慈禧看到《大纲》没有将她列为祸首，大喜过望，27日即命“所有十二条《议和大纲》，应即照允”，“诏报奕勖、鸿章如约”。很快，奕勖和李鸿章代表清廷签字，并将加盖御玺的有关上谕作为附件，分送各国公使，《议和大纲》正式生效。这个大纲基本包括了后来正式和约的主要内容。1901年2月14日，清廷发布“罪己诏”，恶毒攻击义和团，为慈禧太后卸责，并对列强的“宽大”感激涕零，说是“今兹议约，不侵我主权，不割我土地，念列邦之见谅，疾愚暴之无知，事后追思，惭愤交集”，表示今后要“量中华之物力，结与国之欢心”。
《议和大纲》确定后，各国使团即开始研究大纲细目和付诸实行的问题。由于各国贪婪无厌，彼此又勾心斗角，互相争夺，因此针对大纲细目的拟定又争吵了八九个月，焦点集中于惩凶和赔款两个问题。
惩凶即惩罚支持义和团及主张与列强宣战的清朝重臣。对此，英、俄两国意见分歧：俄国力主免除亲王载漪等死刑；英国要求扩大刑罚范围，对伪造列强归政照会、挑动慈禧与八国宣战的端王载漪也要处死。争吵结果，列强达成妥协，决定“懿亲不加刑”，王公大臣由清廷自己惩处。1901年2月21日，清政府迫于列强压力，赐庄王载勋自尽；端王载漪、辅国公载澜为斩监侯，发往边疆永远监禁；毓贤即行正法；董福祥革职降调；其他主战文武官员均受不同处分。此后清廷又两次惩办各省地方官员100多人。
赔款是列强争吵的另一问题，也是整个和谈中困难最多、费时最久的问题。瓦德西来华前，德皇令他“要求中国赔偿，务达最高限度”。这种贪婪索求也是其他各国的共同欲望。为确定赔款总数，公使团责成英、德、比、荷4国组成“赔款委员会”，研究赔款标准和范围，最后确定赔偿应以各国直接损失为限的原则。另外，日、美、德、比4国又组成“财源调查委员会”，调查中国财政情况，并根据海关总税务司赫德提供的数字，最后确认中国能够负担的最高赔款总额为白银4.5亿两（约6750万英镑）。
赔款总额确定后，各国竞相提高索偿砝码，肆意讹诈。俄国在侵吞东三省的阴谋屡屡受挫后恼羞成怒，把赔款额提高到1.3亿两；德国索取远征费4亿马克（实际只用2.5亿马克）；英国把赔偿费从拟议的480万英镑提至650万英镑；美国要求赔偿2500万美元（实际仅花费1360万美元）。但是，当时中国每年财政收入仅8800万两左右，支出却高达1.1亿两以上，存在巨额赤字，绝无现金支付赔款的能力。为此，各国就赔偿方式问题绞尽脑汁。俄、法两国为尽快拿到赔款，主张由列强共同作保，替清廷在国际金融市场筹集外债，作为偿金。美、英两国坚决反对，认为这样会造成列强共管中国财政的局面，与“尊重中国行政完整”的“门户开放”原则不符，对其凭借强大经济实力掠夺中国不利。英国提出在中国发行债券分年摊还的办法：即由中国发行债券（保票），发行前3年年息3厘，每两年增加0.5厘，以后一律4厘；债券还本减息基金，在债券发行后5年实行，每年归还本金1％；中国政府指定特种财政收入作为偿还债务之用。这一办法后经德国修改为：各国从中国得到等于各自应得的全部赔款数额的保票，年息4厘，每年至少还本0.5％。这一提议终被列强所接受。
关于赔款抵押，各国一致同意用中国偿还债务后的海关税余额、常关税、盐厘为指定项目。俄、德两国为迅速得到赔款，又提出将海关税率提高到值百抽十，新增收入归人赔款。当时中国海关税名义是值百抽五，但实际平均只有3.17％。这一提议遭到在华贸易占很大比重的英、美两国的反对。讨价还价后，公使团最后决定，将关税增至切实值百抽五，但以清廷改善河道、修改内河航船章程为条件。这样，经过一年多的争吵，帝国主义各国侵略利益大体得到满足，议和的有关问题基本达成一致。整个和谈过程中，条约主要内容均由列强间议定，清廷代表形同虚设。
1901年9月7日，奕勖、李鸿章代表清政府在北京与英、美、德、法、俄、日、意、奥、西、荷、比11国公使在《最后议定书》（即《辛丑条约》）上签字，共12款，19个附件，主要内容：
（1）中国赔款白银4.5亿两，年息4厘，39年还清。
（2）在北京东交民巷设立使馆区，允许列强驻兵，界内不许华人居住。
（3）将大沽炮台和大沽至北京的沿线炮台一律拆毁；天津20里内不允清兵驻扎；北京至山海关铁路沿线的黄村、廊坊、杨村、军粮城、塘沽、芦台、唐山、滦州、昌黎、山海关、秦皇岛、天津等12个沿线要地准许各国军队驻守；禁止军火和制造军火的原料输入中国2年，并可延长。
（4）惩办主战凶犯；永远禁止中国人民成立或加入任何反帝组织，违者皆斩；在发生排外纠纷的城镇停止各等文武考试5年；清廷官吏所属境内如发生伤害洋人或违约之事，官吏必须立时弹压，否则革职，永不叙用。
（5）总理衙门改为外务部，班列六部之前，办理对外事宜；变通各国使臣觐见礼节。
（6）清政府派大臣赴德、日两国谢罪，在克林德被害处树立碑坊，对杉山彬“用优荣之典”；在各国被“污渎”及挖掘的坟茔建立“涤垢雪侮之碑”。
（7）订立新的通商航船条约。
《辛丑条约》是一个空前的奴役性条约。从经济上说，4.5亿两赔款相当于当时中国人均分摊1两，加上赔款利息、地方赔款等项，总数在10亿两以上。这种勒索旷古罕闻。赔款以海关税、常关税和盐税为抵押，使清廷丧失了除田赋外的所有财政来源，中国财政为列强进一步控制，中国经济几乎处于崩溃状态。从军事上说，建立使馆区、驻军、拆毁炮台等，严重损害了中国领土主权，使北京门户洞开，使清廷处于帝国主义直接监督和军事控制之下。从政治上说，惩办主战官员、禁止中国人民从事反帝活动，优恤克林德、杉山彬，改总理衙门为外务部等，使清政府承担了替帝国主义镇压中国人民反帝运动的条约义务，清王朝成为名副其实的“洋人的朝廷”。总之，《辛丑条约》是帝国主义用暴力强加在中国人民身上的殖民枷锁。中国半殖民地半封建社会至此完全形成。
庚子赔款
义和团运动被镇压后，西方各驻华公使与清政府开始和谈。1900年11月13日，各国公使团正式向清政府提出了《议和大纲》共12条，其中第6条规定，各国各会各人等，以及他国执事中国人民，同近来各事身家财产所受公私各方，中国均认公平赔补；中国国家须筹定各国所能允从之理财办法，力为担保，赔补如何；以上所开赔款，以及如何措还国家借款之地，按担保赔项；又日措还借款，仍须先借洋款后，再于理财办法内分年措还。
1901年，各国驻华公使与清政府就赔款问题进行谈判。起初，各国在赔款问题上意见不同，如在赔款总额、赔款方式及提高海关税率等方面进行长时间的争论。为解决赔款问题，公使团组成了“赔款委员会”，由英、比、德、荷四国公使参加，研究赔款的标准和范围，规定了对政府、社团及私人的赔偿原则。组成“财源调查委员会”，由日、美、德、法四国公使参加，利用其在中国海关的人员和各银行的代表，提供报告，搜集经济情报，调查中国的赔款能力，确定赔偿的担保。4月19日，“财源调查委员会”约清政府户部侍郎那桐、议和大臣助手徐寿朋与周馥，研究赔款问题，通知赔款总数，提出偿付来源和偿款摊还办法。法国公使毕盛代表公使团告知清政府，截至1901年7月1日止，赔款计银4.5亿海关两（约合6750万英镑）。清政府提出财力不足，各国既然有意顾全交谊，盼能减少赔款总额，遭到列强断然拒绝。清政府提出，若不借款，则无法以现金支付；但中国不愿借款，希望增加海关税至从价值百抽五，以海关、常关和盐税作为借款和分期付款的抵押；至于支付方式，中国愿采用逐年分期支付的办法。列强代表查询了常关、盐税和漕粮折色等项收入的数目，以及可以节省、移挪各项经费的情况，还向清政府提议开办人丁税、地亩税、房捐、土药附加税和印花税等另筹新税的建议。
5月1日，公使团会议确定了赔款总数，并正式通知清政府。6日，清政府发布上谕，宣布对“各国赔款共四百五十兆，四厘息，若即照准，以便迅速撤兵”，并指示清政府议和代表，“惟中国财力仅有此数，务须将本利核定总数，宽展年限，力与磋磨为要”。
为了解决偿款摊还办法，英国提出分年摊还的办法，通过讨论后规定：“每一个国家将从中国得到等于全部赔款的保票，年息四厘，并每年至少还本百分之零点五，付利还本的基金将由中国取之于盐税常关税及一个合理的增加海关税中。”俄法两国提出：“如果付息的担保不足，则将关税增加到值百抽五至七点五，以此作为附带担保，在这个条件下，用盐税和常关税收入抵补中国偿款。”经过公使团会议最后决定，以增加关税切实值百抽五，常关和盐税，作为中国发行债券支付赔款本利的抵押品，制定赔款还本表，赔款在40年内清还，由支付利息后的余额及偿还旧债后剩余的上述税款来支付。该决定经各国政府批准，列入条约。此后，英国又提出，未经各国同意，禁止中国用与还本表规定不同的支付方式或改变赔款，列入附加议定书；还对“税则修改委员会”的基础，非条约商埠的常关如何归海关管理等问题，作出保留。在沙俄等国的反对下，这些保留被迫放弃。8月16日，公使团又通过1897、1898、1899年的进口货物平均价格作为海关税则的修改基础。
1901年9月7日，《辛丑条约》签订，共12款19个附件，其中规定清政府向各国赔款白银4.5亿两，年息4厘，分39年付清，本利共达9.8亿两，还有各省地方赔款2000多万两，总数超过10亿两。赔款因是针对1900年（庚子年）的义和团运动而起，故名庚子赔款。条约规定的赔款，按当时全国人口计算，合每人一两。但实际支付的赔款自1901年7月1日至12月31日的利息900万两；这笔利息从1902年起，3年内还清，年息4厘，又需支付利息100万海关两。按条约规定，中国将海关、盐税作抵押，同时撤去沿江沿海通商口岸中的20处常关，业务统归海关管理。中国因条约订立而丧失了除田赋以外的所有主要财源。