正因为国民党拥有强大的战争机器，因此其对打胜与中共的战争曾有充分的自信。停战的实现，并未影响国民党的战争部署。蒋介石特别要求各部队在整编期内注重攻击、防御、清乡侦察、组训民众方面的训练。1946年1月14日，停战令刚刚生效，副参谋总长白崇禧即召集各部门主要官员开会，提出：（1）陆军方面以整训名义，迅速整编，充实粮弹，赶运各师武器，并多制游动铁丝网，俾适于北地作战；（2）空军方面，应多储油、弹于各重要基地；（3）海军方面，第一舰队已在渤海口游弋，继续阻绝奸匪海运。以上各项系密为准备，如中共听命，则国军各师固应趁此时机，充实整训；如其背信抗命，则我有充分准备，宁未雨以绸缪，亦可毋临渴掘井。2月间，军方拟订的方案将未来的军事行动分为三步：第一步攻占热河之赤峰、承德及察哈尔之多伦、张家口，同时以数军由海道运至连云港登陆，以拊苏北鲁南共军之背而歼灭之；第二步打通津浦线；第三步击灭冀南、豫北的共军。对于延安，则认为在政治全面破裂之时，应一举而攻略之。蒋介石将此案“批交军政、军令、军训三部秘密研究准备”。同月，白崇禧到北平与李宗仁、孙连仲等商讨军事，认为“停战前途既毫无把握，如即开始整军，军队一经改编，非半年不能恢复战力，拟请将整军计划缓二三个月后实行”。他建议目前应完成平津地区之粮弹准备；集中兵力于京沪，准备向华北增援；准备几个军于秦皇岛、山海关地区，以备适时出关。（《中华民国重要史料初编——对日抗战时期》第5编第4册，387页，1985；《蒋中正总统档案·革命文献·戡乱时期（政治协商与军事调处）》中（一）第6册，108页。）东北战事开始后，国共关系日趋紧张，随着国民党的军事进展，军方动武的主张亦日渐抬头，形成了动武的大气候。6月1日，李宗仁致函蒋介石，认为“不应再受协议之拘束，确保主动，运用军政，导时局于有利，即一面进行协议，一面部署准备军事。”如协议进行顺利，则以政治为主，军事为辅，完成北方各省区之守备计划，监督共军之改编，恢复交通，推行政令。如协议不能进行时，则以军事为主，政治为辅，迅即增调兵力于华北，先扫荡热河，解除平津北面之威胁，隔断张垣与东北之联络；然后以津浦南北段与胶济路及鲁西方面四路进军，扫荡山东之共军主力；再以新乡、德州、石门三路进攻磁县、邯郸，封锁太行山区，打通平汉交通；最后由南口、归绥、大同三方面夹击张家口，打通平绥路，再回师会攻延安，以摧毁其根据地。他建议“迅速完成各要点要线之守备计划及坚固工事”，“尤其作战准备及小规模之绥靖行动，可不受协议之限制，其各主要线之进攻，则依政府之命令再行实施”。此项进行全面内战的建议实与蒋介石内心的想法不谋而合。早在2月3日，蒋介石就致电军训部长徐永昌，将5月31日作为参与绥靖部队师长以上军官轮流训练竣事的日期。及至国民党军队在东北四平取得一时的胜利，更使蒋介石颇为自得，认为已有资本与中共进行实力较量。5月中下旬，蒋介石连续给负责国民党军队整编训练的顾祝同和刘峙发去极密电，要求陇海路沿线已整编之部队，“尽速补足其依照编制所应装备之器械及通讯运输卫生等设备工具”，战车部队与步工兵联合作战及陆、空军联合作战之训练工作，“应即筹备实施”，并由各绥署先指定担任出击最重要方面任务之两个至四个师进行演练，“限六月底训练完成”。（《蒋中正总统档案·特交档案·分类资料（剿匪）：全般措施》002卷第6号；《蒋中正总统档案·特交文卷·交拟稿件》第23册第1981、1998—2000号。）这说明蒋介石已将6月底作为开战之期，命令下属进行全面准备。
对于如何打赢与中共的战争，蒋介石有他自己的逻辑和想法。他认为：“现代作战最紧要的莫过于交通，而要控制交通就先要能控制都市，因为都市不仅是经济政治文化的中心，一切人才物资集中之所，而且在地理形势上，他一定是水陆交通的要点。我们占领重要都市之后，四面延伸，就可以控制所有的交通线，交通线如果在我们控制之下，则匪军即使有广大的正面，也要为我所分割，所截断，使其军队运动的范围缩小，联络断绝，后勤补给都要感到困难，终至处处陷于被动挨打的地位。”而且，“没有大城市作为根据地的匪军，就永远只能流窜，永远只能算是流寇，不能使别人相信他的力量。”因此，蒋制定的军事战略是第一步必须把匪军所占领的重要都市和交通据点一一收复，使共匪不能保有任何根据地；第二步要根据这些据点，纵横延展，进而控制全部的交通线，通过“先占领据点，掌握交通，由点来控制线，由线来控制面，使匪军没有立足的余地”。蒋介石始终固执于中国的历史和传统，将中共视为“流寇”。他认为中国历史上“流寇”的生存方式无非是两种，一种是“流窜”，一种是“负隅”；但在现代条件下，由于交通的发达，“不能流窜”，只要国民党军能够攻占中共的根据地，使其“不能负隅，那他就不能持久”。（秦孝仪：《先总统蒋公思想言论总集》卷二十二，20、112—113页，台北，中国国民党中央委员会党史委员会，1984；蒋介石：《剿匪战役之检讨与我军今后之改进》，1947年2月19日，军事图书馆藏档。）正是因为蒋的战略，国民党军在全面内战开始后将进攻重点始终放在中共根据地的城市和交通线，但中共部队惯用运动战，甚少固守城市，因此蒋的攻其“负隅”便成无的放矢；而当时中国的现代交通并未成网（只有东北是惟一的例外，但国民党军兵力又不足），国民党军的机动性与作战能力也不足以凭交通线封锁中共部队的运动转移，蒋的阻其“流窜”又成了空谈。
内战爆发之初，国民党军采取的是全面进攻战略，如蒋介石所部署，“第一是要占领匪军的政治根据地，使他不能建立政治中心，在国内外丧失其号召力。第二是要摧毁其军事根据地，捣毁其军需工厂与仓库，使其兵力不能集中，补给发生困难。第三是封锁其国际交通路线，使之不能获得国际的援助。”（《先总统蒋公思想言论总集》卷二十二，292页。）但在实际运用中，政治上由于外部环境压力（马歇尔尚在中国调停，国共谈判仍在进行，国共关系尚未完全破裂）和外交关系顾虑（苏联对东北战事可能之反应），国民党迟迟不能进行全面动员，进入完全的战争状态，而是在所谓“自卫”、“恢复交通”、“难民还乡”等口号掩护下进行军事攻势；军事上，由于兵力动员的困难（整编训练未及完成），以及军队兵力调配在中共军队的阻击下迟迟未能完全到位，只能就现有部署行动，将进攻重点放在华北和华东部分地区，尤其是苏北到山东一线。6月13日，参谋总长陈诚在国防部作战会报上提出，东北应军事、政治、经济、外交平衡发展，长江以北应以军事为主，政治经济为辅，长江以南则以政治为主，但仍配合军事要求。参谋次长刘斐具体解说国民党军的作战计划是：“关内重于关外。关内首先打通津浦、胶济两铁路，肃清山东半岛，控制沿海口岸。”（《国防部作战会报记录》，军事图书馆藏档。）根据这样的部署，国民党军在战争之初并未能全面行动，战场实际是由南向北，自中原向苏北，再向华北，复向东北推进，成逐次用兵之势，最后以进攻延安和山东为政治、军事配合之顶峰。全面内战爆发之初，国民党军用于一线的攻击部队不过26个整编师72个整编旅，约为其正规军总兵力的30%；最高峰时也不过为43个整编师117个整编旅，约为其正规军总兵力的一半。这个数字比防守一方的中共部队只多一倍左右，对于进攻一方而言，尚不能形成必胜的绝对数量优势。在华东、华北，尤其是东北地区，国民党军时有兵力缺乏之感，而在中共力量最为薄弱（只有2个纵队）的陕北，国民党军则部署了10个整编师，却不能一鼓而下。国民党资深将领程潜曾抱怨说：“不知蒋先生对这个仗是如何打法？最高的战略如何策定？重点摆在哪里？是关内？抑或关外？是由内往外打？还是由外往内打？由南往北打？或者由北往南打？实在令人无法揣测。”如此一来，虽然国民党认为以其优势兵力和装备，在战争打响后可以速决，而且其所面临的国内外政治经济环境也必须速决，但国民党军队战略不明、战术欠周的表现，与其速决战的预期完全背道而驰，不仅没能速决，反而在消耗战中拖垮了自己。即便是国民党高级军事将领在经过实战后也认为：国民党军“无计划，无准备，处于被动，常犯逐次使用不充分兵力之过失”；“多行全面攻击，兵力分散，攻防均无重点”；“以各个战场比较优势之兵力，发动攻势，固不能获致重大之战果。同时，散布各战场之兵力，因种种关系，抽调转用，多不自由，以致每每发现良机，而不能捕捉。”（王禹廷：《胡琏评传》，57页，台北，传记文学出版社，1985；军事科学院军事历史研究部：《中国人民解放军全国解放战争史》第2卷，263页，北京，军事科学出版社，1993—1997。）
在战场作战方面，国民党军表现出较强的优势炮火、较好的步炮协同能力、较为迅捷的交通运输能力和较为完善的筑工守备能力，尤其是其老牌主力部队，如在十年内战期间与中共交过手的第5军、18军（整编第11师），在抗日战争时期编成并经过若干重要战役磨炼的第74军（整编第74师）、新1军、新6军等，均表现出相当强的综合战力，使其可以在内战之初占据优势，四平攻击战和南麻守备战即为其战力之表现。但如与中共部队相比较，国民党军的战术运用亦表现出以下较为明显的弱点：
（一）由于抗战时期长期守势作战的影响，相当部分的部队攻击力较为低下，过于依赖武器装备的作用，尤惧中共部队夜战、近战和白刃战；对于上级指示的理解近于教条，在作战时缺乏主动性与灵活性。“只知呆板地沿一定进路，战备行军，无敌则进，有敌则战，不预判遭遇何种状况，亦不预筹因应对策，纯就临时状况作应急处置，行动完全追随敌人，无主动之作为，无至当之行动方案，更无全程作战构想”。（“三军大学”：《国民革命军战役史第五部——勘乱》第2册，150—151页，台北，“国防部史政编译局”，1989。） 中共部队则依靠强有力的政治工作，使部队具有高昂的士气与精神，并充分赋予和发挥前线部队及其指挥官在作战中的主动性与灵活性，强调应时而变、应地而变，不恪守成规，中共中央“不为遥制”，在相当程度上弥补了装备欠缺的劣势。
（二）过于注重占领地盘，而忽视消灭对手的有生力量。由于前述蒋介石对城镇和交通线重视，国民党军统帅部多要求部队于某日占领某地，“多以城镇为作战目标，故使匪主力得以逃走”，结果，国民党军虽然在内战初期占领了若干城镇，却使自己背上了守备的沉重包袱，导致占地越多则被牵制的兵力也越多，反而给对手以灵活运用、任意打击的目标，所谓“败固败，胜亦不胜，盖每发动一攻势，胜后即将能机动之部队悉供于驻守，则尔后即无再主动能力”。（《徐永昌日记》，1946年12月3日，台北，“中央研究院”近代史研究所，1991；《第二期军事小组讨论结论汇集》，军官训练团，1947。）相反，中共并不在意一城一地之得失，其统帅部很少要求部队占领某一地方，而是要求部队消灭对手的有生力量。为此，中共还将应该歼灭的国民党进攻部队的数额分给各个战区，最初要求在6—8个月内歼灭国民党军一线部队的1/3，其后基本确定为每年歼灭其100个师（旅）。这样，算上其征补，中共估计在5年之内可以基本消耗并歼灭国民党的军队。内战的进程表明中共的算度相当精确，亦收到了实际的成效。