北魏天兴元年（398年），拓跋珪徙都平城，称帝，史称魏道武帝。此后数年，北魏帝着力于巩固内部及既得地域，也时而与北部的柔然和关中的后秦交战。如北魏天兴五年（后秦弘始四年，402年），魏主领大军以围城打援、分而歼之的战法，于柴壁（今山西襄汾西南汾河东岸柴庄）大败后秦军，歼灭3万余人。
永兴元年（409年），拓跋珪被杀，其子拓跋嗣继位称帝，史称魏明元帝。泰常七年（宋永初三年，422年），魏明元帝乘宋武帝刘裕病卒之机，凭借强大军力，沿黄河流域全面开战，重点进攻，夺取黄河以南虎牢（今河南荥阳西北）、洛阳、滑台（今河南滑县东）等军事重镇。由于南朝宋军善于守城，顽强抵抗，也使魏军付出了重大的伤亡代价（参见北魏攻宋河南之战）。
北魏泰常八年（423年），拓跋嗣卒，太子拓跋焘继位，史称魏太武帝。此时，江南东晋已于公元420年为南朝刘宋所代替，北方除大夏、北凉、西秦、北燕和柔然外，皆为北魏所占。拓跋焘雄才大略，通晓兵法，在历次战争中，常亲自率军出征，临阵勇猛，多获胜利。魏始光三年（夏承光二年，426年）至四年，拓跋焘乘夏主赫连勃勃卒，诸子相残杀之机，二次率军进攻夏都统万城（今陕西靖边东北白城子）（参见北魏攻统万之战、统万之战）。以佯弱诱夏军出战，引而疲之，然后隐军出夏军阵后，顺风冲击，大败夏军，克统万，俘夏王、公、卿、将、校及后妃、宫人等以万数，又获马30余万匹、牛羊数千万头。
神麚二年（429年），魏帝抓住柔然夏则散众放牧之机，率军长途奔袭漠北（今蒙古高原大沙漠以北地区），掩其不备，大破柔然，威服高车，为稳定北方创造有利条件（参见北魏攻柔然之战）。从此，柔然势力大减，主动攻魏较少。
神麚四年（夏胜光四年，431年），拓跋焘灭了夏国。延和元年（北燕太兴二年，432年），北魏连克北燕诸多军镇（参见北魏攻北燕之战），太延二年（北燕太兴六年，436年），北魏遣兵攻克燕都和龙（今辽宁朝阳），灭亡北燕。
太延五年（北凉永和七年，439年），拓跋焘以平西将军源贺为向导（源贺为故南凉主秃发傉檀之子，南凉原据姑臧，后为北凉所占），率大军进攻北凉。由于源贺引兵招慰姑臧城附近诸旧部3万余落，故魏主得以迅速攻克姑臧，灭亡北凉（参见北魏灭北凉之战）。接着，魏军又攻占张掖、乐都、酒泉等地，皆留将镇守。
至此，北魏统一了北方，西晋末年以来135年的十六国分裂局面宣告结束。从而与南方的刘宋政权并立，形成南北朝对峙的格局，而太延五年即公元439年魏灭北凉这一年，被认为是南北朝的开始年代。
点评：此战，魏太武帝拓跋焘雄才大略，采取多项措施，如整顿税制，分配土地给贫人，安置流民，引用大批汉人参政，旨在加强北魏的封建化进程，加强与中原地主的结合，稳定社会，发展经济。这些又使北魏国势日盛，为其统一北方奠定了坚实基础。此外，北魏大臣、军事谋略家崔浩，深为魏道武帝、明元帝和太武帝所器重。作为谋主，他参与北魏王朝三代帝王重大军事决策，多谋善断，屡建功勋，在北魏统一中国北方的一系列战争中起了重要作用。
吕光攻西秦之战
后凉麟嘉四年（西秦太初五年，392年），后凉主吕光进攻西秦主乞伏乾归占据的金城（今甘肃兰州西北）和南羌首领彭奚念占据的枹罕（今甘肃临夏东北）的作战。
鲜卑贵族西秦主乞伏乾归据金城自称大将军、大单于、金城王，得到前秦继承者苻登的支持，秦（今甘肃天水）、凉（今甘肃武威）一带的鲜卑、胡、羌诸族多归服之。盘踞枹罕的南羌首领彭奚念，也投附其麾下，金城王遂成为控制陇西地区的一支强大势力。后凉主吕光，在前秦王符坚被后秦俘杀后，控制了河西地区，据姑臧（今甘肃武威），隔湟水（今甘肃兰州以西黄河支流）与金城王对峙，屡欲渡过湟水东进，因受乞伏乾归阻扼，不能得逞。麟嘉四年八月，乞伏乾归唆使彭奚念出兵袭取吕光所辖湟水北岸战略重镇白土津（今青海化隆西南），吕光遣其弟右将军吕宝等东下攻金城，遭乞伏乾归反击大败，吕宝及将士万余人丧命，后续诸部见势皆撤兵。继又派其子吕纂率步骑兵5000南下攻彭奚念，激战于盘夷（约在今青海乐都以西之安夷城），复大败而归。吕光遂亲率大军进攻彭奚念于枹罕，屯重兵于左南（今青海西宁东），彭奚念于白土津垒石筑堤，以水自固大营，而遣轻骑万人扼守河津渡口。吕光派将军王宝隐蔽移师上游，乘夜强渡湟水东进。彭奚念闻讯惶惧，军中大乱，吕光乘势攻白土津，捣其石堤，渡过涅水，直取枹罕。彭奚念军溃散，单骑突围逃奔甘松（今甘肃南部腊子口）。
点评：此战，吕光吸取失败教训，改变进攻方向，避免从正面决战，出奇渡河，攻敌不备，取得大胜。
后燕灭西燕之战
后燕建兴八年（西燕中兴八年，393年）十一月至九年八月，后燕主慕容垂出兵击灭西燕的作战。
后燕和西燕皆为鲜卑慕容部所建，两国皆以复兴前燕相标榜。但后燕主慕容垂认为，西燕主慕容永仅是前燕宗室的疏属，而己则是前燕主慕容廆的裔孙，岂能让其“僭举位号，惑民视听”，决心于在生之年除之，以免累及子孙。遂于建兴八年十一月发骑兵7万，分两路进攻西燕。丹杨王慕容瓒等攻西燕晋阳（今山西太原西南）；征东将军平规攻西燕沙亭（今河北临漳西南）。十二月，慕容垂率军至邺（今河北临漳西南）。次年二月，慕容垂增调司、冀、青、兖四州兵分三路大举进攻，自率大军出沙亭与西燕作战。西燕主慕容永发兵5万以抵拒后燕军，将粮草聚于台壁（今山西黎城西南）。西燕台壁守卫孤立，慕容永见慕容垂率军驻扎邺西南一个多月未有行动，遂怀疑后燕军将从秘密道路进攻，便召集各路军队驻屯轵关（今河南济源西北），扼守太行口，惟留台壁一军。西燕台壁守卫孤立，慕容垂乘机率大军出滏口，进入天井关（在今山西晋城县南太行山上）；五月进至台壁，连破西燕军，斩右将军勒马驹，擒镇东将军王次多，并包围台壁。慕容永亲率驻太行军5万回师阻击，慕容垂派骁骑将军慕容国在涧下埋伏骑兵千人值两军交战时，慕容垂假装败退，慕容永追数里，中埋伏。后燕军立刻从四面进攻，大破西燕5万援军，斩8000余人，慕容永败回长子（今山西长子西南）。晋阳守将闻兵败，弃城逃走，后燕军轻取晋阳。六月，后燕军包围长子。八月，西燕太尉大逸豆归部将伐勤等人开城门投降，后燕军入长子，杀慕容永和公卿大将刁云、大逸豆归等30多人，西燕所统辖8郡7万余户和大量物资为后燕所有。西燕灭亡。
北魏攻后燕之战
北魏皇始元年（后燕永康元年，396年）八月至三年正月，在北魏统一北方的战争中，北魏主拓跋珪率大军南下，攻占燕都中山（今河北定州），大败后燕的战争。
魏、燕参合陂（今内蒙古凉城东北）之战后（参见参合陂之战），燕国力大损。后燕主慕容垂不久病死，太子慕容宝继位。北魏主为取得中原，遂乘机于皇始元年八月，率步骑40余万大举攻燕，南出马邑（今山西朔州），越句注山，遣左将军李栗率5万骑兵为前驱，派将军封真等从东道出军都关（今居庸关），袭燕幽州（治今北京市）。
九月，南进魏军在晋阳城外大败并州牧慕容农，攻克晋阳（并州治所，今太原西南），慕容农只身逃归中山。魏出军都之步骑亦攻克渔阳（今北京市密云西）。拓跋珪取并州后，继续率军东进，直指后燕国都中山。燕王慕容宝修城贮粮坚守中山，派慕容农出兵安喜（今河北定州东南），作为警戒。一切军务，皆委于赵王慕容麟。
十月，拓跋珪派冠军将军于栗磾、宁朔将军公孙兰率步骑2万，暗从晋阳开韩信旧道，趋井陉关（今河北井陉西北）。拓跋珪首先攻取常山（今河北正定南）。常山以东各郡县守宰或逃或降，只有中山、邺（今河北临漳西南）、信都（今河北冀县）三城为燕军所守。
十一月，拓跋珪命东平公拓跋仪率5万骑兵攻邺，冠军将军王建、左将军李栗攻信都；自率大军攻中山，不克，拓跋珪认为中山城固，急攻伤士，久围则费粮，遂率军南向。十二月，北魏别部大人没根率新兵数十人降燕，请兵袭魏；其侄酰提在并州任监军，亦率所部回国作乱。
次年二月，燕主慕容宝闻魏有内乱，不从魏主请和，调集步卒12万、骑兵3.7万屯柏肆（今河北藁城北15公里），在滹沱水北筑军营，向魏军挑战。拓跋珪率军到柏肆，在滹沱河南筑营。慕容宝派勇士万余人为先锋夜渡滹沱河，袭击魏营，亲率大军在魏营之北布阵，作为后援。燕军夜到魏营，凭借风势放起大火猛攻魏营，魏军大乱。但拓跋珪很快召集军队，在营外多设火把，纵骑兵冲击，大败燕军，俘斩万余。慕容宝率军渡河退回。次日拓跋珪整军渡河，与燕军相持。慕容宝见燕军士气被夺，率军向中山败退。拓跋珪追击，多次打败燕之殿后军队。慕容宝害怕被魏军追上，令士卒抛仗弃甲，继而置大军于不顾，仅率2万骑逃回中山，时值大风雪，冻死者无数。所弃将士及文武大臣，降魏或被俘者甚众。拓跋珪在柏肆战胜燕军，旋遣兵回国平定内乱，随即再次进攻中山。
三月，后燕发生内乱，慕容麟谋杀燕主未成，出奔。慕容宝等走保龙城（今辽宁朝阳），分派西河公库僻官骥率兵3000帮助慕容详守中山。五月，库僻官骥与慕容详发生内讧，被杀。拓跋珪在中山攻慕容详一个多月不下，撤军就食河间（今河北河间南）。慕容详在中山城自立为皇帝。七月，慕容麟率众潜袭中山，斩慕容详自立。八月，拓跋珪移兵常山九门（今河北藁城西北）。九月，中山城中缺粮，慕容麟率2万骑兵进驻新市（今河北新乐西南），遭拓跋珪攻击。十月，慕容麟战败，率数十骑逃奔邺城。拓跋珪乘势攻入中山，燕降魏的公卿尚书将士2万人。拓跋珪攻克中山后，派骑兵3万增援拓跋仪进攻邺城。
三年正月，后燕范阳王慕容德从邺城率户4万，南徙滑台（今河南滑县东）。拓跋仪率军进入邺城，随即追慕容德至黄河而归。北魏伐后燕之战结束。
点评：此战持续一年五个月，北魏充分利用参合陂之战后的有利态势，调集大军，直逼后燕国都，展开战略决战。作战中，紧紧抓住各种有利机会，努力掌握战争主动权，终于彻底击败了强大的后燕，使北魏成为北方最强大国。
孙恩起义
东晋隆安三年（399年）十月至元兴元年（402年）三月，孙恩领导浙东人民反抗东晋王朝的农民起义战争。
淝水之战后，东晋外部威胁暂时消除，孝武帝满足偏安局面，摄政的会稽王司马道子专权，政刑谬乱，朝中党派林立，互相倾轧，朝政腐败，不断爆发流血斗争。浙东地区赋役苛重。新安太守五斗米道教主孙泰，企图利用传道聚众反抗东晋朝廷，被司马道子诱杀。其侄孙恩逃入海岛翁州（今浙江舟山群岛），聚众百余人，伺机复仇。隆安三年十月，孙恩乘朝廷强征“乐属”（晋廷征调浙东诸郡免奴为客者以充兵役），引起浙东社会骚乱之机，登陆攻克上虞（今属浙江），袭会稽（治山阴，今浙江绍兴）；十一月，俘杀会稽内史王凝之，自称征东将军。一时会稽、吴郡、吴兴、义兴、临海、永嘉、东阳，新安等八郡（今江苏、浙江境）纷起响应，旬日之间，义军发展至数十万。晋廷急命卫将军谢琰、辅国将军刘牢之率领北府军前往镇压，义军兵败，于十二月退回海岛。四年（400年）五月，孙恩从浃口（今浙江镇海东南甬江河口）登陆，攻克余姚（今属浙江）、上虞，进而进攻邢浦（今浙江绍兴东）、会稽，转攻临海，与晋军激战。十一月，晋宁朔将军高雅之大败，孙恩军追击至山阴。东晋朝廷大震，再命刘牢之统率北府兵、都督浙东五郡兵对义军反扑。孙恩为避其锋芒，再退入海岛。五年二月，孙恩复以水军袭句章（今浙江宁波南鄞江南岸）不克；复还海岛。三月，孙恩北趋海盐（今属浙江），败于刘牢之部将刘裕；五月，转而攻占沪渎（今上海吴淞江）乘胜沿长江西进。六月，抵京口（今江苏镇江），逼近建康（今南京）。东晋朝廷急调江北诸郡官军及在浙东的刘牢之所部北府兵入卫京师。孙恩畏惧，暂弃进攻建康计划，一面派兵袭占江北重镇广陵（今江苏扬州西北），一面由孙恩亲率主力浮海北上，攻占郁洲（今江苏连云港市东云台山，当时隔江在海中），生擒高雅之。八月，义军与刘裕所部晋军激战，孙恩又失利，损伤惨重，被迫沿海南撤，第四次撤回海岛。元兴元年（402年）三月，义军在进攻临海作战中，严重受挫，孙恩遂丧失信心，投水自尽，家人、部下跟随投水者百余人。余众数千人推举其妹夫卢循为首领，继续坚持抗晋斗争（参见卢循起义）。
点评：孙恩起义是中国农民战争中首次使用水军作战，义军数次威胁东晋京师建康，动摇了东晋的统治基础。但由于没有建立稳固的后方根据地，作战指导上几次错失有利战机，在晋军的反扑中，义军几次退回海岛，使已取得的战果不能巩固，起义终被东晋镇压下去。