攻占武汉以后，曾国藩本想停兵休整，好好经营一下湖北。再以湖北、湖南为基地，进取江西、安徽，稳扎稳打，一步一步地逼向太平天国的首都天京。于是，他在10月21日上书咸丰皇帝，提出攻占武汉后，立即东下的可虑之处有三点：一是经过从岳州到武汉三镇的一系列战斗之后，湘军人员、武器都有很大损耗，需要经过一个较长时期的休整和补充，才能巩固和提高战斗力；二是太平军虽然遭到重创，但仍有相当实力，再加上他们又得到湖北、江西广大群众的支持，湘军如果孤军深入，就有可能陷入太平军的包围之中；三是湖北经济尚未恢复，不能建立粮饷基地，湘军东进所需的粮饷仍需湖南供给。这样一来，远离后方，供应困难，就有可能因缺乏粮食军饷而导致军心不稳，前功尽弃。
应该说，在取得了几次大的胜利之后，曾国藩的头脑还是清醒的。仍能保持着小心谨慎，不骄不躁的作风，客观冷静地审时度势。但咸丰帝却急于求成，完全低估了太平军的力量，拒绝接受曾国藩的意见，命他迅速东下，早日肃清江西，而将善后工作交给杨霈处理。他这一番盲人骑瞎马的乱指挥，完全打乱了曾国藩的原订计划。迫使他脱离后方，锐兵轻进，孤军深入，缺乏后援，在江西数年之内处于进退维谷的困境。
田家镇惨胜
武昌失守，让坐镇天京的杨秀清又惊又气。他立刻命令燕王秦日纲前往田家镇布置战守事宜，并将黄再兴、石凤魁等人锁拿天京问罪。面对湘军的嚣张气焰和咄咄逼人的攻势，秦日纲等太平军将领决定利用长江两岸有利地形，布置重兵防守，阻止曾国藩率军东下。
田家镇是一个有几千人口的大镇，水陆交通便利，自古以来就是长江北岸上的一个整体市井。与田家镇隔江相对的半壁山，孤峰挺拔，雄峙在大江南岸。这里是长江最险的一处隘口，江面仅有一里多宽，江流湍急，易守难攻，历来是兵家必争之地。太平军曾在这里击败清军将领江忠源。
太平军除了在这里设有重兵，准备与湘军决一死战之外，还在田家镇的上游蕲州设了阻止曾国藩东下的第一道防线，派著名的年轻将领陈玉成在那里驻守。在田家镇，秦日纲则在半壁山层层筑垒，沿江安设大炮。另外还在半壁山与田家镇之间的江面上横拦铁索六条，铁索之下按一定距离排列几十只小船，船上安放枪炮，用来保护铁索。
这样，太平军就把田家镇一带布置得宛如铜墙铁壁一般。曾国藩要想经过半壁山、田家镇，顺江东进，那比登天还难。
时值深秋，江水碧透，骄阳灿烂，曾国藩顺水扬帆率师东下。
一路无事，船行至蕲州不远的道士滩时，曾国藩下令停船。与此同时，塔齐布率领的陆师也驻军铁领口，静候待命。
曾国藩察看完地形，见陈玉成驻守的蕲州江面战船不多，陆军大部分驻军江南，似乎随时准备援助大冶、兴国两城。于是心生一计，命令罗泽南和塔齐布各率领陆师一支，分别进攻兴国和大冶两城，引诱陈玉成派兵援助。然后，自己率领全部水师乘此机会，猛冲过蕲州。
第二天，塔齐布首先率领兵马向兴国进攻。陈玉成得报后，果然率领人马前去增援。但行至半路，忽又闻报说罗泽南又带兵进攻大冶，陈玉成无奈，只得又分出人马前去增援大冶。当陈玉成赶到兴国时，塔齐布已攻下兴国。陈玉成十分懊恼，又匆忙率兵赶往大冶。谁知刚到半路，就遇到从大冶溃败下来的士兵报告说大冶已丢。陈玉成气得两眼冒火，只得率部怏怏退回蕲州。
就在陈玉成离开蕲州的时候，曾国藩会合李孟群的水师共二十营约一万人，在呼啸呐喊声中冲破蕲州太平军水师防线。
下一轮的战斗首先在长江南岸的半壁山展开。罗泽南、塔齐布在攻克兴国、大冶之后，合军进攻半壁山。11月20日，罗泽南率兵先到半壁山下，接着，塔齐布也到了。湘军与太平军在半壁山下展开大战。由于湘军自湘潭一役以来，连打胜仗斗志正盛，再加上经过曾国藩的一番整顿，湘军中所剩的大多都是不要命不怕死的亡命之徒，所以个个不思退缩，凶悍异常。而太平军则正好相反，连吃败仗，有一部分士兵对湘军心存畏惧，士气首先就矮了半截。所以刚一交起手来，太平军虽然占尽地势之利，但仍处于劣势。结果，太平军迎战失利，退至山顶。
11月23日，太平军又增加了新的援军。援军由燕王秦日纲和北王韦昌辉的弟弟韦俊亲自指挥，分两路向湘军发起反攻。但一天苦战之后太平军再次败北。这一次的失败，太平军不得不退至田家镇，半壁山要隘被湘军占领了。
半壁山是军事战略要地。太平军丧失半壁山后，地利优势就完全丧失了。能阻止湘军东进的屏障就只剩下半壁山、田家镇之间的铁索了。因此，田家镇一战的关键是在水师方面。
11月27日，占领半壁山的塔、罗两师与冲过蕲州防线的杨载福、彭玉麟水师会商后，决定将水师兵分四路，与太平军水师在江面展开决战。第一路由各营中挑选出来的凶悍残忍之徒充任敢死队，负责破坏太平军的拦江铁索；第二路由彭玉麟率领，其任务是负责攻击太平军战船，压抑对方炮火，掩护第一路破坏铁索；第三路由杨载福率领，其任务是在铁索断后冲向下游，烧毁太平军的战船；第四路由李孟群率领，负责保护老营和后方辎重船只。
12月2日，曾国藩下令首先放炮击沉太平军护索小船。一声令下之后，数炮齐发，炮弹尖厉呼啸着飞向太平军的小船。护索的太平军小船慌忙迎敌，但由于先失战机，湘军火力强大，所以还没来得及装上炮弹，就都被湘军击沉了。接着，湘军选出的那些敢死队员，驾着20条快蟹向铁索冲去。每条船上都放着一口大锅，锅里盛满油脂，燃上大火，将油脂烧得滚沸。湘勇们忍受着炙人的高温，将船驶至铁索旁边，再将铁索拉到火焰上煅烧。等到烧得差不多时，便用铁钳将铁索夹出来放在预先准备好的铁墩上，几个人手执板斧猛砍一番，将铁索砍断。不到两个时辰，六根铁索全被烧熔砍断。
拦江铁索一断，杨载福急令船队顺江而下，抢先赶到武昌截断太平军船队的归路，然后再溯江而上，沿途放火，使太平军水师数千船只顿时化为火海。箭在飞、火在烧、刀枪相碰；鼓角雷鸣；湘勇为升官发财，个个不顾生死，凶狠狰狞。太平军为活命谋生，人人奋勇硬斗，强蛮顽梗。田家镇一带发生了一场亘古未见的恶战。只见双方死伤的人一个个掉进水里，未死的在江浪中拼命挣扎，已死的随波逐流。江水已被鲜血染红，半壁山似在低首垂泪，长江水也在呜咽悲号。
太平军自西征以来，水师船只不下万艘，湘潭、岳州、武昌几次大战均被焚毁不少，而尤以这次大战损失最为惨重。田家镇战役以后，太平军九江以上的船只荡然无存，水师也基本瓦解了。湘军水师得手以后，塔齐布、罗泽南陆师也赶来助攻，太平军险要尽失，士气大丧，不得不于12月3日撤出田家镇，向西退却。
第二天，陈玉成也带兵弃蕲州城而走，与从田家镇撤出的太平军会合后一直退回九江。
田家镇之战，湘军虽然获胜，但也遭到巨大伤亡。曾国藩战后清点人数船只时，说行军以来没有“丧失如此次之惨者”，言毕放声大哭。
被石达开耍了
田家镇大捷之后，曾国藩的湘军已经完全控制住了长江上游，再加上基本摧毁了太平军水师曾国藩等人非常高兴，来不及停下休整队伍，就立即令彭玉麟率领水师；塔齐布率领陆师，浩浩荡荡向长沙中游的重镇九江进发，叫嚷着要肃清江面直捣金陵。
田家镇战败的消息传到天京，杨秀清急忙派遣太平天国的优秀将领石达开、罗大纲赶赴西线指挥。当他们率军星夜兼程赶到九江时，前线太平军又告失利，连连退却。这样，太平军只好南渡长江，合力据守九江、湖口两城。
九江是长江上的重镇，在保护南京方面的作用非同小可。因此，洪秀全非常重视保卫九江的工作。当时林启容是九江的守将，领有一万人马，严密把守九江。为了确保在战斗中不把九江丢掉，洪秀全又命令翼王石达开带领四万人马奔赴九江增援。而当时的湘军驻扎在离九江十里远的竹林店，属于九江上游，一共驻扎有二万人马的水陆两师。此时的湘军兵力虽不如太平军，但他们的水师装备精良，在前一时期连连得胜，所以士气很高，曾国藩很有信心。
但是，由于林启容守御得法，湘军在很长时间内没有攻下九江，并且伤亡严重。因此，曾国藩急于摆脱目前的困境。当时的水师统领彭玉麟给曾国藩献上一计，提出以小股部队继续攻战九江，大股部队则从九江绕过去，以湖口和梅家洲为攻击目标，为湘军东进打通道路。
湖口是长江中的一个码头，鄱阳湖在它的南边，长江在北边。梅家洲是一个江心沙洲，它正对湖口。梅家洲与湖口之间的江面是一般船只通行的地方。
曾国藩认为彭玉麟的建议比较符合时宜。然而，令曾国藩没料到的是，石达开对湘军此举早就料到了。当时有一万名太平军驻守在梅家洲，而湖口周围有大批太平军水师埋伏在那里。
石达开向众将分析：我们以险阻击湘军，已收成效，但要想破敌，就得出击，而打出城池与曾妖硬拼并无把握。湘军水师强大，我军战船数量不多，装备也远逊于彼。欲破湘军，必先败其水师；而破其水师，只能智取。
诸将向石达开询问智取之计。石达开说：曾妖的水师船只有长龙、快蟹、舢板三种。长龙与快蟹都是大船，行动缓慢，不利于前锋战斗，而利于指挥、运兵、运械；舢板行动轻捷，利于战斗。二者相互配合，取长补短，相得益彰，过去的几仗，皆仗大小船只的配合而取胜。今天我们用计让二者分开，使其分则两败，才是破敌良策。
诸将又问如何方能使其大小战船分开。石达开说：用计之事，我来布置。但自此之后，九江、湖口、梅家洲各军只许坚守。湘军来攻，一概置之不理。听我用计安排。
曾国藩几番进攻，皆遭挫败。休整了两日，不见敌军动静。于是，再令各路出击。诸军因有前番的教训，只是远远地开枪开炮，不敢再涉险境。即使如此，九江等城，亦不见太平军的任何反映，连冷枪也不打一发。各路军马折腾了两天，疲惫地返回营地。入夜正要休息，湘军水师的宿营江面突然枪炮齐鸣，并有无数小船冲入江中，把火箭、火球射向湘军水师船上。湘军水师欲战无从战、欲睡无法睡。连续几夜，弄得湘军惊恐不安，将帅们心焦气躁。
石达开见时机成熟，便开始用计。
咸丰四年十二月十二日（1855年1月29日），一串四十余只的太平军船队突然出现在江面上，这个情况被湘军斥侯看在眼里，报告给曾国藩。曾国藩立即与诸将商量对策。按照常规，湘军水师远胜太平军水师多倍，他们不该出动四十余只船在长江上行动，既然行动，必有原因，曾国藩本应小心对付。但适逢湘军既骄又躁之时，也不做深入推想。反正是石达开的船队，出来了就得打。曾国藩也认为再无攻敌良策，不能失此机会，便命萧捷三等率舢板一百二十余只攻击太平军船队。
萧捷三又气又急，想冲上敌船消除连日的躁气，命令湘勇快速追赶。太平军的船队都是轻便小船，见湘军大队来攻，也拼命前驶。双方你逃我赶，比赛速度，转眼划至湖口。眼看就要追上，萧捷三正准备命令前锋开炮。只见太平军船队向右一转，一齐向鄱阳湖驶去。萧捷三仗着自己的船多，不假思索，也指挥水师进了鄱阳湖。谁知湖口外连长江，内接鄱阳湖，入口极窄，如同一个大肚口袋的袋口。
双方船队进入鄱阳湖后，太平军立即封住湖口水卡，修上工事，安装大炮，将其死死地锁在湖内。如此一来，湘军水师被肢解为外江和内湖两部分。留在长江水面的长龙和快蟹大船，失去快船的护卫，完全陷入被动挨打的境地。
曾国藩等到傍晚不见萧捷三的消息，正在焦急，突然有大队太平军船只向湘军水师攻来。湘军的大船离开了舢板，犹如鹰隼失去了翅膀，在敌船的进攻中，只能笨拙地移动。太平军轻便的小船在湘军的大船夹缝中，穿梭般划来划去，投出串串火把、火球。不一时，便烧毁湘军大号船、中号船四十余只。曾国藩、彭玉麟仗着大船炮火猛烈，打得太平军快船无法靠近，才免遭灭顶之灾。
太平军船队胜利撤走后，曾国藩急忙调回在武穴养病的杨载福，又调回罗泽南、胡林翼各部，集中力量，再攻九江。就在罗泽南回九江的当天夜里，即咸丰四年十二月二十五日（1855年2月1日）夜间，太平军对湘军水师发动了更大规模的进攻。石达开命数十只小船满载各种火器，钻入湘军船队中间放火延烧。当夜月黑风高，咫尺难辨敌我。太平军小船夹在湘军大船之间，大船的炮火完全失去效用。大火燃起，湘军战船纷纷向上游逃跑。曾国藩的主帅船行动不便，落在后面。太平军认得这是湘军统帅的船，便高呼：“活捉曾妖！”纷纷跳上指挥船，与曾国藩的亲兵展开了白刃格斗。太平军蜂拥而上，亲兵死伤越来越多。曾国藩眼看着船上的厮杀，自己无能为力，心胆俱裂，四肢痉挛，料想此次必死无疑。突然，他见到一名高大的太平军战士向他冲过来，便猛地推开舱门，跳入黑沉沉的大江之中。幸好一名贴身警卫发现了他，也飞身跳下，将他拖出水面，送到正要逃跑的一条小船上，划向江边。