第二份奏折名为《岳州战败自请治罪折》。对于曾国藩的两份奏折，咸丰帝显得十分宽宏大量。虽然他严厉指斥了曾国藩，同时又给了他将功赎罪的机会：“曾国藩奏水陆各军接仗情形，并自请治罪一折，此次岳州水军虽获小胜，唯因陆路失利，以致贼匪复行上窜。曾国藩统领水陆诸军，调度无方，实难辞咎，着交部严加议处。仍着督带师船迅速进剿，克复岳州，即行赴援武昌，毋得再有迟误。曾国藩所统各勇为数过多，既须剿办粤匪，又须搜捕土匪，即如所奏，有拔赴平江、通城者，有拔赴临湘、蒲圻者，又有不能依限前进者，散布各处，照料既不能周，剿捕自难得力。一有败衄，人无固志，似此何能力图进取？此时肃清江面专恃此军。曾国藩初次接仗即有挫失，且战船被风沉损多只，何事机不顺若是？现在湖北待援孔亟，曾国藩以在籍绅士专顾湖南，不为通筹大局之计，平日所以自许者何在？”
虽然咸丰皇帝没有怪罪曾国藩的意思，但是曾国藩在接到咸丰皇帝的圣裁后，自己反倒觉得非常惭愧。他自感没有脸面再和城内的官绅打交道，因此，他没有进城，而是驻扎在长沙城外。这时，曾国藩的脑子里只有一个想法：如何抓住时机，将所有的太平军全部消灭，一来洗雪心中的愤懑，二来也可以让自己不再在皇帝和湖南官绅面前丢颜面。
靖港一带，汉港纷歧，水陆两路而旁通湘江西岸之宁乡、益阳、湘潭等县，于是太平军决定一面以水军进逼长沙；一面以陆军取道宁乡攻占湘潭，对长沙采取包围的形势。有人说，“陆营现已失败，当趁军心未散时率水军进攻，水陆交攻，或可转败为胜。”曾国藩认为颇有道理。
曾国藩召集诸将议战。当时，太平军攻占岳州、湘潭后，兵锋正直指省城长沙。曾国藩若进入长沙无疑是自困城中。于是有人认为应先攻靖港，夺取太平军屯驻地；但也有人反对说，“若靖港失败，退还城下，即入死地”，应该攻湘潭，如果不胜，保复广州，即使长沙被攻陷，也可再夺回来。曾国藩见众人你一句，我一语地争论不休，也没了主意。这时水师十营官将，公推彭玉麟决定攻守战略，彭取上策，定先攻湘潭并亲率五营先期出发，约定次日曾国藩率五营殿后。
湘潭失陷
太平军岳州一役的胜利起到了意想不到的效果。它大大鼓舞了太平军的士气，同时对湖南境内的各股反清势力也是很大的鼓舞。在这大好形势下，太平军做出了向长沙进军的决定。为了给夺取长沙奠定一个坚实的基础，太平军决定先将离长沙九十里的湘潭和离长沙五十里的靖港这两个地方攻克。在太平军的凌厉攻势下，清廷绿营军纷纷逃窜。湖南的清军在走投无路的情况下，只得投奔曾国藩的湘军。而在岳州之战中惨败的湘军，死伤七八百人，又被曾国藩淘汰掉了一千余人，因此，只剩下七八千人可以供曾国藩调动。所以当时太平军的作战方略是：首先将曾国藩的湘军歼灭，再攻取长沙城。
曾国藩听说了太平军水陆并进，将要逼进省城的消息后，大惊。这时太平军的陆军已散落地分布到岳州、湘阴各地，他们的战船也密集在了临资口、樟树港、乔口、靖港等处。由于连续多日北风凛冽，大雨不断，水军不能去剿灭太平军。曾国藩把各陆水军布置在靖港港外，建好坚固的炮台，以等待时机攻打。
有人说：“陆营现已失败，当趁军心未散时率水军进攻，水陆交攻，或可转败为胜。”曾国藩认为颇有道理。三月二十四日，大风刚刚有所平息，曾国藩便命令各营水师驶入靖港，如此反复，共击中了船中以及岸上的太平军共二百多人，击沉了三只船，另外还有一只火药船。太平军知道省城水陆两边都防守甚严，不敢公然闯入，便想由陆路绕过宁乡，直接向湘潭进攻。曾国藩先派湘军营官伍宏鉴、魏崇德、郭鸿翥率领湘军近千人建立营房，以防止太平军的进攻，并嘱咐这些营官，因为太平军的气势极为嚣张，所以一定要防守谨慎，但不要主动出击，待到塔齐布率兵到达时，再筹划进攻追剿的事。
三月二十五日，太平军分三股力向魏崇德所在的营进攻，湘军在营内向太平军施放枪炮，击毙了几十名太平军。接着太平军分十几路，形成四面围逼之势。湘军奋力拼杀，杀了百余名太平军。但太平军愈来愈多，愈来愈勇，湘军死亡至数百人，败退下来。
三月二十六日，塔齐布率领一千三百余名士兵前去增援，太平军闻讯后连忙撤退，直奔湘潭而去。塔齐布、周凤山听说了这一消息，也绕道直奔湘潭。但就在三月二十七日，塔齐布还未到达湘潭时，太平军就发动了攻打湘潭的战役。
湘潭，作为湖南省一个重要城市的物产丰富，城内粮草充足，但守城将士却只有五百人。因此，只要太平军一攻湘潭，湖南巡抚骆秉章就必定会从曾国藩那里搬救兵，这样，就可以在湘潭城下将湘军一举全部歼灭了。咸丰四年三月二十七日下午，率领着七千人马的太平军将领林绍璋赶到了湘潭城下。当时守卫湘潭的长沙协石营守备崔宗光在此之前根本没有得到半点消息，当他得知兵临城下后，仓皇之中率领五百守兵匆匆赶上城头。但这些守兵根本没有任何斗志，一见拥有如此浩大声势的太平军将士，全部都不战而降。于是，太平军没有多久便攻克了湘潭城。
湘潭失陷后，曾国藩与骆秉章的想法便出现了分歧：湘潭的失陷让骆秉章很着急，他赶忙亲自找曾国藩，希望他能够把湘潭夺回来。但是，当时曾国藩因为求功心切，并不急于收复湘潭。他的想法是：朝廷给他下达的命令是要他到武昌去，岳州之败，他忍辱退回长沙，已经感到非常没有面子。此次如倾巢对付湘潭的太平军，胜利了倒还可以，但是如果失败了，还有何脸面再活在世上？况且太平军分兵攻打湘潭，就必然会在岳州一带造成军事上的弱势，若能趁虚越过岳州，前往武昌，在皇上面前岂不是可以挣回面子？而且，若先攻湘潭，不免会让人感到曾国藩这一招是退避之举。但是曾国藩手下的幕友陈士杰、王运等人却大多和曾国藩持有不同意见，他们认为湘潭是大商埠，军需所资，先把湘潭夺下是理所应当的；若是先北上攻克武昌，失败了再退到省城去，便是置自己于死地。陈士杰持此主张最力。他告诉王錱：“今独可悉兵援湘潭，即不利，犹得保衡、永，图再举；若不顾根本，但图进取，一败俱死矣。”王錱向曾国藩转达了这一意见，曾国藩才恍然大悟。陈士杰不但自己对曾国藩力加劝说，而且约请杨载福、彭玉麟一同向曾国藩上书攻湘潭的好处所在。恰恰这时，十营水师的营官都来见曾国藩，他们一致力谏曾国藩攻取湘潭。
在强大的压力下，曾国藩不得不做出一举攻克湘潭的决定，于是派补用副将塔齐布、蓝翎守备周凤山率领一千三百多人进军湘潭，又派候补知府褚汝航等五营水师前往。同时决定第二天自己亲自领两千多人
增援。
靖港惨败
当曾国藩一心一意将心思放在攻克湘潭上时，当天晚上，突然接到了长沙县乡团士绅的报告：说是在靖港的太平军的一个头目将过生日，准备在镇上大摆太平宴。乡团称靖港的太平军人数不过数百人，而横在江上的敌船也不过几十艘。船虽不多，但影响了湘江水上商运，请曾大人能够派湘军过去将此伙蟊贼一网打尽。并称靖港的团丁已经暗中预先架设好了浮桥，机不可失。
岳州之败和宁乡的失利，使曾国藩脸上无光，他太需要一个胜利来鼓舞军心了。再加上，需要搞一次胜利来影响正在湘潭奋战中的湘军。
他估计太平军的西征军主力驻扎在湘潭、岳州、武昌。像靖港这样的小地方绝不可能有数量很多的太平军。长沙城中可供使用的湘军水陆勇加起来有五千人左右，当然不能全部都拖出去。曾国藩认为如果只有一千多人的小股太平军，去一千湘勇足矣，消灭长毛应该是小菜一碟。于是他亲点水师一千多人，选陆勇八百人准备出发。
曾国藩亲率湘军战船四十艘顺江而下。
是日，刮南风，水流湍急，几十里水路须臾即到。但有一个麻烦，进则疾驶如飞，退回则寸步难挽。曾国藩的指挥船驻在靖港上游一点的白沙洲，大队湘军水师战船则直扑靖港。当他们到达太平军营垒时，才发现是一个空城计。
只听得一声炮响，太平军从铜官山上杀出。芦苇荡中数百条渔船冲出来。
湘勇忙叫：“开炮！开炮！”
但是，湘军水师大战船的炮口都是朝着远处，对于近距离的渔船却没有办法，一通乱轰，不得要领。而太平军则发挥他们近距离的优势，用抬枪鸟铳朝湘军水师战船射击。湘勇纷纷毙命。水师气馁，乱成一团。
“撤！”
但是，进则易，退却难。湘军水师战船只好朝对面的铜官渡口撤退。
只听得又是一声炮响，铜官山上又有太平军杀出。
李续宾骂道：“他娘的，到底有多少长毛呀？情报出了问题？”
这个一向以打硬仗恶战著称的湘军陆师名将也没了底。
曾国藩在上游闻警，急开船下来指挥。这时水师早已失去了战斗能力。李续宾命令陆师从岸上冲锋，抵挡铜官山上杀下来的太平军。但是陆师见水师溃败，也心慌，但见漫山遍野是黄巾红巾，个个胆颤心惊，未及交手，即已气馁，纷纷朝江边溃退。那里有一浮桥，可退向另一个方向。
看到湘军如此训练缺素，多年的努力付之流水，曾国藩大愤，亲自冲过浮桥，来到岸上，督师进击。他想，湘军人数也不在少数。他令执旗官插起一面令旗，于岸边浮桥附近划一道线，鼓起三角眼大喝：
“有过此旗者，斩！”
但是溃退的湘勇如潮水，他们绕过令旗，朝浮桥上奔。浮桥是乡团临时用旧门板和床板铺的，这么多溃勇冲上来，桥也垮了，死伤数百人。
此次靖港之战，曾国藩的失利完全是因为不小心掉入了太平军设置的圈套。太平军算知曾国藩自岳州败后，一心只想求得战争的胜利，所以故意在靖港设下埋伏。靖港位于沩水流入湘江的入口，水流很急，船只有靠很大力气才能逆流而上。河的对岸是铜官山，山上茂盛的树林对设埋伏非常有利。因此太平军乘岳州之胜后一举拿下了靖港。当曾国藩准备进攻靖港时，他们在表面上只看到了几百太平军，而两万人马的太平军大部队则正隐藏在铜官山中，等着好好打一个大胜仗呢。
曾国藩见战事已经无法再继续进行下去，便混在侍卫群中匆匆上了拖罟（gǔ），盲目地随着溃船退回到来时的地方。不料，天公不作美，西南风突然刮了起来，本来水流就十分湍急的江面，这会儿要想逆流行舟更是不可能。曾国藩眼见兵败如山倒的惨状，耳边又听到有人到处在喊活捉“曾剃头”，心中想着此次败绩真是有生以来的奇耻大辱，觉得活着也没有什么意思了，便步出船舱，两眼一闭，就向湘江跳去。身边侍卫根本就来不及进行阻拦。
正当曾国藩行将一命呜呼之际，一个人从船尾座舱中跳了下来，一把抓住了曾国藩，并将他拖上船去。此人名叫章寿麟，字价人，虽然做的是曾国藩的幕僚，但却有着出众的武艺。原来，李元度等人见曾国藩执意攻打靖港，又将遗疏和遗嘱都交给他，料定曾国藩在靖港获胜则已，如果不胜则只有死路一条。但曾国藩一死事小，他一手操练的湘勇及手下的幕僚又要去投奔谁呢？于是便悄悄地嘱咐章寿麟注意曾国藩的一举一动。
曾国藩被救上船后，心里感到非常恼火，便指着章寿麟骂道：“你来干什么！”为欺骗曾国藩，章寿麟只好说：“我是来报信的，刚刚接到战报，说湘潭那边的战争已取得胜利。”曾国藩明明知道他说的不是真的，但此时的他既然有台阶可下，也便不再说什么了。
此时，太平军在湘军炮火的阻拦下，已无法对曾国藩的逃军进行追击。曾国藩就借此时机，狼狈万分地逃回了长沙市郊南湖港。
靖港之战是太平军给湘军戴的一个笼子。指挥太平军靖港之战的是石祥祯。