命运总是青睐有准备的人。康绍镛在军机处做章京，平日里留心掌故，通晓当世之事，董诰等军机大臣都将他作为左右手。康绍镛将各省的将领姓名、是否有军事经验，统兵多少等数据整理好，编成个小册子，随身带着。至林清事变时，嘉庆询问直隶周边各省将领情况，康绍镛便将小册子呈上。嘉庆由此知道他有才，可以大用，异日也做到了封疆大吏。
早在十五日，庄亲王绵课已从被俘者口中得到了主持者是林清及林清居住地等信息，紧急报告给嘉庆。
十六日，嘉庆知林清是主谋后，迅速派正担任步军统领的英和回京，督办抓捕林清。英和一路快马加鞭，中途马蹶，换马再奔，三个时辰疾驰一百四十里进京。英和入京后，先到神武门附近查看，见警备森严，秩序井然，方才放心。回京之后，英和迅速挑出精干衙役张吉、高铎、徐永功三人，连夜前往宋家庄抓捕林清。
林清从未能进入东华门的溃散教徒口中，判断此次行动难以成功，整夜未眠，绕床嗟叹。此时他若是清醒，应当立即出逃，不能留在宋家庄。但林清仍将希望寄托在曹纶、曹福昌等人身上，希望十七日能再次发动，予清廷以致命一击，故而未逃遁。
十七日黎明，张吉、高铎、徐永功三人抵达宋家庄，摸到了林清家门口。林清家大门紧闭，张吉敲了一会门。林清在床上听到敲门声，以为是滑县李文成派来的教徒到了，就穿了家居便服出来开门。林清一出门就被擒住，屋内的两名教徒也一起被擒。林清被擒后，庄内人声鼎沸，教徒纷纷涌出，要夺回林清。张吉等三人将林清押上马车就往北京急赶。林清的手下一路急追，追到南苑门。马车入城，城门轰然闭上，留下一路烟尘，追者方才绝望返回。据英和记载，张吉等人入京后犹惊魂未定，讲述前后经过时结结巴巴，不知所云。
英和抓捕林清有功，嘉庆一直记在心里。英和五十岁时，儿子官也做大了，入朝时嘉庆竟然对他说：“你老爹今年五十岁，我记得他是四月十四日生日。”让英和感动得又是老泪纵横。到了生日当天，嘉庆又特意赐给礼物。英和的儿子奎照极有出息，道光年间也做到了军机大臣，让英和着实得意了一把。
十八日，被俘的陈爽将宫内接应的太监供出。除了五名太监直接参与此次行动之外，尚有九名太监加入天理教，都被英和一一擒拿。
十九日，嘉庆回京，王公大臣到朝阳门迎驾。嘉庆入宫后，即下罪己诏，王公大臣齐集于乾清门跪读，呜咽声、痛哭声，声震宫廷。
至二十三日，嘉庆亲自审问林清及太监刘得财、刘金等人。刘得财、刘金先入，看着这两名太监，嘉庆愤恨不已，问道：“你们在宫内，朕对你们有什么过分的地方？竟然敢谋反！”
两名太监究竟没什么胆色，跪在地下连求主子饶命。嘉庆却幽默了一下：“你们跟着林清了，我哪里是你们的主子。”
林清受审时，丝毫不惧，面对嘉庆，只说自己的行动是为了应对末日之劫数，“今事不成，弃却臭皮囊，以应劫数”。林清甚至言道，此次行动未能应上末日之劫，“将来另有起事之人”。
审讯完毕之后，所有被俘者照例是以最残酷的凌迟处死。
曹纶、曹福昌父子不久也被抓捕。曹福昌很是硬气，不想牵连太多人，行刑时对刽子手道：“我是可交之人，至死不卖友以求生也。”
京师巨变平息之后，所有的焦点都集中到了河南滑县。早在九月十五日之前，已有大批清军被抽调前往滑县镇压。九月十五日事变之后，嘉庆又改调亲信那彦成前往独占，同时派出健锐、火器二营士兵二千名前往镇压。嘉庆又抽调了名将杨遇春前去滑县。
杨遇春是乾嘉年间的名将，曾参加过平息苗疆、台湾等战役，智勇双全，备受清廷赏识。嘉庆初年，在平息五省教乱中立下大功。五省教乱之后，杨遇春收编了一批骁勇善战之士，均技勇熟练，身经百战，毫不畏死。
那彦成抵达卫辉之后，并不急于出击，而是等待各省援军汇集。嘉庆急于求成，在谕旨中大骂那彦成：“李文成株守滑县，机不可失。朕日夜焦虑，寝食俱废，望汝速剿大逆。不想汝到卫辉迟疑不进，逗留观望。大失朕望，具何肺肠，忍心病狂，天良何在？今日之旨，是汝生死关头，信与不信，凭汝自议。汝若再有迟疑，朕永不见汝之面矣。”
皇帝的狠话放了出来，本以为那彦成会提兵速进了。不想那彦成回奏称：“教军数万，我军数千。攻之有余，围之不足。”
嘉庆看了之后，连骂都提不起精神了，批复：“看汝造化，无可训示。”
待兵力集中后，那彦成、杨遇春先对被天理教占领的道口发起攻势。大炮轰鸣之下，道口城破，清军涌入。天理教徒守道口的有一万五千人，阵亡者过万，余部撤退到滑县。道口之战中，天理教头目、武林高手冯克善“独骑白马，持大刀奔山东去”，以联络山东的天理教徒。
此时天理教只剩下滑县一个据点，困守孤城。十一月初一，桃园的天理教头目刘国明带八百人冲入城内，经过商量之后，决定由刘国明用轻车将双腿受伤的李文成带出城，前往山东。天理教主力由李文成之妻及牛亮臣等人率领，留在滑县固守待援。
清军围攻滑县，架起大炮轰击，不想滑县城是土城，炮弹轰入后没有效果。清军改挖隧道，又被发现，狼狈逃回。滑县虽然被围，但守城的天理教徒却丝毫不惧，李文成妻子张氏亲自指挥防守，一度还带领人马出城偷袭。
冯克善从道口奔出之后，清廷在各地布置抓捕。十一月十九日，冯克善行抵直隶献县三角村时，被知县张翔抓获。抓捕时，慑于冯克善武艺高强，在冯克善叛变的徒弟安排下，设下酒席，屋内密布桌凳，并在桌上放了热粥，酒中暗放迷药。冯克善到了之后，先是将他的兵器藏起，又用热粥泼在他身上，随后伏兵四起，格斗良久，方才擒住。
李文成逃出滑县后，在各处受阻，根本无法突破封锁前往山东，遂占据太行山下险要据点司寨。十一月十九日，在冯克善被擒的同时，清军设下埋伏，引诱李文成军出司寨交战，结果三千余人，阵亡约二千四五百人。被俘的二百人全数被清军于阵前处死，极其残酷。李文成残部退守司寨。
次日，清军主力发起攻击。司寨地势险要。清军顶着如雨般的枪石攻入司寨，将天理教徒赶下寨墙。寨内街道逼窄，短兵相接之后，天理教徒退守民房。寨内有民房二百几十间，皆是砖石砌成，又有碉楼七八处，坚不可摧。清军见强攻伤亡太多，遂改用火攻，在大火之中，天理教徒逃出被擒者有二百余人。李文成带领残部退守于碉楼内。
清军围住碉楼后，有天理教徒呐喊着：“我是刘国明。”持刀跃出，接连砍翻两名清军，方被清兵开枪击毙。
见天理教徒拼死反抗，清军就在碉楼下吆喝：“擒李文成来献者有赏。李文成只要出来投降，其余人均免死。”
李文成从楼上站出道：“李文成在此，只管用枪来打，断不出降。”
清军本意是生擒住李文成，好献给嘉庆请功，见诱降无望，遂全力攻楼。李文成与几十名追随者拥抱在一起，于碉楼上点火自焚。
李文成由于在滑县时受刑，腿部有伤，并贴有膏药，用棉布包裹。据此清军找出李文成尸体，随即在山东、直隶、河南各地展示。在搜索时，清军寻出旗帜一面，上书“大明天顺李真主”。
十二月初十，各路清军会齐滑县城外五门，同时发起攻击。清军久攻不下，遂点燃埋在城下地道中的火药，将南门、西门轰塌，随后冲入城内。