从1994年开始，台湾当局逐渐放弃在“一个中国”的框架下定位大陆和台湾政治关系的立场，逐渐向“两国论”转变。1994年4月，台湾当局“外交部”在发表“参与联合国说帖”中声称：“一九四九年中国因内战再度分裂，在中国之领域内爰同时并存在有台湾之中华民国与在大陆之中华人民共和国两个对等巨无隶属关系之政治实体”，并表示“不挑战中共在联合国的席位”。该说帖中的论调俨然是数年后“两国论”的说词。1995年6月，李登辉在美国康奈尔大学发表演讲，提出“中华民国在台湾”的主张，蓄意制造“两个中国”。1995年4月，李登辉发表“李六条”，认为“民国三十八年以来，台湾与大陆分别由两个互不隶属的政治实体治理，形成了海峡两岸分裂分治的局面，也才有了国家统一问题，只有客观对待这个事实，两岸才能对于‘一个中国’的意涵，尽快获得较多共识”，似乎李登辉又回到了在“一个中国”框架下定位两岸关系的立场。但是如果仔细推敲这段话，表明李登辉不过是在“一个中国”的名义下，推动所谓“两个中国”。根据李登辉的论述，他所谓“中国统一”是有前提的，即“两岸分治的现实”。
1996年5月，李登辉又在接受美国媒体采访时，声称“统一以后才有一个中国，没有统一，这里就没有这种所谓的‘一个中国’”。由李登辉的上述言论可见，此时李登辉对大陆和台湾政治关系的定位，已经不再是在“一个中国”的框架下了。1999年7月，李登辉正式提出“两国论”，将大陆和台湾政治关系定位为“国家与国家，至少是特殊的国与国关系”。李登辉在诠释“两国论”时，认为“两国论”“从现实、法律与历史的角度，两岸关系的定位讲得更清楚，宣示的是一个主权的事实”。“两国论”对大陆和台湾政治关系定位的主要内容是：其一，“一个中国”是两岸统一以后的事情，目前大陆和台湾是“两国”，因而互不隶属；其二，大陆和台湾之间的“国与国”关系又是特殊的，不是一般的“国与国”关系，也非“内政”的中央与地方关系，而是内外有别，即“两岸在对外关系定位上为两个国家，但对内则互不称外国，也非内政关系”。
2000年陈水扁当选为台湾地区领导人后，“两国论”被改造成了更加偏向“台独”的“一边一国”论。根据陈水扁对“一边一国论”的解释，所谓“一边一国”是指“台湾是我们的国家，不是别人的一部分，不是别人的地方政府，别人的一省，台湾也不作第二个香港、澳门，因为台湾是一个主权独立的国家”。在语言体系上，陈水扁的“一边一国论”已经彻底抛弃了“中华民国”架构，他说“台湾是一个主权独立的国家，依目前宪法称为中华民国”，迸一步将“两国论”中的“中华民国在台湾”改造成“中华民国就是台湾”，将大陆定位为“中国”，中华人民共和国政府定位为“中国政府”，刻意区分中国与“台湾”，造成两岸“一边一国”的态势。
2008年马英九当选为台湾地区领导人后，“两国论”和“一边一国论”有所退潮，马英九等台湾地区领导人在尽量回避此类议题的同时，又在一些场合发表“大陆依宪法是中华民国领土”等言论。2012年3月23日，国民党荣誉主席吴伯雄在北京与胡锦涛会面，提出“一国两区”是台湾处理两岸关系的“法理基础”，两岸“不是国与国关系，而是特殊关系”。2012年3月28日，台湾地区领导人马英九在国民党中常会上对吴伯雄的上述言论迸行呼应。据台湾媒体报道，马英九提出，早在1992年“修宪”时，在“宪法增修条文”中就提到“自由地区”和“大陆地区”，“两岸人民关系条例”也都对台湾地区、大陆地区有相关规范。马英九还回顾1992年台湾当局“陆委会”主委黄昆辉的言论，提出：“我大陆政策是分为一国两区三阶段，但我方目前治权仅及于台、澎、金、马”。2012年5月20日，马英九在其第二个任期的就职典礼在再次提出“依据宪法，中华民国领土主权涵盖台湾与大陆，目前政府的统治权仅及于台、澎、金、马。换言之，二十年来两岸的宪法就是‘一个中华民国，两个地区’，历经3位总统，从未改变。”上述言论是否是暗示马英九及台湾当局将回到“一个中国”框架下，按照“一国两区”定位大陆和台湾的政治关系，值得迸一步观察。
（二）两岸政治关系定位的法制面描述
大陆和台湾的政治关系定位首先是一个政治问题，大陆和台湾的有关政策构成了政治关系定位的主要内容。因此，多数学者在评介大陆和台湾政治关系定位时，将政策面的大陆和台湾政治关系定位作为论点，而将法制面的大陆和台湾政治关系定位作为支撑论点的论据。但是，将大陆和台湾政治关系定位的法制面与政策面分开，并分别将其作单独的描述，有其重要意义：其一，早有学者指出，台湾问题是政治问题，也是法律问题，从法制面分析大陆和台湾的政治关系定位是运用法律思维迸行两岸关系研究的题中应有之义；其二，法律虽是政策的规范表述，但法律本身具有相对的稳定性，两岸关系在法制面上的发展因而通常落后于政策面，而按照两岸都认可的法治原则，只有法律上对大陆和大陆政治关系定位的规定，才是两岸官方所正式采行的政治关系定位模式，因此，分析大陆和台湾政治关系在法制面上的定位能更为直接地把握大陆和台湾的政治关系定位；其三，“台湾法理独立”是“台独”的重要形式，在“台独”分裂势力声称所谓“台湾事实独立”的情况下，法律上对大陆和台湾政治关系定位的规定，往往成为“台独”分裂势力谋求“台独”的重要目标，同样，大陆与台湾通过法律确认两岸“法理统一”的事实，也是祖国完全统一的重要形式。因此，通过对大陆和台湾政治关系定位的法制面描述，比政策面描述能更加有效地了解和掌握大陆和台湾政治关系定位的现状。
1.大陆的描述
大陆通过法律定位大陆和台湾政治关系可以追溯至1949年的《共同纲领》。根据《共同纲领》第2条，中央人民政府必须负责将人民解放迸行到底，解放中国全部领土，完成统一中国的事业。该条虽然没有明确出现“台湾”，而巨就当时的历史背景而言，该条的适用对象也不只台湾，但是，台湾显然被包括在“中国全部领土”之内，实现大陆与台湾的统一，是“统一中国的事业”的一部分。由于《共同纲领》第2条有“解放”等词语，可以说，《共同纲领》对大陆和台湾政治关系的定位是将退逃台湾的国民党当局定位为“叛乱团体”。但是，必须说明的是，《共同纲领》第2条并不是对大陆和台湾政治关系定位的直接规定，上述关于该条的分析，是运用规范分析方法所得出的结论。可以说，《共同纲领》对于大陆和台湾的政治关系定位只作了间接的规定。同样，1954年宪法和1975年宪法也没有关于大陆和台湾政治关系定位的直接规定，因而只能从关于“维护国家统一”的条款中推知此两部宪法对大陆和台湾政治关系的定位。1978年宪法是新中国第一次通过国家根本法的形式对大陆和台湾政治关系定位作出了规定。1978年宪法序言第7自然段规定：“台湾是中国的神圣领土。我们一定要解放台湾，完成统一祖国的大业。”显而易见，该规定对台湾当局的定位，尚未突破“叛乱团体”的模式。
1979年至1982年间，虽然大陆对台湾的政治定位作出了重大调整，但是1978年宪法并未通过修宪程序对第7自然段迸行修改，因此，大陆对台湾的政治定位在政策面和法制面出现了暂时的断裂。1982年宪法根据“叶九条”和“一国两制”的有关精神，分别在序言和第31条中对大陆和台湾的政治关系定位迸行了规定。根据1982年宪法序言第9自然段的规定，台湾是中华人民共和国的神圣领土的一部分，完成统一祖国的大业是包括台湾同胞在内的全中国人民的神圣职责。对比1982年宪法与1978年宪法的同一规定，“解放”一句被删除，同时增补入了关于国家和公民统一台湾义务的规定。
透过对比可以发现，1982年宪法对台湾的定位有了较大的变化，主要体现在：其一，删除“解放”一句，表明大陆对台湾当局的政治定位已经从叛乱团体转向一个更为开放的空间，但这个更为开放的空间，仍然包括将台湾当局定位为“叛乱团体”的可能，因为“完成”一词，既可能是“武力统一”，也可能是“和平统一”；其二，1982年宪法的效力及于台湾地区，台湾地区在法律上是中华人民共和国的一个“地方政府”，至多是一个“特别行政区”（还要根据全国人大常委会的特别规定）；其三，1982年宪法为“包括台湾同胞在内的全中国人民”设定了统一台湾义务，这一规定虽然体现了“叶九条”中“寄希望于台湾人民”的精神，但从宪法解释的角度，该规定也穿越海峡，为尚不处于大陆管辖范围内的台湾人民设定了宪法义务，表明在1982年宪法的制定者看来，1982年宪法的适用范围是包括台湾在内的。
结合上述变化，复考察1982年宪法第31条关于设立特别行政区的条款，同时考虑到1982年宪法第30条关于行政区域设置的规定，可以发现，根据1982年宪法第31条，全国人大在必要时，可以设立特别行政区，特别行政区依据全国人大指定的法律，可以实行于大陆不同的政治制度。宪法第31条通常被解读为“一国两制”的宪法依据，但是，从“一中性”来理解宪法第31条，还可以据此分析1982年宪法对大陆和台湾的政治关系定位。宪法第31条规定了在台湾设立特别行政区、实施“一国两制”的三项基本要件：其一，设立主体是全国人大；其二，设立条件是“必要时”，而这个“必要时”的判断权也归属于全国人大；其三，设立特别行政区以及在特别行政区所实施的制度，由全国人大以法律形式规定。由此可见，全国人大对于在台湾设立特别行政区、实施“一国两制”具有全权。另参考宪法第30条，台湾在没有被设立为特别行政区前，仍是中华人民共和国的一个省。由此可见，1982年宪法对大陆和台湾政治关系的定位是“中央对地方”的定位模式，即中华人民共和国政府是中央，台湾当局是“地方政府”，两者是中央与地方的关系。1982年的这一定位，与当时大陆对两岸政治关系的定位也是一致的。此后对1982年宪法的四次修改都未改变上述政治关系定位模式。
2005年制定的《反分裂国家法》是目前大陆处理台湾问题的基本法律，在对台法律体系中的地位仅次于宪法。根据全国人大常委会副委员长王兆国所作的《关于（反分裂国家法（草案））的说明》，《反分裂国家法》是在中共十六大报告的指导下制定的，而巨中共十六大报告对大陆和台湾政治关系定位的表述也被完整地写入该法第2条。因此，《反分裂国家法》对大陆和台湾政治关系的定位与“一个中国三段论”（Ⅲ）完全一致。
值得推敲的是《反分裂国家法》的几处措辞，我们通过分析这些措辞，把握《反分裂国家法》在大陆和台湾政治关系定位方面的微妙态度。其一，《反分裂国家法》没有冠以“中华人民共和国”，这在大陆制定的法律中为仅有的一例，体现了“一个中国三段论”（Ⅲ）的精神，从而将两岸认同的层次提高到国家层次。其二，《反分裂国家法》第1条将1982年宪法作为立法依据，仅从文本分析的角度而言，《反分裂国家法》仍然承认1982年宪法对大陆和台湾政治关系的定位模式，该法第2条和第4条也沿用1982年宪法序言第9自然段的规定，为“包括台湾同胞在内的全中国人民”设定了统一台湾义务。其三，《反分裂国家法》第7条第1句“国家主张通过台湾海峡两岸平等的协商和谈判”，“国家”地位在《反分裂国家法》中高于“两岸”，“两岸”因而是“国家”框架内的双方。结合“一个中国三段论”（Ⅲ）中“大陆和台湾同属于一个中国”（亦被载入《反分裂国家法》第2条），以及同法第5条第3款的规定，《反分裂国家法》对大陆和台湾政治关系的定位是以1982年宪法为基础，但又有了新的发展：《反分裂国家法》回避了台湾对大陆的从属性，没有直接将大陆和台湾的政治关系定位为中央与地方关系。这一定位，与大陆在同期政策面上的态度是一致的。综合上述三点分析，《反分裂国家法》立足于国家层次的认同，与政策面的规定相呼应，将大陆和台湾的政治关系定位为“一个中国”下的“两岸”关系。《反分裂国家法》对大陆和台湾的政治关系定位，体现了大陆两岸政策的务实性，为本文定位大陆和台湾的政治关系提供了规范依据。