与国大代表问题直接相关的是将要提出国大讨论的宪法草案。国民党企图以1936年制定的宪法草案（“五五宪草”）为蓝本制定宪法，其关键在于“设立一个庞大不着边际的国民大会以行使所谓直接民权”，同时“总统大权在握，不啻独裁，而地方制度，规定省长仍由中央任命，处处表现集权，即处处表现不民主”。不少与会者认为这个草案“缺点太多，只可作为参考，不可用为蓝本”。 （1946年1月24日《大公报》，上海；《国民大会代表对于中华民国宪法草案意见汇编》，70页，国民大会秘书处，1946。）与会其他各方主张实行更大范围的民主，并以国会制和责任内阁制对总统权力予以制约，以避免个人独裁之出现。民主同盟的宪政专家张君劢为此设计的宪法草案，规定由选民直接投票行使选举、罢免、创制、复决四权，从而将大而无当的国大由有形化为无形；行政院对立法院负责，实际上使立法院成为国会下院，监察院成为国会上院。在这样的设计下，政治制度有五院之名而无五院之实，实为国会两院制及责任内阁制，总统只有崇高地位而无实际权力。张君劢之设计既可在名义上体现五权，敷衍了国民党对“总理遗教”之坚持，又可得民主之实，消除各方对国民党独裁之担心，由此得到了国民党外与会各方的一致首肯。国民党虽不愿接受此案，但由于在保留原国大代表资格问题上需要其他方面的让步，故最后不能不勉强接受。会议通过的《宪法草案》规定，由参加政协的五方面及会外专家组成宪草审议委员会，根据政协拟定的修改原则，制成宪草修正案提交国大通过。宪草修改的主要原则为：（1）全国选民行使四权，名为国民大会。总统普选制实行以前，总统由县省及中央各级选举机关选举或罢免。（2）立法院为国家最高立法机关，由选民直接选举，职权相当于民主国家之议会。（3）监察院为国家最高监察机关，由各省及民族自治区议会选举，职权为行使同意、弹劾及监察权，相当于上院或参院。（4）司法院为国家最高法院，大法官由总统提名，经监察院同意任命，须超出于党派之外。（5）考试院委员由总统提名，经监察院同意任命，须超出于党派之外。（6）行政院为国家最高行政机关，院长由总统提名，经立法院同意任命，对立法院负责；如立法院对行政院全体不信任时，行政院或辞职或提请总统解散立法院。（7）总统经行政院决议，得依法颁布紧急命令，但须于一个月内报告立法院。（8）省为地方自治之最高单位，省长民选，省得制定省宪。根据政协宪草原则，未来中国的政治体制将采用西方民主政体，放弃“五五宪草”的总统制和中央集权制，而采用国会制、责任内阁制与省自治制度。但国民党内多数人对此案违反所谓“总理遗教”、限制国民党在未来政治格局中的权力大为不满，表示强烈的反对，并最终在国民党六届二中全会上推翻此案，导致政局的逆转。
改组国民党一党独占政府亦在政协会议中有激烈的争论。国民党提议改组国民政府为政治最高指导机关，职权为议决法律、施政方针、军政大计、财政计划等事项，遇有紧急情况时主席得为权宜处置；国民政府增加1/3的委员，并得由主席提名党外人士担任，国民党委员应占特定多数；部会长官任命权属行政院，并在行政院增设若干政务委员。按国民党的解释，这是交出一权即最高决策权，保留一权即用人权。实际上，国府委员会自1931年以后即未曾开会，早已徒具形式，今国民党以改组国府委员会、容纳其他党派人士作为应付外界对其一党专政批评的手段，但如没有用人权，则不啻仍为一种形式，无法保证其决策的有效实施，而无限制的主席紧急处置权则为个人独裁大开方便之门。这一方案被中共批评为：“把现在已经动摇的一党专政，经过三个多月的临时的‘扩大的’一党专政，最后过渡到完全合法的‘宪政’式的一党专政。总之，变来变去，还是一个一党专政。”（1946年1月29日《解放日报》，延安。）中共中央指示周恩来，不接受国民党改组政府的方案，在改组政府未获协议前，对国大问题绝不让步，并应表示非有广泛代议制政府则军队无法统一。中共和民盟共同主张，国民政府要有用人权，主席不能有紧急处置权；任命国府委员不能经由国民党中央通过。经过激烈的争论与讨价还价，最后国民党为了保留其旧国大代表的资格，在改组政府问题上亦作出重要让步。会议通过的《政府组织案》规定，国民政府成为负有实际政治权力的最高国务机关，除决策权外，还有任免各部会长官之用人权；主席和行政院对国民政府负责，行政院政务委员及部长均将任命若干国民党外人士出任；取消主席紧急处置权，主席如认为国府决议执行困难，得提交复议，如有3/5以上委员同意，该案应予执行；各党派自行提名其国府委员，由主席选任；国民政府委员名额为40人，其中国民党占半数，并担任主席和五院院长，其他方面合占另外半数，具体名额分配留待以后再商；凡关系到变更施政纲领的决议，须有2/3以上委员的同意。国民党外国府委员的具体名额分配未能于此时解决，为改组政府的实施留下了隐患，因为各方在会后对名额分配的理解不同、意见不一，最终导致政府改组的难产。
中共提出的《和平建国纲领草案》“赢得在野党派一致赞许”并经讨论通过，将成为国民政府改组后的施政纲领。其主要内容是：在蒋主席领导之下，遵奉三民主义为建国最高指导原则，各党派长期合作，实施宪政，建设统一、自由、民主之新中国；政治民主化、军队国家化及党派平等合法，为和平建国之必由途径；保障人民各项自由权利；改组国民政府为各党派及无党派人士参加的举国一致的联合政府；改组后的国府协同政协商定宪法草案，并召开有各党派参加的自由的民主的国民大会，制定宪法；推行地方自治，成立各级地方民选政府；改组军事委员会，使之成为各党派及无党派人士共同领导的机构，公平、合理地分期整编全国军队。所有这些原则均为与会非国民党方面所赞成，并亦为国民党方面所不便反对。
会议对军事问题虽未过多讨论，但通过了《军事问题案》，规定以军队国家化为建军原则，实行军党分立，禁止一切党派在军队中公开或秘密活动；军民分治，现役军人不得兼任行政官吏；以政治军，改组军事委员会为国防部，隶属于行政院，全国军队受国防部统一管辖；由军事三人小组尽速商定中共军队整编办法。
经过激烈的争论和讨价还价，与会各方在有关问题上先后达成妥协。1月27日，周恩来返回延安，向中共中央报告，得到在协议上签字之授权。31日，国民党召集中央常务委员会，经过激烈争论，亦授权代表在协议上签字。
1月31日，政治协商会议在通过了5项决议案后圆满闭幕。各方代表在闭幕发言中都认为政协为中国开辟了和平、民主的新路，并热烈希望各项协议能及早实施，真正实现中国的民主化。蒋介石“代表政府先行声明，政府必然十分尊重，一俟完成规定手续以后，即当分别照案实行”。周恩来代表中共声明，“愿意拥护这些协议，并保证为这些协议的全部实现，不分地区、不分党派地努力奋斗”。（1946年2月1日《中央日报》，重庆；1946年2月1日《新华日报》，重庆。政协各项协议的主要内容亦见该日两报。）社会舆论亦对政协之成功及与会各方在会中之互让互谅精神给予高度评价，并期待未来的中国在民主政体下得以政治清明，经济发展，人民自由，民生富足，国力强盛。参加政协的各个党派和无党派人士，实际具有不同的阶级或阶层基础以及不同的政治理念，对中国未来前途命运的看法与设计并不一致甚或截然相反，但他们能够相聚一堂，虽不乏争执，但仍能平心静气地讨论中国未来的前途与命运，这本身在内战连绵不绝的民国史上就具有历史性意义。政协的主角毫无疑问是国共两党，没有国共两党的妥协和合作，就不会有政协的成功。国共两党曾有二次合作、为推翻北洋军阀和取得抗战胜利而并肩奋斗，但也有过令人痛心的分裂、有着长期武力相争历史，此次在政协终能相忍相商，为政协的成功作出自己的努力，广受社会舆论好评。国民党同意取消一党专政，开放政权，实行民主化；中共则承认三民主义、国民党和蒋介石的领导地位，同意军队国家化。正是由于国共两党的互相妥协和重大让步，加以与会其他党派和无党派人士的折冲樽俎，政协才能在国家民主化和军队国家化方面取得重大进展。
政协闭幕后，自2月14日开始，国共两党代表张治中和周恩来在马歇尔的调停下，开始谈判解决棘手的军事问题。当时正值政协闭幕后的政治和解期，谈判气氛较为和谐，国共双方的意见分歧主要集中在马歇尔提出的军队混编方案。马歇尔提出，在整编开始时即实行国共军队以师为单位的初步混编。中共认为，这是按西方民主制度改变中国军队制度及军人思想，对破坏国民党及许多军队的原系统是彻底的，但事实上行不通，可原则上赞成；同时认为，混编“目的是企图消灭或控制中共军队，故绝不能答应”。（军事科学院毛泽东军事思想研究所年谱组：《毛泽东军事年谱（1926—1958）》，473页，南宁，广西人民出版社，1994；《***年谱（1998—1969）》下卷，19页。）国民党军队中，有人担心因此造成“排除异己，培植私人势力”，而且将使“原先本甚单纯的军事系统，反而弄得庞杂了，指挥不易，士气消沉，战斗力也因此丧失”，他们也反对马歇尔的混编方案。（《李宗仁回忆录》下册，851页，中国人民政治协商会议广西壮族自治区委员会文史资料研究委员会，1980。）马歇尔折中国共双方的意见后，提出将混编时间推迟到一年之后，先以军为单位混编，直到一年半之后，再进行以师为单位的混编，此举得到了国共双方的同意。2月25日，张治中、周恩来、马歇尔签署了《关于军队整编及统编中共部队为国军之基本方案》，主要条文为：（1）国民政府主席为军队最高统帅，但在撤免中共部队军官时，应由政府内的中共代表提名。（2）本协定公布后12个月内，政府军缩编为90个师，中共军缩编为18个师；此后6个月，政府军缩编为50个师，中共军缩编为10个师；合编为20个军。（3）整编开始后12个月终了时的军队配置为：东北，政府5个军，中共1个军；西北，政府5个军；华北，政府3个军，另有4个集团军（其中政府和中共各有1个军，双方各任2个集团军总司令）；华中，政府9个军，中共1个军；华南，政府4个军。18个月终了时取消集团军，配置为：东北，政府4个军，另有1个军（其中政府2个师，中共1个师，政府军官任军长）；西北，政府3个军；华北，政府2个军，另有3个军（其中政府1个师，中共2个师，中共军官任军长），再有1个军（其中政府2个师，中共1个师，政府军官任军长）；华中，政府3个军，另有1个军（其中中共2个师，政府1个师，中共军官任军长）；华南，政府2个军。（4）军调部为本协定执行机关，协定生效后，政府及任何党派组织不得保持或支持任何秘密或独立武力。（1946年2月26日《中央日报》，重庆。）
中共军队的整编及其数量本为国共之间一直争执不下的关键问题之一，此次在马歇尔的调停下，国共双方于短暂谈判后即达成整军协定，与政协决议实行政治民主化之同时，在实行军队国家化方面取得重大进展。整军协定的实质与政协决议精神相一致，即在民主政体下，建设真正的国家军队。整军协定的达成，既是当时政治协商大环境的产物，也可谓1946年早春中国民主化进程的高峰。中国的一切似乎都在发生着前所未有的变化，1946年的早春时节，确实是一个给无数中国民众带来希望与憧憬的时节。