近代西方对日本的冲击始自“西学东渐”。日本的兰学家们通过日、荷通商窗口接触到西方文明，并在吸收、消化西方文明的过程中，逐步认识到中国、日本在科学技术乃至思想意识上落后于西方，仰慕中华的思想传统发生动摇。司马江汉（1747-1818）认为“支那及我日本无穷理（科学、哲学）之学”（司马江汉：《春波楼笔记》。见杉浦明平、别所兴一编《江户期的开明思想》，社会评论社，1990年，第16页。），渡边华山（1793-1841）指出重视教学和政治二道的西洋已“为唐山所不及”。（渡边华山：《慎机论》。见《日本的名著25渡边华山、高野长英》，中央公论社，1986年，第117页。）前野良泽（1723-1803）援用西方的天文地理学知识批判了儒家的宇宙观，认为由地、水、火、空四要素构成的西方“四元说”较之中国的“阴阳五行说”更能说明宇宙原理，即“夫地，乃太虚之一点也，其形为圆如玉，故称地球”（清水教好：《华夷思想与19世纪》。见子安宣邦等编：《江户的思想》7，鹈鹕社，1997年11月，第121页。），从而用西方的地圆说否定了中国的地方说。前野还指出：“佛教所及唯‘亚细亚’之内，不过世界十分之二，而儒教所及不过十分之一。余者大凡天主教，其蔓延遍及各大洲。”（前野良泽：《管蠹秘言》。见杉浦明平、别所兴一编《江户期的开明思想》，社会评论社，1990年，第42页。）以此强调世界文化多元并存，反对独尊儒术。佐久间象山注意到西方的科学技术优于东方，提出了“东洋道德，西洋艺术（技术）”的主张。（见《日本思想史大系55渡边华山、高野长英、佐久间象山、横井小楠、桥本左内》，岩波书店，1978年，第413页。）杉田玄白则把批判的矛头直指儒家宣扬的圣人之道，认为“道者，非支那圣人所立之处，天地之道也”。“腐儒庸医不知天地之大，稍闻东洋二三国之事，便以支那为万国之冠，又稍读其书，漫言夷狄之俗原无礼乐。夫以礼乐文物，分尊卑也。何国无尊卑，何国无礼乐？……即使衣冠文物可明尊卑之分，亦未必以支那为是，从风土则宜。”“夫地者一大球，万国布居于此。居之处皆中也，无国可为中土，支那亦东海一隅之小国也。”（杉田玄白：《狂医之言》。见《日本思想大系64洋学上》，岩波书店，1971年，第228-230页。）显然，杉田的用意不仅要否定传统的华夷论（中华文明中心论），而且要把儒学中树立的圣人以及圣人之道相对化。
德川中后期兴起的复古国学为了提高自己的地位，竭力神化日本，贬低和排斥处于正统地位的儒学，对古来日本一贯仰慕的中华文明采取了一种轻蔑态度。以荷田春满、贺茂真渊、本居宣长、平田笃胤为代表的复古神道学者，通过对日本最古老的书籍《古事记》、《日本书纪》中有关神话的重释，刻意编构了一套独特的日本神学体系，其基本说教是：日本是天照大神（太阳神）缔造的神国，人种是天神所造的神孙，天照大神将天丛云剑、八尺琼曲玉、八咫镜三种神器委于其子孙天皇，使其万世一系统治天下。故日本既是“神国”，也是君权神授的“皇国”。不仅如此，日本因是“普照四海万国之天照大神出生之本国，故为万国原本大宗之御国，万事优于异国”（本居宣长语。见石川淳编《本居宣长全集》第8卷，筑摩书房，1972年，第311页。），而“日本天子实际上是统治四海万国之真天子”（平田笃胤语。见《新修平田笃胤全集》第6卷，名著出版，1977年。第543页。），进而为日本称霸世界、统治全人类制造根据。对此，本居宣长特别强调了天皇万世一系而中国王朝不断更替的差别，试图以此否定中国的正统性。他说：“皇祖天照大神所出之国，优于万国而著。……诸国无不受此大神之恩惠者。”“皇位随天地同在，早定于此。”（本居宣长：《直毘灵》。见《日本的名著21本居宣长》，中央公论社，1986年，第169页。）相比之下，中国并无定主，“人心不善，习俗淫乱，但夺国权，贱者亦可升为君。”故中国的所谓“圣人”，不过是“灭君、夺国之祸首”。（同上书，第170页。）本居宣称，日本是有“道”之国，而中国无“道”，儒家亦无“道”，并据此呼吁日本人不要沉迷于儒学，“欲习道者，须先将汉意、儒心洗净，坚守大和魂至为紧要。”（本居宣长：《宇比山踏》。见《日本的名著21本居宣长》，中央公论社，1986年，第35-36页。）本居的弟子、皇国史观鼻祖平田笃胤，不仅鼓吹日本是神国，而且要把日本变成取代中国的“中华”。他讥讽中国对周边民族“尝以戎狄、夷狄相称而鄙之如禽兽，然其全国皆为夷狄所夺。如斯大国之民，竟垂首敬待尝鄙之为北狄者为君”。（平田笃胤：《古道大意》。见《日本的名著24平田笃胤》，中央公论社，1988年，第152页。）平田认为，既然蛮族统治下的清王朝失去了“中华”的资格，那么有史以来从未遭受过异民族统治、天皇“万世一系”且继承了古来中华文明的日本，就有资格成为中华。幕末的吉田松阴则继承和发展了德川中后期出现的“海外雄飞论”，竭力鼓吹对外扩张。他在《幽囚录》中写道，日本的大害来自华盛顿和俄国，且世界上许多国家正在包围日本。为摆脱这种困境，日本应主动出击攻略他国。“日不升则昃，月不盈则缺，国不隆则衰。故善保国者，不徒毋失其所有，且应增其之所缺。今应急固武备，充实舰炮，开垦虾夷而封诸侯，乘隙夺取堪察加、鄂霍次克，晓谕硫球参觐、集会如内地诸侯。又责朝鲜纳贡如昔，北取满洲之地，南收台湾、吕宋诸岛，渐示进取之势。然后爱民养士，固守边境，则可谓善保国矣。”（吉田松阴：《幽囚录》。见《日本的名著31吉田松阴》，中央公论社，1989年，第227页。）自不待言，幕末的日本自顾不暇，侵略中国尚属无稽之谈，但“海外雄飞论”不仅为近代日本的大陆政策提供了思想基础，而且为日本对华观的逆转埋下了祸根。
上述史实表明，在晚期封建社会向近代社会转变的二百余年里，中日关系具有如下特征和性质：
第一，政治上中日相互防范，没有建立邦交关系，两国的相互了解主要源于赴日往市的中国商人渠道。
第二，由于日本采取了严厉的指定开埠港口、限定贸易国对象及禁止国人出洋的锁国政策，中日民间往来基本局限在经贸、文化领域。即便如此，中日两国通过长崎窗口保持的民间交流，其重要作用不可低估。
第三，中日政治关系的疏离并未影响日本对“文化中国”的尊崇。德川幕府初期，出于加强内部统治的需要，以朱子学为代表的儒家文化臻于鼎盛。而在德川中后期，慕华意识受到来自儒学内部及兰学、国学的严峻挑战而趋于弱化，疑华、蔑华思潮增长，传统中国观的“裂变”已经开始。尽管如此，对日本来说，直到第一次鸦片战争满清王朝的那张“窗户纸”被捅破之前，中国依然是个庞然大物，是可敬且可畏的存在。
上述考察分析，业已揭开中日古代关系的朦胧面纱，展现在眼前的“庐山真面目”，是无法用“友好”、“对立”抑或其他定性词句一语概括的。
利益是国家间关系的本质，中日古代关系也不能脱离这一法则。古代日本经历了主动朝贡受封、主动朝贡请封、要求关系对等乃至自成一统断绝两国邦交的过程。换言之，为了实现学习和赶超中国的目标，古代日本在各个时期做出的不同选择，都是从维护和增进国家利益出发的。中国亦然。
一般说来，文明发展程度及实力对比是约束中日两国关系样式的基础，然而不可忽视的问题在于，两国及东亚地区形势的变化及统治者的政治判断，往往又决定了事物并非一定按照直线发展。在相互关系的选择上，中日两国统治者都有过“误判”，并在遭受挫折后进行了“纠错”。
历史是面多棱镜，强调一面而忽视其他侧面，结果只能是“盲人摸象”、不得要领。两千年的中日古代关系风云变幻、错综复杂，因此有关研究的意义，或许主要在于探明何种环境下双方如何应对，彼此的政策选择是推进还是倒退了两国关系，而不在于证明相互关系的主流是什么，因为那本来就是一部由“友好”、“和谐”或“平淡”、“对立”、“不愉快”等不同材料混同编就的历史，是一种“剪不断，理还乱”的关系。沉下心来深入研究，实事求是地揭示历史真相，不只是为了洞察对手，也是为了审视自我。若此，必将对今后构筑长期稳定而健康的中日关系大有益助。
中日古代关系中屡涉朝鲜问题，历史上朝鲜半岛发挥的中日交流桥梁与安全屏障作用值得思鉴。因此，今后中日古代关系研究的视域，必然会朝着东亚国际关系的更大范畴深化拓展。