1957年，新疆的社会主义改造完成后，在工业领域中建立了计划经济体制，新疆的工业企业在隶属关系上形成了中央、地方、兵团“三分天下”的格局。其中，（1）中央各部门管理的直属国营企业主要集中在石油、有色金属、电力等部门，这些企业由中央主管部门统一编制长远发展规划，安排年度生产计划，统一组织物资供应，统一分配和销售产品，企业财务收支、人员工资和企业干部配备也都由中央主管部门直接管理，企业利润和基金全部上缴国家，纳入国家预算。（2）自治区、各地州、市、县工业部门管理的地方国营企业，这部分企业的生产计划、物资供应、产品销售、工资、人事以及长远发展均由自治区、州、市、县各级主管部门统一管理。（3）新疆生产建设兵团所属工业企业，这些企业又分为兵团直属和师、团所属工业，均由各级工业主管部门管理。
经过近60年的建设，虽然工业管理体制几经变化，经济决策权在中央、地方间几次转移，工业企业隶属关系几经调整，但新疆工业“三分天下”的格局并没有改变，而且，中央、地方、兵团的工业经济都得到了快速的发展。
其中，新疆生产建设兵团作为以屯垦戍边为己任的党政军企合一的特殊组织，为新疆的经济建设做出了巨大贡献。兵团的工业作为新疆工业的重要组成部分，它的发展呈现出自身独有的特色。
（一）依靠农业办工业的“轻工业”化模式
新疆生产建设兵团的主要职责是屯垦戍边，经济活动又以农业生产为主，因此，长期以来，兵团工业一直为农业服务，主要以农副产品加工业和农业机械修造业为主。在新疆生产建设兵团工业经济结构中，轻工业始终居于主要地位，经济总量主要集中在以纺织、食品为主的农副产品行业，而与矿产资源相关的行业经济总量明显偏低。据统计，1978年，新疆生产建设兵团工业部门中纺织、食品加工工业的产值仍旧位居前两位，占新疆生产建设兵团工业总产值的60.1%（按1970年不变价计算）；以农机修理为主的机械工业在兵团重工业中占第一位，但是，煤炭、化学、石油、机械等行业工业产值仅占兵团工业总产值的23%。2007年，纺织、食品加工工业产值仍占整个新疆生产建设兵团工业总产值的47.6%，以煤炭、石油为代表的能源部门和以机械为代表的装备制造业部门的工业总产值只占新疆生产建设兵团工业总产值的5.1%。2007年，全兵团2909个工业企业中，从事食品加工制造的就有270家企业，如再加上纺织业51家，就有321家，占总数的近1/3；而兵团能源、原材料等基础工业发展相对滞后，像煤炭、金属采矿仅有69家，高附加值和高新技术产品生产能力不足。
（二）小型企业为主的工业格局
新疆地域辽阔，在区域经济上属于典型的绿洲经济。新疆生产建设兵团的各个团场又分散在全疆各地，交通很不便利。许多垦区农场又远离城市及主要交通线，要将新疆生产建设兵团农场生产的农副产品运往城市工厂进行加工不但距离远，而且运输成本高，增加了农牧业产品的生产成本，还会给职工生活带来种种不便；相反，如果就地设厂，具有一些便利续表条件。因为新疆生产建设兵团的每个团场既能提供大量的农业原料，又是消费市场，还有充足的劳动力，依托每个垦区团场建立一些工业企业就地加工农场生产的农副业产品以满足新疆生产建设兵团职工的生产生活需要，成为新疆生产建设兵团工业建设的必然选择。20世纪50年代以来，新疆生产建设兵团各团场纷纷创办粮食加工工业、农机修造工业。这些场办工业大部分为非独立核算的工业企业，均附属于团场经济，为农业生产和职工的日常生活服务，均以小型企业为主。这也造成了近60年来兵团小型的团场工业多而大中型企业少。1981年，大中型工业企业数仅为6个，在新疆生产建设兵团工业企业单位数中所占比重仅为0.8%；2007年，大中型工业企业数达到63个，在新疆生产建设兵团工业企业单位数中所占比重为6%。
（三）地区间发展不均衡
20世纪80年代以后，新疆维吾尔自治区的经济发展呈现出地域上的不均衡，以乌鲁木齐、昌吉、石河子、奎屯等城市为主形成的天山北坡沿线经济带逐渐成为新疆经济发展水平最高的地区，新亚欧大陆桥铁路以及高速公路均通过这里，人才资源集中度高。同样，新疆生产建设兵团的工业生产力布局也呈现出地域上的不均衡，兵团工业生产力逐渐向新疆经济发达地域聚集成为一种必然。位于天山北坡经济带上的乌鲁木齐农场管理局（现在改称农十二师）和农六、七、八师的工业发展较快。1996年，这4个师局的人口占新疆生产建设兵团总人口的44%，独立核算工业企业数为252个，占整个新疆生产建设兵团独立核算工业企业数的61.9%。2000年，这4个师局的工业总产值在全兵团14个师局中占74%；2007年，这4个师局的国有工业经济创造的产值占兵团工业总产值的比重为50.67%，新疆生产建设兵团工业生产力主要集中在以农八师为主的天山北坡经济带上。
（四）军事、行政的计划管理转向以协调、服务为主的工业经济管理
新疆生产建设兵团工业企业的管理方式在兵团体制未建立前为军事化管理。1950~1954年，新疆军区在组织军队开展经济建设过程中建立了一大批工矿企业，企业领导者和职工大多为现役军人，属于军队编制，具有很强的纪律性，便于采用行政命令方式来指挥生产。这种管理方式下企业的人、财、物直接由上级部门调拨供给或由军队自行解决，工业发展的许多资金都是由解放军官兵通过节衣缩食积累而成，人员的报酬也采用实物供给方式，因此，使得新疆在短时期内迅速地建立起一批工矿企业。
1954年10月，新疆军区生产建设兵团正式建立，新疆生产建设兵团成为中国农垦经济系统的重要组成部分，兵团工业生产纳入到国家计划管理。
在计划经济体制下，新疆生产建设兵团工业企业由军事管理方式向行政管理方式转化。为保障工业经济计划的有效执行，新疆生产建设兵团成立了专门管理工业活动的行政部门。1955年，新疆生产建设兵团在兵团一级成立了加工副业处，师级成立了加工副业科，团级成立了加工副业股，分别管理新疆生产建设兵团、师、团所属工业企业。新疆生产建设兵团执行国家下达的计划，各师执行新疆生产建设兵团的计划，各团执行师部下达的计划。原来以现役军人身份在工业企业内部从事生产活动的人员也集体退伍，转变为新疆生产建设兵团工业企业的干部和职工，定员定额制、经济核算制、物资管理制、工资制度等管理制度也成为新疆生产建设兵团工业企业管理的主要内容。
20世纪70年代末，中国的改革开放促使新疆生产建设兵团工业企业开始了企业改革，企业管理逐渐发生了变化，由单纯执行政府计划为主转向适应市场经济需求，以增强企业活力为主。1979年，新疆农垦总局组织原兵团工业企业不断扩大企业自主权，将企业经营业绩同职工物质利益挂钩。
1981年12月，新疆生产建设兵团体制恢复后，重新建立了兵团工业经济的行业管理部门。新疆生产建设兵团工业经济管理部门改为：兵团级成立工业交通局，师级成立工业交通处，负责兵团工业经济和交通运输的管理。
1987年，新疆生产建设兵团开始推行企业承包经营责任制等放权、让利的改革，以适应市场经济下竞争机制的需要。
20世纪90年代后，为适应中国社会主义市场经济体制建立的需求，新疆生产建设兵团的工业经济管理方式由行政管理方式过渡到行业管理模式，新疆生产建设兵团相继撤并了兵团、师两级工业管理机构，成立了新疆生产建设兵团经济委员会、国有资产管理委员会等一些职能部门。在新的管理模式下，职能部门不再直接管理企业，而只是统筹规划新疆生产建设兵团工业经济的方针政策，组织协调并负责监管兵团工业国有资产的运行，以配合兵团工业企业建立公司制度，进行的市场化方向的改革。在企业管理上，新疆生产建设兵团工业企业开始推行现代企业制度，在部分大中型企业中推行了公司制度，成功地推出了一批上市企业，如天业（塑料）、伊力特（酿酒）、新天（农业产品加工）、新中基（农副产品种植加工）等。
经过近60年的建设与发展，新疆工业建设取得了巨大的成就，体现出了一些本地区工业的独有特征。其中，新疆现代工业的建立和发展与人民解放军的贡献密不可分，不仅现代工业发轫于人民解放军驻疆部队的大生产运动，而且由人民解放军退役官兵所组成的新疆生产建设兵团在工业建设当中也对新疆工业发展起到了巨大的推动作用，兵团工业成为新疆工业的重要组成部分。