1.实体性规则多，程序性规则少
部门组织法中的实体性规则是指规定部门组织享有哪些职能、设置哪些内部机构和哪些领导职务、配备多少人员等实体问题的规则，实体性规则的功能在于向各部门组织提供职能、机构、人员等组织资源。程序性规则是指规定涉及部门组织职能、内设机构、人员的增加或减少等事项的步骤、期限等程序问题的规则，程序性规则的功能在于规范部门组织的设置和调整过程。1949年以来我国中央政府部门组织法中除了1997年《国务院行政机构设置和编制管理条例》包含大量的程序性规则外，其余的部门组织法都是以实体性规则为主，程序性规则为辅。以1982年《国务院组织法》为例，该法共11条，其中第2条、第3条、第6条、第7条、第9条和第11条完全属于实体性规则，第4条、第5条、第8条和第10条中既包含了实体性规则又包含了程序性规则。再以1956年《劳动部组织简则》为例，该简则共8条，其中第2条至第6条全部属于实体性规则，第7条和第8条中既包含了实体性规则又包含了程序性规则。由于程序性规则不健全，长期以来我国中央政府部门组织的创设和变动的随意性、偶然性较大，部门组织的稳定性不足。
2.重授权性规则，轻控权性规则
授权性规则是指创设部门组织并给部门组织配置职能、设置机构、配备人员等使部门组织获得组织资源的规则，授权性规则的作用在于让部门组织拥有合法的身份，并获得履行行政职能的各项条件，确保部门组织能够正常运作。控权性规则是指对部门组织的内部职能分配、机构设置、工作程序、人员数额等进行控制的规则，控权性规则的作用在于规范部门组织的内部工作程序、优化部门组织结构并控制部门组织规模。1949年以来我国的部门组织法一贯重视授权性规则，不断地通过授权性规则授予国务院和国务院部门组织职能、机构和人员等组织资源和条件，但是长期轻视控权性规则，没有从总量上控制国务院部门数量、各部门各级内设机构数量、国务院所有部门履行公职人员数额，导致国务院部门总数、部门内设机构总数和国务院各部门公职人员总数长期保持高位状态。以1982年《国务院组织法》为例，该法总共11个条文中，有4条属于授权性规则，有2条属于控权性规则，有4条既包含授权性规则，又包含控权性规则。再以1949年《司法部试行组织条例》为例，该条例总共14个条文中，有9条属于授权性规则，有2条属于控权性规则，有2条既包含授权性规则，又包含控权性规则。由于控权性规则的严重缺乏，加上监督机制不健全，长期以来我国部门组织机构林立、人员超编等问题始终无法得到有效解决。
3.忽视建立监督机制
徒法不足以自行，如果不建立实施部门组织法的监督机制，不管部门组织法制定得多么科学、多么完美，都会变成一纸空文，难以贯彻落实。一般而言，部门组织法中的监督机制应当包括监督机构、监督程序、法律责任等内容。1949年以来我国中央政府部门组织法中除了1997年《国务院行政机构设置和编制管理条例》明确规定了监督机构和法律责任外，没有任何一部部门组织法对监督机制作出了规定。而且根据1997年《国务院行政机构设置和编制管理条例》虽然设置了中编办作为部门组织法的监督机构，但是中编办仅仅是一个部级机构，在监督部门组织的许多事项时常常显得心有余而力不足，无法很好地履行监督职能。可见，长期以来，我国在中央政府部门组织法中极为忽视监督机制的建立。由于监督机制的缺位，部门组织法在实践中被架空的现象时有发生。
4.编制法定化不足
部门组织的编制通常是指该部门的公职人员数量定额和司（局）级以上领导职数。尽管我国长期比较重视部门组织的编制问题，时常设有专门的编制管理机构负责编制管理，但是1949年以来我国没有任何一部中央政府部门组织法规定了部门组织的公职人员数量定额，只有1982年《国务院组织法》等少数几部部门组织法规定了各部门负责人副职数量，编制法定化不足的问题长期存在。即使自1988年开始出台的“三定”方案（规定）一一确定了每一个部门行政编制方面的人员数量定额，国务院所有部门的公职人员数量总额也始终缺乏一个明确的规定。在当前国务院各部门公职人员数量处于高位状态的情况下，通过法定化来提升编制的权威，减少公职人员编制数额，确保国务院各个部门组织的规模和所有部门组织的整体规模维持在一个适度的水平上显得尤为迫切。
（四）1949年以来我国中央政府部门组织法的实施状况分析——主要以1982年《国务院组织法》为例
众所周知，法的制定是一回事，而法的实施又是另外一回事。立法目的的实现必须仰仗法的有力实施。但是，事实上，大部分法律的实施都存在或多或少的问题。以1982年《国务院组织法》等部门组织法为例进行分析，我国中央政府部门组织法在实施中存在的问题主要表现为下列三个方面。
1.授权性规则没有约束力
我国1949年以来的中央政府部门组织法中有着太多的授权性规则，这些授权性规则授出的权力在实践中几乎不受任何监督。例如，1982年《国务院组织法》第7条第2款规定：“国务院设副秘书长若干人，协助秘书长工作。”这是一条典型的授权性规则，毫无限制地授权国务院自行决定副秘书长的职数。国务院办公厅于2008年7月17日发布的《国务院办公厅主要职责内设机构和人员编制规定》，将国务院办公厅的副秘书长职数增加至9名，而在1998年的原规定中，副秘书长仅有5名。上行下效，既然国务院可以设置9名副秘书长，那么地方政府也可以设置同样数目甚至更多的副秘书长。2008年11月，新闻媒体对辽宁省铁岭市政府有9个副市长、20个副秘书长的奇闻进行曝光，让人们彻底认识到类似“设某职位若干人”之类的授权性规定存在着极大的隐患。
又如，《国务院组织法》第11条规定：“国务院可以根据工作需要和精简的原则，设立若干直属机构主管各项专门业务……”该条规定至少包含三层授权：其一，国务院有权自行决定是否设置直属机构；其二，国务院有权自行决定直属机构的数量；其三，国务院有权自行决定直属机构的含义。
在实践中，诸如海关总署、国家税务总局、国家工商行政管理总局、国家质量监督检验检疫总局、国家广播电影电视总局、国家新闻出版总署等直属机构承担的职能的性质与作为国务院组成部门的各部并没有什么不同，都属于公共管理职能。同样是公共管理职能，为什么一些由直属机构承担，而另外一些由部承担呢？国务院从未对此提出明确的标准。正是因为没有区分哪些职能应当由部来承担、哪些职能应该由直属机构来承担的统一标准，国务院就可以将那些本可以设置部来承担的职能交由自己设置的直属机构承担，从而规避全国人大及其常委会的审查。
2.控权性规则失去控制力
没有控权性规则的组织法是软弱的，有控权性规则但却失去了控制力的组织法同样是软弱的。在实践中，部门组织法的控权性规则失去控制力的情形至少表现为以下两种。
（1）部门负责人副职数量超编严重
1982年《国务院组织法》第9条第1款属于授权性规则与控权性规则相结合的情形。该款规定：“各部设部长一人，副部长二至四人。各委员会设主任一人，副主任二至四人，委员五至十人。”其中关于各部门副部长、副主任和委员的量化规定体现了1982年《国务院组织法》对部门组织负责人数量的控制，然而这种控制在部门组织实践中却没有发挥出应有的作用。
以国务院现有的27个组成部门为例，将国务院各组成部门网站上公示的部门负责人副职数量进行整理。24个国务院组成部门中，共有15个部门负责人副职数量超编，占国务院组成部门总数的62.5％。即使去掉因为2008年大部制改革导致副职超编的工业和信息化部等4个部门，仍有11个部门负责人副职数量超编，占24个国务院组成部门的45.8％。据此可以看出，1982年《国务院组织法》第9条第1款的实施效果并不理想。
此外，在国务院现有的16个直属机构中，有7个直属机构负责人副职超编，占直属机构总数的43.8％。其中，国家体育总局居然有8名副局长，超编现象最为严重。
（2）国务院部门数量过多
1949年以来，政务院或国务院的部门种类变化较大。最初政务院的部门分为委、部、院、会、署、行和秘书厅，经过近60年的演变，到今天国务院的部门已经大致定型为国务院办公厅、国务院组成部门、国务院直属机构（含国务院直属特设机构）、国务院办事机构和国务院直属事业单位。其中，国务院办公厅和国务院组成部门的设置和调整由全国人大或全国人大常委会决定，国务院直属机构、国务院办事机构和国务院直属事业单位的设置和调整完全由国务院自主决定。在决定是否设置或调整一个部门时，一般遵循“按照需要”的原则，只要有需要，就可以新设一个部门；只要有需要，也可以撤销一个部门或者合并两个部门。在“按照需要”原则的指引下，我国中央政府的部门数量和部门构成一直处在变动之中，几乎是一年一小变，五年一大变。
可以看出，自1949年到2008年，政务院或国务院部门数量尽管持续变化，但是一直维持在30个以上，部门数量最少的年份是正处于“文革”之中的1972年，次少的年份是刚刚建国正处于摸索状态的1949年。当国家的工作重心放在经济建设上时，无论是在1954年前后，还是在1978年改革开放之后，我国的中央政府部门数量都维持在60个以上，其中部门数量最多的时候竟然达到了令人吃惊的100个之多。如此众多的部门设置在实践中引发了部门职能交叉、管理层次增多、总理难以有效驾驭、财政负担沉重、行政效率低下等我国长期以来未能彻底解决的诸多棘手问题。
3.无规则领域缺乏自制力
尽管1982年《宪法》授权全国人大可以制定和修改国家机构的基本法律，但是全国人大很少行使该项权力，在中央政府部门组织法领域仅仅制定了一部《中国人民银行法》和一部《国务院组织法》，而且这部《国务院组织法》还继承了1949年以来部门组织法一贯具有的内容薄、条文少、篇幅短的特点，对部门组织的许多基本事项没有作出统一规范，形成了大量的无法律规则领域，导致部门组织的许多事项无法律可依，只能靠国务院自行决断。然而国务院在部门组织实践中，几乎把部门组织权当成了一种不受任何约束的权力，对部门组织的存废、规模、结构等进行任意决断，以至于1982年以来我国的部门组织常常处于一种无序状态。