综合局负责承办海峡两岸关系协会的日常工作。负责并协调有关部门与台湾当局授权的团体和人士进行协商谈判；负责并归口管理与台湾海峡交流基金会的联系事宜；协调指导有关部门和地方处理涉台突发事件和两岸双向遣返及有关问题；按照《海协会章程》，开展与岛内、海外团体和人士的联系与合作。管理台属及台胞捐赠工作。研究局负责研究台海形势和两岸关系中的重大问题，研拟相关政策和提出工作建议，指导并协调中央有关部门和地方的对台调研工作。新闻局负责涉台新闻工作的组织、指导、管理、协调；负责台湾记者来大陆采访及两岸新闻交流合作的管理规划；负责指导各地、各部门的涉台教育工作；承办国务院台办新闻发布工作。
经济局负责管理和协调两岸“三通”事务；统筹协调和指导对台经济工作；研究协调对台商投资和赴台投资的政策；会同有关部门研究、草拟对台经济、贸易、金融、科技等方面的法律、法规、政策，并负责协调和检查落实；会同有关部门和地方协调对台重要经贸项目和活动；指导、管理台资企业协会，负责对台资企业的政策指导及服务工作。港澳涉台事务局负责协同有关部门处理香港特别行政区、澳门特别行政区涉台工作中有关事务。
交流局负责组织、指导、管理、协调两岸文化、教育、科技、影视、出版、体育、卫生、社科、民政、民族、宗教、民间信仰、工会、青年、妇女、基层民众等交流事宜；研究两岸人员往来有关政策。联络局负责对台有关政党和团体等联络工作，承担台湾重要团组和人士来访等接待安排工作，指导并协调中央有关部门和地方台办的对台联络工作。
法规局负责研拟涉台法律政策，研拟审核涉台法律法规，研究台湾地区涉及两岸关系法制动态，指导协调涉台法律事务，审批管理两岸法律交流事项，办理本部门依法行政事宜。
投诉协调局负责协调处理重大、复杂的台湾同胞投诉案件；指导检查各地台办的台胞投诉案件的处理；组织各地台办投诉协调工作经验和信息交流，通报台湾同胞投诉案件处理情况；负责台胞、台属来信来访及涉台维稳工作；承担国共两党有关机构保护台商合法权益工作平台的联系、服务工作；承担台商权益保障工作联席会议办公室工作职责。
政党局负责开展对台湾政党、政治团体的研究；承办党际交流平台相关事宜；协调、指导与台湾主要政党和重要政治团体的交流。人事局负责机关党的思想、组织、作风建设和纪律检查工作，领导机关精神文明建设，以及工、青、妇等工作。机关人员的考核、任免、调配、劳资和所属事业单位的机构、人员编制工作；承办机关人员因公出国、出境的报批、政治审查、护照、签证工作以及外派干部的管理工作；了解掌握各地区、各部门台办主要干部的情况；组织指导本办及全国对台工作系统干部的培训、教育工作。离退休干部工作等。
另外还有8个直属事业单位，包括机关服务中心、机关信息中心、海峡经济科技合作中心、海峡两岸出版交流中心、海峡两岸关系研究中心、九洲文化传播中心、全国对台干部培训中心、两岸关系杂志社。
在国务院有关部门和各省、自治区、直辖市人民政府，还设有台湾事务办公室，是本部门、本地区主管对台工作的办事机构。这些机构的主要职责是：在部门和省、自治区、直辖市党委（党组）和人民政府的领导下，贯彻执行中共中央、国务院确定的方针政策，负责组织、指导、管理、协调本部门本地区的台湾工作，完成上级党委（党组）和政府交给的涉台工作任务。
视读书为生活的海协会会长汪道涵
前上海市市长汪道涵出任海协会首任会长，并一直担任此职务至2005年12月24日仙逝。
汪道涵，原名汪导淮，1915年3月27日出生于安徽芜湖，同盟会元老汪雨相之子。祖籍安徽省嘉山县。
从汪道涵的履历看，他一生的大部分时间是与财政、经济打交道。1933年1月参加革命，同年春加入中国共产党，先后在新四军四支队、五支队工作。1940年后任淮南嘉山县县长、县委书记，淮南行署副主任，淮南津浦路东专员公署专员，淮南地委财经部部长、行署副主任。1945年后任苏皖边区政府财政厅副厅长，建设厅副厅长，华中军区、山东军区军工部部长、政委，胶东区行署代主任，安徽省财办主任。新中国成立后，历任浙江省杭州市财经部部长、浙江省财政厅厅长、浙江省商业厅厅长、华东区工业部部长等。1952年上调中央，先后担任第一机械工业部副部长、对外经济联络委员会第一副主任、国家进出口管理委员会副主任、外国投资管理委员会副主任。
1980年10月，汪道涵回到地方，接替彭冲任中共上海市委书记、代理市长，1981年4月当选当上海市长，1983年再次连任，直到1985年6月后江泽民接任为止。
关于大上海的市长，这里有几组有趣的数字：如果从1949年上海解放，中国共产党的第一位上海市市长陈毅算起，汪道涵是第五任上海市市长。如果从1927年有上海建市级建制并设第一任上海市市长算起，汪道涵则是第14任上海市市长，到目前为止上海市共有过20位市长；在历任上海市市长中，有12位曾取得大学以上的文凭，包括外国大学文凭，他们分别是：国民党政府时期的张群、吴铁城、吴国桢、赵祖康，新中国成立后的陈毅、汪道涵、江泽民、朱镕基、黄菊、徐匡迪、陈良宇、韩正；在这12位受过高等教育的市长中，有两位有博士学位，一位是国民政府的吴国桢，一位就是汪道涵。有意思的是，这两位博士中，吴国桢是历任上海市市长中最年轻的，走马上任时，才42岁。而汪道涵则是最年长的，上任时年龄为65岁。
汪道涵是公认的学者型的干部，中国共产党高级干部中的大才子。他天资聪颖，在各级学校读书总是名列前茅。在上海交通大学时代，他是该校的高才生。
抓紧点滴时间，如饥似渴地读书，是伴随汪道涵一生的爱好，或者可以称之为嗜好。笔者曾经有幸数次近距离接触到汪老，当时最强烈的感受之一是他身上自然洋溢出的非同寻常的大家风范和醇香浓重的书卷气质。汪道涵有句名言：“读书就是生活。”他曾经在中央和地方担任过一系列重要职务，工作十分繁忙，可谓日理万机，即便如此，他还是见缝插针，博览群书。他喜欢买书、藏书，在各机关家属院，汪道涵的藏书量常常是名列前茅。他涉猎的范围很广，政治、经济、外交、安全，直至文学评论、历史专着、名人传略、音乐美术、科技专着等等，古今中外，各行各业，尽入囊中。逛书店，是汪道涵最喜欢的“运动”。汪道涵在上海工作期间，市政府周围有七八家书店，营业员们经常可见到堂堂的市长来买书。据营业员们讲，看着他在林林总总的书架间搜寻图书的样子、那股认真劲，不熟悉他身份的人，准以为是哪个名牌大学的老教授来了。细心的营业员还发现，汪老买书时，常常一种书要买好几本。了解他的人知道，他买书不仅自己看，还会推荐给好朋友看。汪老喜欢与学者联系交往、与读书人交流探讨、参加各种学术和研究活动，在他的通讯录里，读书人占了相当大的比重。
学者风度，务实性格，待人随和，这是海内外媒体对汪道涵的一致评价。
汪道涵卸任上海市市长后，一度挂着上海市府顾问的头衔，但他的大部分精力投身于学术界和民间活动。他受聘任北京大学、复旦大学、同济大学经济系教授，1984年，美国塔夫茨大学授予他名誉博士学位。有位美国资深记者因此由衷地感叹：“汪道涵卸任后，除应聘到复旦大学任经济系教授外，还应聘到美国塔夫茨大学讲学，可谓开一代新风。他本身是个专家，又做了5年多市长，胸有盘棋，且手中有数字，非常有条理。”
汪道涵读书，向来是理论联系实际，学以致用。比如担任上海市市长期间，他以渊博的经济学学识，为发展上海经济，恢复昔日国际贸易商业中心的作用，作出了卓越的贡献。1992年初邓小平同志南方谈话时，曾不无感慨地说过，如果当年早一点开放上海，上海的发展就更快了。而如果当初真的同时给上海以与深圳、珠海、汕头、厦门四大经济特区同样的政策，恰恰赶上头班车的汪道涵，正好可以利用自己的这个优势，更加放手地大干一番，他的人生或许会写出另外的篇章。
历史本来就是有遗憾的，人生需要机遇。但是机缘总是降临有准备的头脑，怨天尤人从来不是真正有大作为的历史人物秉承的人生观。
1991年12月16日海峡两岸关系协会在京成立，德高望重的汪老在退休六年半后，被选举为会长，重新踏上历史的前台，从此与台湾问题深度结缘。不久后的12月28日，上海成立的台湾研究会，他又被一致推举为名誉会长。
有高尚的爱好，才有高尚的情趣、高尚的生活、高尚的人格魅力。汪老八九十岁时，眼不花，背不驼，腰板硬朗，红光满面，身体健康。这与他孜孜不倦的研读习惯，健康充实的生活，乐观豁达的心胸，是直接相关的。沉溺于声色犬马的人，不会有这样的人生。汪老高尚的情操，对时下的官场文化，应当有莫大的启迪。
海基会成立内幕
回头我们再说说海基会的事。
台湾海基会的成立及其发展、运作，决不像海协会那么一帆风顺。
台湾当局建立海基会的初衷，是为了在“不接触、不谈判、不妥协”的“三不政策”，与不得不与大陆方面交往这两个互相矛盾的诉求之间寻求突破的结果。因为既要有官方意义上的交往，又要不违反”“三不政策”，成立一个名为民间，实为官方的机构，不就解决了吗？
中国人最懂得迂回之道，以迂为直，这就是智慧。
据说，早在1990年初李焕当“行政院长”时，就已构想筹组一个民间中介团体来执行两岸交往中涉及公权力的事务，也就是赋予这个单位“双重角色”：对内是准行政机关，对外则是以民间团体的身份与大陆方面打交道。
当时负责督导此事的是“行政院大陆工作会报”，它是一个任务编组单位，时任“行政院副院长”施启扬、“研考会主委”马英九，都是这个单位的重量级人士。
1990年6月1日，“国防部长”郝伯村出将入相，接替李焕担任“行政院长”。郝伯村非常重视发展两岸关系，上任后迅速将这个构想化为行动。
郝柏村，1919年8月8日出生于江苏盐城郝荣庄。6岁起在本庄净土庵读私塾三年，后又到尚庄小学和盐城县立第二小学念书。13岁小学毕业后考取盐城中学初中。1935年考取常州中学高中部，因家境贫寒而放弃，遂报考不需缴费的黄埔军校，并被录取为第12期炮科学员。毕业后到湖南宁陵炮兵学校学习由苏联援助的火炮。1940年任国军炮兵14团5连代理连长。1944年到陆军大学第20期学习，毕业后任炮兵14团参谋主任、陆军196师参谋长等职。1949年4月解放军发起渡江战役前夕，郝柏村离开部队跑到重庆，在永川中学当了半年教员，后到香港，1950年春辗转来到台湾。乘军队混乱之际重新入伍，在炮兵学校任教员、总教官。1954年，被送到陆军大学将官短训班培训一年，结业后，被分到第三炮兵指挥部任上校指挥官。1958年8月升任第九师少将师长兼战地指挥官，驻小金门。后又被送到“三军联合参谋大学”将官班、美国陆军参谋大学深造。1963年回台后，先后任陆军第3军副军长、金门防卫部副司令、“总统府”的侍卫长、参谋总长、“国防部长”。1990年退伍，任“行政院长”兼国民党宪政改革策划小组副召集人、“国家统一委员会”副主任委员。
任“行政院长”后，郝柏村指定时任台湾红十字总会秘书长、理律法律事务所执行合伙人陈长文，组织筹备专司海峡两岸交流的民间团体，并任筹备组实际负责人。
陈长文，1944年出生，福建省福州市人。幼年时去台湾，眷村子弟。1967年台湾大学法律系毕业、1969年获加拿大英属哥伦比亚大学法学硕士、1970年和1972年分获美国哈佛大学法学硕士、博士学位。回台后参与创办理律法律事务所，后为总负责人，在其领导下，业务迅速扩张。后为台湾“国防部”聘为律师，赴荷兰采购潜艇，得到参谋总长郝柏村的赏识，升任“国防部”法律总顾问，后并获“四等云麾勋章”。1985年任“行政院”经济革新委员会委员。1988年任国际红十字会台湾分会秘书长。还兼任“行政院”顾问，“中央银行”及“国防部”法律总顾问，“外交部”法律顾问，东吴大学、政治大学法学教授，航空事业发展基金会董事。1990年4月被聘为“国是会议”筹备委员、主席团主席。
在长达半年的筹备期间，“行政院大陆工作会报”多次开会，与陈长文及相关单位不断进行意见交换。海基会的整个筹备过程，都是在“大陆工作会报”的严密控制下进行的。
成立这样一个民间机构，必须获得大陆方面的默契，这是不言而喻的。
应中国红十字会的要求，陈长文于1990年7月22日赴大陆进行为期6天的访问，访问的地点包括北京、上海、福州、厦门。