元朝前期的农民起义
蒙古贵族在灭南宋的过程中，进行了野蛮屠杀和掠夺，使许多无辜的人民被杀害或被掠为奴。元朝统一后，又推行民族统治政策，对江南人民政治上加强统治和奴役，经济上加重剥削，使人民处于水深火热之中。蒙古贵族的反动统治，自然也激起了江南人民的强烈反抗，并发动了一连串起义。
一、陈吊眼起义
在江南地区一系列的农民起义中，福建地区陈吊眼为首的起义时间最早，规模也较大。陈吊眼，亦名陈弟眼、陈大举，福建畲族人，南宋末年，曾率畲兵隶张世杰部下抗蒙，兵败被迫降元。陈吊眼洚元后，屯戍漳州山区，他日睹蒙古贵族的种种暴行，内心充满了仇恨，他暗下决心，寻找机会，于至元十七年（1280年）8月，率众起义，攻占漳州城，“杀招讨傅全一家，官军死者十八、九”。陈吊眼起义后，附近农民纷纷响应，在他的领导下，建立了“山洞山寨八十余所，据险相维，内可出，外不可入，以一当百”。起义队伍发展到十余万人。陈吊眼还建立政权，改元昌泰，声威大振。
陈吊眼起义后，元兵前来镇压，起义军据险固守，久攻不下，元政府又调集闽、粤、浙、赣四省军队，以完者都为镇国上将军、福建等处征蛮都元帅，高兴为右副都元帅，率大军围攻。
畲民是力逃避赋役和战乱而进入山区的一些贫苦农民，他们居于洞穴和山寨中，没有积畜，在元军的围困下，十五座山寨失守，渐渐不支，陈吊眼乃杀其妻子，走保千壁岭，决心斗争到底。高兴攻千壁岭不能下，乃大耍阴谋诡计，“诱吊眼释兵而语，吊眼下至中半中，公（高兴）上与语，遽接其手，掣下吊眼”，将他逮捕，押解到漳州杀害，起义失败。
陈吊眼起义一度攻占漳州，进兵汀州（今福建长汀），占领了大片地区，队伍发展到十万人，坚持斗争近两年之久，使“闽中震动”。响应陈吊眼起义的很多，其中规模较大的，有邵武的高日新起义，福州的林天成起义，南剑州有丘细春起义等，沉重打击了元朝统治。
二、黄华、欧南喜、黎德起义
黄华，福建建宁府政和县（今福建松政）人，至元十五年11月，曾“集盐夫，联络建宁、括苍及畲民妇自称许夫人为乱”，后失败降元，曾被元政府任命为建宁路总管。蒙古贵族在福建横征暴敛，任意杀人，激起福建人民的不断反抗，在人民反抗斗争的推动下，至元二十年（1283年）8月，他又重新起义。
黄华起义后，据政和县城（今属福建），用宋祥兴年号，起义军“剪发纹面，号头陀军”，由于各地农民纷纷响应，起义军很快扩大到十万人，分兵攻打崇安（今属福建）、浦城（今属福建），破松溪（今届福建），攻古田（今属福建），并包围建宁府（今福建建瓯）。起义军到处攻杀蒙古官员，“杀掠不可胜计，声摇闽粤”。在黄华起义军的影响下，12月，浙东有“吴提刑者，居青田之鸬鹚，与政和贼华通，复谋叛，用宋祥兴年号，铸两浙安抚司印”。有些元朝地方官也起而响应，可见这次起义的声势和影响是很大的。
当时，元朝政府正准备进攻日本，以扬州为基地，集中了以刘国杰为首的大量军队和战争物资。元世祖获悉黄华起义后，立即下令刘国杰率精锐部队，会同江淮参政伯颜前往福建，又令两浙、福建的地方驻军配合，共同镇压。浙西道宣慰使高兴率兵向起义军反扑，激战于铅山（今属江西省），起义军失败，损失八千多人。再战于武夷山分水岭，起义军又败，高兴侵占嘉禾。黄华率领起义军急攻建宁，高兴率军南下，与福建军队南北夹击，起义军再败，叶都统，梁都统被俘，黄华撤离建宁，走保江山洞，高兴尾追，至正二十一年（1284年）正月，黄华最后的根据地赤岩山，也被元军攻破，黄华麈战半日，杀伤大量敌人后，赴火自焚死，其妻子及二弟也被俘牺牲，起义失败。
在镇压黄华起义的过程中，蒙古兵“所至辄杀掳平民”，在杀掠之后，还“多奴良民以归”，把许多劳动人民掳去当作奴婢。因此，“兵后市井丘墟”，荡然无存，严重破坏了生产，造成一场大的灾难。
黄华起义时，在广东地区还爆发了、欧南喜、黎德领导的起义，这次起胀由元朝府推行食盐专卖政策引起的。食盐是人民生活的必需品，由于元朝政府垄断了食盐的生产和销售，盐价很高，质量很差，因此，私盐流行。为了确保盐税收入，元朝政府严禁私贩，对私盐贩处罚很重。为了对抗官府的追捕，他们往往携带武器，因此，私盐贩很容易与农民的反抗斗争相结合，形成大规模的农民起义。至元二十年（1283年），私盐贩陈良臣就曾经组织东莞（今属广东）、香山、惠州（今属广东）等地的私贩一万多人起义，但很快被镇压下去。至元二十一年（1284年）2月，欧南喜又在这一带发动了起义。
欧南喜的身世，蒙古贵族称他是“群盗”，很可能也是私盐贩出身。欧南喜把被打散了的起义群众又组织了起来，据记载，他“聚其党至十万人，僭称名号，伪署官职，攻陷城池，戕杀吏民”，已是一支相当大的队伍。欧南喜起义后，自称王，并设立丞相、招讨使等官，他们进攻地方官府，大杀封建官吏和地方豪绅，表达了人民反抗元朝残暴统治的愿望。欧南喜率领起义军南下，2月十9日，到达东莞、博罗（今属广东）两县交界处，元广东道都转运盐使合刺普华率兵来犯，起义军分据要害，给元军以迎头痛击，经过一场激烈战斗，起义军获得全胜，生擒合刺普华，并将其处死。当时元朝正对占城（今越南南部）用兵，南运粮道也被起义军切断。欧南喜乘胜进兵广州，起义军声威大振。
这时，在广东还有黎德为首的一支起义军，这支起义军主要在海上活动，他们拥有“战船至七千艘，众号二十万”，以海州（今海南海口市）为根据地，四出攻击，不断拦截元朝运粮交趾的海船，给元朝统治者以很大打击，黎德还与欧南喜的起义军联合作战，陆战、海战互相配合，广东全境为之震动。
后来，元朝统治者抽调大量军队，从四面对起义军发动围攻，起义军人数虽多，但武器不足，逐渐由优势变为劣势。至元二十一年（1284年）11月，欧南喜、黎德攻广州，“其别将吴林以八百艘围冯村”。双方水军在海上展开激战，结果攻广州未成，永军也为元将王守信战败，起义军伤亡惨重，又未能突围转移，欧南喜、黎德与其都督，丞相、兵马钤辖等主要将领被俘，均惨遭杀害，起义失败。
三、钟明亮起义
钟明亮，福建汀州（今福建长汀）人，出身于贫苦农民家庭，封建士大夫称他力“草间匹夫”，可见他是一个贫苦农民。元朝统治者远征交趾、占城等一系列的战争，在江南沿海各地征集粮食、船只，所任官吏又“皆贪饕邀利之人”，因而激化了阶级矛盾，至元二十四年（1287年）冬，钟明亮率众于汀州发动了武装起义。
钟明亮起义后，“拥众十万，声摇数郡”，他们主要活动于今福建、广东、江西三省交界处。在福建，起义军活动的中心地区是“南剑及邵武渚道”，并攻打漳州等地；在江西，主要活动于赣州、南安（今江西大余）、建昌（今江西南城）诸路；在广东，起义军主要活动于循州（今广东龙川）、梅州（今广东梅县）等地。
至元二十五年（1288年）3月，循州起义军万余人攻淖浦；泉州起义军攻长泰（今属福建）、汀州、赣州等地。在钟明亮起义军阶影响下，今赣、闽、粤三省交界处的人民，包括少数民族在内都纷纷起义，如畲族起义军千余人，攻龙溪（今属福建）；广东的邓大獠、刘大撩分据前后寨，率领少数民族起义军攻肇庆（今广东肇庆市）；4月，广东的董贤举等七人，亦“皆称大老，聚众反，剽掠吉（今江西吉安市）、赣（今江西赣州市）、瑞（今江西高安）、抚（今江西抚州市）、龙兴（今江西南昌市）、南安（今江西大余）、韶（今广东韶关市）、雄（今广东南雄）、汀诸郡，连岁击之不能平”，元朝政府虽然从江淮、福建、江西等地抽调大量兵力，但仍然不能将各地起义军镇压下去。
在反抗元朝统治的斗争中，钟明亮丰富了白己的斗争经验，当元朝大兵压境，敌我力量悬殊时，他从不正面出击，而是采取迂回战术，避开敌人的优势兵力，击其薄弱环节，这不仅保存了自已，而且往往能歼灭敌人，取得胜利。元福建闽海道提刑按察使王恽说：钟明亮“出没叵测，东击则西走，西击则东轶”，使官军疲于奔命，无可奈何。因此，他建议在军事镇压的同时，还应派“重臣”劝降，软硬兼施。后来，在招降失败之后，元朝统治者又增派军队，并“立主帅，专号令”，以优势兵力向起义军发动围攻。钟明亮在敌强我弱，形势不利的情况下，为保存实力，于至元二十六年（1289年）5月，率起义军一万八千多人向元政府伪降。伪降果然奏效，元世祖即下令“江淮、福建，江西三省所抽军务还本翼”，解除了对农民的包围。经过一段休整，同年闰10月，钟明亮又“以万人寇梅州（今广东梅县）”，再次起义。钟明亮重新再起后，“江罗等以八千人寇漳州，又韶、雄诸贼二十余处皆举兵应之，声势张甚。”在钟明亮的影响下，各地的反元斗争又进入高潮，“婺州（今浙江金华）贼叶万五以众万人寇武义（今属浙江），杀千户一人”，“漳州贼陈机察等八千人寇龙岩，执千户张武义”，广东则有陈大獠、阎大獠，曾大獠、萧大獠等瑶族人民起义，湖南地区的瑶人也纷纷起义，外攻破酃县城（今届湖南），连州（今广东连县）、道州（今湖南道县）等城。
钟明亮再次起义后，元世祖下诏，斥责月的迷失：“钟明亮既降，朕令汝遣之赴阙，而汝玩常不发，致有是变”，要他立即与江西，福建合兵围剿。11月，湖南、广东、江西的瑶族人民起义军遭受重大挫折，形势又复恶化。至元二十七年（1290年）2月，钟明亮为摆脱困境，再向元政府伪降。元世祖下令将钟明亮解送大都（今北京市），江西行省管如德久留不遣，明亮复率众攻赣州，第三次举起反元大旗。但随后不久，钟明亮就病故了。
钟明亮的再降而复起，元朝士大夫颇为感慨地说：“上烦庙堂应接，渚省奔赴，竭数载之力，仅得明亮至军前一面。而诈降无实，做睨反复，气凌威铄，未尝获一交锋决胜，明亮竟偃然得保首领以殁。”承认镇压钟明亮是失败了。
钟明亮死后，其影响依然存在，“众犹畏服，止奉一木主尔，藉其虚声余烈，尚能统御所部，不即降溃。”可见他在起义军中的威望，但是，起义军务部之间，总是不能密切配合，缺乏统一的行动方针，因此，当元军以优势兵力围攻时，便被各个击破，至元二十八年（1291年），钟明亮起义便完全失败了。
元朝中期的农民起义
1294年，元成宗即位后，元朝进入它自身发展的中期阶段。
这时，蒙古贵族在全国范围内的统治已经基本稳定下来。在这一时期内，元朝统治者加重了对各族人民的搜括，税额不断扩大，至延祐初，税额“比国初已倍五十矣”，因此，农民的反抗斗争不断发生。这一时期内虽然没有出现大规模的农民起义，但小规模的农民起义和少数民族的反抗斗争，却此伏彼起，连续不断。
一、田万顷领导的施溶州人民起义
湖南西部为少数民族聚居区，居住着苗族，土家族等少数民族，他们不堪蒙古贵族的统治，早在元兵进入湖南之初，保靖州（今湖南保靖）泊崖洞田万顷，楠木洞孟再师等就曾举行武装反抗，后田万顷因失败降元，泊崖洞被改为施溶州，以田万顷任知州。至元三十一年（1294年）春，田万顷以施溶州为据点，又重新发动了反元起义，与楠木洞孟再师、桑木溪鲁万丑等起义军互为声援。4月，元世祖病死，元成宗即位，大赦天下，并派人招降田万顷、鲁万丑、孟再师等起义军领袖，被坚决拒绝。
9月，元成宗令湖广行枢密院副使刘国杰率佥院唆木兰及诸翼万户前往辰州（今湖南沅陵）镇压，元军犯明溪，鲁万丑据会溪之上游，毫不畏惧，率领起义军从水陆两路迎击元军，杀千户崔忠信、百户马孙儿。10月，元军增兵犯桑木溪，鲁万丑以一千人迎击，为元军所败。元军沿溪逆流而上追击，万丑又以二千人阻击，也因寡不敌众，未能取胜，起义军退往石农次。石农次地形峻险，起义军分道扼守，元军不能入。
11月，元湖广行省平章政事答剌罕统率沿边隘丁增兵辰州，刘国杰会集各，路元军，问计于诸将，元将田荣祖说：“施溶，万顷之腹心，石农次、三羊峰，其左右臂也，宜先断其臂，而后腹心乃可攻。”这一毒计被采纳，刘国杰以土人为向导，并绘制地图，标以路径，“命佥院唆木兰、万户阔脱、忽都海牙、拜兰、马继祖从澧州武口道进，身率万户别里哥不花、朵落解、倪全、田兴祖从会溪、施溶口入”，以优势兵力，分路向田万顷的根据地进攻。不久，石农次失守，施溶完全暴露在敌人面前。
12月28日，施溶，楠木洞陷落，田万顷等被俘牺牲。随后，其他据点也相继失守，鲁万丑降元，起义失败。