9月9日，清廷派定奕勖、李鸿章、荣禄、张之洞、刘坤一等5人为议和全权大臣。奕勖、李鸿章等反复与各国交涉，各国始终坚持必须先惩办“肇祸”大臣，然后再谈议和问题。奕勖、李鸿章、刘坤一、张之洞、盛宣怀及部分驻外公使，也认为若无载漪、刚毅等糊涂透顶官吏，也不会出此大祸，建议重惩。在中外压力逼迫之下，慈禧只好忍痛下诏对“肇祸”大臣予以惩罚。
9月25日，慈禧以光绪名义下谕，惩处“肇祸”大臣。即：庄亲王载勋、怡亲王溥静、贝勒载濂和载滢革去爵职；端郡王载漪撤去一切差使，交宗人府严加议处；辅国公载澜、左都御史英年均交该衙门议处；协办大学士兼吏部尚书刚毅、刑部尚书赵舒翘交部议处。这些大臣，现大多正随侍慈禧太后左右，且又是亲贵，又握兵权。慈禧太后如此惩处，已是伤筋动骨之策了。但此谕下后，各国公使极不满意，均认为惩治太轻，拒绝议和，八国联军仍旧四处攻掠，并扬言西进，抓慈禧问罪。10月4日，法国提出和议六款，第一条就是要求重惩“肇祸”大臣及各地地方官员；18日，美国致书李鸿章，言只有重惩“肇祸”大臣，方可议和。其他各国也纷纷重申：不重惩“肇祸”大臣，断难议和。各国公使对甘军首领董福祥尤其关注，明确表示要重惩此人。23日，李鸿章再次致电慈禧太后，请严惩“肇祸”大臣，以便及早议和，阻止联军西进。刘坤一、张之洞、盛宣怀及出使大臣杨儒、李盛铎、罗丰禄、伍廷芳等，也纷纷致电身处西安的慈禧太后，奏请自认围攻公使馆最违公法，重惩载漪、董福祥、毓贤等“肇祸”大臣，以促成议和开谈，阻止联军四处攻掠。
但不管中外如何敦请勒逼，慈禧太后一直不敢重惩随行大臣，以免变生肘腋。特别是甘军首领董福祥，此时正率精锐甘军随行护卫慈禧，如治董福祥死罪，难免董福祥一怒而反。各国公使见慈禧太后对各方的敦促毫无反映，遂连日自行计议重惩清廷“肇祸”大臣数目和办法。
1900年10月27日，经数日计议，各国公使联合向清廷付出通牒，明确要求将载漪、载勋、溥静、载濂、载滢、载澜、董福祥、刚毅、毓贤、李秉衡、赵舒翘、英年等人处以死刑，对其他祸首的惩治另议。各国公使不知李秉衡早于8月11日自杀，仍将李秉衡列入死刑之列。
以前各国只是反复说重惩，并未言明如何重惩，此次提出处上述诸人死刑，清廷大吃一惊。
各国公使通牒要求处载漪等12人死刑后，估计清廷不会轻易就范，遂向清廷施加压力，派兵攻保定，再次扬言进攻西安，问罪慈禧。
1900年11月10日，奕勖、李鸿章上奏慈禧，言各国公使态度坚决，执意要求将载漪等11人正法。慈禧太后无奈，决定加重惩处“肇祸”大臣。
1900年11月13日，慈禧再以光绪帝名义下谕，加重惩处载漪等人：载漪革去爵职，与载勋均暂交宗人府圈禁，待军务稍定后，再发往盛京；溥静、载滢一并交宗人府圈禁；载濂已革爵职，令闭门思过；载澜、英年降调；赵舒翘革职留任；毓贤发往极边充苦差，永不释回；刚毅已于10月18日病故，免置议；董福祥未提如何处置，荣禄另电告奕勖、李鸿章，言董福祥正领兵随护两宫，不宜立即处置，宜缓议。
慈禧太后将此加重惩处诏书寄给奕勖、李鸿章，同时令二人切实向各国说明慈禧苦衷，解释清廷之无奈，督促各国公使赶紧择定时日议和。
清廷第二次重惩“肇祸”大臣的诏书送达各国公使手中，各国公使见慈禧太后翻来复去总是革爵革职，大为不满，不管奕勖、李鸿章如何解释，就是认定一条：治祸首于死罪。对于董福祥，因督甘军攻使馆，各国公使尤其痛恨，执意要处死。但董福祥部兵凶将狠，且正随护慈禧太后，慈禧实在是不敢动他。无可奈何之下，慈禧太后于12月3日下令革去董福祥甘肃提督职，但仍留任，令其速率所部甘军返甘。
1901年2月5日，各国公使经反复计议，达成一致，在与李鸿章计议惩处祸首问题时，口头要求将现已查出之载漪、载勋、董福祥、载澜、英年、刚毅、赵舒翘、毓贤、李秉衡、启秀、徐承煜等现存各人，均治死罪，否则不再议和。李鸿章大吃一惊。
1901年2月8日，各国公使正式照会奕勖、李鸿章，提出惩处“肇祸”大臣的具体要求：载漪、载澜发新疆极边，永远监禁；令载勋自尽；英年、赵舒翘、毓贤、徐承煜、启秀，定以斩立决；从速夺董福祥兵权，兵权夺后，再照所许各节定罪；各犯处决之日，各国派员监视，有管理行刑之权。
各国公使以照会形式提出上述要求，慈禧顿时觉得形势严峻起来，赶忙于2月9日令奕勖、李鸿章与各国公使商谈：可否处各亲王为“假死刑”，各国公使不允；11日，慈禧又令奕勖、李鸿章照会各国公使：可否将英年、赵舒翘减罪，启秀、赵承煜释回（时启、赵二人在北京被联军拘禁），查明有据，再行惩办，又不允。清廷百般无奈，只好再次下诏重惩“肇祸”大臣。
1901年2月13日，清廷第三次下诏惩处“肇祸”大臣：载漪、载澜均发新疆，永远监禁；赐载勋自尽；毓贤正法；刚毅追夺原官，革董福祥职；英年、赵舒翘革职定斩监侯；已死的徐桐、李秉衡革职，撤销恤典；启秀、徐承煜先革职，查明罪责，再行惩办。同时，应各国公使要求，开复徐用仪、立山、许景澄、联元、袁昶等庚子死节五大臣原职，以施昭雪。
慈禧此次惩处“肇祸”大臣，因未完全满足各国公使要求，各国公使大怒。2月14日，英国驻华公使派员告诉李鸿章等人：不许将英年、赵舒翘等人免死，西安方面如再庇护，将祸及自身。德国元帅瓦德西一直主张以武力压服中国，此时乘机竭力挑动战争，并于15日以联军统帅名义，通令联军做好准备，将于本月内进军西安。
奕勖、李鸿章见英国公使威胁要惩办慈禧太后，瓦德西要武力进攻西安，大惊失色，于2月17日电慈禧太后，请处英年、赵舒翘等死刑，否则联军将进军西安。慈禧太后惊恐万状，忙于18日谕令奕勖、李鸿章，言英年、赵舒翘决无生之理，启秀、徐承煜索回正法。
1901年2月21日，慈禧太后正式按照各国公使要求，第四次下诏惩处“肇祸”大臣：载勋自尽，毓贤正法；载漪、载澜定斩监侯，发新疆极边，永远监禁；赐英年、赵舒翘自尽；启秀、徐承煜交回正法。就在本日，载勋自尽于蒲州。22日，毓贤在兰州正法。25日，赵舒翘在西安自尽。3月1日，令寻在逃载漪并押至新疆戍所。其他“人犯”，也一一兑现此刑。
清廷按照各国公使要求惩处了“肇祸”大臣后，各国公使仍不满足，又于1901年4月4日提出惩处外省“肇祸”官绅名单，总计142人。清廷在各国公使勒逼之下，于4月29日下诏惩处了各省不能实力保护教士教民的地方官吏56人。
6月11日，在各国公使的勒逼下，清廷又下诏，公布停止各国教士侨民被害城镇文武考试五年的地方的清单。
至此，各国列强对清廷的惩处“肇祸”大臣的勒逼告一段落。
《国民报》创刊
19世纪末20世纪初，随着义和团运动的失败和清政府日益沦为“洋人的朝廷”，许多进步知识分子对帝国主义的侵略本性以及中外反动势力相互勾结的关系，有了进一步的认识，他们的思想开始有了新的转变。尤其是海外的留学生，他们在接受了西方资产阶级政治学说以后，更加认识到了清政府的昏庸腐败，逐渐走上了革命的道路。他们创办报刊，宣传西方民主政治学说和世界各国民主革命的历史，宣传资产阶级民主革命的思想，其中留日学生在东京、横滨等地创办了一批报刊，使日本成为革命派报刊活动的重要基地之一。《国民报》就是留日学生创办的具有初步革命思想的较早的刊物。
《国民报》，1901年5月10日创刊于东京，月刊，同年8月出至第四期停刊。它设有社说、时论、译编、丛论等栏目，秦力山为总编辑，冯镜如为名义上的发刊人，担任编辑和撰稿工作的有沈翔云、王宠惠、冯自由、张继等。孙中山对《国民报》的创刊十分关心，曾经给予经济上的援助。
《国民报》是最早提倡推翻清王朝统治的刊物，它以鼓吹天赋人权、平等自由而独具特色。《国民报》先后发表了《说汉种》、《中国灭亡论》、《亡国篇》、《正仇满论》、《二十世纪之中国》等政论文章，攻击清政府对内实行种族压迫，对外实行卖国投降政策，在留日学生中第一个宣传了革命排满的思想。同时，它还译载了杰斐逊起草的《美国独立檄文》以及威曼的《革命新论》等专著，宣传了资产阶级天赋人权思想，为中国资产阶级的民主革命作了舆论上的准备。《国民报》还刊载了《俄国政体》、《俄亚之关系》等文章，对沙俄的侵华野心作了一定的介绍和分析，提高了中国人民对沙俄侵占我国东北领土的警觉，对以后的拒俄运动发挥了一定的舆论宣传作用。
秦力山在创办《国民报》的同时，还组织了一个国民会的组织。国民会以宣传革命为宗旨，提出要“革除奴隶之积性，振起国民之精神”，“使中国四万万人同享天赋之权利”，并主张积极在国内展开革命运动，解决民族独立问题。1901年8月《国民报》停刊，国民会也随之解散。
《辛丑条约》签订
1900年6月下旬清廷对八国联军宣战后，清军一再溃败。至7月间，慈禧太后改任两广总督李鸿章为直隶总督兼北洋大臣，命其从速来京，全权与各国协商议和。8月7日，八国联军逼近北京，清廷正式任命李鸿章为全权议和大臣，与列强谈判。15日，北京沦陷。慈禧太后在逃跑途中命荣禄、徐桐、崇绮留京乞和。27日，再派庆亲王奕勖与李鸿章共同协商议和事宜。
对此，侵华列强反应不一。沙俄为诱迫清廷承认它侵占东三省合法化，首先表示承认李鸿章代表资格，赞同与清廷议和，并将在京俄国公使和军队撤往天津。英、德等国希望索取更多利益，强烈反对与素有亲俄倾向的慈禧政权开议，拒不承认李鸿章的代表资格。德国因其公使克林德被击毙而更加忌恨清廷，甚至与英国商定准备拘捕李鸿章，阻挠清廷与俄国的交涉。为此，李鸿章从广州抵沪后迟迟不敢北上。俄国极力为清廷斡旋，力劝英、德放弃了拘捕李鸿章的打算。9月16日，李鸿章在俄军保护下抵达塘沽，并很快赴京，在各国公使间奔走。德国提出以惩办慈禧太后、端王载漪等战争祸首作为议和的先决条件，从而使和谈无法进行。帝国主义各国围绕是否与清廷和谈、以及李鸿章代表资格等问题进行的争论，实际是各国在华挑选代理人的矛盾显现。俄国支持素有亲俄倾向的慈禧和李鸿章；英、美等国则支持光绪帝；德国明显倾向英国，以拖延时间，等待德国元帅、八国联军总司令瓦德西（AlflredGrafvonwaldersee）来华，以便扩大对华侵略战争。
10月初，瓦德西抵达北京后，执行德皇指令，多次拒绝李鸿章求见，指挥联军向直隶发动武装进攻。瓦德西的激烈做法不仅引起俄国强烈不满，英、美等国也害怕德国独受其益，遂一面派兵参与扩大侵华的军事行动，以待日后分赃时能多得一些侵略利益，一面又表示希望尽快结束战争。特别是八国联军逼进山西，触动英国在山西的侵略利益时，英国更强烈地呼吁停战。英、美等国态度的转变，迫使德国不得不就此止步，为清廷乞和打开了方便之门。慈禧为取得各国宽恕，于9月26日发布惩处肇祸诸臣的上谕。刘坤一、张之洞、李鸿章等也极力为慈禧开脱，将宣战责任归咎载漪。清廷及封疆重臣的这些表现，使列强感到慈禧已经驯服，继续支持这个驯服政府对他们大为有利。另外，欧洲各国也担心抛弃慈禧，将导致清政府垮台，丧失讹诈中国的机会和可能。这样，在挑选代理人的问题上，欧洲列强态度渐趋一致，最终决定“保全”慈禧，开始与清廷议和。
10月4日，法国提出6项建议作为议和基础：（1）惩办罪犯；（2）禁止中国输入军火；（3）赔偿各国损失；（4）在北京设立外国卫队，保护使馆；（5）拆毁大沽炮台；（6）占领大沽至北京之间的二、三处据点。15日，中国代表提出5条建议，作为和约草案：对攻打使馆表示认罪，保证以后不再发生类似事件；答应赔偿各国损失；修改或新订商约；要求各国交回总理衙门及其档案；和谈开始后即行停战等。各国公使认为，中国提议“狂妄”，根本不屑一顾，仅就法国建议磋商，决定增加下列内容：（1）董福祥、毓贤应处斩。（2）罢免发生排外纠纷的各地官员。（3）扩大赔款范围。（4）划定使馆区，不许中国人居住。（5）将拆毁大沽炮台扩展至大沽以外地区。（6）严禁华人组织和参加排外会社。（7）改总理衙门为外务部。此外，公使团还通过了德、日各自提出的“优恤”义和团运动中被杀的克林德、杉山彬的处理意见。12月24日，公使团以法国建议为基础，增补了上述各项内容后形成所谓《议和大纲》12条，送交清方代表，并转达西安行在。