而值得指出的是，就在“闽平渔5202”号惨案发生不到一周后的1990年8月19日，包括台湾“中华工程公司”员工眷属在内的167名台湾通报，在中华人民共和国驻科威特大使馆的协助下，持中华人民共和国护照，安全离开战火中的科威特，8月20日到达约旦首都安曼。
同样是对待自己的同胞，态度对比鲜明，功过是非分明，有良心的人不难分辨。
此后，台湾岛内主流媒体连续以大量篇幅发表报道和评论，要求台湾当局切实负起责任，查明真相、赔偿抚恤，以告慰逝者，告慰同胞；不能罔顾生命、残害同胞。
为避免再次出现死伤悲剧，切实解决私渡人员的遣返问题，早在“闽平渔5540”惨案发生后，中国红十字总会即向台湾红十字组织建议，双方就遣返问题进行商谈。在强大的海内外舆论压力下，台湾当局态度逐步松动，对中国红十字总会的建议作出正面回应。
8月4日，大陆红十字组织将新华社福州8月3日电关于“闽平渔5540”惨案消息稿传真给台湾红十字会，指出这是一起严重违反人道主义的事件，提出请台湾红十字会帮助调查了解，并催促台湾有关方面追查肇事人员。8月6日，台湾红十字会发来传真，虽承认此案“引起此间朝野之严重关切”，但通过引述台湾报道辩称，此案“极可能是被遣返的平潭人与福州人为争取渔船所有权械斗所致”。态度比较消极。
迫于舆论压力，第二天台湾方面红十字会副秘书长常松茂代表秘书长陈长文打电话给大陆红十字会秘书长韩长林，建议今后在“台海中线”交接遣返，具体问题可在第三地研究。态度转而积极了。
8月8日，陈长文传真给韩长林：本会拟与有关单位协调，研究一套由本会参与大陆居民留置及遣返作业的方式，以昭公信，如贵会将来亦能配合派员洽借民用船只驶至“海峡中线”以西某一经双方联系之地点，接回为我方遣返之大陆船只，护送其返回大陆，当有助于人道精神之发挥、责任之厘清，避免误会之发生，还望从优考虑惠复。此后我方经海上遣返大陆居民时，本会亦可能逐批提供名单，供贵会参处。8月10日，韩长林传真给陈长文：原则同意。
看样子好事要登场了。
据大陆方面当事人回忆，即便“闽平渔5202”号惨案发生后，两岸红十字会仍频繁通话，除解释说明事件的有关情况外，也在探索见面商谈的渠道和地点。特别是地点，台湾方面一开始坚持在第三地，如日本、菲律宾等，后来提出香港也可以。但大陆方面不同意在国外进行，明确指出，谈中国人自己的问题不必跑到别人的地盘。大陆方面提出，既然台北我们去不了，福州陈先生又不能来，金门是否可行？消息传到台北后，“行政院长”郝柏村当即表示同意。当初，大陆方面提出在金门谈是为了照顾台湾方面希望保密的要求，当时金门是“战地政务区”。台湾当局的“战地政务区”对入出境管理严格，一般的台湾人进去都困难重重，与台湾本岛比较，那里比较“安静”。另有一个说法是在金门谈最早是郝柏村提出的。据陈长文回忆，当双方同意谈判时，在一个星期天，他打电话向郝柏村报告进度并提及正在考虑谈判地点问题，郝柏村问：“为什么不到金门来？”但1990年是“动员戡乱”时期，金门是战地，大陆红十字会的朋友理应多是共产党员，“在金门和共产党接触”涉及“叛乱”，是何等“危险”的事。陈长文当时追问：“院长，是真的吗？”郝柏村在电话另一头说：“为什么不可以？”他转念一想，金门机密且隐秘，确是谈判的好地方，他再问一次：“院长，您确定？”郝柏村马上回答：“当然！”
9月1日，双方正式确定商谈在金门进行。这就意味着，台湾当局首次同意大陆方面人士“合法”进入台湾地区进行谈判，而且大陆派出的代表又是兼具官方身份的人士。其中职位最高的是中国红十字总会理事乐美真，当时实际职务是国务院台办局领导。
9月11日上午7点30分，中国红十字总会秘书长韩长林等5人乘坐悬挂白底红十字旗的大吨位铁壳渔船，从厦门东渡码头出发驶向金门。10点15分抵达金门料罗湾新湖渔港外，台方派“龙祥”号交通船接驳。靠上新湖渔港码头后，受到陈长文秘书长一行热情迎接。韩长林一行下榻金宁乡“仁爱新村”招待所。当时，这个招待所刚刚建好，韩长林和陈长文一行成为第一批客人。而实际上，很多接待安排竟是金门驻军负责安排的。
据时任台军金防部司令的李祯林回忆，他在8月底就接获军方密令，称两岸将在金门会谈，一切行政支持都由金防部负责。当时上层还亲自致电指示细节，强调两岸会谈非同小可，“务必力求隐秘”。
韩长林一行到达招待所半小时后，两岸双方开始会谈，地点就在下榻地。双方就遣返对象、时间、方法、路线、核查时间、遣返船只、船只挂旗、新闻发布、商谈主体甚至使用何种年号等问题，进行协商。特别是商谈主体问题，还颇费了一番周折，最后采用大陆方面提出的“海峡两岸红十字组织”方案。
12日，正式商谈圆满结束，双方签署协议。本着切实解决问题、回避目前尚难以解决的两岸政治分歧的务实精神，就见证遣返的原则、对象和遣返程序等方面作了明确的规定。
《金门协议》内容如下：
一、遣返原则：
应确保遣返作业符合人道精神与安全便利的原则。
二、遣返对象：
（一）违反有关规定进入对方地区的居民（但因捕鱼作业遭遇紧急避风等不可抗拒因素必须暂入对方地区者，不在此列）。
（二）刑事嫌疑犯或刑事犯。
三、遣返交接地点：
双方商定为马尾──马祖（马祖──马尾），但依被遣返人员的原居地分布情况及气候、海象等因素，双方得协议另择厦门──金门（金门──厦门）。
四、遣返程序：
（一）一方应将被遣返人员的有关资料通知对方，对方应于二十日内核查答复，并按商定时间、地点遣返交接。如核查对象有疑问者，亦应通知对方，以便复查。
（二）遣返交接双方均用红十字专用船，并由民用船只在约定地点引导。遣返船、引导船均悬挂白底红十字旗（不挂其他旗帜，不使用其他的标志）
（三）遣返交接时，应由双方事先约定的代表二人，签署交接见证书。
五、其他：
双方应尽速解决有关技术问题，以期在最短期间内付诸实施。如有未尽事宜，双方得另行商定。
13日早晨，韩长林一行离开金门，返回厦门。
会谈达成协议后，才开放媒体采访。
20年后的2010年9月9日，当年代表台方主谈的台湾红十字会会长陈长文表示，《金门协议》的签署完全是本于人道关怀的精神，因此超越了政治藩篱，让两岸能在求同存异、搁置争议的情况下完成协议，不仅对日后两岸交流有了正面影响，就连马英九也大大肯定，此一协议为两岸会谈奠定了良好基础。
1990年10月8日，海峡两岸根据《金门协议》实施了第一次海上遣返作业。遣返交接地点在马祖岛的南竿塘澳口，由福建省红十字会派船前往接人。
下午2时30分，第一批55名私自渡海入台的大陆居民从马祖回到福州市马尾港。
交接作业一切顺利。
此后，交接遣返工作不定期地延续了下来。
自1979年大陆方面调整对台政策，大力推进两岸和平统一进程以来，两岸关系面貌为之一新。尽管期间曲折和斗争不断，但向好的大方向难以逆转。特别是海峡两岸各项交流迅速扩大，极大地促进了两岸人民的相互了解和情感融合。据统计，从1987年台湾当局开放赴大陆探亲，到1991年短短3年间，300多万人次台湾同胞到大陆探亲、访问。大陆同胞到台湾地区探病、奔丧、访问等的人数也近1万人。两岸转口贸易从零开始，1989年达到近35亿美元，1990年飙升至40.3亿美元。
但是，随着交流交往的增多，新情况新问题新挑战也接踵而来，海峡两岸各项民间交流的不断扩展，使得双方增进了彼此间的了解，并促进了两岸关系的发展。然而，同时交流交往也衍生出了一些问题，间接贸易、法律诉讼、海峡走私、罪犯潜逃、民间纠纷等等，层出不穷。如何通过沟通两岸的机制化渠道，有效处理这些问题，确保两岸同胞的利益，为两岸关系顺利发展奠定更坚实的基础，成为摆在两岸人民面前十分迫切的要求。
于是，海峡两岸两会应运而生。