20世纪90年代以后，新疆纺织工业在优势资源转换战略中被确立为新疆未来重点发展的产业部门，其依托区域内得天独厚的棉花、畜牧资源优势较其他产业呈现出更加强劲的发展势头。在技术改造环节，新疆纺织工业技术装备水平有了很大的提高，纺织工业经过多年的“压锭、减员、增效”，淘汰了一批落后的棉纺锭、毛纺锭、手工缫丝机设备，国产先进设备及进口设备的引进应用明显增加。2004年，新疆棉纺工业拥有的90年代的设备已占设备总量的58%，超过全国52%的平均水平。新疆棉纺工业装备结构也发生了一定的变化，清钢联、精梳机、自动络筒机、无梭织机等关键工序中的关键设备所占比重逐年增加，自动络筒机和无梭织机分别占到40.3%和6.5%，先进的全自动高速气流纺纱机、新型紧密纺纱设备也已初具规模。在产品生产上，随着装备技术水平的提高，新疆纺织工业产品质量档次比较以往也有了提升，主导产品棉纱的平均支数已由20世纪90年代的30支提高到2005年的34支，高于全国平均水平。新疆纺织企业生产细号纱、特细号纱、精梳纱、无接头纱、无梭布产量逐年增加，其中：精梳纱比重达到15.6%、无接头纱达到21%以上，提升了新疆纺织企业的核心竞争力。2004年，新疆纺织工业已经形成以棉纺工业为主，集毛纺、麻纺、丝绸、化纤、针织、服装等产业为一体的较为完整的纺织工业体系。2007年，新疆纺织工业国有及国有控股企业达28家，从业人员达55491人，创造工业总产值83.85亿元，工业增加值为21.75亿元。新疆轻工业已成为新疆地区除石油石化工业外占新疆工业产值比重最大的地方工业系统，在带动新疆经济发展中发挥着越来越重要的作用。
2007年，新疆轻工业拥有122家国有及国有控股企业，从业人员为38798人；完成工业总产值128.78亿元，完成工业增加值43.63亿元，占全部工业增加值的3.1%。
2．新疆的手工业
传统手工业作为新疆轻工业的一部分，其中大多数属于民族特需用品工业，一直在扮演着满足新疆少数民族消费需求的角色。1972年，国家开始不断纠正“文革”对新疆少数民族用品工业的消极影响。1973年，国务院将乌鲁木齐列为全国少数民族用品生产基地。1974年，新疆维吾尔自治区政府又将喀什、伊宁两市列为自治区民族特需用品生产基地。基地的建设，使新疆少数民族用品工业得以不断恢复。“1976年，手工业合作组织产值在新疆二轻工业总产值的比重为34.1%。1981年，手工业合作组织产值在新疆二轻工业总产值的比重达到61.7%，集体所有制企业工业产值在二轻工业总产值的比重为71.8%。”“六五”期间，自治区政府还通过出台各种政策，在体制融资以及生产经营上给予新疆手工业企业各种优惠。经国家和自治区安排，用于新疆少数民族用品基本建设项目的投资额为1204万元。
1985年底，全疆生产少数民族用品的厂、社（车间）已有190多个，已能生产14大类、1000多个花色品种；1988年，总产值达2.67亿元，形成了一批知名的定点企业，如新疆工艺美术厂、新疆玉雕厂、乌鲁木齐民族乐器厂、乌鲁木齐地毯厂、喀什工艺美术厂、乌鲁木齐民族服装厂、伊宁市五金厂等，主要产品是地毯、少数民族服装、花帽、玉器、英吉沙小刀、民族乐器、“艾得来斯”花绸等。
地毯业：1972年后，新疆先后在乌鲁木齐、和田、喀什、阿克苏、巴州建起5个地毯总厂，并为这些重点生产企业配备了从开毛、合毛、梳纺到染色、平洗等机械设备，提高了产品质量，减轻了工人劳动强度。各厂又相继推出了一些新工艺，设计出许多既具有民族风格，又富有时代特色的图案文样，提高了新疆地毯的声誉，成为新疆轻工业的一个重要出口产品。
“六五”时期，全疆出口地毯11.45万平方米，出口额为1730万元。1988年，新疆有地毯厂、社60多个，职工5000多人；另外，还有零散进行地毯加工的劳动者1万余人，当年生产地毯11万平方米。
玉器业：“六五”时期，自治区财政部门相继给乌鲁木齐玉雕厂投资130万元进行改扩建，使该厂提高了生产能力，生产出了几千件玉器产品，供外贸出口。1985年，作为新疆工艺美术品工业重点企业，乌鲁木齐玉雕厂有职工198人，拥有固定资产102.4万元，完成工业总产值18.1万元，创利税5万元。“六五”时期，新疆玉器行业实现产值86.5万元，生产玉矿石115.5吨。
首饰业：20世纪50年代，喀什部分个体手工业者曾成立首饰合作社，到1965年，有工人33名。“文革”时期，首饰被视为“四旧”产品停止生产。
1974年，伊宁金银首饰厂、喀什工艺美术品厂、新疆工艺美术品厂相继成立，恢复了首饰生产。1985年，新疆有首饰厂4家，共生产金银首饰5万余件，创产值720万元。
民族乐器：1967年，乌鲁木齐伊提帕克乐器厂改名为乌鲁木齐乐器厂，在保持传统手工艺特点的前提下逐步实现了机械化生产，开发出了一批新乐器，如刀郎热瓦普、电子冬不拉等。1985年，该厂改名为乌鲁木齐市民族乐器厂，正式定点生产维吾尔族手鼓、唢呐以及哈萨克族的冬不拉、柯尔克孜族的库姆孜、蒙古族的马头琴等乐器。生产各种乐器6500件，完成工业产值41.6万元，实现利润21万元，上缴利税17.73万元。20世纪90年代以后，新疆手工业集体企业的发展日益艰难。在向市场经济体制转轨过程中，由于该产业主要面对少数民族群众的生活需求，销售市场狭小且局限于新疆本地市场，属于社会效益大于经济效益的部门，不适应市场经济的环境；再加上设备老化、经营不善、人才流失等原因，使该行业陷入了困境。2000年，乌鲁木齐市作为国家重点民族用品生产基地，被调查的20个企业中亏损的就有14个，其余企业处于半停产状态。据统计，1997年，新疆手工业品及制造业产值曾达到14734万元，此后逐渐下降；2004年，产值仅有1586万元。
（三）新疆的重工业
重工业是新疆工业化发展的关键，其中不仅包含了石油、煤炭等能源部门，也有电力等基础产业部门，以及有色金属、化学等原材料工业部门。
在“六五”和“七五”时期，新疆重工业的基建投资分别为36.57亿元和81.07亿元，建成了一批大中型项目。20世纪90年代以后，随着发展战略的调整，新疆石油、电力、化学等工业部门获得了快速发展。
石油工业的重点建设：20世纪80年代以来，国家有关部门加强了对新疆的石油地质勘探工作，相继在准噶尔盆地发现了彩南油田，塔里木盆地发现了轮南、东河塘等12个油气田，吐哈盆地发现了鄯善、神泉、吐鲁番等14个油气田，以及亿吨级的塔河油田，累计探明石油地质储量20多亿吨、天然气6000亿立方米以上。20世纪90年代后，中国工业化进程的加快对能源的需求不断上升，新疆作为国家能源开发接替区域的战略地位日益凸显，中央加大了对新疆石油开发的支持力度，先后建立了新疆油田、吐哈油田、塔里木油田、塔河油田等四大油田公司，负责新疆石油的开采提炼。新疆石油勘探开发投资连年增长，1986~1995年，新疆石油工业投资为413亿元；2001~2004年，新疆石油工业投资达155亿元，而且通过石油管道的建设，开辟了将新疆油气资源运往内地的新的运输方式，缓解了铁路运输的压力。
2002年10月1日，西部大开发的标志性工程——“西气东输”正式投入运行，年输气120亿立方米，仅此一项新增产值54亿元。2005年，中哈石油管道一期工程投入运行，近期年输油1000万吨，远期达到年输油3000万吨，使新疆可能成为第二个大庆，开辟了国家能源进口的新渠道，对保证国家能源安全具有重要的战略意义。2005年，乌（鲁木齐）-兰（州）成品油管道建成，使新疆地区的成品油进入了国内主要消费区。同年，独山子石化千万吨大乙烯、百万吨炼油项目也正式开工建设。这些项目将使新疆资源优势得以尽快转化为经济优势。
2002年，新疆已初步建立起具有炼油、化肥、塑料、化纤等综合生产能力的原油加工和石油化工体系，可生产汽、柴、煤油、润滑油、沥青、焦炭、丙烷、聚丙烯、化纤等石化产品约200种，全行业50%的产品销往全国各地，部分化工产品进入中亚市场。全区石油化工行业产值占全国同行业的比重越来越大，增势位居全国第五。2007年，新疆石油工业总产值为1771.73亿元，工业增加值为922.2亿元，占新疆工业增加值的65.63%。建材业的发展：1977年以后，新疆工业企业正常工作的恢复以及各项建设项目增多，对建材产品需求旺盛，使得新疆建材工业发展速度加快。
1985年，新疆全民所有制建材企业发展到136家，上缴利税3028万元。新疆自产的多数建材产品的品种和产量已能基本满足新疆本地区的需要，部分新疆产建材及非金属矿产品占领国内市场或进入国际市场，改变了长期以来新疆大部分建材产品需要从内地输入的局面。20世纪90年代后，房地产业的兴起以及建筑业的发展，使新疆建材工业获得了较快发展，新疆已拥有水泥制造业、玻璃制造业、水泥制品业、砖瓦制造业、建筑陶瓷业和以云母、水晶、石棉、蛭石、石材为主的非金属矿产开采及其加工业。主要建材产品已发展到60多个大类、400多个品种，并有与之相配套的建材专业地质、科研、设计、教育、产品质量检验监督、环保检测评估等专门机构，基本形成了基础比较雄厚、门类比较齐全、布局比较合理的建材工业体系。2004年底，新疆建材工业共有乡及乡以上建材企业1050家，是1978年的3.08倍，其中大中型企业24家，从业人员达10万以上。2004年，建材工业总产值达81亿，是1978年的39.15倍，工业增加值为29亿元；年利润总额为4亿元，是1979年的126.5倍；上缴利税6亿元，是1979年的45.1倍，成为新疆的重要支柱产业之一。煤炭业：新疆拥有丰富的煤炭资源，煤炭工业是自治区国民经济和社会发展的依托，有着重要的战略地位。1977~1990年，煤炭工业共完成基本建设投资6.18亿元，初步形成了乌鲁木齐、哈密三道岭、艾维尔沟三大煤炭生产基地为主，地州县小型煤矿为辅的煤炭工业布局。1990年，在全疆15个地、州、市中，有14个地、州、市建成骨干煤矿，在自治区的85个县（市）中有65个县建有县营煤矿。1990年，新疆煤炭产量达到2100万吨，创历史最高水平。1990年以后，根据自治区“八五”计划和社会经济未来十年发展规划，新疆煤炭行业内部开始对煤炭工业结构进行调整，积极推进煤电、煤化工基地建设，使新疆煤炭生产力水平得以提高，设计能力达到1300万吨/年；改扩建了伊犁、塔城铁厂沟、和什托洛盖、乌苏四棵树、米泉、阜康、巴州塔什店、托克逊、吐鲁番七泉湖、石河子南山等18个中小型矿区。自治区所属重点煤矿及地方大中型煤矿采掘机械化程度由“九五”时期的30%提高到2004年的75%，采煤工作面单产由1万吨/月提高到3.40万吨/月。2004年，在自治区的85个县（市）中，有76个县（市）办有煤矿，其煤炭产量在30万吨以上的有36个县（市），其中有9个县（市）煤炭产量在100万吨以上。全疆煤炭产量居全国第10位，煤炭工业已成为新疆的支柱产业。