（三）国民党军有较为复杂的派系渊源，在所谓黄埔嫡系的“中央军”和由地方军阀收编的“杂牌军”之间、在“中央军”指挥官的不同出身与人脉关系之间，存在着或大或小的复杂矛盾。1946年上半年的精简整编更加剧了这种矛盾。加之国民党军统帅部的指挥层次过多，叠床架屋，“建制常被分割，指挥系统重复而紊乱”，军以上的指挥架构竟有多至四五级者，更有不少指挥官非有蒋介石手令不肯积极行动，而蒋个人的精力与能力总是有限的。这就导致国民党军的协同行动多不成功，各战场之间，各战场内部，军与军、师与师之间，少有协同配合的成功范例，以致形成恶性循环，固守部队对增援部队缺乏信心，不敢坚持，总在仓促突围中被歼；而增援部队则认为固守部队不会坚守，救援缓慢，又成为中共部队围点打援之对象。连蒋介石也不得不承认：“我们一般赴援部队因为在未出发的时候不先加研究，更没有切实的准备作积极的行动，而只怕在中途被匪军伏击或包围，这样一开始便没有信心，就存着不能达成任务的心理。同时被围的部队因援军不能及时达到，又不相信援军能达成其增援目的，因而不敢持久固守，宁可冒险突围，以致全部覆灭。”（《剿匪战略战术的总检讨》，1947年4月20日，军事图书馆藏档。）在这方面，中共部队胜于国民党军。经过八年抗战的实战磨合，中共基本形成了在中共中央领导下的既有高度集中统一，又在一定程度上照顾到历史渊源的战区指挥系统，原先的地域界限已渐为战区内部的统一指挥所消融，战区内部部队之协同配合甚少发生问题；发展到1948年底至1949年初的三大战役时，中共已可在相距千余里的全战区范围内进行成功的协同配合。
（四）虽然国民党军有不少新进指挥官，如杜聿明、胡琏、孙立人等有较突出表现，并已崭露头角；但亦有平庸之辈，如胡宗南因蒋之宠信一直手握重兵，占据战区高层职位，可是在内战中除了占据延安空城外几无表现；更因论资排辈并照顾人事关系，使得刘峙这样的老朽无能之辈仍占据着关键性的岗位，在其因定陶战役指挥失误被免去郑州绥署主任后，又在关键性的徐蚌会战前被委以徐州“剿总”总司令之重要职位，这对于国民党军之失利不能不有重要影响。中共则在注重发挥彭德怀、刘伯承等老一代战将作用的同时，放手让经过实战磨炼的年轻一代战将指挥作战，40岁左右的林彪、粟裕、陈赓等成为中共在内战中崛起的新一代将领的代表人物，他们独当一面，运用大兵团进行机动作战的出色指挥能力为中外军界所公认。
（五）国民党军的情报工作，尤其是对中共的战略性情报工作可谓毫无建树，几乎未得到中共统帅部和战区一级有价值的重要情报。但中共对国民党的情报工作却极其成功，不仅国民党军的多位高级将领或是中共秘密党员，或与中共早有联系，在战场上发挥了重要作用；而且中共情报人员还打入了国民党统帅部的核心，如胡宗南的机要秘书熊向晖和国民党中央党部机要速记员沈安娜等，他们接触的均为国民党核心机密——国民党军的战略决策、兵力部署与作战方案，国民党军进攻中原、苏北、延安、山东的情报均为中共事先所获，令国民党军处于非常被动的地位。如徐永昌所称，国民党军是“通信不能密，截电不能译，敌测国军如指掌，国军对敌在敷衍”。（《徐永昌日记》，1947年1月6日。）
为了应付内战之需要，国民党军必须维持一定的兵员数量，为此不能不依赖于高强度的征补。但因为国民党缺乏全面而得人心的社会政策配合（农村不实行土改，城市则有高通货膨胀），国民党部队的征补基本仍靠强迫，即所谓“抓伕”，士兵不知为谁而战，缺乏作战积极性，并不断在战争中投向中共方面，使国民党难以维持一支稳定而有战斗力的部队。相比之下，中共发展出以一线部队（野战部队）、二线部队（地方部队）、三线部队（民兵）逐级迅速递补的完整机制，并特别注重以实际利益（如土改）鼓励农民参军，同时争取国民党军士兵的投诚反正，做到了使国民党军俘虏“即俘、即补、即战”之地步。在中共部队中，出身于国民党军的士兵占了相当比例。以华东野战军为例，一些部队的“解放战士”（国民党军被俘参加中共部队后的称呼）占到总人数的一半以上，多的达到了2/3，技术兵种则基本是解放战士。中共部队的武器装备，尤其是重武器，相当部分来自于缴获国民党军的装备。如中共山东根据地在1948年生产了迫击炮499门、炮弹122万发、子弹504万发，而仅仅在济南战役，一次就缴获炮892门、炮弹55.6万发、子弹1121万发。据不完全统计，在三年半的全面内战期间，国民党军计有180余万人起义、接受和平改编和投诚，中共部队缴获和接收火炮5.4万门、机枪31.9万挺、长短枪316万余支、海军舰艇74艘、空军飞机26架。（王东溟：《山东人民支援解放战争史》，221、232页，济南，山东人民出版社，1991；《少小离家老大回——童小鹏回忆录》，303页，福州，福建人民出版社，2000；中国社会科学院近代史研究所：《划时代的历史转折——“1949年的中国”国际学术讨论会论文集》，176页，成都，四川人民出版社，2002。）难怪当时中共的宣传将国民党军队比喻为“运输大队长”。
除了军事战略战术的失误之外，战后国民党在政治上纷争不已，经济上无力控制恶性通货膨胀，社会上因其接收过程中舞弊而广受批评，外交上受国际大环境的牵制，所有这一切，均不利于国民党进行一场全面的内战。但国民党及其领袖蒋介石对此并未深思熟虑，而是沿袭以武力解决问题的传统思维，只想凭国民党的军事实力解决中共问题，之后再及其他。但战争不仅仅是军事实力的较量，更是包含了政治、经济、外交、社会等各方面目标的综合行为，而蒋介石“从未能成功地为他的统治创造一个广泛的社会基础和一个牢固结合的、对抗共产党的反共力量的共同战线。他可以操纵个别的政治家，但中共却驾驭着民众支持的浪潮。他只能依靠军事力量镇压民众革命。”（Tsou，Tang America's Failure in China， 1941-1950， pp.437—438.The University of Chicago Press，Chicago， 1963.）
与国民党相比，中共虽然在军事力量上处于明显的劣势，但中共并不因此而放弃积极进取的精神，而是兢兢业业，上下一致，战略上藐视对手，战术上重视对手，强调协同配合，通过精心算度，在实战中不断将总体劣势转化为局部优势，又由局部优势逐步积累为均势，最终超过对手变为优势，获得战争的胜利。
自东北战事发生后，中共就开始对各根据地进行战争动员，要求各地迅速行动，充分准备，从和平状态转入战时状态，以“能够于国民党发动内战时坚决彻底粉碎之”。5月29日，中共中央军委对各军区发出指示，要求“各战略区应于电到半月至一月内完成侦察敌情、配备兵力、配备武器弹药（例如黄色炸药）及预拟作战计划等项准备工作，不得有误”，说明中共对战争爆发时间的估计相当精确。6月19日，在全面内战即将爆发前夕，中共中央指示各地负责人：“观察近日形势，蒋介石准备大打，恐难挽回；大打后，估计六个月内外时间如我军大胜，必可议和；如胜负相当，亦可能议和；如蒋军大胜，则不能议和。因此，我军必须战胜蒋军进攻，争取和平前途。”至此，中共全党上下对即将来临的战争已经有了心理和实际的准备。（中央档案馆：《中共中央文件选集》第16册，146、180、196页，北京，中共中央党校出版社，1991—1992。）为了扩大统一战线，争取一切可能争取到的人支持，至少是不反对中共，中共还制定了一系列相关政策，尤其注重发动城市工运、学运，扰乱国民党的后方阵线，同时团结城市中间阶级，争取舆论同情和支持，成功地在城市发展出反对国民党统治的第二条战线，配合了战场上的军事斗争。
面对具有绝对军事优势的对手，中共在军事战略战术的运用方面强调打运动战、歼灭战，集中优势兵力，各个歼灭敌人，而不以保有城市为目的。中共军事战略的主要决策人和军事行动的实际指挥者毛泽东提出：“战胜蒋介石的作战方法，一般地是运动战。因此，若干地方，若干城市的暂时放弃，不但是不可避免的，而且是必要的。暂时放弃若干地方若干城市，是为了取得最后胜利，否则就不能取得最后胜利。”他将集中优势兵力、各个歼灭敌人的作战方法概括为：在战役方面，必须集中至少三倍于敌的兵力，选择敌军中较弱的，或者是较少援助的，或者是其驻地的地形和民情对我最为有利而对敌不利的一路歼灭之；在战术方面，当我军集中优势兵力包围敌军后，不应平分兵力，处处攻击，而应集中优势兵力，选择敌较弱的一点，猛烈攻击之，务期必克。他强调，“这种战法的效果是：一能全歼，二能速决”。全歼，方能最有效地打击敌军，最充分地补充自己。在敌，则士气沮丧，人心不振；在我，则士气高涨，人心振奋。速决，使我军有可能各个歼灭敌军的增援队，也使我军有可能避开敌军的增援队。在战术和战役上的速决，是战略上持久的必要条件。因此，“集中兵力各个歼敌的原则，以歼灭敌军有生力量为主要目标，不以保守或夺取地方为主要目标”，“只要我军能够将敌军有生力量大量地歼灭了，就有可能恢复失地，并夺取新的地方”。（《毛泽东选集》缩印合订本，1083、1093—1096页，北京，人民出版社，1967。）在作战部署方面，中共特别强调各战区之间和战区内部的配合，并随着战争的进程而不断改变自己的部署。全面内战爆发前，中共以人数不多的中原部队吸引了大量国民党军在其周边地区，减少了其他地区的压力。战争爆发之初，中共最初曾设想以太行（晋冀鲁豫）部队出击陇海路徐（州）开（封）段，山东部队出击津浦路徐（州）蚌（埠）段，华中部队出击津浦路蚌（埠）浦（口）段，再视情形由太行和山东部队出击大别山，以外线作战方式，“逐步向南，稳扎稳打”，与国民党军由南而北之推进相反，将战争引向国统区，以利保持各根据地之实力。但当时中共的军事实力与这样的任务要求之间显有距离，根据国民党军全面进攻的现实，并总结粟裕部队在内线作战的成功经验，中共很快改变了原定的外线作战方针，而以“先在内线打几个胜仗再转至外线，在政治上更为有利”，并将整个战争进程分为内线与外线作战两个阶段。实践证明，中共部队依托根据地内线之有力支持，虽在国民党军进攻时失去了若干地区，但换来了消耗对手机动兵力的成功，因此10月间中共又将外线作战的时间推迟至次年春。直至1947年3月，中共中央明确指示：“考虑行动应以便利歼敌为标准。不论什么地方，只要能大量歼敌，即是对于敌人之威胁与对于友军之配合，不必顾虑距离之远近。转入外线之时间现亦不必顾虑。”（《毛泽东军事文集》第3卷，320、484—485、530页，第4卷，1页。） 这说明中共能够根据形势的变化而不断调整自己的战略部署，着重先发挥内线作战的优势。
虽然中共对内战的爆发从上到下都有了较为充分的准备，但与国民党相比，中共毕竟仍处于弱势，决定与国民党破裂，打一场全面战争并非易事，部分中共高级干部也对战争的前景表示担心。因此，当时中共还是希望“使全国性内战爆发的时间尽可能推迟，方对我有利。如不能推迟半年，即推迟三个月两个月以至一个月的时间爆发，亦将使我之准备比较充分。因此，我在目前对时局的基本方针，是避免挑衅，拖延时间，积极准备。”（《中共中央文件选集》第16册，168页。）这也是中共在6月间的南京谈判中仍不惜作出重大让步的主要原因。但国民党不愿给中共以准备的时间，结果毛泽东“反复思考了很长时间才下了决心”。面对强大的对手，毛泽东有坚持到底的决心与气魄，他告诫中共干部：“对美蒋的压力与要求，我们应当有所让步；但主要的政策不是让步而是斗争，如果我党既有相当的让步，而对其无理压迫和无理要求又能出以坚决的斗争，则其结果比较付出更多更大的让步反而要好些；如无坚决斗争精神，则结果将极坏。”（中央统战部、中央档案馆：《中共中央解放战争时期统一战线文件选编》，110页，北京，档案出版社，1988。）为了鼓励中共全党和根据地全体人民战胜强敌的士气，毛泽东对美国记者安娜·路易斯·斯特朗发表了如下的著名论断：“一切反动派都是纸老虎。看起来，反动派的样子是可怕的，但是实际上并没有什么了不起的力量。从长远的观点看问题，真正强大的力量不是属于反动派，而是属于人民。”（《毛泽东选集》缩印合订本，1091页。）