对尼尼微城的居民作恶多端，罪恶深重之事，上帝十分恼怒，决定对他们降灾降祸，严加惩办。这天，上帝在巴勒斯坦召唤迦特希弗人亚米太的儿子约拿，郑重地向约拿发话，令他速速前往尼尼微城，警告那些犯了大罪的人，上帝要降罪惩罚他们了。
约拿听了很反感，因为亚述是以色列人不共戴天的敌国，尼尼微是亚述帝国的首都，亚述人曾起兵灭亡犹大王国，并大肆屠杀、掳掠以色列人，破坏、烧毁圣地耶路撒冷及其他城邑，约拿打心眼里仇视这个国家，巴不得快快灭绝它，岂能通风报信，让他们逃过劫难呢？同时，他心里想：仁慈的上帝心软，经常因惩罚的对象改变态度，而收回已传出去的旨意，如若这次又后悔，那我约拿说过的话，岂不是不算数，不灵验了吗？于是，他决定采取逃避的方式，拒绝接受这一任务。
他来到约帕港，乘海船去西方的他施，这可是相反的方向呀。约拿当然明白，他是有心这么做的，他知道尼尼微城在巴勒斯坦的东北面，路途遥远，应该骑骆驼从陆地向远东方向走。正是为了躲避上帝，他故意向相反的方向行。
海船迎着金阳扬帆起航，可是离港不久，天气突变，狂风大作，海浪滔天，海船随时都会倾覆，全船人吓得魂不附体。水手们只有将船上所载的货物抛入海中，以减轻船体的重量；水手尽最大的努力，采取了好些技术措施，也难以对付惊涛骇浪的袭击。
在这危难时刻，一切努力都无济于事，人们只有求助各人信奉的天神了，他们用各种语言，念不同经文，请各路神仙前来消灾灭祸、救人性命。只有约拿无事人一般，独自在底舱酣然大睡。船长发现了，有点生气地把他叫醒，对他说：“你这人怎么啦，这样危险的时刻，你还能安心沉睡？快起来吧，求求你信仰的神，快来救我们这些受难者吧。”
人们的各种乞求丝毫不灵验，风暴仍然不停，海浪仍然咆哮，海船仍然在风浪中颠簸起伏。处在生死关头的人们无法可施，他们只有相互试探：“来吧，我们都来抽签，看看是因为谁的缘故，使我们大家面临灾难！”意图用这种方式，寻找那个给大家带来这场灾难的人。结果，约拿中签。
大家围过来问：“你是做什么的？是哪国、哪族人？从哪儿来，到哪里去？”
约拿回答：“我是以色列人，我敬奉耶和华上帝，就是那个创造白天、黑夜、大地、海洋，人间万物的天上的神。”
大家听了，非常惧怕。又问：“你做了什么事，冒犯了上帝呢？”
他回答：“我为了躲避耶和华上帝，违背神旨，不去尼尼微，而乘船去他施。”
刚说完，一个潮头打来，带着暴风巨浪扑向海船，大家惊骇地大声叫嚷起来：“你这是在连累大家呀！现在，我们怎么办，才能平息上帝的怒气，使海面平静呢？”
约拿冷静地告诉大家：“不用害怕，我知道，都是因为我，使大家遭受这么大的风暴，处于这么危险的境地。现在很简单，你们把我抬起来，抛入海中，海面就会平静下来。”
船上的人都不忍心这么做，水手们奋力荡桨，想把约拿送到岸上。可是，他们是白费力气，海船根本无法接近岸边。最后，大家便求助耶和华上帝：“耶和华，伟大的上帝啊！我们乞求你，不要因这人的性命灭亡而责怪我们，不要因无辜者流血而归罪我们，因为我们是按你的意旨在行事啊！”祷告完毕，众人齐力将约拿抬起来，抛入白浪翻滚的海洋中。
霎时，暴风收敛了！海浪平息了！船上的人被眼前的神迹折服了，他们崇拜永恒的上帝，敬畏万能的上帝，高唱赞美诗，向上帝献祭许愿。海船在风平浪静中向前行驶。
约拿自己也领悟到，这是上帝的旨意，他甘心情愿接受惩罚。可是，当他被抛入海中时，上帝指令一条大鱼将他吞进腹中，他在鱼腹里待了三天三夜。他终于明白了，上帝是躲避不了的。于是，他在鱼腹中向上帝祈祷，忏悔自己的错误：“上帝啊！在我遭遇危难之时，我在阴间的深处向你呼求，你就俯听我的声音吧。在我的灵魂即将消失时，我想念永生的上帝，愿我的祷告进入你至高无上的殿堂，呈现在你的面前，我必用感激的声音献祭予你。我所许的愿，我必偿还，乞求上帝施恩。”
上帝听到约拿的忏悔祷告，又令大鱼游出水面，将约拿吐到岸上。他第二次向约拿发话：“你起来，去到尼尼微城，向城里居民宣告我的旨意。”
这一次，约拿再也不敢怠慢，急忙遵照上帝的指示，走了三天路程，才赶到尼尼微城。这是一座大城，他用整整一天的时间，到处奔走，呼号预言：“尼尼微人犯了大罪，上帝警告你们，如若再不悔改，等到40天一过，尼尼微必将毁灭。”
上帝的警告、先知的预言震惊全城，居民们畏惧开天辟地的上帝，相信约拿传达的神旨，他们自发地宣告：从最老的到最小的，一律穿上麻衣，以示哀求；洁身禁食，以示忏悔。
尼尼微王听到这一消息，带头忏悔，他从国王的宝座上走下来，脱了朝服，换上麻衣，坐在灰中，通令全国：要求国民们从此改邪归正，远离恶行，丢弃强暴。他说：“我们只有真心实意痛改前非，或许可以平息上帝的愤怒，旨外施恩，挽救我族性命。”
上帝听到尼尼微国王和城民忏悔的祷告，观察了他们忏悔的行为，认为他们已经信服了先知约拿的预言，听从了他的警告，决定宽恕他们，并且许诺他们，不再按约拿传达的旨意，惩罚降罪他们了。
约拿心中大大不悦，特别恼怒的是，上帝果真如他预料的那样，原谅了敌国的罪恶，自己说的话落空，没有应验。便生气地祷告上帝：“上帝啊，我当初就是这么想的，我知道你是慈爱的，有怜悯之心的神，不轻易发怒，也不轻易降灾予人，所以我不想接受你的任务，急忙逃往他施躲避你，如今，果真如此，我求你让我死吧，因为我觉得活着比死了还难受。”
上帝说：“你发这么大的脾气，合乎情理吗？”约拿怎么也想不通，他在城东边搭了一座棚子，坐在棚子下，无所事事地观望着城中来来往往的人群和他们相互交易的情景。
上帝见了，知道约拿心中的怨气和不满，便有意在约拿面前安排了一棵蓖麻树，让它长得高过约拿的棚子，为他遮盖火热的日头，送他一片阴凉。第二天清晨，上帝又故意安排一条虫子，咬坏这棵蓖麻树，使之干枯，待太阳出来，上帝又吹来一阵灼热的风。约拿的棚子在烈日、热风的蒸烤下，火烧火炙，使约拿热得七窍冒烟，头昏眼花，他怀念那棵为他遮阴挡阳的蓖麻树，十分惋惜它短促的生命。他心中烦恼不堪，又向上帝求死说：“上帝啊！你让我死吧，死了比活着还好。”
上帝说：“约拿，你仅仅因为这棵小小的蓖麻树发脾气，合乎情理吗？”
约拿回答说：“我发怒，以至求死，都是合乎情理的。”
上帝说：“这棵蓖麻树又不是你栽种的，也不是你培育的，一夜生长，一夜干枯，你尚且这般爱惜，这么大个尼尼微城，城中那么多人，还有许多牲畜，我岂能不爱惜呢？”