二、刘六十领导的赣州人民起义
元成宗即位之初，元贞元年（1295年）6月，即“昭、贺、藤、邕、澧、全、衡、柳、吉、赣、南安等处，蛮寇窃发”，在今江西、湖南、广西等广大地区内爆发了少数民族的起义，但由于这些起义非常分散，各自为战，力量未能集中起来，所以不久便被元军各个击破，镇压下去。
元贞二年（1296年）7月，江西赣州又爆发了刘六十为首的起义。刘六十，又称刘季、刘贵，赣州兴国县（今属江西）笼坑人，他“撰妖言，张伪榜及刘季天旗，自称刘王，刻‘皇汉高祖广新之帝’并‘行王’二印，设朝殿，开行省，置丞相、左右丞、将军、军头等官，宣言止杀宫中人”。刘六十称王设官，建立政权。这支起义军提出了“止杀官中人”的口号，打击的主要对象是各级封建统治的代表——官僚，因此，深深得到广大人民的拥护和支持，很快发展到上万人。8月，起义军进攻吉州（今江西吉安市）永丰县（今属江西）。元朝统治者派兵镇压，但“主将观望退缩”，不敢与农民军对阵，因而起义军“势益盛”。后来，元江西行省左丞董士选增兵赣州，他看到起义军有雄厚的群众基础，感到单靠武力是难以取得胜利的，因此他决定用政治欺骗与军事进攻相结合的反革命两手对付起义军。他不用大兵，只带了亲信掾吏李霆镇、元明善二人前往。到达赣州后，他首先“捅官吏害民者治之”，惩治了几名贪官污吏。这一欺骗手段果然有效，“民相告语曰：‘不知有官法如此’”。董士选至兴国县，当到达离起义军据点不远的地方时，他“择将校分兵守地待命，察知激变之人，悉置于法”，进行武力威胁，软硬兼施，结果“民争出请自效”，不少起义军上当受骗，放下武器，向元军投降。10月，董士选乘机向起义军根据地猛攻，刘六十兵败被俘，遭到残酷杀害，同时被杀的还有起义军将士一百多人。
这次起义前后坚持了四个月，最后失败。
三、蔡五九领导的宁都州人民起义
刘六十起义失败后，农民起义虽然进入低潮，但人民的反抗斗争并没有停止，只是采取了不同的斗争形式而已。人民由公开的武装反抗，转入佃户抗租、驱口逃亡以及通过宗教结社等形式，秘密组织群众，等待时机再起；每遇天灾，农民乏粮，面临饿死的威胁时，饥民们便采取聚众抢粮的形式，与封建统治者斗争。
经过一段表面的沉寂状态后，延祐二年（1315年），在江西赣州路宁都州，又爆发了以蔡五九为首的农民起义。《元史》卷二十五《仁宗记》：“台臣言，蔡五九之变，皆由呢匝马丁经理田粮与郡县横加酷暴，逼抑至此。信丰一县，撤民庐千九百区，夷墓扬骨，虚张顷亩，流毒居民。”这次起义是由元朝政府的括田增税引起的，延祐元年（1314年），元朝政府为了增加税收，下令“经理江浙、江西、河南田粮”，名义上是为了检括隐漏赋税的田亩，而实际检括中，“富民黠吏，并缘为奸”，地主勾结官吏，具田愈检愈少，而贫苦农民的土地则愈检愈多。为了增加税额，弊端丛生，检括中指荒为田，或借机敲诈，甚而平毁墓地，拆掉房屋，虚报田亩。当时江西的情况最力严重，“江西经理田粮，民不堪命，赣为甚，宁都又甚。”不仅加重了人民的负担，而且逼死不少人命，终于使阶级矛盾激化，爆发了农民起义。
延祐二年（1315年）4月，宁都农民蔡五九召集一部分贫苦农民，聚会于兔子寮五王庙，杀猪置酒，执锡楞枪刀，祭告天地，蔡五九自称洞主，宣告起义。6月，蔡五九率众向周围地区发动进攻。7月，宁都知州率兵镇压，被农民军打败，杀同知州事赵某。农民军乘胜追击，逼近州城，蔡五九指挥攻城，很快占领四关，元兵来援，农民军主动撤退。元兵尾追，与农民军激战于延福里，农民军佯败，设伏兵，大败元军。农民军乘胜反攻，再次包围宁都城。8月，农民军不断扩大战果，进军福建，破汀州宁化县（今属福建）城，蔡五九自称蔡王，汀州、漳州、泉州等地农民纷纷起义响应，将乐县地方官吓得弃城逃亡，农民军声威大振。
蔡五九起义军的迅速发展，使元朝统治者大为震惊，9月，江浙、江西两省联合镇压，增兵宁都。为保存实力，农民军突围，元军尾追不放，农民军力“不能支，奔散渡溪，水涨不可渡，溺死过半”，损失严重。农民军再战于石城（今属江西），又败，蔡五九退往兔子寮木麻坑，复为元兵包围，战败被俘，惨遭杀害，持续半年之久的宁都农民起义，至此失败。
四、云南彝族人民起义
大德五年（1301年），在云南地区也曾爆发彝族人民的起义。蒙古贵族为掠取金银宝物，成立征八百媳妇万户府二，设万户四员，由四川、云南等省调集军队二万余人，以中书右丞刘深为统帅，远征今云南南部的八百媳妇地区。元军进入云南八番地区后，不断“调兵供馈”，不仅向彝族人民勒索钱粮、马匹，还向他们征调夫役，致使“民为竭产，役夫死者相枕藉”，许多人破产身亡。彝族人民再也忍受不下去了，终于爆发了反元大起义。
5月24日，云南彝族土官宋隆济，顺应人民的要求，号召彝族人民起义，人民在“身死行阵，妻子为虏”的威胁下，举起了义旗。起义人民以宋隆济为首，团结八番地区的苗、仫佬等少数民族，向元朝统治者展开武装斗争。6月18日，宋隆济率起义军四千多人攻杨黄寨，“杀掠甚众”。另外，云南水西彝族也遭到元朝统治者金币、马匹的勒索，元“师过其境，不堪蹂躏”，彝人在土官阿那之妻折节（又名蛇节）的领导下，发动了武装起义，史称折节“健黠而能兵”，“有权略，诸蛮咸听其命”。折节很快与宋隆济联兵，向元朝统治者发起进攻，破贵州（今广西贵县），杀知州张怀德；元河南诸翼征行万户、昭勇。
大将军张弘纲率兵前来镇压，也被起义军打死。在起义军一连串胜利的鼓舞下，乌撒（今贵州威宁）、乌蒙（今云南昭通）、东川（今云南会泽）、芒部（今云南镇雄）、武定（今云南武定）、威楚（今贵州楚雄）、普安（今属云南省）等地的少数民族人民“望风皆叛”，纷纷响应起义。各地起义军利用熟悉山川地形的优势，神出鬼没，烧府库、杀官吏，到处袭击元军。在彝族人民起义军的打击下，以刘深为首的元兵“军中乏粮，人自相食，计穷势蹙，仓皇退走，土兵随击，以致大败。（刘）深弃众奔逃，仅以身免，丧兵十八九，弃地千余里。”不仅远征未成，且损兵折将，几乎全军覆没。
11月12日，元成宗下诏增兵云南，令湖广行省平章刘国杰为统帅，蒙古侍卫亲军都指挥使也先忽都鲁为副，统兵二万镇压云南彝族人民起义。大德六年（1302年）春正月，刘国杰至沅州（今湖南芷江），2月，与四川宣慰使汪惟勤会兵于播州（今贵州遵义）。10月，刘国杰率湖广、云南、四川三省蒙、汉军三万人及思、播二州土兵一万人，分道向起义军发动围攻。在军事进攻的伺时，刘国杰也“遣使扭谕”，妄图瓦解起义军，但遭到折节的严辞拒绝。彝族起义人民在折节的率领下，进行了顽强的抵抗，前后四十余战：“贼兵劲利，且多健马，官军失利。”起义军虽初战取得了胜利，但11月后，形势出现逆转，折节为元将宋光所败。大德七年（1303年）2月，折节再败，被包围于何加寨，力尽被俘，惨遭杀害。
折节失败后，宋隆济起义军孤立无援，在优势元军的围攻下，也接连失利，后兵败被俘牺牲。至此厂彝族人民起义失败。
五、朱光卿、棒胡领导的农民起义
元朝中期，除各地少数民族纷纷起义外，广大汉族人民也多次发动起义，但由于蒙古贵族对汉族居住区统治比较严密，驻军较多，一旦发生起义，很快就被镇压下去，因此都未能发展成为较大规模的起义。在一连串的汉族人民起义中，以朱光卿、棒胡领导的起义影响较大。
后至元三年（1337年）正月2日，广州增城县（今属广东）
朱光卿发动了武装起义，同时起义的还有石昆山、钟大明等。朱光卿起义后，改元赤符，宣布建立大金国。在朱光卿起义的影响下，4月5日，惠州归善县（今广东惠阳）农民戴甲、聂秀卿、谭景山等秘密制造武器，“拜戴甲为定光佛”，以宗教形式组织群众，响应朱光卿起义。两支起义军互相配合，向博罗城（今属广东）发动进攻。元朝统治者立即命令江西行省左丞沙的，指挥使狗札里率兵镇压。7月，朱光卿、石昆山、钟大明等战败被俘，惨遭杀害，起义失败，其余众散于民间，等待时机再起。
这年2月1日，在汝宁信阳州（今河南罗山）还爆发了棒胡领导的起义。棒胡，又名胡闰儿，陈州（今河南淮阳）人，“好使棒，棒长六七尺，进退击技如神，远近闻者称棒胡。”他“以烧香惑众，妄造妖言”的形式组织群众，有信徒一百多人，其徒胡山花等都善于使棒。可见，棒胡也是利用宗教秘密组织发动了群众。起义后，开州（今河南濮阳市）人辘轴李、陈州人棒张等皆起兵响应。棒胡起义军很快攻破归德府（今河南商丘市）、鹿邑（今属河南）等城，并焚陈州，屯兵于杏冈。元朝政府令河南行省左丞庆童率兵镇压，农民军在鹿邑冈战败，棒胡被俘，后送到大都（今北京市）被杀。起义不到一个月，便失败了。
朱光卿、棒胡起义虽然失败了，但震撼了中原元朝统治，也加深了蒙汉之间的矛盾。在他们的影响下，黄河上下、大江南北，到处都爆发了小规模的农民起义，“山雨欲来风满楼”，一场全国规模的农民大起义即将在沉睡的中原地区爆发。
元朝前期、中期农民战争的特点和历史作用
从1279年元朝灭南宋统一全国开始，直到1351年元末农民大起义爆发为止，这七十年内，虽然是元朝统治的相对稳定时期，但各族民反抗元朝统治的斗争却一天也没有停止。由于时代和元朝统治自身的特点，这一时期的农民起义呈现出了一些不同于以往农民起义的特点；这些农民起义虽然都被镇压了下去，但对元朝的统治政策和元朝社会的发展，却有重要意义。