政协决议的实行，对于中共争取自身地位和政治参与是有利的，并且由于中共强有力的组织能力，还可创造以合法手段、通过选举掌握政权的可能性，因此中共对政协的评价较为积极，并准备力促其实行。（据胡绳的看法，1946年的政协是近代中国有可能走上资本主义道路的一次机会，中共“当时做了国民党实行这个协定的准备，所以提出和平民主新阶段，这不是假的。……如果国民党不撕毁协定，那就势必会成立联合政府。在这个政府里，当然不会是共产党占主导地位，即使加上第三势力，也只有相当的地位，主要的还是国民党。”（《胡绳论“从五四运动到人民共和国成立”》，13页，北京，社会科学文献出版社，2001））1946年2月1日，中共中央发出《关于目前形势与任务的指示》，指出：“中国革命的主要斗争形式，目前已由武装斗争转变到非武装的群众的与议会的斗争，国内问题由政治方式来解决，党的全部工作，必须适应这一新形式。”为此，中共应学习合法斗争、上层斗争和大城市的斗争，反对“一部分同志中的狭隘的关门主义”。指示明确提出：“由于这些决议的成立及其实施，国民党一党独裁制度即开始破坏，在全国范围内开始了国家民主化。这就将巩固国内和平，使我们党及我党所创立的军队和解放区走上合法化。这是中国民主革命一次伟大的胜利。从此中国即走上了和平民主建设的新阶段。”中共一向注重对形势的总体估计，并根据这种估计提出中共在一段时期内的总任务。“和平民主新阶段”就是中共对政治协商会议之后中国形势的总体估计，和平、民主取代战争对抗，成为中共在政治协商会议后一个短时期内的总体政策基调。也就在中共中央指示发出的同一天，***在延安对中共高级干部作报告，对这个指示及“和平民主新阶段”作了进一步的解释。他认为，这次是苏、美、英三国，国、共、民盟三党，工农、小资产阶级、中等资产阶级三个阶级合作，使中国走上民主化道路，条件和环境比过去好，因此是有希望的；中共的工作要适应新的形势，从武装斗争为主转变到非武装的政治斗争，这是一个带基本性质的变化，而且牵扯得很广泛，牵扯到党的全部工作需要转变。由于中共长期以武装斗争对抗国民党，而整军协议规定中共军队将被整编和缩编，在中共内部引起较多疑虑，***在报告中用了不少篇幅进行解释，认为实行军队统一整编是中共的必要让步，好处是换来了中共军队的合法化和国家的民主化，合乎中共以及人民的利益，而且丝毫没有改变中共军队的本质。他认为，中共以后主要依靠搞群众斗争、议会斗争、合法斗争，这方面中共比国民党要好一些，熟练些。***在报告中强调了反对狭隘的“左”的关门主义的重要性，批评中共内部许多人不相信内战可以停止、和平可以到来，因此不愿与国民党合作、不重视合法斗争的倾向是危险的，与新的形势、新的任务是不适合的。（《中共中央文件选集》第16册，62—67页；***：《时局问题的报告》，原件。）次日，***在中共中央书记处会议上再度强调应与国民党诚意合作，力求解决问题；认为政协成功很大，整个和平民主趋势是确定的，但民主过程必然很慢，还须寸土必争，针锋相对。因毛泽东身体不适告休，***当时正在主持中共中央的工作，他的几次讲话、中共的若干指示和政策，以及中共重庆代表团在这一时期的活动，反映出中共对政协的基本态度。周恩来特意告诉马歇尔：“我们认为中国的民主要走美国的道路，因为中国今天没有社会主义化的条件，虽然我们在理论上是主张社会主义的，但在今天不打算且不可能把它付诸实施。我们要学习美国的民主和科学，要使得中国能进行农业改革和工业化，企业自由，发展个性，以达成建立一个独立自由富强的国家。（”《周恩来一九四六年谈判文选》，92—93页。）应该说，当时中共对形势的估计是乐观的，对实行政协决议的态度也是有诚意的、坚决的。但是，中共对于保持自身政权和军队的独立性，避免其被完全纳入国民党仍然有相当的警惕，尤其是毛泽东特别强调独立性的问题，认为中共要统一而不被消灭，只有对付好才能摆脱危险，并强调中共与法国等西欧共产党不同，不能交枪，实行军队统一要看具体情况。这一方面说明，当时法国、意大利等西欧共产党交枪参政的情况对其他国家的共产党起到了某种示范作用；另一方面也说明，中共有长期独立进行武装斗争的历史，对国民党始终抱有警惕，不会轻易交枪参政，融入既有体制。
2月1日，周恩来在重庆会见蒋介石，转达毛泽东关于军党分立、长期合作的意见，并告毛泽东将参加政府。2日，中共中央电告陈毅，中共中央机关准备迁苏北淮阴办公。6日，中共中央将预备参加改组后之国民政府的中共委员名单电告周恩来，这一名单包括了中共主要领导人毛泽东、周恩来、***以及林伯渠、董必武、张闻天、吴玉章、范明枢（如范不能去则提彭真）等人，并提出以周恩来任行政院副院长，林伯渠、董必武、王若飞任部长。7日，中共中央向各地发出指示，提出：“我们的方针是争取蒋介石国民党继续向民主方面转变，以实现国家民主化，孤立国民党内部的反动派。我们现在应谨慎地与蒋介石、孙科、王世杰、邵力子及政学系等人合作，进行民主化工作，而反对西西复兴两系中的坚决反民主分子。”为此，“决定暂时与国民党成立宣传休战，停止对于国民党的宣传攻势”。 （《中共中央文件选集》第16册，72—73页。）以中共在重庆的舆论喉舌《新华日报》为中心，中共宣传工具对蒋介石和国民党在政协期间的表现予以肯定，对“在蒋主席领导下”实行政协决议寄予期望，并强调各党派长期合作，民主协商解决中国问题。2月下旬，整军协议的达成，使自政协开始的民主化进程达到高峰。这一时期，中共对形势的估计较为乐观，总体工作部署基本是围绕如何适应“和平民主新阶段”的要求，如何将工作中心由武装斗争向和平竞争方向转变而进行的。
但是，政协之后政局的发展并不如中共最初预计的那么乐观，在和平的大环境下，不谐和的音调屡有出现。国民党内反对政协的声音不仅没有停息，反日渐增高。2月间，在上旬发生重庆较场口案，下旬又在各大城市发生大规模反苏游行，并有指责中共的口号与行动。这些均引起了中共的警惕，认为这是国民党内反动派企图撕毁政协决议的阴谋，应予以一定的反攻。但中共并未因此而改变对形势的基本判断，仍对国民党通过中央全会首肯并实行政协决议的可能性表示期待。
国民党六届二中全会的结果，实际否定了政协决议，最终使中共改变了原先对形势的估计，并因此调整自己的政策；而中共的政策调整又将影响国民党政策的再调整。本已缺少互信的国共两党，刚刚因停战和政协而建立起的脆弱互信再次出现危机。国共两党的关系，也由政协期间及其后短时间的良性互动，转向二中全会以前的观望与猜疑，再至二中全会后的基本回复原状。国民党六届二中全会开幕后，公开传出的信息多对实行政协决议不利，引起了毛泽东的高度重视。3月15日，毛泽东在中共政治局会议上分析了时局，提出反苏、反共、反民主的反动势力是当前和今后的主要敌人，中共的路线是联合广大人民和资产阶级的中、左派，打倒***残余势力和资产阶级中的反革命势力。他强调“不管风浪多么大”，也要把握住，否则“就会觉得天下太平、四方无事，那就危险得很。我们的军队是要缩编的，但不是缩编得越少越好，一些同志不知道这些，需要说清楚。”国民党六届二中全会闭幕后，毛泽东即指示重庆代表团“应展开批评攻势，针锋相对，寸土必争”，并批评二中全会是“先军队国家化，吞并异己，大权在握，永远也不国家民主化；对国民党军国家化，一字不提，明欲保存党派军队。凡此皆为规外行动，另生枝节。我们坚主即刻开始政治民主化，使整军后之两党军队均交民主政府；必须两党齐交，希望国民党勿作规外行动，勿另生枝节。”18日，中共中央在给各地负责人的指示中，通报了国民党二中全会的情况，认为：“最近时期一切事实证明，蒋介石反苏、反共、反民主的反动方针，一时不会改变的，只有经过严重的斗争，使其知难而退，才有作某些较有利于民主的妥协之可能。” 这一指示实际上改变了中共前此对国内形势处在“和平民主新阶段”的估计，并提出：“我们反对分裂，反对内战，但我们不怕分裂，不怕内战，我们在精神上必须有这种准备，才能使我们在一切问题上立于主动地位。”（《毛泽东文集》第4卷，98页；《胡乔木传》编写组：《胡乔木书信集》，5页，北京，人民出版社，2002；《中共中央文件选集》第16册，97—98页。）此后，中共公开批评国民党六届二中全会是对政协的倒退与反动，中共与国民党在政协决议上的分歧由此而公之于众，而中国政治的特点决定了没有国共两党的合作，中国的和平是不可能的。
政协结束后，国共两党与当时由民主党派势力形成的第三方面就实行政协决议进行了一系列商谈，但因为国共意见不一，商谈未能在政协决议的基础上取得新的进展。
关于宪法草案问题。政协结束后，由参加政协的五方面各出五名代表，并聘请宪政专家十人，组成宪草审议委员会，根据政协宪草原则，负责制订宪法草案提交国民大会。由于国民党已经将政协宪草协议作为修正政协协议的突破口，因此在宪草审议委员会的讨论中，国民党方面主张对政协宪草原则进行修改，尤其强调国民大会应恢复为有形、立法院不应对行政院有同意权、省不得制定省宪，意图保持行宪后国民党对政局的控制。张君劢曾撰文批评国民党的主张：国民大会三年开会一次，会期仅一月，名为有形，实为虚设，其去中山先生主权属于国民全体之意义，不啻十万八千里，实假中山先生之名，以行专制之实。（三民主义宪法促成会：《宪草修改原则批判集》，116—118页；孔繁霖：《五五宪草之评议》，309—315页。）但此时正值国民党召开六届二中全会，其党内对政协的反对声浪高涨，尤其对上述几点更为坚持，如果坚持原案，则政协决议的实施势将搁浅，周恩来本已担心国民党中央全会可能否决政协决议，如此则将影响于大局。有鉴于此，他审时度势，为了争取国民党多数认可政协决议，稳定大局，指示中共代表团于3月15日同意作出重要让步，即将国大由无形改为有形，删去宪草中如立法院对行政院全体不信任时，则行政院或辞职或提请总统解散立法院条文，省得制定省宪改为省自治法。中共代表团同时要求国民党承诺对宪草不再提出其他修改要求；各党派应约束其党员在国大投票赞成此宪草；国府委员之选任，除国民党员外，不应提请国民党中常会通过；国民政府组织法应依政协协议制定，其一切施政之准绳，即为和平建国纲领，此外不受其他任何约束。但这些让步并未在国民党六届二中全会通过的有关决议中得到应有的回应，中共中央因此于18日指示周恩来，对上述让步“必须迅速加以挽救”，“国民党二中全会是坚决反对国家民主化的，他们必然坚持要修改宪草原则，国大代表名额他们又擅自增加，我与民盟在国大保持否决权将不可能。在这种情形下，我们决不能参加国大，参加政府。”（《甲乙致丙丁电》，1946年3月18日，中央档案馆抄件卷90第10甲号。）如此一来，本已达成原则妥协的宪草又成悬案，有形国大的组织及职权、行政院与立法院的关系、省的地位问题，成为各方争论的焦点。宪草审议委员会最后整理出一个宪法草案，在行政与立法关系方面，规定任命行政院长须经立法院同意；行政院对立法院负责，行政院如不同意立法院的决议，得经总统核可后，交立法院复议，如经立法院出席者2/3复议维持原案，行政院长或接受或辞职，但立法院没有对行政院的不信任投票权，行政院也不能解散立法院。这样，立法院的复议权受总统核可和出席者2/3的限制，保留了较大的行政权力。在地方自治方面，规定省自治法须根据省县自治通则拟订，并须送司法院认可，为其设置了若干障碍。（黄香山：《国民大会特辑》，24—25页，南京，东方出版社，1947。）该案虽然对国民党的修改意见并未照单全收，是个折中方案，但仍因违反了政协宪草原则的实质，因而中共声明采取保留态度。