陈长文在出访第一天对记者说，此次访问大陆的目的，是为了扩大海峡两岸红十字会之间的相互交流。但是，台湾媒体猜测，陈长文此行不单纯，很可能是打着红十字会交流的幌子，行与大陆探讨建立“解决双方争端的中介机构”之实。因为陈长文与郝柏村私交甚深，本人又是法律专家，由他去与大陆谈这件天大的事，既专业，又可信，况且他本人已经是台方中介机构筹备组实际负责人。
6年后的1996年，曾参加整个筹备工作、后来曾任海基会文化服务处处长的欧阳圣恩，在其所着《再见，白手套──海基会2000日》一书中披露了事实真相：陈长文“以台湾红十字总会秘书长身份赴大陆访问时，顺道告知中共我方即将成立一个民意中介团体，负责与大陆的民间交流工作，希望中共能配合共同促进两岸关系的良性发展。”
看来，当时台湾媒体的猜测是不假的。
陈长文访问大陆期间，得到了大陆方面积极的回应。这使他很是振奋，半个月后的1990年8月13日，筹备组举行了一系列筹备会中非常重要的一次会议。
会上，“行政院大陆工作会报”依据各方专家的研究结果，正式提出了“筹设两岸条例中民间中介团体计划草案”，提出成立专司两岸交流的基金会。
当时提出的草案规定，草案确定，即将成立的民间团体将以财团法人的形态出现。基金会的编制，以董事会为最高决策单位，设董事长1人，副董事长1至3人，董事、常务董事若干人。其中董事长对外代表基金会。另设立一个监事会，设监事若干人，常务监事若干人。基金会聘顾问若干人。
基金会设秘书长1人，负责会务之推动。设副秘书长1至3人，襄助会务。
基金会下设置6个组，包括秘书组、旅行服务组、法律服务组、经贸服务组、文教服务组、咨询服务组。这几个组与“行政院大陆工作会报”及其继任者“陆委会”所设的各处大体一一对应，这就清楚地表明两者之间指挥与被指挥的相互关系。
草案确定，基金会总部设在台北市。同时，视业务需要，在海外，包括大陆地区设置分事务所。这一点，两岸两会是一致的。
这次筹备会议还用了相当多的时间讨论重要细节问题。
在会上，陈长文提出，在基金会下只设“组”，将不利于机构之扩充。后来，经沟通协调，获得“大陆工作会报”同意，将“组”改为“处”，“处”以下设置组（科），各处设处领导一至两人。
后来成立的海基会，其基本架构大体就是这次会议决定的。
至于“海峡交流基金会”这个名称，却并不是那天的会议中产生的。这么重要一个机构，人们当然希望起一个响当当、经得起历史考验的名字，因此也就颇费了一番脑筋。曾经被讨论过的名称有“两岸关系基金会”、“海峡基金会”、“中华基金会”等等，大家总觉得不理想，要么名称含义太宽泛，反映不出这个机构的性质；要么就是含义不明确，容易给人疑义。为了名称问题，筹备组后来专门开会，脑力激荡。集思广益，最后多数人对“财团法人海峡交流基金会”这个名称投了赞成票。
根据台湾方面有关规定，基金会的设立必须向台湾当局相关“部”“会”提出申请。1990年10月，海基会分别向“教育部”、“内政部”、“经济部”了解是否可以向他们申请成立。结果，由于高层事先没有沟通协调，这个机构的性质又不同于纯粹民间机构，因此，这些部门都不敢作主，而是采取了“躲”的办法，推说其业务与此无关，不接受申请。
海基会走投无路，一度只好暂缓办理成立手续。
后来“行政院大陆工作会报”在临解散前出面解决了这个问题。该“会报”指定海基会在第一次董监事会议召开后的第五天，也就是11月26日，“行政院大陆委员会”提出成立申请。
但可笑的是，当时“行政院大陆委员会”也还与海基会一样，只是处于筹备阶段，还没有“合法”的身份。台湾当局新的大陆事务构架虽然在1990年10月、11月间就宣布成立了，但因为从成立到真正能运作起来，还要经过一定的“法定”程序。由于“陆委会”的“组织条例草案”在“立法院”迟迟未获通过，所以就不能办公。这样，当时陈长文面临的形势是，“大陆工作会报”已宣布撤销，但“大陆委员会”尚未正式履行职能，他怎能向空中楼阁递去成立申请？
由此带来的另一个后果是，原本在第一次董监事会议中通过的“由行政院捐助新台币5亿2千万元”也因此无法动支。可是海基会既然已经宣布成立，同时，办公室的装修工程也不能不上马，没有钱怎么做事？最后，陈长文不得不用他私人名义，向台北市银行借款作开办费！
够奇迹的！
海基会原计划在1991年1月下旬正式挂牌。因为其主管单位“陆委会”的“组织条例草案”受困于“立法院”，直到1991年1月初“陆委会”才正式运作，海基会这才办事有门，遂向“陆委会”递交了设置申请。
一个月后的2月2日，“陆委会”批准函复到达海基会。当天，海基会便立刻向台北地方法院办妥财团法人设立登记。第三天便举行第一届董监事第二次会议，通过海基会1991年度预算。有了合法身份与经费，才有3月9日挂牌“营业”之事。
在挂牌前，为使会务人员了解当前的大陆政策与大陆现状，同时熟悉业务，确实做好海峡两岸人民的服务工作，陈长文特意组织了所谓“院长”训勉，为此，特意安排海基会全体同仁在中国信托大楼13楼的联谊社，进行了为期1天的研习课程。
“行政院”副院长兼“陆委会”主委施启扬训勉海基会在发挥保护的功能、稳定的功能与平衡的功能，以保障两岸人民合法的权益，使两岸关系在稳定中发展，促进两岸人民的了解与互信。
时任国民党秘书长宋楚瑜到会，以5个英文单词说明未来两岸统一的前提与海基会的工作原则：1.Unity（统一），2.Reality（现实），3.Security（安全），4.Reciprocity（互惠），5.Graduality（渐进）。
“行政院长”郝柏村更与全体会务人员共进晚餐。除一一点名之外，还特别强调了三点：一是海基会本身无政策，只是协助“政府”执行大陆政策；二是未来海基会与大陆发展关系时不谈政策，只讲业务。三是与大陆接触过程中，凡事谨慎，避免不必要的曲解与误解。
1990年11月21日，“海峡交流基金会”这个人们翘首以盼的神秘团体，终于揭开了面纱。
当天下午4时30分，在“行政院”新大楼贵宾室举行了第一次捐助人会议。
辜振甫任会议主席，“行政院”副院长兼“陆委会”主委施启扬，向在场的捐助人报告中介团体筹设背景及宗旨。
捐助人大都被聘为海基会的董事。第一次捐助人会议中，决定聘请董事42人，监事6人。
海基会寻求企业界的捐助，是有选择性的，既不希望图利者捐助，也不希望有劣迹的企业和个人参与。因此，许多有规模、有知名度的企业并没有机会成为海基会的捐助人。而像美吾发股份有限公司董事长李成家这样的人，虽然只捐助新台币1百万元，也能成为董事。因此捐助金额的多寡，与是否成为董事，没有必然的关系。不过也有捐钱不求职位的。如台湾海空运输业巨子、长荣集团董事长张荣发，在承诺捐助新台币5百万之后，却不愿曝光，成为唯一没有兼任董事的捐助人。也就是这个张荣发，在两岸关系中一直担任着重要的角色。
在捐助人会议之后，紧接着召开海基会第一届董监事会第一次会议。会议通过了海基会的捐助及组织章程。会议推选辜振甫为董事长，许胜发及陈长文为副董事长，陈长文并兼秘书长，成为海基会的实际负责人。敦聘“总统府资政”、前“行政院长”孙运璇为名誉董事长。
1991年3月9日，海基会正式挂牌运作，并举行了挂牌仪式。
海基会的挂牌仪式并未铺张，也未刻意营造冠盖云集的场面，但是副董事长兼秘书长陈长文、副秘书长陈荣杰、石齐平，以及创会的44位同仁，在接待致贺人士时所洋溢的笑容，令人难忘，因为他们知道，走进这个机构，就意味着他们在未来一段时间的两岸关系中，将担任重要的角色，他们的名字也将因此被载入史册。可以想见，他们的心情是多么兴奋。
董监事会议结束后，辜振甫与陈长文立即举行记者会，向各界说明海基会成立的宗旨及功能。
由于海基会的特殊性以及被赋予艰巨的开创性任务，该会从运作之日起，就成为媒体追逐的对象。成立后，其一举一动，都受到媒体关注。海基会的重要人物，更成为媒体的宠儿。成立当天，海基会在“行政院新闻局”举行成立记者会，就受到媒体重重包围。时任“行政院”交际科科长王腾在会场外表示，“如此阵仗，近年少见”。
海基会各部门的首批主管，有陈长文的旧识，有各界推荐的人选，也有毛遂自荐被选中者。
首席副秘书长的陈杰。1990年12月中旬来台任职之前，是“中华民国驻南非大使馆”参事。
副秘书长石齐平。经“行政院秘书长”王昭明推荐，辞去“经建会”专门委员兼法规小组执行秘书职务，到海基会任职。这位石齐平先生，就是目前活跃于香港凤凰卫视的那位着名主持人。
秘书处处长欧阳圣恩。陈长文的部下。
秘书处副处长徐建。退役陆军上校，曾担任军法官，从“国防部”参谋总长办公室退役后，进入海基会。
综合服务处处长张全声。原台湾的中国广播公司新闻部主任，经《远见》杂志发行人高希均推荐，到海基会工作。
文化服务处处长周逸衡。经孙运璇女婿黄镇台推荐，从中原大学企业管理系主任位置借调海基会。
经贸服务处副处长张宗麟。经江丙坤推荐，辞去台北市进出口商业同业公会副总干事职务，到海基会。
法律服务处处长曾有多人角逐，最后担任台北地方法院法官的许惠佑出线，据说，是李登辉推荐的。许当上处长，便推荐具有“独”派色彩的女律师蔡明华担任副处长。就是这个蔡明华，在海基会任职2个月，就以“理念不合”为由提出辞职，但未能获准。在下面将要提及的海基会首次北京之行中，有一天下午访问团到颐和园游览，蔡明华中途突然脱队，引起大家的不满。返台之后，蔡明华又对“独台案”不满，认为当局一再打压“台独”言论，而她却身陷在为统一服务的海基会内工作，立场相当尴尬。此外，“独台案”被捕的王秀惠是她“进步妇盟”的同事，她也碍于工作伦理不能挺身为其辩护，因此再三考虑之后，决定离开海基会，重返反对阵营。民进党上台后，这个蔡明华咸鱼翻身，曾担任“副总统”吕秀莲办公室发言人。她现任群众法律事务所所长，其丈夫却在广东东莞投资办厂。至于许惠佑，众所周知，在陈水扁执政时代，官运亨通，海基会副董事长兼秘书长，“海巡署署长”、特务机构“国安局局长”，等等。马英九上台后，干上了“国安局”驻欧盟特派员等职。
文化服务处副处长朱荣智。台北师大中文系教授，经时任“教育部部长”郭为藩推荐到海基会服务。
旅行服务处副处长蔡金美。原任太君台北市团管区上校主任，退役后经“退辅会主委”许历农推荐到海基会。
综合服务处副处长蒲叔华。原任《联合报》大陆新闻中心北京特派员，毛遂自荐获得陈长文赏识进入海基会。
经贸服务处处长与旅行服务处处长，当时无适当人选而悬缺。第三副秘书长李庆平则经由陈诚之子陈履安推荐，于1992年5月到职。李庆平是前“行政院长”李焕的儿子，算是个台版高干子弟了。
主管可以推荐，但一般工作人员想进海基会工作，就没有那么简单了。由于在海基会工作在媒体曝光的机会多，工作富有挑战性，待遇也不错，恰恰迎合了台湾人的求职心态，海基会从筹办之日起，就成为不少人求职的目标。
为了在短期招募到高质量的工作人员，海基会于1990年12月12日、13日连续两天在台湾的主要大报《联合报》、《中国时报》及《中央日报》上刊登招聘广告。
与预想的一样，不几日，报名者便纷至沓来，有的报名者甚至不惜辞掉待遇优厚的工作。结果，有880人应征不到30个的工作位置，淘汰率超过32∶1！不亚于在台湾考名牌大学。
招聘考试是相当严格的。先由各处处长依业务需要，审查学历及专长，选出210人参加初试。
1991年1月13日，陈杰、石齐平两位副秘书长与五位处长在台北师大教育学院大楼进行初试，又淘汰了第二批人。
1月24日、25日，在王永庆的台塑大楼举行了复试。副董事长兼秘书长陈长文亲自到场主持，从880名应征者中脱颖而出的27名首批晋用者最后产生。
27名人加上在此前后确立的其他主管级官员等人，海基会的创会时首批工作人员47人，其中90％来自民间，有硕士以上学位者占60％。
值得注意的是，关于海基会工作人员的政治倾向，台湾有人说，海基会人员的政党属性，可以用“三党不过半”来形容，并非国民党色彩或统派色彩鲜明的一个组织。
基金会嘛，当然要有钱才能真正搭起架子来。但海基会成立前后，却一直受到资金问题的困扰。