据统计，1990年，全疆国有独立核算工业企业的全员劳动生产率达到27937元/人，比1985年增长33.82%。
但是，承包经营责任制并不能完全解决中国国有企业所有权与经营权的关系问题，企业作为商品经营者的独立自主的地位并未确立，而且还出现了鞭打快牛、负盈不负亏等新的问题，这就需要进行更深一步的国企改革。
（二）新疆国有工业现代企业制度的建立
1993年11月14日，中国共产党十四届三中全会通过了《关于建立社会主义市场经济体制的若干问题的决定》，明确了中国工业企业改革的具体方向，即建立以公司制为主的现代企业制度。1993年，新疆开始了以建立现代企业制度为目标的工业企业改革，主要措施有：（1）落实八项国有工业企业自主权（经营、价格、用工、分配、技术改造自主等）；（2）对企业组织结构进行调整，全区共组建各类企业集团25个；（3）推行股份制改革；（4）企业内部深化改革，改革企业人事用工制度，精简机构；（5）加强市场调查、研究，主动开拓企业产品市场。1994年，新疆地区共有八一钢铁厂、乌鲁木齐第二毛纺厂、乌鲁木齐铝厂、新疆水泥厂、新疆联合收割机厂、和田棉纺织厂、机电设备总公司七家工业企业进行建立现代企业制度的试点，改革采取的配套措施有：计划体制改革，缩小指令性计划范围，下放计划项目审批权；在投融资体制改革上下放审批权限，简化审批手段，放宽了各地、州、市企业的投资项目审批权，形成分级管理的投资格局；外汇外贸体制改革，大幅度减少了计划管理的品种，出口商品除国家管理和限制出口的品种外，将自治区原管理的品种全部放开，由出口单位和企业自行出口，价格随行就市。
1993年后，自治区政府还采取多种形式搞活国有小型企业，采用的形式主要有租赁、承包、兼并、出售、股份制、股份合作制、破产等多种形式。2000年，新疆列入兼并破产计划的工业企业有120家，其中地方企业74家，涉及资产176.5亿元，涉及负债168.4亿元。其中破产32家，涉及资产37.9亿元，负债50亿元；兼并25家，资产31亿元，负债30亿元；减员增效企业17家，资产107.6亿元，负债88.4亿元，累计核销银行呆坏账42.6亿元。2006年，根据西部大开发的需要，以及国企改革新的趋向，新疆的国有工业企业改革开始采用大企业大集团战略。这种战略是坚持以优势资源为依托，以发展壮大支柱产业为切入点，抓住国际和东部沿海地区产业战略转移的机遇，引导新疆优势企业瞄准国内外一流企业，采取多种方式联合与合作，利用资本市场实现快速发展，提高市场竞争力。2006年，新疆地区组建的企业集团数达到67家，其中工业有23家，资产规模达到510.58亿元，营业收入为287.14亿元，创造利润11.56亿元，出现了八一钢铁有限公司、特变电工股份有限公司、有色金属工业集团有限责任公司等大型工业集团。全疆资产规模前5位的企业集团中，工业类就占3家。大企业大集团战略给新疆国有工业带来了良好的效益。2007年，新疆工业部门营业收入中，采矿业增长44.8%，制造业增长44.3%；盈利水平提高，采矿业增长151.6%，制造业增长94.4%。新疆工业现代企业制度基本确定，主要标志是：（1）企业集团实现了投资主体多元化；（2）法人治理结构进一步完善，有95.8%的企业成立了股东会，97.5%的企业成立了董事会，85.2%的企业成立了监事会；（3）健全了企业集团内部的各项管理制度。
97.6%的企业集团全面实行员工劳动合同制度，51.8%实施经营者年薪激励机制，企业员工薪酬实行以岗位工资为主的占92.9%。
三、非国有工业经济的发展
个体、私营、外资（包括港、澳、台资）等非国有经济是在对内搞活、对外开放的政策下发展起来的，这些非国有经济成分对于增加就业、发展生产、扩大出口、活跃市场、满足人民生活的需要等方面发挥着重要作用。
特别是港、澳、台资工业企业以及外国在华企业，对于中国吸取海外先进的管理经验、技术，弥补国内工业资本的不足具有相当重要的作用。1978年以来，新疆的非国有工业经济得到了一定程度的发展。
（一）新疆的个体、私营工业
20世纪50年代初，新疆的个体、私营工业曾有所发展。1953~1957年，经过社会主义改造运动，逐渐转化为集体和全民所有制性质的企业。中国共产党十一届三中全会以来，提出了一系列政策措施，鼓励个体和私营经济的发展。自治区党委、人民政府结合新疆实际，制定了相应的配套政策，强调在坚持以公有制为主体的原则下，大力发展多种经济成分，调整所有制结构，充分调动社会多方面的积极性，发展新疆经济。在各级政府政策支持下，新疆的个体、私营经济又逐步发展起来。
1990年，新疆城乡个体工业户有33857户，创造的工业总产值为33885万元，占全区工业总产值的1.54%。1992年12月21日，自治区政府颁布《新疆维吾尔自治区发展个体私营经济若干规定》，对从事个体经营、开办私营企业的人员及个体、私营经济营业范围、经营方式、权利义务，政府对个体私营企业的服务、监督管理、奖励等做了明确规定。该规定为加强对个体工商户和私营企业的监督管理和服务，保护其合法权益，提供了政策依据。1993年，自治区党委召开工作会议，把发展个体私营经济列入会议议题之一，提出要“本着能发展多快就发展多快”的原则，加速个体私营经济的发展。自治区工商局提出要从建立社会主义市场经济新体制和振兴自治区经济的高度来深化对个体私营经济地位作用的认识，并印发了《加快我区个体私营经济发展的意见》，努力创造个体私营经济发展的宽松环境。1994年7月16日，新疆维吾尔自治区八届人大常委会第九次会议通过《新疆维吾尔自治区发展个体私营经济条例》，对个体私营经济的地位和作用、服务和管理、权利与义务、奖励与处罚做出了明文规定。这是新疆维吾尔自治区关于个体私营经济的第一个具有法律效力的条文，在此条例指导下，使得个体特别是私营工业企业得到迅速发展。1995年，新疆私营工业单位数发展到1420个，创造的工业产值为6.37亿元，占全区工业总产值的1.07%。1997年，中国共产党第十五届全国代表大会的决议，进一步明确了非公有制经济是中国社会主义市场经济的重要组成部分。为了贯彻落实十五大精神，新疆维吾尔自治区根据国家法律、法规和政策制定了《自治区党委、自治区人民政府关于加快个体私营经济发展的意见》，提出要把个体私营经济纳入当地的国民经济发展总体规划，积极引导个体私营企业向集约化产业化方向发展，向符合自治区产业政策和“一白一黑”经济发展战略的方向发展，这些政策进一步鼓励了新疆个体私营工业的发展。据统计，2000年，新疆已有个体工业户52279户，创造的工业总产值达548736万元，占全区工业总产值的7.24%；私营工业企业单位有187个，创造的工业总产值达68407万元，占全区工业总产值的0.9%。2007年，新疆私营企业数为560个，创造的工业产值为260.76亿元，占新疆工业总产值的7.9%。新疆个体私营工业发展所涉及的一个重要领域是传统手工艺产品制造业。20世纪80年代以后，在新疆地方政府政策的鼓励下，少数民族传统手工业多以个体经营形式出现在乌鲁木齐、喀什、和田、伊宁等地，销售对象不仅仅限于少数民族群众，而且扩展到国内外旅游者。新疆手工业产品独特的民族风格和精美的图案，深受国内外消费者的喜爱，逐渐成为新疆旅游市场的畅销品，这些产品主要是地毯、少数民族服装、花帽、玉器、英吉沙小刀、民族乐器、土陶器等。这些产品一部分通过旅游购物方式出口国外，给新疆本地带来外汇收入。据统计，1999年，新疆地区旅游总收入为8582.14万美元，其中以地方民族手工艺品为主的购物收入为3930.83万美元，占总收入的46.4%。这对推动新疆地区的外贸和旅游产业的发展起了很大作用。
个体手工业的发展形成了不少专业手工业制造基地，如小刀村——英吉沙县芒辛乡十村，民族乐器村——疏附县吾库萨克乡，艾得来丝绸村——洛浦县吉亚乡，这些专业制造村多依托旅游业发展手工业。岳普湖县艾西曼乡已经形成了独具特色的手工艺品制造业，“该乡从2000年起，与青海民族工艺品厂联合开发手工艺品，形成了微型独轮车、毛驴车、纺车、摇床等8个系列产品，2000年5月至年底，该乡旅游工艺品的产值已达100万元，从事旅游工艺品加工的农户有60多户、150多人”。在传统手工艺品聚集地喀什地区，手工艺品一般成为游客的必选之物。“2000年，喀什地区旅游购物收入达1000多万元，占到旅游总收入的10%以上”。
（二）新疆的外资工业
20世纪50年代，根据中苏有关协议建立的中苏石油股份有限公司和中苏有色金属股份有限公司是当时新疆仅有的两家中外合资工业企业。1956年，这两个企业相继移交给中国方面管理。改革开放以来，海外资本不断投资于新疆工业，新疆地区开始出现外资工业企业，其发展大体上经历三个阶段：
1979~1984年为外资工业在新疆的起步阶段。1979年11月6日，乌鲁木齐毛纺织厂与香港、日本的公司正式签订了合资经营新疆天山纺织品有限公司的合同。1980年6月23日，经国家批准，新疆天山毛纺织品有限公司正式成立，这是在《中华人民共和国中外合资经营企业法》公告后第一个批准的中外合资企业，是新疆第一个利用外资建成的合资企业，也是中国纺织行业中第一个合资企业。到1984年，新疆先后批准建立了外商投资企业13个，工业项目中，除天山毛纺织品有限公司外，主要项目还有：昌吉棉纺厂、新疆针织厂、奎屯针织厂、永红针织厂。这四个项目引进日本纺织、针织技术设备金额达863万美元。