在强硬派的猛烈攻击下，即使是主张对共妥协、实行政协决议的人士，如孙科、王世杰、张群、张治中等，在反对派的强大声势和压力下，均噤口不言，以免成为被攻击的对象。会场形势几乎是一边倒。惟有邵力子出面为政协决议作了正面辩护，说明当时所以委曲求全，前提是为了国家和平，停止军事冲突，恢复交通，使人民安居乐业，国家可完成经济建设。不让步就得破裂，本着良心，我们认为不能破裂，只能在宪草等问题上让步。
除了会上的发言外，与会者还就政协与中共问题提出了若干提案，其中有张继等提出《请确定接受政治协商会议议决事项之基本条件案》的秘密提案，杨森等提出《请纠正此次政治协商会议之“修改宪法原则”并制定适合国情之宪法案》的秘密提案，李培基提出《五五宪草在未提交国民大会以前不能由任何党派加以修改案》。张继等案提出实施政协决议的先决条件是：（1）应先励行军令、政令之统一，凡恃军队为政争工具者，应俟彻底改编，并取消割据后，始得实施政协议决案；（2）宪法应由国大根据建国大纲及国父遗教自由制定，不得以协议之修正案拘束其通过。李案则提出：（1）各地中共部队完全停止进攻，一律实行统编时，国民政府方可改组；（2）国民政府改组时，中共边区政府应即撤销；（3）改组后之政府，须负责保证中共部队依整军方案所定时限、地区完成统编及配置。与全会对政协和中共的攻击相呼应，许多发言者还对战后国民政府的对苏、对东北政策进行了强烈的批评，要求采取强硬措施，加派军队，武力接收东北，彻底消灭中共在东北建立的“非法”政权及武装部队，以免后患。
不仅如此，以CC系为主干的所谓国民党“革新派”，以“救国必先救党”为由，提出在党内实行民主革新，“肃清官僚主义”，实则企图通过自己掌握的组织系统，控制选举，取得更多的实际利益。他们提出：总裁最后决定权只能在中央执行委员会会议上行使，而不能以面谕或手令方式变更中央决议；总裁最后决定权只能在议案经过充分讨论并付表决后认为必要时行使，不能在议案尚未表决前先作决定，致妨碍自由讨论；中央常务委员应由中央执行委员会以无记名方式投票选举（以往是总裁指定），中央各部会首长应由总裁提名经中常会通过任命；今后中央会议一律采取无记名投票制。他们得到一批尚未有实职的国民党少壮派的支持，在全会中十分活跃。贺衷寒提出：我们对于问题在未决议之前应该广泛讨论，充分发扬民主精神。过去党内有很多决策，没有经过讨论，直接呈总裁决定了，有许多问题总裁也没有经过慎重考虑，结果实施时发生问题。对于这样的言论和这种限制总裁权力的提议，蒋介石当然不以为然，他训斥“革新派”说：“本党的组织原则是民主集权制，你们主张民主固无不可，但不要因民主而忘了集权。”由于蒋的反对，革新派的主张终未如愿。（《国民党六届二中全会第十七次会议速记录》，6.2/6.26—29，国民党党史馆；程思远：《政海秘辛》，188—189页，哈尔滨，北方文艺出版社，1991。）
对于二中全会上发生的激烈争论，蒋介石一方面不希望因此而影响国民党希望和平的公众形象，需要加以控制；另一方面又企图借此达到其修正政协决议的目的，对这样的言论不无放任。因此，蒋介石在会议期间的讲话所传达的信息可以被对立双方各取所需。他一方面告诫代表不能“徒逞感情，执持成见，各行其是”，“凭幻想和主观来决定行动，以致破坏整个的政策和终极的目的”；另一方面，他又强调“政治协商会议对‘五五’宪草修正的原则，违反三民主义五权宪法与党纲的地方，我们自然不能接受，我个人将来到国民大会里面，也一定要负责力争，总要依据三民主义五权宪法和党纲来加以修正”。对于会上表现的强烈反共情绪，蒋介石表示，“我们的一切行动和措施，必须忍耐，决不可只顾一人一党的权利和地位，漠视全国人民的需要，故步自封”；同时又声称，“本党的力量比之二十年前，已大过好几十倍，尤其是军事力量，实足以敉平国内任何的叛乱”，“万一我们本着这种和平忍让为国的精神，还不能避免反动势力的叛变，我们自然可以采取有效的对策”。（秦孝仪：《先总统蒋公思想言论总集》卷二十一，261—277页，台北，中国国民党中央委员会党史委员会，1984。）这种表示既照顾到社会观感，而重点又在安抚强硬派，并表示出蒋内心的真实想法。在蒋介石的打压与操控下，会上有关政协和对共政策的争论暂告终止。
3月16日，六届二中全会通过《对于政治协商会议报告之决议案》，表示“在协商进程中，凡属国家民族利益所在，本党均不惜以最大之容忍为多方之退让，委曲求全，俾底于成”；对于政协决议，“自当竭诚信守，努力实践”。然而，对于政协决议所要解决的中心问题“政治民主化”与“军队国家化”，该案独责中共，要求中共“使政治民主化之原则不致因任何障碍而不能普遍实现”；对于整军协议，“务须切实履行。尤其目前一切停止冲突，恢复交通之成议，必须迅确实现；封锁、围城、征兵、扩军及军队之调动，必须即刻停止。”此种指责，显然只能恶化本已脆弱的国共互信。更关键的是，决议明确提出：“所有对于五五宪草之任何修改意见，皆应依照建国大纲与五权宪法之基本原则而拟订，提由国民大会讨论决定。”这种实际推翻政协决议的主张，势必将引起中共的强烈反弹，从而危及政协决议实行的前途。该决议案在文字上对政协决议并未多有涉及，却用了大段文字指责中共，并对宪草问题作了鲜明表态，而这样的决议还是在蒋介石亲自坐镇掌控下才得以通过，于此亦可见国民党内反对政协决议呼声之高。但此决议既未对政协表示公开反对，维持了国民党的公众形象，敷衍了党内温和派；又对中共严加斥责，并在宪法问题上推翻了政协决议，满足了党内强硬派的要求，也为蒋介石所乐观其成。二中全会还将对宪法草案的修改意见具体化，要求：（1）宪法应以建国大纲为依据；（2）国民大会应为有形组织，用集中开会方式行使职权；（3）立法院对行政院不应有同意权及不信任权，行政院亦不应有提请解散立法院之权；（4）监察院不应有同意权；（5）省无须制定省宪。这就将国民党反对政协通过的宪法原则之意见公开化。全会还在蒋介石的建议下，决定国府委员由国府主席提请国民党中央执行委员会选任，在中执会闭会期间，提请中常会选任；在国防最高委员会撤销后，恢复设立中央政治委员会，作为国民党对于政治的最高指导机构。这两项决定着眼于即将进行的政府改组，以保证国民党仍可控制政府的人事与决策。（《中国国民党第六届中央执行委员会第二次全体会议记录》，145—147页，中国国民党中央执行委员会秘书处，1947。）
3月17日，六届二中全会在通过宣言后闭幕。此次全会反映出国民党对其未来地位的深重担忧及其对共政策的重要转变。随着中共力量的不断增长，如何处理国共关系，已经成为国民党战后施政的中心内容，并决定着国民党未来的政策走向。
在国民党六届二中全会开幕前和进行中，社会各界多对国民党抱有期望，望其“接受政治协商会议的各项协议，循和平民主之路向前进步”。但是，社会各界对国民党能否实行政协决议也有不少担心，如民盟领导人罗隆基所言：“为中国前途着想，倒是先把政协所决定的先实行了，再开党的全会不迟。万一有个党全会不赞成政协所决定，那怎么办呢？难道再从头打起来，推翻政治协商的效果吗？”结果为罗隆基不幸而言中，国民党六届二中全会未能如社会各界所期待的那样，向扩大政治民主化的方向继续迈进。相反，其对政协决议实际的否定，引来其他党派与社会舆论的诸多批评与担忧，认为国民党仍企图维持一党专政，无助于民主化进程，表明国民党内“握有实权之强硬派人士，正猛烈抨击目前若干从政之进步派人士，责渠等执行之外交经财等政策均有错误，并对政协表示不满”。就连从旁观察的美国人也强调，“二中全会破坏协商会议改组政府之原则为极大错误，使政府担负破坏会议之责，而使马歇尔不能向全世界人士宣布主持反协议者属于共党，并使马歇尔以政会方式解除中共武装支援中国之计划失败。”（1946年3月4日《大公报》，天津；中国第二历史档案馆：《中华民国史档案资料汇编》第5辑第3编政治卷（2），8页，南京，江苏古籍出版社，1999；1946年3月7日《益世报》，天津。）尤其是一直关注着国民党政策动向的中共，更对二中全会的结果表示不满，因政协而造成的国内政治和谐气氛因此而有了变化。