坚持“中华民国法统”。蒋介石当局诬蔑中共是“叛乱团体”、中华人民共和国是“伪政权”，就是为了论证“中华民国法统”与台湾当局的合法性。其反复声称，“中华民国宪法是全国国民选举的代表所制订的，中华民国政府是依这部宪法而产生的，只有中华民国政府才是代表全国国民的唯一合法政府”。蒋介石直到晚年还在宣称，“毛共匪帮是中华民国的一个叛乱集团……目前大陆虽为毛共匪帮所盘踞，但以台澎金马为基地的中华民国政府，乃是大陆七亿中国人民真正代表”。根据这些反共理念，蒋介石当局在美国的庇护和扶植下，继续占据中国在联合国中的代表席位长达22年之久，以此作为拥有“中华民国法统”的依据。在对外关系上，与大陆围绕“谁代表中国”问题展开激烈较量，极力与新中国争夺对外代表权。在两岸关系上，封锁海峡，坚持“反共复国”。对内部事务上，修订“戡乱时期临时条款”，为“违宪”的专制统治寻找“法统依据”。在体制上，延续和照搬南京政府结构，在维持第一届“行宪国民大会”形成的政权和人事安排基础上，欺世盗名，假民主真专制，违反任期制规定，蒋介石成为“终身总统”，“立法院”、“监察院”、“国民大会”的“中央民意代表”成为“终身代表、万年代表”，从体制和形式上延续“中华民国”。
蒋介石当局通过专制统治，坚持“中华民国法统”，通过政治强制、反共宣传和思想控制，也包括发展经济和开放县级以下民主选举等措施，对维系和促进“一个中国认同”确实起到了一定程度的作用。问题是蒋介石当局在内战状态结束之前、在国家统一前的政治安排没有达成之前，在对外代表权和对内治理权大部丧失的情况下，坚持“中华民国法统”就是搞“两个中国”，干扰了台湾的“一个中国认同”，是台湾“国家认同”出现多元化的根子所在。
第三节台湾“国家认同”的变化因素
根据“国家认同”的组成要素看，包括“同一、确认和差异”三部分。原先在“同一、同等”的民族、文化体系（国家）内部生活的社会群体，“确认”自己作为这一民族、文化体系（国家）成员的“身份”，也就是形成对这一民族、文化体系（国家）和身份的认同。这一认同能否长期存在和发生作用，则要看长期生活在一起的民族、文化和社会群体内部是否出现过分离，出现分离后形成的“差异”如何，这一“差异”是否发展到否定“同一环境、身份认同和政治归属”的程度。在台湾问题上，具体地说，台湾同胞在“共同的历史、经验和集体记忆”的基础上，通过主观判断，自己来“确认身份”决定“政治归属”。这一认同的形成时间、方式及变化，取决于事实上的“差异”程度和宣传上的“差异”程度。台湾“国家认同”出现变化，两岸“差异”的存在是原因之一。两岸“差异”的存在和扩大，是因为内战遗留下来的两岸分离状况的出现。也就是说，两岸现阶段存在的“差异”，与台湾“国家认同”变化有着因果关系。
一、两岸分离的形成
两岸分离的出现，是因为台湾问题；台湾问题的出现，是因为国民党蒋介石当局在抗日战争胜利后挑起的全面内战，源于美国为首的西方一些政治势力在冷战时期的反华政策；蒋介石当局的撤台，是因为台湾便于偏安；正是因为国民党当局在台湾的发展和拒绝与大陆谈判，导致两岸分离至今已经60多年。因此客观地说，两岸暂时分离的源起和责任是在蒋介石当局挑起的全面内战。
在与中共进行最后的决战前夕，蒋介石当局预感到失败为时不远，决定撤往台湾。之所以把台湾作为“反共救国的复兴基地”，是因为台湾的优越之处：台湾的热带和亚热带的气候，适合动植物的生存，全岛农作物和植物资源丰富，土地利用率高，其生产能力和粮食产量，基本可满足去台人员的需要；台岛有海峡之险，军事上便于防守，并位于太平洋西缘，扼太平洋西航道之中，取美国远东防线南北呼应之势，只要固守台湾，美国不会坐视不救；台岛内部交通便利，工业有日本殖民者留下的基础，经济有发展的便利。事后也证明，决定撤到台湾，不失为蒋介石当局的明智之举。
从1948年底起，蒋介石当局开始经营台湾的工作。组织上考虑到台湾将成为国民党的政治、军事中心以及唯一可能生存的省区，安排整个国民党政权撤往台湾是一项巨大的工程，再加上撤退逃亡过程中需要的危机处理能力，蒋介石委任亲信陈诚为“台湾省主席兼警备司令”，委任长子蒋经国为国民党台湾省党部主任委员。两人上任后宣布“戒严”，实施“铁腕统治”，基本控制混乱不堪的撤台局面。经济上考虑到去台初期面临的物资巨缺的处境，必须尽可能地抢运各类物资。其中，仅在蒋经国过问下，抢运走的中央银行金库的库存就有黄金90吨左右、银洋1500万元、美钞1.5亿元。在抢运物资风潮中，仅在解放上海期间，在蒋经国、汤恩伯等人安排下，从淞沪地区就运走了1500多船各类物资。从大陆抢运走的物资，成为国民党去台初期得以生存的主要物资来源。军事上考虑充实台湾防卫力量，台湾原是新兵训练和后备兵员的基地，随着台湾作为“复兴基地”的新使命，由蒋介石、陈诚和蒋经国亲自安排台湾兵力的调整，先后把装甲兵、空军、海军和各特种兵部，以及在大陆各战场被打败后的余部运到台湾，台湾地区成为国民党军事史上部署兵力最密集的省区之一。管理上考虑到赴台人员的复杂性，于1949年3月1日起实施“台湾省入境军公教人员及旅客暂行办法”，开始办理“入境证”。5月20日宣布“戒严”，规定除基隆、高雄、马公三港在“警备司令部”的监护下，继续对大陆来台人员开放外，其余各港口一律封闭。严格控制入台人员，确保历经大失败后的国民党当局的政治、军事安全。
与抗战初期的国民政府西迁大后方不一样，此次蒋介石当局搬走了一个被打败后的残余政府。“总统府”、“五院”和部委办人事，与1949年1月蒋介石下野时、4月南京政府撤离南京前往广州时变化很大。军事上大陆时期的兵团、军、绥靖公署、绥靖区等军事单位，几乎都在台湾打出各自的番号，有官无兵，有名无实，充斥台湾街头。省政府只剩下台湾省、福建省（金门、马祖等岛屿）、浙江省（舟山群岛、大陈岛等）。人口由1946年610万人，到1950年增到790万，60万军队及许多未报户口的人尚未计算在内。台湾岛内上增加了一个被推翻的“中华民国政府”。
“搬家”告一段落，蒋介石当局通过大检讨大整肃大改造，开始与大陆对抗、偏安台湾的各项建设工作。坚持“中华民国法统”，政治上实行专制统治，经济上依靠美援逐渐恢复，军事上调整对大陆作战部署，社会上采取高压政策和白色恐怖，对大陆策划“反共复国”，对国际推行“法统外交”，很快度过大失败的危机，进入恢复发展阶段。由于能够吸取在大陆大失败的教训，蒋介石当局得以成功撤往台湾和重新开张，开始与大陆的抗衡。两岸分离形成，给中国发展带来巨大影响的台湾问题日趋复杂化。其中问题之一是两岸“差异”的出现和加深。
二、发展道路的不同
由于蒋介石当局撤退和固守台湾，大陆和台湾隔海对峙局面的形成，国共两党多年的恩怨情仇继续延续到两岸对立上，两岸走上不同发展道路。大陆在创立、发展、完善中国特色的社会主义道路，台湾在度过大失败带来的大危机之后，继续延续大陆的资本主义道路。在冷战格局中，两岸的对立没有调和的余地，通过战争结束内战、中国走同一条道路、整体发展已经成为不可能。
两岸不可能走同一发展道路。鸦片战争以后，中国逐步成为半殖民地半封建社会，列强对中国的侵略步步进逼，封建统治日益腐败，祖国山河破碎、战乱不已，人民饥寒交迫、备受摧残。救亡图存的民族使命迫在眉睫。争取民族独立、人民解放，实现国家富强、人民富裕，成为中国志士仁人必须完成的历史任务。要解决中国发展进步问题，必须找到能够指导中国人民进行反帝反封建革命的先进理论，必须找到能够领导中国社会变革的先进社会力量。中国共产党应运而生，作为近现代中国历史发展的必然产物，是中国人民在救亡图存斗争中顽强求索的必然结果。国民党蒋介石当局战胜北洋军阀和地方实力派，首先获得进行中国社会改革尝试的机遇。问题是当蒋介石当局基本统一中国后，他的政治立场、基本路线和施政方针都出现了与人民大众的意愿背道而驰的态势，最后理所当然被中国共产党领导的人民革命力量所推翻。中共在带领中国人民取得革命胜利之后，必然抛弃蒋介石和南京政府所走的半殖民地半封建之路，寻找一条中国特色的发展道路。
大陆必须建立新的政治制度。台湾问题作为“上个世纪40年代中后期中国内战遗留并延续的政治对立”，这种“政治对立”集中体现在政治制度的不同上。新中国成立后，逐步建立和完善了适应中国国情的政治制度，包括“中国特色的社会主义制度，是当代中国发展进步的根本制度保障，集中体现了中国特色社会主义的特点和优势。我们推进社会主义制度自我完善和发展，在经济、政治、文化、社会等各个领域形成一整套相互衔接、相互联系的制度体系。人民代表大会制度这一根本政治制度，中国共产党领导的多党合作和政治协商制度、民族区域自治制度以及基层群众自治制度等构成的基本政治制度，中国特色社会主义法律体系，公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度，以及建立在根本政治制度、基本政治制度、基本经济制度基础上的经济体制、政治体制、文化体制、社会体制等各项具体制度。”中国特色社会主义制度是中国共产党运用马克思主义原理，结合中国国情和实践，创造出来的一种全新的社会政治制度，这一制度还在继续发展和完善中。最为关键的是，中国特色社会主义制度与台湾的政治制度的性质、程序、方式和过程都有不同。
经济发展方式不同。新中国成立后，十分重视经济的发展，按照社会主义计划经济的要求，实行优先发展重工业、重点发展轻工业、全面发展农业的发展方针。当然，在经济建设上走过一段弯路，经济发展受到“阶级斗争为纲”、“宁要社会主义的草，不要资本主义的苗”等“极左思潮”的影响。中共十一届三中全会开始了改革开放的伟大进程，30多年来，坚持“发展是硬道理”的战略思想，牢牢抓住经济建设这个中心，推动社会生产力以前所未有的速度发展起来，中国的综合国力、人民生活水平和国际地位大幅度提升。当然，发展仍然是解决中国所有问题的关键，需要牢牢抓住和用好战略机遇期，继续赢得主动、赢得优势和赢得未来，聚精会神搞建设、一心一意谋发展，不断夯实坚持和发展中国特色社会主义的物质基础。从两岸关系形成之时起，台湾也开始了经济发展的新历程，实行垄断经济与市场经济相结合的方针，根据恢复、发展和起飞过程的不同要求，依靠美国经济援助，完成土地改革，发展中小企业，发展加工工业和贸易，经济也取得令其自豪的成绩。经过几十年的努力，大陆坚持中国特色社会主义，台湾坚持中国特色资本主义，都达到了发展经济的目标。
总之，从1949年10月开始，大陆开始走上中国特色社会主义之路，台湾开始走上中国特色资本主义之路。因为两岸所走的两条道路的方向不同，随着时间的推移和两岸各自的发展，在相当长的阶段中，“差异”出现并不断加深。结合两岸关系发展阶段看，和平发展阶段前期还是两岸“差异”的了解和理解期，只有进入和平发展阶段后期，即政治谈判期以后，两岸“差异”才会进入尊重、包容和认同阶段，不再成为台湾“国家认同”的负面影响因素，那时两岸关系也将进入和平统一准备阶段。
三、双方“差异”的出现
60多年来，两岸的发展道路、政治体制、意识形态和经济模式不同，必然带来“差异”的存在。长期以来，尤其是在国民党专制统治的40年间、“台独执政”的20年间，台湾当局的选择性宣传、台湾一些媒体的选择性报道、台湾一些人的选择性结论，导致两岸“差异”的出现和加深，影响越来越大。两岸的“差异”和发展的“差距”，在两岸关系形成之初就存在。随着两岸各自的发展，“差距”在缩小，甚至在很多领域大陆已经处于领先地位。在“差异”方面，有些“差异”在加深，如台湾一些人对于大陆政治制度、和平统一的认识；有的“差异”在淡化，如大陆在经济发展速度和生活质量方面的提升，有效减少了两岸在经济模式和发展道路上的“差异”；有些“差异”在变化，如以互称“毛匪”与“蒋匪”为象征的政治敌对概念越来越少。但由于政治对立没有解决，双方各自的政治路线和意识形态依然存在。