尽管国共双方都在为已经不可避免的战争加紧准备，但在马歇尔的调停下，停战谈判仍在继续进行。6月7日，蒋介石下令东北停战，同时提出应在15天的停战期中商定停止东北冲突、恢复国内交通及实施整军协议的办法，并要求“对以上三事之协定，必须同时签字，不可再有先后之分，以免共党继续拖延”。（秦孝仪：《总统蒋公大事长编初稿》卷六（上），189页，台北，中国国民党中央委员会党史委员会，1978。） 国、共、美三方在前两个问题上较快达成了妥协。6月24日，三方草签了《恢复华北华中交通线指令》《解决执行小组交通小组北平军调部及长春军调分部中某些争执之条款》和《终止东北冲突之训令》，规定：（1）立即恢复华北、华中的一切交通，立即修复铁路并规定各路的修复期限；（2）当国共两方对军调意见不一时，美方代表可单独提出报告，请求指示，决定在何时何处进行调查，命令停战及实行隔离部队，实际增加了美方权限；（3）在东北实行完全停战，15日内交出国共双方部队清册，中共因此而承认了1月停战令以后国方多达数个军的部队进入东北的事实。由于中共当时毕竟尚处于弱势，与国民党进行全面对抗的实力与准备仍然不足，因此希望尽可能推迟战争的爆发，以争取更多的时间，所以在谈判中作出了重要让步。但因为蒋介石坚持只有在修订后的整军方案达成协议后，国民党才能在这些协议上正式签字，余下的谈判进行得异常艰难。
对于整军方案规定的国共军队数额，双方此时并无太大的异议，关键在于整编后中共军队的驻地。国民党提出的中共军队驻地方案为：东北1个军（3个师）分驻于兴安、黑龙江和嫩江省，或兴安、黑龙江省和延吉地区，哈尔滨至满洲里铁路沿线由中央护路宪警进驻；关内5个军，集中于陕北、察北、山西上党、河北大名、山东临沂地区；国共双方在山东恢复6月7日的位置，中共军队退出胶济路两侧30公里。如此一来，中共军队不仅在东北将退出所有重要地区和交通沿线，局促于北满边远偏僻地区；在华北将退出热河全省及察哈尔省大部，优势地位被严重削弱；尤其还要退出自抗战中期起就是中共重要根据地的苏北地区，失去苏北丰富的人力、物力资源。就全盘战略布局而言，中共军队将被分割隔离，部署在若干孤立而互不联系的地区。国民党以这种极其苛刻的方案作为签订其他协议的前提条件，更有挟东北胜利之优势，迫中共作城下之盟的意义。难怪周恩来见到蒋的方案后痛斥为“混蛋之至，战意已大明”。他深知，如果此时屈服于国民党的压力，则将为中共的前途带来无穷后患。因此周恩来明确告诉马歇尔，中共要求东北驻军增加为5个师，驻安东、牡丹江、齐齐哈尔、洮安和哈尔滨；关内军队驻地另行商谈；至于退出所占城镇，原则上应是国共双方均退出1月13日后所占之地。同时，他建议中共中央命令各地，“尤其是苏北、山东、东北、热河速作各种准备，迎接蒋方进攻”。（中共中央文献研究室、中共南京市委员会：《周恩来一九四六年谈判文选》，442—443页，北京，中央文献出版社，1996。）
调停中立一方的美国特使马歇尔由于未能阻止东北战事的发生及扩大，已在中共眼中失去了他曾经有过的公正形象；国民党方面，由于马歇尔并不主张其放手大打，并时不时地强调所谓美式“民主”，对马歇尔也未必十分满意。马歇尔虽已感觉其使命之艰难，但仍勉为其难，仍在继续努力，希望至少可以使战争不至于扩大到关内，以在确保美国利益的同时，也保住他个人的面子。在6月停战期的谈判中，他一方面企图说服蒋介石降低要价，另一方面又极力压中共在华北驻军问题上让步。他的表现更使中共确信，美国已经站在了国民党一边，故对马歇尔调停态度冷淡；而国民党也没有因为马歇尔的态度改变自己的高调立场。马歇尔在停战期的忙碌一事无成，由和平至战争的形势发展已无可挽回。6月中旬，蒋介石多次对国民党高级官员和高级将领发表演讲，声称有人以为中共问题军事不足以解决，此乃大谬不然。过去军事不能解决的原因，是由于日本掩护中共捣乱，今日人已经投降，军事解决为极容易之事；又有人以为中央经济困难，不能用兵，殊不知中央财政之准备，足以维持两年有余。蒋如此讲话实为进行战争动员，出席听讲者也不会不明白蒋的意思，都认为蒋的讲话“充满剿匪意味，并坚定大家之信心”。（唐纵：《在蒋介石身边八年》，623页。）
中共同样也在进行战争的准备与动员。中共中央在给林彪的电报中明示中共方针是：“（一）国民党一切布置是打，暂时无和平希望。（二）谈判破裂，全国大打，不限于东北。（三）全靠自力更生。（四）半年至一年内如我打胜，和平有望。（五）友邦在将来可能在外交上给以援助。（六）我党在南京谈判中，当尽最后努力，付出最大让步，以求妥协。但你们不要幻想。”（中共中央文献研究室等：《毛泽东军事文集》第3卷，295页，北京，军事科学出版社等，1993。）6月26日，中原战事爆发，国民党进一步提高要价。28日，蒋介石提出新的条件：中共军队驻地问题应整个解决，进入防区的时间不得超过3个月，达成协议后10天内，中共军队自山东、山西6月7日后攻占的地区及胶济路、临（城）枣（庄）支路和临（城）徐（州）路沿线撤出，30天内自承德、古北口和苏北撤出。周恩来在谈判中愤愤不平地告诉马歇尔：“蒋介石是要绞死我们。我用一切力量让，而我让一步他即迫一步！”但为了争取时间做好准备，并获得政治上的主动，中共仍然希望尽量推迟战争爆发的时间，故同意再作相当让步，将中共军队撤出国民党所要求的苏北淮安以南、皖东北、胶济路沿线、承德和张家口以南地区，条件是“政府军队决不开入这些地区，而这些地区的地方政府及其保安部队仍应当于原地维持治安，实施行政”。中共可谓已经作出了所能作出的最大让步，因为这些地区多数已为中共控制多年，有了一套相对完整的政治、经济制度与统治架构，如果同意国民党可以在中共退出后进驻，则前功尽弃不说，也不易说服地方干部与民众，不利于中共未来的政治角逐。但国民党一党独占政权之心态也已经多年养成，不能容忍中共力量存在，亦不能体谅中共之难处，仍坚持中共应交出所有退出地区的地方政权。对此种近似于最后通牒式的要求，中共无论如何都不能接受，因为“与其不战而失如此广大地方，将来不能收复，不如战而失地，将来还可收复”。（《周恩来一九四六年谈判文选》，492—493、503页；《毛泽东军事文集》第3卷，333页。） 谈判毫无进展。
6月底，停战将届满（6月20日，蒋介石决定将停战期由15天延长至当月底），蒋介石于28日和29日连续召集国民党高层会议，商讨对共政策方针。会上，多数人主战，只有王世杰等少数人仍主张“成立协定，即令协定不能完全解决问题，亦可避免局势之恶化”。蒋介石最终决定动武，不过迫于政治环境而不能公开宣战，因此决定对共方针是：在军事“进剿”的同时，宣布“和平之门不闭，惟待共党之回头”。停战令到期的30日，国民党中央宣传部部长彭学沛发表声明称：“今停战命令虽已期满，政府对于和平统一之方针决不变更，除非共党进攻国军……则国军不仅为自卫计，且为保卫人民生命财产和维持地方安定秩序，职责所在，不能不加以抵抗和驱除。”（ 《王世杰日记》1946年6月29日，台北，“中央研究院”近代史研究所，1990；1946年7月1日《中央日报》，重庆。）7月2日，蒋介石在还都后首次会见周恩来。周恩来提出，在全面停战的同时，一面谈判军事问题，一面恢复政协综合小组会，谈判政治问题。但蒋对此毫无兴趣，只是一味要求中共退出国民党要求的各地方，并强调如中共继续占据苏北，“政府实已无安全可言”，因此中共退出苏北“为政府与中共和平谈判之基础，倘此点不能实现，则一切无法再谈”。从2日到10日，国民党代表陈诚、王世杰、邵力子和中共代表周恩来、董必武就未决问题进行了多轮会谈，国民党仍反复要求中共完全退出其要求的各个地区，但周恩来坚持中共的基本立场是不交出退出地区的地方行政。双方的立场始终无法接近，在10日进行了最后一次会谈后，国共高层代表的接触暂告终止。7月11日，蒋介石会见马歇尔，“劝其暂作静观态度，并告以三十年来处事之经验，凡事至无能为力时，只有暂时搁置，听其自然，但终有解决之一日，非至时机成熟，则徒劳无益也。至于政府现所采取有限度之军事自卫行动，实有助于彼之调解工作，而决无任何妨碍。”（ 《总统蒋公大事长编初稿》卷六（上），207—208、217页。）此言表明蒋介石已决定“搁置”谈判。13日苏北战事爆发，14日蒋介石携其妻宋美龄以避暑为名赴庐山，“静观”内战之进行，全面内战终于又一次降临中国大地。
第二节国共双方的军事动员
国民党之所以敢于破裂国共关系，发动全面内战，自然有其本钱，因为在与战争直接关联的军事力量的对比上，国民党大大超过了中共。全面内战爆发前，国民党军队计有陆军86个军（师），248个师（旅），200万人；非正规部队74万人，特种兵36万人，后勤、后方机关和军事院校101万人；海、空军19万人，海军编为3个舰队，有各型舰艇129艘，空军编为5个军区，有各种飞机443架。总兵力达到430万人。而中共军队总数不过为127万人，其中野战部队为24个纵队（师）11个旅（师），61万人，地方部队66万人，特种兵只有炮兵1个旅14个团17个营38个连，没有海、空军。国民党的海、空军对中共具有绝对优势，而陆军野战部队，不仅数量超过中共两倍以上，装备更为中共部队所远不及。国民党部队已有39个军（师）换用美械装备，重装备火力与机动性大大提高。以其主力整编第11师为例，配备枪11520支（其中冲锋枪2370支），火炮440门（其中105榴弹炮8门），汽车360辆。而中共装备最好的东北第一纵队，配备枪13991支（其中冲锋枪92支），火炮46门（其中75山炮12门），没有汽车。国民党军队的后勤补给能力也强于中共，其下属的18家兵工厂月产步枪9000支、机枪1430挺、火炮875门；而中共下属的65家兵工厂月产步枪只有1000支，不能生产重武器。（军事科学院军事历史研究部：《中国人民解放军全国解放战争史》第1卷，338页，第2卷，1—6、13页，北京，军事科学出版社，1993—1997。）因此，蒋介石自信地认为：“比较敌我的实力，无论就哪一方面而言，我们都占有绝对的优势，军队的装备、作战的技术和经验，匪军不如我们，尤其是空军、战车以及后方交通运输工具，如火车、轮船、汽车等，更完全是我们国军所独有，一切军需补给，如粮秣弹药等，我们也比匪军丰富十倍，重要的交通据点、大都市和工矿的资源，也完全控制在我们的手中。”所谓“一切可能之条件，皆操之在我，我欲如何，即可如何”。（秦孝仪：《先总统蒋公思想言论总集》卷二十二，135页，台北，中国国民党中央委员会党史委员会，1984。）