城破之后，李文成的妻子张氏带了天理教徒进行巷战，不敌之后一家闭门自杀。天理教徒在城内各处与清军激战，“巷战良久，有贼手执大斧，官兵砍其头，僵立不扑，犹作迎敌状”。清军损失惨重，遂放火焚烧全城。至次日中午，才将所有天理教据点烧毁。纵横直隶、河南、山东三省的天理教起事，在四十天之后终告平息。此战中，天理教教军战死一万七八千人，被烧死者七八千人。
负责围剿的那彦成在奏折中详细描述了李文成及天理教徒血战到最后的场景，是为悲壮绝伦。在中国历史上，从来不缺反抗，不缺热血之辈。然以区区几十人之力，杀入皇宫，直击中枢，天理教却是唯一。
天理教主要骨干冯克善、牛亮臣等人，经过一个多月的审讯之后，于嘉庆十九年被凌迟处死。京师的民众，又可以目睹一场血肉横飞的酷刑盛宴。然而，正如天理教所宣称的那样，千年末世之劫在华北降临。林清事件之后，此年华北平原上瘟疫流行，民众死者过半，此后又有持续多年的各种灾荒。
此年年底，恍若惊弓之鸟的嘉庆，突然下了一道奇怪的禁令，不准民间贩印小说，禁止民间杂剧上演。嘉庆认为，小说杂剧之中充满好勇斗狠的内容，无知小民看了受其感染，为害尤甚，务必认真禁止。
林清事变是清代由盛转衰的征兆，“是役为有清一代兴亡关键”，它也是中国古代史上王朝更替规律发作的标志。
不断的王朝更替，仿佛是中国历史跳不过去的宿命。而导致王朝更替的农民起义，则来自于农业社会中的自然与社会因素。自然因素可能是水灾、干旱、地震，社会因素则必然是土地兼并、税赋过重、人口暴增，而最根本的问题，则是土地与人口的问题。
周期性的黄河河水泛滥与改道，整个华北平原的干旱，一直是历代王朝所面临的自然方面的主要威胁。而河工的开销，也成为军费之外最大的一笔开销。面对着洪水与旱灾，人们团结起来抵抗灾害，以获得最低限度的生存权。但依赖单纯的人力去对抗强大的自然力，其效果常是微乎其微的。自然灾害导致众多的百姓背井离乡、陷于贫困，大量汇集的流民，常会酿出震撼王朝的起义。
天灾之外，对中国古代农民影响最大的一是土地兼并，二是各种赋税徭役。中国古代的粮价一般状态下价格往往是偏贱的，但是农民购买牛马以及各种生产工具却需要耗费相当资金，这是一般农民所不能承受的，如此农民仅能维持简单再生产而无力扩大再生产。这种情况有利于豪门巨商的土地兼并，大规模的土地兼并造就了大量的无地、少地农民，加深了农民生活的困苦。至清代中期，土地兼并加快，“一邑之中，有田者十一，无田者十九。”
地方上各类水旱灾害的治理、对外对内的用兵、不断膨胀的人口所需的管理费用，这些都需要越来越多的经费。而康熙时已确定了“永不加赋”，于是各级官员开始巧立名目，横征暴敛，致使农民无法生存，最后的出路，自然是揭竿而起。
数以亿计的农民靠天吃饭，碰上好年景，可得温饱，碰上灾年则挣扎在死亡线上。要想在群体中获得更好的生存状况，就必须建立一个人丁兴旺的大家庭，使自己家的男性劳动力多，拳头硬，武力大。这就造成了一种负面的“边际效应”。
食物越短缺，群体越贫困，群体内部的生存竞争越激烈，为了生存，人人都在追求家庭人口数量方面的优势。结果人越多，食物越短缺，群体的生存竞争越残酷，整体进入了恶性循环。这种循环的最佳状态是在相互残杀之后，群体数量、食物及其他生活资料刚好满足群体生存的最低生活水准。
综上所述，中国古代社会所面临的根本问题，就是对生存资源争夺问题，这生存资源便是最单纯的食物。要生存就得吃饭，要吃饭就得有地种，因此“耕者有其田，人人有饭吃”就成了中国古代社会的最高理想。这个理想也是大多数中国人生存状况的真实反映。但中国古代，要吃口饭，是如此的不易。这需要老天蒙恩，风调雨顺，有所产出；这需要圣王垂恩，与民休息，降低税赋；这需要政府抑制豪强，控制兼并。假设这一切都能做到，中国农民仍面临着一个根本问题，那就是不断增长的人口数量与有限土地之间的矛盾，这是无法克服的矛盾。
以广东为例，广东人口在顺治十八年时仅为三百一十四万七千人，到乾隆四十八年，增至一千四百四十八万人，嘉庆二十年跃升至两千一百余万。人口激增的背后潜藏着巨大的危机，即耕地面积的增长远远赶不上人口数量的增长。据统计，顺治末年，广东约有三千万亩田地，人均耕地面积三点七亩。到了嘉庆年间，广东田地面积虽增到五千八百万亩，但人均耕地面积却下降到二点六亩，这还是按照人头来算的，如果算上豪强所占的大量土地，实际上嘉庆年间广东人均耕地实际只有一点六亩。而以当时的生产力水准，每人最少也要三亩到四亩的农田，才能维持基本生活。
乾隆五十五年人口达到三亿零七百四十六万，嘉庆朝的人口一直维持在三亿左右，到了嘉庆末年则激增达到三亿五千万。嘉庆朝的大学者洪亮吉，在经过实际考察后认为，人口与土地的比例应为一比四，才能维持一家的生计，“十口之家，即须四十亩矣。”然而在嘉庆朝，人均占有土地的面积却在不断下降。嘉庆十七年的数据为，人均拥有土地二点七亩，这些土地所产很难维持生计。全国范围内的有限土地与人口激增的矛盾，也是嘉庆年间无数起事的根源。
满族以外来民族而征服中原，为了维系统治，其权力之集中，为前所未有，其对文化之镇压，也空前绝后。无数苦痛的民众，在绝望之中，只能寄希望于民间宗教，于是“无生老母，真空家乡”“千年末世之劫”之类的造说传遍各地，无数人在此旗帜之下揭竿而起，向皇权发出挑战。面对此等颓势，嘉庆无力去做任何大的改革，他的选择就是守成。
保守的嘉庆，在方方面面都以祖先的成法为依据，时刻遵循而不敢逾越。历代帝王的实录，成为了嘉庆晚年执政的依据。皇帝死后都要编撰实录，实录中择取了各个时期的谕旨，皇帝的起居，婚丧礼仪等各种活动。编排实录的本意是作为档案而加以保存，不想在嘉庆看来，这实录却是现实执政的根据。
嘉庆遵守祖宗成法可谓是到了极致，就连他挑选秀女，也要到实录中去参考祖先的做法，不知他对女人的口味，是否和祖先们一样？对于编排实录的官员们，嘉庆也特别厚爱。嘉庆四年，考虑到天气寒冷，实录馆的工作人员仍然要日夜编撰，嘉庆特指示，在冬腊正三月，每月额外加赏五十两银子，作为取暖费用。
实录成为了嘉庆手中的万能宝典，尽管前所未有的难题不断涌现，但只要一恭阅祖先皇帝们的实录，嘉庆立即能从祖先们身上汲取经验，加以处置。然而时代不同，人物不同，祖先们的成法、做法业已过时。古人云：“半部《论语》治天下”，靠《论语》治天下，嘉庆没有那份天资，他有的是勤奋，有的是翻阅列祖列宗们实录的刻苦精神，在他手中，几部实录可治天下。他骄傲地宣称：“朕综理庶政，无不率由旧章。”
风雨飘摇之中，清廷走到了嘉庆二十四年。
此年嘉庆与衍圣公孔庆镕有过一次谈话，六年前林清事变造成的震荡波，犹在嘉庆脑海中徘徊。他小心翼翼地询问孔庆镕：“我想到曲阜去，却不能，你知道不？山东的民情到底安静不？你那里有邪教么？你好生与我严拿邪教！”
孔庆镕无奈地回答：“臣世受国恩，理应报效朝廷，可是严拿邪教，不是臣所管。容臣回去寄信山东巡抚严拿。”
嘉庆听了大为开心：“好生教地方与我拿邪教。”
然而，嘉庆的足迹，再也没有踏上孔府的大门。此次谈话的次年，嘉庆去世。