第二，丰臣秀吉对朝鲜半岛的武力扩张，再次引发了中日间大规模武力对抗，然而与唐日白江口之战后日本的心悦诚服不同，这场“自倭乱朝鲜七载，伤师数十万，糜饷数百万，中朝与属国迄无胜算，至关白死而祸始息”（张廷玉等：《明史》卷三二零，中华书局，2010年，第5556页。）的可谓既无胜者也无败者的战争，为近代日本埋下了挑战中华、向大陆扩张的思想祸根。
第三，中日民间交往长期处于非理想状态，元代日商的单边交易取代了中日互市，而元末明初及明后期旷日持久的“倭患”，无疑恶化了中国民众的对日感情。“终明之世，通倭之禁甚严，闾巷小民，至指倭相詈骂，甚以噤其小儿女云”。（张廷玉等：《明史》卷三二二，中华书局，2010年，第5598页。）《明史》以这段文字结束“日本传”是耐人寻味的。
五、封建晚期中日两国的“隔离”
丰臣秀吉死后，德川家康称雄，并于1603年开设江户幕府。1644年，清灭明。此后直至1871年签订《中日修好条规》的200余年间，中日两国无邦交。
1633年德川幕府颁布锁国令后，严禁日本人到国外开展经贸、文化活动，但保留长崎等开埠港口，允许荷兰、中国、朝鲜等少数国家的商人来日开展贸易。中日贸易是以中国商人单向赴日往市的形式展开的，赴日商船每年约数十艘，最多时超过百艘。两国交易的大宗商品是，中国大量进口铜及金银，出口书、画、文房四宝、丝绸、茶叶、瓷器、中药等。（参见杜家骥著《清朝简史》，福建人民出版社，1997年，第48页。）在中日贸易的指定港口长崎，还出现了繁华的唐人街。唐人街既有华商与日籍华侨建立的仓库、住宅、店铺和关帝庙等，也是中日民间文化交流的根据地。
与丰臣氏的穷兵黩武、对外扩张政策不同，德川幕府重“内治”而不再进行对外扩张冒险，并把内治的重点放在“文治”上。为整治社会长期动乱形成的武士桀骜不驯、“下克上”之风，强化封建伦理纲常的思想统治，幕府将朱子学树为官学，儒家学问道德如何成为任贤举能的重要标准。藤原惺窝、林罗山等一代大儒的出现，一时间将日本儒学的发展推至鼎盛，中华文化在日本社会、特别是统治阶层中空前普及，以至于“中华乃世界之师，对日本尤为大功之国。礼乐、书数、衣服、舟车、农具、武具、医药、针灸、官职、位阶、军法、武艺，乃至其他诸种工艺技术，无不源于中华，无不习于中华”（伊东多三郎编：《日本的名著11中江藤树、熊泽蕃山》，中央公论社，1976年，第333、332页。）。经世思想家本多利明（1743-1820）慨叹：“开国（建立德川幕府）以来，除支那书籍外别无它书。熟读之而领会其意，开见识成国风，纵然知支那之外有他国，亦皆以为夷国，无圣人之道。”（佐藤昌介编：《日本的名著25渡边华山、高野长英》，中央公论社，1986年，第420页。）
但是，进入德川中后期，随着日本社会经济的发展及西方文化的渗透，部分知识分子开始对儒学及中华文明提出质疑。日本朱子学自身的分化、仰慕西方科学技术的兰学和复古国学的兴起，知识界三股力量的异动，撼动了古来中华文明在日本唯我独尊的根基。
朱子学被树为正统后，阳明学和古学派等儒学的其他分支并存并竭力按照自己的思想方法解释世界。即便是朱子学本身，后来也出现了以山崎暗斋为代表的崎门学派和以贝原益轩为代表的经世学派的分化，前者坚持“学朱子而谬，与朱子共谬”（见《日本思想大系31山崎暗斋学派》，岩波书店，1980年，第563页。）无憾的立场，教条般地捍卫程朱理学，后者则援用朱子“大疑则可大进”的名言，力图对儒学进行新的诠释。古学派学者自始就不受朱子学束缚，而是强调按儒学原典阐释儒家思想。山鹿素行在《中朝事实》（1669年）中，首次把日本视为“中国”而将中国视为“外邦”，强调日本皇统“万世一系”，而“外朝”中国“王朝更替凡三十回”，“臣下诛戮国王者二十五回”。（田原嗣郎编：《山鹿素行与士道》。见《日本的名著12山鹿素行》，中央公论社，1975年，第18页。）山崎的弟子浅见絅斋离经叛道后，也对尊华贬日思想大加批判，在《中国辨》中写道：“中国、夷狄之名在儒书中传来久矣。夫吾国有儒书盛行，读儒书者，以唐为中国，以吾国为夷狄，更有甚者系哀叹吾生于夷狄之徒。……可悲之至也。夫天包于地外，往往无地不抱天者。然则有土地风俗之处，便各为一分天下，相无尊卑贵贱之嫌。”（冈田武彦编：《日本的思想家6山崎闇斋》，明德出版社，1985年版，第114-116页。）浅见还在《靖献遗言讲义》中呼吁，日本的圣人应以日本为中国，以“唐”为夷狄，而不应反其道而行之。在山鹿和浅见等一些“儒学家”那里，日本的“小中华思想”已初见端倪。1813年，幕府儒者古贺侗庵（1788-1847）专门收集中国“政化民风”的短处写就了《殷鉴论》，对“唐人之失”进行了“裂眦骂詈”（古賀侗庵：《殷鑑論》序（1813年）。1882年10月《殷鑑論》作为“天香楼叢書四”由编辑兼出版人竹中邦香公刊。荻生徂徕也有“倭之孩移诸华，迨其长也，性气知识言语嗜好皆华也。其见倭人则唾而骂之曰夷。措华之孩于倭亦然。迨其长也，见华人亦唾而骂之外化人”（《荻生徂徕》日本思想大系36，東京：岩波書店，1973年，第534页）之语，充分表现了中日两国的敌对感情。）般的批判。可以说，德川中后期，随着儒学在日本走向没落，疑华、轻华乃至蔑华的思想开始蔓延。