当今台湾的决策系统究竟是怎样的？我们先从“体制内”的机构进行考察；中常会 国民党党章规定，“中央委员会全体会议闭会期间，由中央常务委员会执行职务，并对其负责”。中常会执行全代会的决议，讨论及处理党务与政治事项，但实际上，中常会从来没有真正成为决策核心。蒋氏父子时代如此，李登辉时代也是如此。就以这次“国发会”为例，12月18日，星期三，中常会开会，主要是听取妇工会的报告，没有讨论“国发会”问题。当天晚上，李登辉召开党内高层会议，而不是中常会，讨论党对宪政改革的“基本立场”。12月20日，召开党籍“国发会代表会议”进行讨论，中常会始终没有参与，甚至连“修宪”条文资料都没有发给他们。因此，对于这个“基本立场”，“国民党内也出现了相当严重的歧异，几位重量级党内人士都表达了强烈的质疑”。由此可见，中常会对重大决策已经不能起什么作用了。
“七人决策小组”与“五人决策小组”由于党内有人认为决策不民主，李登辉就在1990年5月，设立了“七人决策小组”，成员是李登辉、李元簇、郝柏村、宋楚瑜、蒋彦士、林洋港、邱创焕。后来又有“九人修宪咨询小组”，但是“都在政局变化中不了了之，没有下文”。1992年4月，又成立“五人决策小组”，成员是李登辉、李元簇、郝柏村、蒋彦士、宋楚瑜，徐立德、王昭明列席。这个小组也没有起到决策作用。据郝柏村说，这个小组只是“单向的”，就是只由“行政院”提出报告，“党部从来不把他们打算怎么做提出来”。“事后有人分析，党政决策非法制化，正是李总统可以运用的空间，他并不愿见它制度化”。这样，由李登辉亲自指定和组织的决策机构，也只是一种摆设，并不起决策作用。
“党政高层人士”从“副总统”、党的副主席、“行政院长”、“立法院长”到其他高官，不妨做一番考察，看看他们在决策中有什么作用。
李元簇，身兼“副总统”和党的副主席。1992年2月，李元簇作为“宪政改革策划小组”的召集人报告了小组的决定：“总统”选举采用“委任直选”方式。李登辉不同意只提一个方案，主张把“委选”和“直选”两案并陈，交由中常会决定。结果中常会上意见仍然不同，又采取两案并陈的办法，交由国民党十三届三中全会决定。这时，李元簇对李登辉突然主张“直选”也感到“唐突”。可见，贵为“副总统”、由李登辉亲自指定为“修宪”小组召集人，经过多方努力，研究出的结论，都还无法得到决策者的采纳，对其他问题就更没有参与决策的可能了。李元簇“因无法确实掌握李登辉的意向，在权力的波澜中再度成为‘没有声音的人’”。至于不担任“副总统”以后，李元簇作为党的副主席，更是远离了决策核心。
郝柏村，在担任“行政院长”期间，也没有进入决策核心，他自己说，有许多决策，甚至是有关行政方面的决策，他并不知情。例如，“他（李登辉）更认为，外交、军事和大陆政策等的主导权，应掌握在总统手上”。这种看法李登辉对外国记者说了，可是郝却没有听说过；李要“国防部长”陈履安担任“监察院长”，事先没有同郝提起；“财政部长”王建煊受到“总统”直接的批评，事先“行政院长”也不知道；1992年，李试图叫人安排他访问美国和日本，“外交部”“行政院”都不知道；诸如此类的“李总统（李主席）的独自裁决”，郝柏村有特别的切身体验。所以，即使在“肝胆相照”时期，郝柏村也没有参与决策核心。后来当了党的副主席，更与决策无缘了。
林洋港、邱创焕、俞国华，都担任过或正在担任党的副主席，他们基本上没有参与重大决策。
吴伯雄，党中央秘书长，在这次“国发会”中充当的角色也令人觉得有些异常。当然，“国发会”是“总统府”主办的，党中央不是主角。但是六年前的“国是会议”，同样是“总统”做东，而当时被赋予“总绾国是会议谈判全权”的则是党的秘书长宋楚瑜。这一次则由不是秘书长的萧万长，坐上了总管的宝座。作为秘书长的吴伯雄则被“冷”在一旁。似乎重大决策也没有他的份。
在这次“国发会”的过程中，几位也算国民党内的“高层人士”同样受到冷落。
宋楚瑜，国民党中常委、“台湾省长”。有关废省、冻省的问题，早已引起社会上的议论，“中央”有关部门也已在拟订办法。“省府”认为那是“黑箱作业”，缺乏民意基础。到了做出冻省的决定以后，李登辉才打电话给宋楚瑜，告诉他这个决定。在开“国发会”时，把宋安排在两岸关系组，而不参加有关废省或冻省的讨论，宋只好报到而不出席。“事前没人通知，事后不准讨论”。“国发会”后，实质上已经作出冻省的决定，宋楚瑜表示作为“省长”，“不能洞察于先，又不能说服善处于后，情何以堪”，请求辞去“省长”和中常委。这位“高层”在涉及自己的职务的问题上都被剥夺了发言权，更谈不上决策权了。
刘松藩，“立法院长”、国民党中常委。他是在党的“基本立场”已经定案后才知“立法权”有什么增减。在开会前夕，从党内座谈的学者报告中，他才知道“总统”选举采相对多数制。于是他提出应当采取“二轮投票”的绝对多数制。这时李登辉才听到刘的意见，提出要“再行研究”。可见刘松藩一直到这次会上才有发表意见的机会，在党的“基本立场”的决策过程中，刘也被排除在外。
钱复，“国大议长”、中常委。钱复事先不知道“国大代表”改为政党比例制产生。不但李登辉没有和他谈过，就连萧万长也没有谈过。党的“基本立场”也没有向他征询意见。他所获知的“共识”比民进党人还晚。他和“监察院长”省长一样，都是“国发会”上被谈论的主要对象，可是决策者却把他们晾在一边，这使得钱复感到不是滋味，借口度假，到泰国散心去了。
党的副主席、“行政院长”连战，中常委、“立法委员”萧万长可能参与了部分决策，但是，有人指出，“不管是修宪策划小组、咨询顾问小组，还是连战、萧万长，也都没有什么决策权，更何况是国民党的中常会”。“连战与萧万长两个人在“修宪”案中所扮演的，都不具有决策功能，只能说是个执行官；真正的决策功能，还是掌握在李登辉手里”。
以上用的是“排除法”，中常会、七人或五人“决策小组”、党政高层的多数人，都已经排除在决策核心之外，也就是说，“体制内”的相关机构并不起决策作用，换句话说，党政的“集体决策”也已被排除。那么，只能从“体制外”决策和“单一首长决策”的方向进行探讨了。
李登辉上台以后，总感到原有的党政系统有许多麻烦，用起来并不得心应手。为此，他采取两种办法：一是“另起炉灶”，自己建立一个体制外的不公开的决策系统，它主要由李登辉本人和他的智囊所组成。李“相信体制外的和尚会念经，他的私人亲信智囊，这几年来一直在幕后享有很高的决策地位”。智囊的组成也不是固定的，有政治方面的智囊，也有经济方面或其他方面的智囊。智囊是由李登辉本人物色的，研究什么问题也是由李登辉决定的。一般认为，政大“国关中心”、张荣发的“国策中心”、“中华经济研究院”、台湾经济研究院以及“国安会”等，在不同时期、不同问题上都充当过智囊的角色。当然其中有一些重要人物，是经常性的咨询对象。据台湾有关报刊报道，在“国发会”前提出的党的“基本立场”完全是由少数学者（智囊）提出的；“改良式双首长混合制”是由以田弘茂为首的“国策中心”以及蔡政文等智囊所提出的；“以大陆为腹地”的“重新检讨”则是由张荣丰或某位大企业家提出的建议。
除了智囊以外，根据不同情况和不同问题，也会吸收个别亲信官员和个别亲近的大企业家，据说还有个别日本人也参与决策，不同时期参与的人员有很大不同。宋楚瑜、许水德、刘松藩、吴伯雄等等都参与过决策，不过过去的亲信现在已经不亲了，而且在不少问题上连亲信也不得参与。所以，台湾报刊指出，“宪政规划案一直在李登辉和少数学者脑袋里，党内政治人物也不过是最后谈判妥协、附和、反弹这些拉锯战中的角色罢了”。李登辉依赖私人智囊设计决策，相信体制外的决策。“有权位的人没有决策权力，而无权位的人却可以左右决策”，以致决策过程相当粗糙，造成不少伤害和摩擦。
二是“以外压内”，利用“体制外”的力量为自己的决策“背书”，并且借口“民意”压制“体制内”的不同意见。这主要是通过不定期的、非正式的会议，如“国是会议”“国发会”，或对少数人的“征询”，选取自己可以接纳的意见，做出决策；而对任何人提出的不能采纳的要求，也可以经过此类会议给予否定。1990年开的“国是会议”就是利用“体制外”的力量排除“体制内”的阻力的一次“超体制”的会议，也是李登辉“运用民进党，制衡国民党抵挡改革潮流的保守势力”的一个表现。民进党人也看出了这一点，陈芳明指出：李登辉希望“透过国是会议所发表出来的社会舆论来向党内施压”，“以社会压力向党内争取权力，无疑是国是会议的最大作用”。这次会议制造了“修宪”、逼退“资深民代”、“总统直接民选”“混合制”等方面的舆论，对此台湾当局都可以做出有利于自己的解释。
1996年底召开的“国发会”，也是要让“在野党”和其他人为当局想做又受到阻力的政策“背书”，“双首长制”、“总统”扩权、冻省废省等等，在“体制内”受到抵制，就诉之于“体制外”。当然，为此也不得不拿出一点东西进行利益交换。
由此可见，台湾当局现行的决策系统已经不在体制之内，而是以体制外的决策取代体制内的决策；以个人决策取代集体决策。所谓体制外决策，指的是抛开体制内的决策机构，另搞一套；利用体制外的力量，迫使体制内（包括党内、“政府”内）接受原本处于少数派、至少是分歧的意见，甚至接受反对党的意见。所谓个人决策，是指体制内的领导机构和高级官员基本上没有参与决策。这种个人决策的作风，已经到了相当严重的地步。不管是大政方针，还是庶务小事，他都要管，经常对“各部会”进行干预，甚至连“全民健保”这样的决策，也是在“总统官邸”做出的。有人做了这样的描写：“想到哪里就说到哪里，心情好一点就弄个宽大的政策，碰了钉子后心情恶劣，说不定就来个紧缩的政策”，“政策改变快过翻书”。
“近年来从总统直接或间接选举开始，一直到年金制、高铁案、全民健保案、南向政策案、亚太营运中心案，以至于最新的不以大陆为腹地案，没有任何一个政策是深思熟虑、经过妥当政策形成过程而成立的决策案件”。香港的一位政论家也说：“今天台湾政情很显然的是一切措置皆在李登辉一念之间，要是他认为废省有必要，非废不可，修宪也只是形式了”。这种“即兴式的决策模式”，正是“单一首长决策”的一种表现。
台湾当局之所以形成这样的决策系统，是和岛内政局、两岸关系等客观因素有关的，此外，决策者也有他的“苦衷”。不过，就现有的决策系统来看，所谓“决策民主”和“民主决策”只是一句空话而已。
决策过程
决策过程基本上分为三个步骤：（一）确定决策目标：由决策者根据当时的情况提出需要着重解决的问题；（二）设计和拟定决策备案：由幕僚作业，拟定若干方案，供决策者参考；（三）评估和选择最佳方案：决策者或决策机构组织专家对不同方案进行比较，作出评估；选出最有利、最可行的方案，做出决策。我们选取四个实例，仔细分析决策的具体过程，看看台湾当局的重大决策究竟是怎样做出来的，同时，进一步认识究竟是谁或哪些人在决策中起作用。
（一）“直接民选”
关于“总统”应当“直接民选”，还是要“委任选举”问题，在国民党与民进党之间、在国民党内部都有较大的分歧。这个问题争议很大，拖延了几年，最后做出“直接民选”的决策。
这个决策过程，有以下几个关键：在确定决策目标以后，国民党内成立了以李元簇为首的“修宪”小组，研究“直选”与“委选”的问题。可是，李登辉早在1990年“国是会议”以后，就已经接受了“直选”的观点，不过，直到当年9月，李登辉与美国《亚洲华尔街日报》记者谈话时还说：“直接选举将使人们以为总统只是由台湾人民所选出，这是一个代表性及合法性的问题”。可见当时他还不敢贸然主张“直选”。
可是，到了1991年下半年，李登辉更加积极推动“直选”，他指定专人成立“五人小组”研究“直选”方案。这是在“修宪”小组之外成立的体制外的机构，主要由本省籍的海内外法政学者参加。这说明在设计阶段，体制内的机构就已经被排除在决策之外。可是，国民党内的一些人却还蒙在鼓里，他们还以为“委选”已经得到多数人的共识。当时，“宪改”小组的施启扬、马英九等人极力宣传“委选”，国民党中央秘书长宋楚瑜也表示，“委选”得到党内最多人支持。可见，李登辉早就已经准备了两个不同的方案，而且他的主张是与国民党内多数人不同的。