1961年，经过国民经济的初步调整，一些有关重工业的基建项目被压缩，新疆重工业比重过高的局面也随之改变。1962年，轻重工业产值比重分别为51%和49%。1963~1965年，国民经济调整时期，新疆工业通过压缩重工业，充实轻工业，使轻重工业比例更为协调，1965年轻重工业产值比为1.15∶1。
第三个阶段（1966~1978年），重工业在工业结构中占据了优势。“文革”时期，新疆工业发展受到了政治运动的冲击。1967年，由于强调战备需要，中央要求各地建立独立的工业体系，以应对可能的战争危险。新疆地方政府投资建设了一批电力、煤炭、化肥企业，新疆的“三线”建设开始启动，建成了一些机械电子企业和军工企业。1966~1975年，新疆重工业在基本建设中的投资比重接近40%，使轻重工业的比重再次发生逆转。
1971年，重工业产值达到111839万元，超过了轻工业。1978年，轻重工业产值比为1∶1.4。第四个阶段（1979~1990年），由于发展战略的调整，新疆地区的轻工业有了较快发展。为了改善人民的物质生活水平，改变长期以来短缺经济的局面，新疆地区的轻纺工业得到了政府的支持，获得了较快发展。1985年，新疆轻重工业产值比为1∶1.2。1986年，自治区党委从新疆实际出发，又考虑到国家建设的总体布局，提出了确立重点发展“大农业”的战略指导方针；11月，自治区党委书记宋汉良提出了自治区党委和政府的经济发展战略，即在“七五”计划的后四年乃至更长一段时期内，要充分发挥地面资源优势，重点发展农牧业和以农牧产品为原料的轻纺、食品工业；加强能源、交通、水利等基础设施建设，打破制约新疆经济发展的“瓶颈”。
重点发展“大农业”战略方针的提出，使得新疆工业经济结构日益走向轻型化，1991年，轻重工业产值比为1∶1.03。
第五个阶段（1992年后），中国社会主义市场经济体制的逐步建立，国家西部大开发战略的实施，使新疆工业经济结构出现了新的变化。这一阶段总的变化特征是：重工业比重有了较大提高，工业结构出现重型化的趋势。自治区政府在“九五”计划中提出，“继续实施优势资源转换战略，并把战略重点放在依靠科技进步和扩大对外开放、加快优势产业和产品开发上”。新疆“九五”计划开始实施后，根据国家产业政策和国家工业化进程加快对能源的需求，以及新疆在这方面所具有的优势和潜力，新疆在产业发展战略上突出了以“一黑一白”为重点的优势资源转换战略，力争把新疆建设成为全国最大的优质棉生产基地、西北最大的优质纱布基地和全国重要的石油、石油化工基地。除此之外，新疆还大力发展金属、煤炭等矿产资源的勘探开发。新疆重工业在工业中的比重得到迅速提高，由1992年的53.93%上升到1998年的69.25%左右。
2002年，新疆维吾尔自治区政府提出了在新疆实现新型工业化的目标，中央加大了对新疆资源的开发力度，新疆重工业快速发展的局面仍将继续下去。
（二）新疆工业部门结构的转化
长期以来，新疆不同工业部门在工业中的地位是随着新疆经济发展的目标和方针的变化而不断变动的。20世纪50年代初，由于新疆远离内地，运输线长，再加上未通铁路，交通不便，为了尽快满足全疆军民对生活日用品的需求，提高各族人民的生活水平，稳定社会局势，巩固新生的人民政权，新疆省人民政府和新疆军区大力发展纺织、皮革、缝纫、食品等与人民生活密切相关的工业部门，1950~1957年，轻工、纺织两大部门在新疆工业经济中占据主要地位。1952年，纺织工业的产值比重为22.45%，轻工部门（包括皮革、缝纫、食品、造纸等）产值的比重达到47.15%；1957年，纺织工业的产值在新疆工业总产值的比重上升为26.22%，轻工部门产值比重仍为32.76%，居第一位。这一时期，中苏关系正处于蜜月期，为了出口创汇的需要，新疆的有色金属工业部门利用新疆蕴藏丰富的有色金属资源获得了迅速发展，“共进行了10种矿产的开采，向苏联出口了10.66万吨各种有色及稀有金属精矿，换回外汇达1.6亿卢布”，有力地支援了新疆的经济建设。1957年，有色金属工业产值所占比重仅次于轻工、纺织部门，在全疆工业部门中居第三位。
1958年后，新疆工业“二五”计划的实施，使工业部门结构发生了较大变化。为了满足国家对石油的需求，以及实现新疆工业化的目标，新疆工业中以钢铁、机械、石油、煤炭为标志的重工业部门迅速发展。
1957~1962年，机械工业产值占全疆工业总产值的比重增长了6.66%，煤炭工业增长了近两个百分点，尤以石油工业发展最快。在大庆油田未开发前，中央对新疆的石油开发寄予厚望，在“一五”计划时期，中央投入大量资金进行新疆油田的勘探开发，占这一时期新疆工业基建投资的45.87%。1958年，克拉玛依油田建成投产，开始发挥效益，“1960年，原油产量即达164万吨，占全国天然油产量的39%，在当时石油供应困难的情况下支援了全国经济建设”。1962年，新疆石油工业的产值就占了工业总产值的23.56%，仅次于轻工部门。经过三年经济调整，事关人民群众生活的一些工业部门如纺织、建材发展较快。1965年，在新疆工业总产值比重中列前五位的部门依次是轻工、纺织、石油、机械、建材。“文革”时期，新疆的“三线”建设强调发展“五小”工业（小机械、小钢铁、小水泥、小煤炭、小建材），使这一时期的重工业部门成为建设重点，其中机械工业发展最快。1980年，机械工业产值在新疆工业总产值的比重已达13.15%，仅次于轻工、石油部门，超过了纺织工业部门，居第三位。
1979~1984年，自治区政府对新疆的经济结构进行了一定的调整，针对以往社会事业欠账太多、轻工业发展迟缓、影响人民生活水平提高等问题，增加了非生产建设和轻工业的投入，即实行轻工业补偿发展战略。新疆“六五”计划时期，非生产建设投资达36.69亿元，占同期基建投资总额的42.8%，其中住宅建设就达16.74亿元。这一调整带动了相关建材、纺织部门的发展，建材工业产值在工业总产值的比重1980年已超过煤炭工业，居第五位。1985年，在新疆工业总产值比重中列前五位的部门依次是石油、轻工、纺织、机械、建材。1986年后，随着“大农业”发展战略的提出，新疆以农业为依托的纺织工业发展迅速；1990年，纺织工业在新疆工业总产值中的比重已超过轻工部门居第二位。
1995年后，自治区党委、政府提出的“一黑一白”为重点的优势资源转换战略的实行，以及在交通基础设施等方面的大力投入，使新疆工业部门的结构发生了变化。2000年，自治区人大在通过的《新疆国民经济和社会发展“十五”计划的主要目标和任务》中，提出新疆工业结构调整的方向是：“大力发展石油和石油天然气化工、纺织和食品等支柱和特色产业，积极发展高新技术产业，加大轻工、机械、冶金、建材、化工、医药等传统产业的技术改造，建设中国西部重要的石油、天然气化工基地和优质纱、布基地。”2004年，新疆工业总产值的比重中列前五位的工业部门是石油、钢铁、食品、电力、纺织。
新疆工业近60年的发展历程中，轻重工业和各个工业部门的结构变化其成因既有客观因素，又有主观因素。从客观因素来看，新疆所拥有的丰富自然资源影响了新疆工业结构的形成，丰富的金属、非金属和能源资源，使新疆地区能在1950年后较快地建立起一套比较完整的工业体系，而且20世纪90年代以后，国家对石油资源的需求日益增加，新疆被确立为国家能源战略接替区，这对新疆工业“重型化”产生了重大影响；从主观因素来看，新疆地方政府的经济政策主导了新疆工业结构的变化，20世纪50年代人民解放军创办现代工业到“二五”计划时期重工业优先发展战略的实施，80年代轻工业优先发展策略到21世纪初重化工业的迅猛发展，自治区政府在提高人民生活水平、建立现代工业体系以及实现新疆工业化的目标上不断调整工业部门的投资重点，促使轻重工业的比重不断发生变化，各个时期的工业部门呈现出不同的发展态势。