（4）部门组织的合法性问题一直未被视为主要问题
从理论上讲，部门组织法首先关注的是部门组织的合法性，然后才是部门组织的行政效率。任何部门组织要想对外实施公共管理，都应当先有组织法作为其成立依据，否则便会面临合法性的质疑。即使一个部门组织行政效率再高，工作能力再强，如果没有组织法作为基础，那它也只能是没有“准生证”的“超生子女”，其身份很难被认同。然而改革开放以来我国的中央政府部门组织的合法性问题从来就没被当成一个主要问题，1982年《宪法》第89条授权国务院“规定各部和各委员会的任务和职责”，“审定行政机构的编制”。1982年《国务院组织法》只要求“国务院各部、各委员会的设立、撤销或者合并，经总理提出，由全国人民代表大会决定；在全国人民代表大会闭会期间，由全国人民代表大会常务委员会决定”。在实践中，改革开放30年来中央政府部门组织的设立要么由国务院自行决定，要么由立法机关在某个法律或某个决定中列上各部门组织的名称即可，完全不需要为某个部门组织单独制定一部组织法。或者说，在我国，因为国务院具有合法性，所以国务院设置的部门组织就理所当然地具有了合法性，因为在立法机关的法律或决定中列上了部门组织的名称，所以部门组织就顺理成章地具备了合法性。部门组织的合法性是如此简单，以至于专门制定部门组织法就显得多余了。
然而，与部门组织的合法性被忽视形成鲜明对比的是，部门组织的行政效率一直是国务院历次机构改革关注的首要问题。为了提高行政效率，国务院可以将劳动部和人事部合了又分、分了又合，也可以将国家安全生产监督管理局升格为国家安全生产监督管理总局，或者将环境保护总局改组为环境保护部，还可以将林业部降格为国家林业局，将民航总局并入交通运输部，甚至可以在国务院的直属机构之外再设立一个直属特别机构，只要国务院认为有需要，就可以对国务院的所有部门组织进行重组，而且如何重组基本上由国务院自行决定，顶多在形式上由全国人大及其常委会批准一下。多年来，国务院的机构改革基本上被视为国务院的“家事”，机构改革问题成为国务院内部的行政问题，而不是法律问题，不需要用法律来规范。尽管部门组织法也负有提高部门组织行政效率的使命，但是改革开放30年来国务院从来就不需要借助于部门组织法来提高行政效率，全国人大及其常委会也不曾运用部门组织法来帮助国务院各部门提高行政效率，国务院已经习惯于用行政方式来推进机构改革，用行政方式来组织国务院各部门，实现提高各部门工作效率的目的。部门组织的合法性问题从来不曾困扰过国务院，部门组织法也就没有制定的必要了。
（5）部门组织的自利能力过强
对国家而言，行政组织是国家履行行政职能的工具，没有行政组织，国家的行政职能就无从落实；同时对行政公职人员群体而言，行政组织既是他们行使行政职能的平台，又是他们谋求自身利益不可缺少的依托，有了行政组织，他们才可能以行政组织为根基，在实现公共利益与寻求自身利益之间进行选择。选择的结果可能有三种情形：①多追求自身利益；②多追求公共利益；③在追求公共利益与追求自身利益之间维持一种平衡。如果要追求自身利益，就必须至少具备以下两个条件：
第一，自己现在任职的行政组织不能被撤销或者说现在任职的行政组织即使撤销了，自己还能在新的行政组织中获得一个不比现在差的职位。
对于行政公职人员追求自身利益而言，这是一个基本前提，因为没有了行政组织，就等于失去了行政组织可以带给他的一切利益。在现实中，历次国务院机构改革面临的阻力之一就是来源于行政公职人员不愿意丧失自己依凭的行政组织基础而作出的自发反抗，这种反抗越强，国务院机构改革的难度就越大。
第二，涉及行政组织的组织规范不能太健全，或者说自己任职的行政组织对组织事项的自主控制越强越好。单是有行政组织这个平台是不够的，如果有完善的行政组织制度对行政组织实施全方位的严密监管，行政公职人员就很难有机会利用行政组织谋求自身利益。我国1949年以来设置部门组织的习惯做法是，先创设该部门组织，然后在该部门组织的参与或者主导下制定部门组织规则，这样该部门组织就可以在制定部门组织规则的过程中尽可能地阻碍该部门的组织规则变得完善。对于该部门组织而言，组织规则越简单越好，甚至没有组织规则更好。
综合以上两个条件可以知道，对于行政公职人员谋求自身利益而言，自己身处在一个不规范的行政组织中是多么重要。多年来国务院相对于全国人大的强势地位，为国务院各部门抵制完善的部门组织法的出台创造了极为有利的条件。
从完善的部门组织法的难产还可以看出，规范行政机关的外部行为的难度要小于规范行政机关的内部组织的难度。首先，外部行为如果违法会直接损害行政相对人的权益，行政相对人要求规范行政机关外部行为的呼声很高。而行政机关内部如何组织对行政相对人的权益影响较小，行政相对人一般不会提出规范行政机关内部组织的要求。其次，行政机关的外部行为被限制在法治的轨道之内并不妨碍行政公职人员凭借行政组织获得利益，即使不能通过外部行为谋取私利，还可以借助于松散的组织制度寻找到获得利益的机会，毕竟只要在行政机关任职，就能享受到行政职务带来的各种好处。上述两点原因能够解释为什么我国1978年以来行政行为法、行政监督与救济法发展迅速而行政组织法发展缓慢的现象，也凸显了在我国建立完善的组织制度可能遇到的巨大阻力。
3.小结
通过上面的分析可以知道，尽管1949年至1957年我国制定了大量部门组织法，但是这些部门组织法的出台并不意味着部门组织的合法性问题在当时受到了重视，实际上这些部门组织法只是当时设置各个部门组织的样板和提高各部门行政效率的工具，具有更多的工具意义。1978年以后，不仅部门组织的合法性问题未受到重视，而且部门组织法的工具意义也被忽视了。一言以蔽之，近60年来我国从来没有重视过部门组织的合法性问题，30年来我国也几乎没有重视过部门组织法的工具意义。这是我国1978年改革开放以来长期忽视部门组织法立法的主要原因。
（二）1949年以来我国中央政府部门组织法的特征分析
1949年新中国成立以来，我国的中央政府部门组织法已经走过了近60个春秋。在这60年的漫漫岁月中，我国的中央政府部门组织法大致呈现出了以下几个特征。
1.部门组织基本法长期存在，部门组织单行法先盛后衰
在1949年之后的每一个历史时期，我国都存在至少一部部门组织基本法，先是1949年《中央人民政府组织法》和《政务院及所属各机关组织通则》，然后是伴随1954年《宪法》的颁布而制定的1954年《国务院组织法》，现在是1982年《国务院组织法》和1997年《国务院行政机构设置和编制管理条例》。这些部门组织基本法作为国家组织法体系中不可缺少的成员，在规范中央政府所有部门组织的共性组织问题方面一直发挥着作用。其中，1949年《政务院及所属各机关组织通则》在建国初期需要统一规范政务院所有部门组织的组建过程的特定历史条件下发挥的重大作用，是前述各个历史时期的任何一部部门组织基本法无法与之相比的。
部门组织单行法主要存在于1949年至1957年这一时期，而1978年改革开放之后的30年间只颁布了1987年《国务院参事室组织简则》和1995年《中国人民银行法》这两部部门组织单行法。当然，部门组织单行法的兴盛与否只是建国初期与改革开放之后这两个时期相比较而言的。如果单独分析建国初期的部门组织单行法数量，会发现当时的部门组织单行法并没有想象中的那么兴盛。据不完全统计，从1949年至1954年，政务院共批准了15个部门的试行组织条例或组织通则；从1954年至1957年，国务院共批准了12个部门的部门组织简则或工作条例。相对于当时的政务院或国务院部门总数而言，拥有部门组织单行法的部门所占比例并不高。
2.政务院或国务院逐渐主导了部门组织法的制定
1949年《中央人民政府组织法》是设置政务院的法律依据，先有《中央人民政府组织法》，再有政务院，政务院不可能主导《中央人民政府组织法》的制定。但是在政务院产生之后，1949年《政务院及所属各机关组织通则》就几乎是在政务院的完全控制之下制定出来的，当时的中央人民政府委员会只不过在形式上履行了对该通则的批准权而已。此后的政务院各部门试行组织条例或组织通则由政务院主导的现象更加明显，大部分部门的试行组织条例都没有经过中央人民政府委员会的批准而直接试行。
1954年《国务院组织法》是由当时的宪法起草委员会负责起草并由第一届全国人大通过的，政务院在1954年《国务院组织法》制定过程中发挥的作用并不明显。但是根据1954年《宪法》和1954年《国务院组织法》产生国务院之后，国务院各部门的组织简则已经完全由国务院自主决定了，无需请求全国人大批准。至此，国务院获得了国务院部门组织单行法的完整的制定权。
1982年《国务院组织法》虽然是由第五届全国人大通过的，但是其草案由国务院拟定，全国人大在审议草案时，仅对草案作了一些小修小补，因此可以认为国务院在1982年《国务院组织法》的制定过程中发挥着主导作用。后来的1997年《国务院行政机构设置和编制管理条例》则是由国务院全权制定的一部行政法规。可见，1978年改革开放之后，国务院已经获得了制定国务院部门组织基本法的主导权。在部门组织单行法方面，根据1982年《宪法》第89条的规定，多年来一直扮演着部门组织单行法部分角色的“三定”方案（规定）完全由国务院自主决定。
综上，经历了近60年的演变之后，国务院对国务院部门组织法的主导性越来越强，国务院部门组织单行法的制定权已经完全由国务院掌握，国务院部门组织基本法的制定权尽管尚未由国务院全权掌控，但是至少可以认为国务院能够主导部门组织基本法的制定。
3.部门组织法的公开性不足
1949年以来的政务院或国务院部门组织基本法都是面向社会公布的，而部门组织单行法在不同时期的发布方式有所不同。1949年至1954年期间的部门组织试行条例一般是由政务院各部门自行在本系统内部印发，只有1949年《海关总署试行组织条例》等少数几部条例收入了当时的《中央人民政法法令汇编》；1954年至1957年期间的部门组织简则通常是由国务院在《国务院公报》上向全社会公布的；而1978年以来扮演部门组织单行法部分角色的“三定”方案（规定）主要是由国务院办公厅在国务院所属行政系统内部印发的。对于公众而言，如果部门组织单行法不通过政府公报等正式渠道向全社会公布，公众就只能借助于互联网等非正式渠道知晓国务院各部门“三定”方案（规定）的内容，在建国初期没有互联网的情况下，公众几乎不可能知道当时政务院各部门的试行组织条例到底规定了哪些内容。
（三）1949年以来我国中央政府部门组织法的内容分析
一部法的内容反映了该法需要解决且能够解决的问题，法的内容越丰富，通常表明该法需要解决且能够解决的问题越多，法的内容越简洁，一般表明该法需要解决且能够解决的问题越少。1949年以来我国政务院或国务院部门组织法的条文数量都很少，篇幅也不大，这似乎意味着近60年来我国政务院或国务院部门组织法需要解决且能够解决的问题并不多。本文接下来主要从以下几个角度对1949年以来我国中央政府部门组织法一贯简洁的内容展开分析。