明朝随着社会经济的进一步发展和朱棣迁都北京后，北京城也进入了建设之中，全国各地的部分富户迁入北京，有力地推动了北京经济的发展。同时在明代，制砖技术空前发达，不仅为住宅的大规模营建奠定了基础，也表现出了这个时代热火朝天的建设实践活动。而这个时期出现的《鲁班经》、《三才图会》等书籍，则是从理论方面给予建设四合院的指导，从书中的插图可以看出建筑沿袭了元代四合院的形式。
清代定都北京后，清帝为维护统治，采取一系列措施加强汉文化的学习和吸收，建筑风格也继承了明代，尤其是对四合院的完全继承。同时，为了区分满汉等级，内城规定只可满人居住，汉人迁入外城，这一举措不仅使内城的四合院建筑向大型、华丽发展，也使外城在汉人的努力下往多元化的四合院发展，使北京的四合院发展进入了巅峰时期。同时，由于四合院的私密性和清政府为封建集权统治而颁布的苛刻法律，也使得四合院几乎不受外力因素的破坏。
但自清末起，中国逐渐沦为半封建半殖民地社会，北京四合院的命运也有了很大的变化。首先就是在近百年内外战争的背景下，部分传统四合院的建筑形式有了一定的变化。受当时西学东渐的影响，一批乐于接受西洋风格的人士把其运用在了建筑上面，例如圆明园式随墙门的出现、建筑的门窗装修等，都带有西洋建筑的风格特点。其次，频繁的战争和通货膨胀带来的经济困难，使原有独门独户的四合院转变为许多住户共同居住的大杂院，昔日幽静、深邃的四合院被喧闹、浮躁所代替，这种状况的形成对传统四合院的文化有了一定破坏。
1949年北平和平解放后，为了政治经济发展的需要，北京旧城内的一些王府、大宅院改变了所有制，经休整转变为政府机关、科教文卫等公用住房。使用功能的改变导致建筑被按照使用者的需求改造。20世纪60年代城市人口激增，对住房需求的扩大，被收回的四合院成为公房，挤入大批人口，使传统四合院逐渐变得拥挤不堪。
虽然自民国以后及新中国成立后旧城内的四合院的格局受到影响，但四合院、胡同所蕴含的多种文化内涵是不容忽视的。首先就是二者体现着内容丰富的京城传统民俗文化。居民生活在四合院、胡同、街巷中，与之关系密切的衣、食、住、行、市井民俗和礼仪信仰，都体现在其中。上元观灯、清明踏青、中秋拜月、重阳登高、逛庙会等民间传统活动，构成了一幅浓郁而深厚的北京民俗文化画卷。
其次自元代以来，北京作为政治、文化中心，高度会聚了全国各地区、各民族的文化精英和名人名士，这些人物的门户居所或是后人所立祠堂，形成具有特殊意义的名人故居文化系列。再有就是鲜明的街区胡同文化，因区域文化的差异，产生了如以传统会馆和表演艺术为代表的宣南文化，以百姓市井生活为代表的南北池子、南北锣鼓巷等大面积的老北京四合院，以古代教育文化为背景的国子监、孔庙街区，以王府、庙宇、老字号汇聚配以古典园林等多种遗存的什刹海传统文化景区。还有因多民族融合文化形成的如牛街、羊市口等以少数民族为主的居住聚集区，构成北京特有的多民族文化并存和相互融合的文化现象。更有近代革命文化遗迹，如重大革命事件的发生地，共产党人领导革命活动的办公、接头地点等。
然而随着20世纪0年代人口急剧增长和改革开放后经济快速发展，人们对生活水平提高的追求，与日益拥挤的居住空间、落后的市政的矛盾在旧城四合院片区尤为突出。这一现状使四合院建筑蕴含的历史文化内涵无法展示，原本优雅的居住环境及和谐的都市景观遭到严重破坏。
20世纪90年代初期，随着政府逐渐认识到北京四合院的历史价值、文化价值、艺术价值，从法律上制定了一系列法律法规，对四合院、胡同等建筑采取专项保护措施。
2002年北京市公布的25个历史文化保护区，如南北池子、南北长街、鼓楼大街，都是以整体街区和成片四合院为对象进行保护。从分布来看，处于南北中轴线上的皇城、后三海、钟鼓楼地区以及前门外的大栅栏、天坛、先农坛等地区将连成一片，形成以传统中轴线为骨架的旧城历史精华地段核心保护区域，基本体现出北京旧城保护的整体格局与风貌特色。通过对25片历史文化保护区的历史风貌、建筑特色、人文环境等进行综合分析，也确定了其实用功能和定位，并且划分为传统商业保护区、传统胡同住宅保护区、近代建筑保护区、皇城保护区，寺庙建筑保护区和风景名胜综合保护区几种类型。在对四合院建筑本体保护方面，出台《北京旧城房屋修缮导则》等指导性修缮文件，对房屋修缮提出了一系列的要求，保证人民生活质量和历史文化风貌相协调。
在政府主导的四合院大规模修缮中，下面的两个案例体现了政府在开展危房改造工作中，将延续多年的以拆除原有四合院为主的方式，转变为以保护、维修和提升居住环境为目的的改造思路。
（1）南锣鼓巷地区的菊儿胡同改造。当时的菊儿胡同，已经没有了昔时文人笔下那“天棚鱼缸石榴树，先生肥狗胖丫头”的优美意境，摆在面前的是残破斑驳的院墙、混乱拥挤的大杂院和胡同口的老式居民楼这样一幅破败与喧闹的图画。1988年，吴良镛带领团队开始着手对胡同的改造，作为其“有机更新理论”的实践之一，将当时改造的区域称为“菊儿小区”。小区在菊儿胡同北侧，17号至49号几处院落，以通道为骨架进行组织，向南北进深形成多进院，向东西扩展出多跨院，由此突破了北京传统四合院的全封闭结构。楼栋高两至三层，错落有致，青瓦白墙，房脊屋檐，又与两旁的老房子连成了一体，恰到好处地勾勒出北京胡同的“天际线”，以至于从远处眺望时，丝毫觉察不出这片建筑比周边明显高出一截。像旧四合院一样围合而成，在保证私密性的同时，又保留了中国传统住宅合院式结构。这组建筑群的设计，得到过“联合国人居奖”等数不清的奖项和赞誉。
（2）南池子胡同的改造。南池子地区的危房改造工程，是北京市对传统四合院改造、维修、保护利用的探索性试点工程。因为南池子位于世界文化遗产、全国重点文物保护单位——故宫的建控地带内，同时又有着历史文化保护区的身份，因此其一草一木都是社会舆论关注的焦点，这使得改造工程必须要保证与故宫周边环境相协调，同时改造的目的是提高居民的生活水平，这些限制因素为改造工程增加了难度。
具体来说，改造前南池子地区危旧房已占到91.96％，其中一般破损房约占65％，严重破损的危房约占26％，基本完好房仅占8.04％；同时存在大量低洼院也是防汛工作的重点区域。从公共设施看这一地区居民院内基本没有厕所，整个区内只有5座公共厕所。道路基本不具备机动车通行能力，无法满足交通及消防功能要求，是重大火险隐患地区。那么随着改造工程的展开，首先是对占用市级文物保护单位普渡寺大殿的小学校搬迁腾退并进行文物修缮，解决了普渡寺的潜在安全隐患；其次是对于保存较好的院落尽可能多的予以保留，具体是保留了原有的9条胡同和街巷、现状较好的四合院31座，按原格局重新修复了传统四合院17座；还有就是改善了居民的住房条件，包括房屋面积的扩大、厨卫设施的建设等；最后就是各种现代化的市政设施，如管道燃气、电力设施、通信网络、上下水管线、地下停车场等都从地下引入四合院内或居住的区域内，极大地改善和提高了整个区域的市政水平。
南池子成功的保护模式有四点有益经验值得汲取：第一，保护历史风貌的“真实性”；第二，坚持土地的非商业性开发；第三，推行“以院落为单位的自我更新模式”；第四，鼓励公众参与到地段改造中。修缮后的南池子，重新焕发出了老北京四合院的光彩。普渡寺后巷2号院的六户人家中一半是外国友人居住，通过老住户吕奶奶的介绍，四合院修缮一新后，古朴的院落和传统的文化氛围就吸引来了好多外国朋友，下棋、弹曲，气氛和谐。
2008年起，北京市政府开始进行大规模的旧城修缮，市、区政府共投入近百亿元，由市建委牵头，会同规划、文物部门以及在区县政府的组织实施下，城区按照“修缮、改善、疏散”的总体要求，对旧城内平房、胡同进行修缮、整治。修缮工作涉及4000多个院落，约万户居民。为进一步加强历史文化名城的相关保护工作，保护四合院、胡同的传统历史风貌及保证人民生活水平的提高，在城市建设和文物保护之间建立起有机的平台不断努力。
在政府为主倡导对四合院、胡同的保护、修缮的同时，也通过动员社会力量参与旧城历史文化保护，鼓励单位和个人购买老城的四合院。虽然这与政府主导的修缮相比还是占了少数，但是这种“微循环”的模式得到了肯定。原文物局局长孔繁峙曾表示：“以四合院私有化方式吸引各方资金，实现四合院维修、保护的社会化，在全市传统四合院的保护利用方面发挥了不可忽视的作用。”社会投资来保护四合院的方式又分为购买院落自己使用居住和用作商业开发。
自用的四合院一般都由购买者进行原住居民的腾退补偿问题，对房屋重新翻建，使其在外形上保留了老北京四合院的传统文化，同时又将室内布局按照符合现代人的要求建造，包括暖气、水电等生活设备。而用作商业开发的经营性院落，比如说四合院式的酒店“秦唐府客栈”，位于南锣鼓巷地区，是一座保存比较完整的三进院落，同时也是北京市文物保护单位。在这一院落修缮中，经文物主管部门批准方案后，历时三年多时间，在建筑本体上遵循“挖补”、“墩接”等传统工艺，按照修旧如旧的原则完成修缮，保持了历史原貌，同时室内进行包括地热采暖、上下水、卫生间等设施的完善，对其经营也有很大的促进作用。同样，为了更好地经营，就必须定期去维护，从而形成了一个良性循环，真正达到既能以酒店的形式发挥其现代价值，也能保证文物建筑的保护情况。
近几年，面对国际化大都市的现代化建设对传统历史性建筑的冲击，越来越多的官员、专家学者、民间人士对北京传统四合院建筑的重视与保护工作形成共识，相信随着政府对文化遗产、文物保护的重视程度逐渐加强，在有关部门的积极配合及社会各界的积极参与下，北京旧城保护会逐步展现出良好的效果，同时也在中国传统建筑这个大舞台上展现自己的风采。
五、工业遗产的保护和再利用
长期以来，人们惯于把农业社会时代那些历史悠久的文化遗存作为文化遗产悉心加以保护，而对于近现代重要史迹及代表性建筑的保护则重视不够，特别是其中的工业遗产更少得到人们的认同和保护。
在新时期的文物建筑保护工作中，工业遗产的保护作为历史名城保护的一项重要内容，开始逐步受到重视。
所谓工业遗产，在2003年国际工业遗产保护协会通过的《下塔吉尔宪章》中做了如下规定：“工业遗产包括具有历史、技术、社会、建筑或科学价值的工业文化遗存。这些遗存包括建筑物和机械、车间、作坊、工厂、矿场、提炼加工厂、仓库、能源产生转化利用地、运输和所有它的基础设施以及与工业有关的社会活动场所如住房、宗教场所、教育场所等”，并明确指出，“工业遗产应当被视为文化遗产不可缺少的一部分”。
从20世纪80年代开始，北京由于产业结构调整，城市化进程的加快，大量工业企业从城市中心区向郊区搬迁，城市工业用地在转化成其他城市建设用地时，大量工业建筑被拆除。特别是21世纪以来，房地产业迅猛发展，北京一些老工业区因其较好的区位和低廉的拆迁成本，成为开发商“推土机”下的“牺牲品”。2006年4月18日，中国工业遗产保护论坛通过了《无锡建议——注重经济高速发展时期的工业遗产保护》，拉开了中国保护工业建筑遗产的序幕。
2006年5月，国家文物局下发了《关于加强工业遗产保护的通知》。根据北京现存工业建筑遗产近代工业遗存较少、现代工业遗存丰富的特点，北京市文物局与市工业促进局、市规划委于2007年联合发布了《北京市保护利用工业资源，发展文化创意产业指导意见》，2009年颁布了《北京市工业遗产保护与再利用工作导则》。这两个文件的公布使北京地区的工业遗产保护与再利用工作有了相关依据。目前，北京第三次文物普查中登记在册的工业遗产共计28处，地域分布多集中于远近郊区，时间上以民国、“一五”、“二五”为主，其中清末北京自来水厂等已公布为保护单位，首钢工业遗产和北京炼焦化学厂的保护与再利用也正在进行中。
1．工业遗产保护的先行者——798厂
在北京市朝阳区酒仙桥路4号有这样一处被誉为“异托邦”的地方，这里远离城市喧嚣，随处可见斑驳的红瓦砖墙，错落有致的工业厂房，纵横交错的管道，马路上穿着制服的工人和打扮时尚的参观者相映成趣，工业与艺术在这里完美交融，这就是北京着名的798艺术区，也是北京工业遗产保护与再利用的先行者。