切事务。皇帝是决策者，军机处是君主意志执行者，分工明确，效率高快。
但乾隆、嘉庆并立的时间里，军机处中和珅位高权重，只想讨好乾隆，未对军国事务做出迅速反馈，这也是五省教乱蔓延日久的原因之一。和珅跌倒之后，嘉庆在给前线将领的谕旨中指出，从前军营带兵将领，都以为有和珅可依靠，并不以军事为重，往往虚报战绩，冒领军粮军饷，各种弊端，数不胜数。督抚们要讨好和珅，就让地方州县一级的官吏们孝敬。州县一级的官吏们大肆搜刮，搞得鸡犬不宁，民不聊生。督抚们捞到钱后，则去结交和珅，层层盘剥，官员们得利无数，而无穷苦累则由民众来承担。
前线高级将领，各省督抚，都有专折奏事的权利，各自表功，各自指挥。战事持续几年之后，清廷方才意识到弊端。铲除和珅之后，嘉庆命勒保为经略大臣，统一指挥五省军队，各省督抚、各路带兵大臣都受其节制，经过苦战，方才平息白莲教。在长达九年的白莲教战事之中，军机处与皇帝之间是休戚与共，须臾不可分离。嘉庆九年十一月，嘉庆感叹道：“朕未明求衣，灯下办事，同此劳者，惟军机内廷数人耳。”
嘉庆二年，刘之协与齐王氏、姚之富等人分开后，来到河南宝丰、郏县两县交界处秘密传教。就在刘之协前往河南之后不久，在审讯教徒王仲芳时，和珅推测出了刘之协的下落。据王仲芳供称，刘之协去了黄河北岸，只是不肯说出地名。和珅判断，刘之协或尚在黄河河南以北一带潜匿，遂字寄河南巡抚景安，命他在河南各处秘密寻访刘之协。景安寻觅了良久，就是未探查到刘之协踪迹。
曾有被捕的教徒张建国，熬不过拷打，遂向和珅供称，曾在北京城东潘家湾地方拜见过刘之协。和珅得悉后大喜，挑选了精细的衙役，化妆到京东附近暗查，结果发现并无潘家湾地方。和珅抢功不得，只能悻悻地表示：“臣和珅仍密派妥干番役，不露端倪，随时随地，留心踩缉。”
五省白莲教的战事，使得一些本该正常升官的军机章京，也继续留在军机处中办事。军机章京章煦、汪日章，本来已经提拔升官，但二人在军机处二十余年，对于剿办白莲教军事事务相当熟练，故而被继续留在军机处办事。嘉庆六年九月，嘉庆特意指出，待大功告成之日，二人就可以离开军机处，去新衙门上班。由于军政事务的繁忙，军机处的走廊上也放了一排碟子，碟子里装着各种小吃，以便军机大臣、军机章京们随时取用。
乾隆死后，嘉庆从未曾放弃过抓捕刘之协的努力，抓捕刘之协，平息白莲教起事，是萦绕在他心中的“第一等大事”。每一个被擒获的教军头目被送到军机处审问时，军机大臣们都仔细询问，以查探刘之协的下落。
老奸巨猾的刘之协，在河南偏僻乡间一藏三年，不露丝毫痕迹。刘之协躲藏在河南宝丰、郏县交界处，此地位置偏僻，官府控制薄弱，且地理环境复杂，历来都是绿林呼啸出没之处，在此容易隐匿。在宝丰、郏县活动了三年多，刘之协没被河南地方官员捕获，反而发展了众多教徒，并购置了火药刀枪等武器。
嘉庆五年，刘之协与徒弟商量之后，预备起事。宝丰境内白莲教教徒的活跃动作，被一名叫作王远志的乡绅探到，遂赶到郏县与乡绅郭久醇商量，最后决定由王远志到宝丰县向知县邱世俊告发。邱世俊随即布置衙役乡勇进行抓捕行动，宝丰的教徒被捕多人。
在刘之协的徒弟李杰主持下，嘉庆五年六月二十四日，白莲教教徒聚众攻打宝丰、郏县两县县城。河南地方上对于白莲教闹事早有准备，两县县城都聚集了大批乡勇，加固了城墙，装备了火枪。在郏县，教徒攻城不下，反被打死了十六七人，死了老公的妇女边哭边追着刘之协大骂，让还她们男人。
刘之协平日里在白莲教中是被尊崇惯了的，教中人士见到他都得尊称“爷”，跪下行礼。被几个妇女痛骂之后，刘之协老脸挂不住了，就对徒弟李杰道：“我在湖北走了许多营盘，从来没见过这样不知规矩的人。如今我要上湖北去，多约些人来帮助。”刘之协让李杰挑一个路熟的人同行，李杰挑了曾做过衙役的翼大荣带路。刘之协走后，七月，各地的清军援军集中到宝丰，此时正担任河南巡抚的吴熊光亲自赶到指挥，很快扑灭了此次起事。
六月二十六日，刘之协带了冀大荣步行出发。