《民报》从一开始就显出政治锋芒。以孙中山名义发表的《发刊词》，第一次公开提出了民族、民权、民生“三大主义”，并且刊登了“世界第一之民族主义大伟人黄帝，世界第一之民权主义大家卢梭，世界第一之共和国建设者华盛顿，世界之平等博爱主义大家墨翟”四幅画像，借以宣传旧三民主义纲领。《民报》创刊号还发表了朱执信的《论满洲政府虽欲立宪而不能》，陈天华的《论中国宜改创民主政体》等重要文章，从政治上、理论上、历史上对康有为、梁启超之流提倡的君主立宪主义和清王朝的假立宪丑剧，进行系统而深入的批判，这就有力地痛击了康、梁以“保皇”邪说操纵舆论的反动气焰。
《民报》在第三号中还刊载了《民报之六大主义》一文，文中宣布：“本杂志之主义如下：（一）颠覆现今之恶劣政府；（二）建设共和政体；（三）土地国有；（四）维持世界真正之平和；（五）主张中国、日本两国之国民的连合；（六）要求世界列国赞成中国革新之事业。”前三条是“对内”的，后三条是“对外”的，六大主义没有超出民族、民权、民生三大主义的范围，实质是三大主义和同盟会誓词调整的具体化。作者指出：“革命有秘密之举动，而革命之主义则无当秘密者，非惟不当秘密而已，直当普通之于社会，以斟灌其心理而造成舆论”，这样，“其主义必为社会心理所向，其举动必受一般舆论之欢迎，然后能获优胜而鲜失败”。该文的发表对于统一革命党人对革命事业的认识，鼓舞人们革命斗志起了积极的作用。《民报》第三号号外刊载《民报与新民丛报辩驳之纲领》12条，逐一列举革命党与保皇党的原则分歧，成为革命派开展思想大论战的主要舆论阵地。
当然，《民报》毕竟是民族资产阶级中下层进步势力办的报刊，它不可避免要反映出这个阶级软弱和妥协的一面。在6条主义中，没有反对帝国主义侵略的内容。
后3条中，表明中国革命党人期待同世界列国保持友好关系，得到各国人民和进步公众支持的愿望，但透露出对帝国主义存在着不切实际的幻想和妥协倾向，反映了同盟会反帝的不彻底性。《民报》在反帝宣传方面，较之以前的《浙江潮》、《江苏》等刊物有所削弱，必然要给以后的革命实践带来消极的影响。
不过，《民报》宣传革命的作用是不应低估的。它在国内进步分子中广为流传，也同国外进步舆论相互呼应。日本人宫崎寅藏与清藤幸七郎等创办的《革命评论》与《民报》互登广告。它的编者和撰稿人多数参加了《民报》的周年纪念会。《民报》的骨干如宋教仁等也常和《革命评论》的编辑接触，甚至被《革命评论》的一些文章感动得流泪。1907年元旦，《革命评论》发行“支那革命特集号”，对中国革命作了热情洋溢的介绍。该刊成为《民报》的国际友军。
1908年10月，日本政府以《民报》24号激扬暗杀为由，禁止出版。1910年初，汪精卫主编第25、26号，在日本秘密印行，旋终刊。《民报》销售数在万份左右，最高达1.7万份。
革命派与改良派大论战
1905年至1907年以孙中山为代表的资产阶级革命派同以康有为、梁启超为代表的资产阶级改良派在思想理论战线上展开了一场大辩论。以孙中山为代表的革命派与以康有为为代表的改良派是中国民族资产阶级的两个政治派别，前者是民族资产阶级中下层的代表，后者是其上层的代表。
早在甲午战争期间，这两个派别就同时出现了。不过当时改良派因为发动了戊戌变法运动，在社会上的影响远远超过革命派。戊戌变法失败后，康、梁等人逃亡国外，梁启超在日本重建改良派的宣传阵地，1898年12月创办《清议报》，前后历时3年，共出100册；1902年又创办《新民丛报》，历时近6年，共刊行96号。
康有为则于1899年7月20日在加拿大建立“保救大清光绪皇帝会”（亦称“保救大清皇帝公司”、“中国维新会”，简称“保皇会”），在“爱国救亡”的旗帜下，反对通过革命办法推翻清王朝，建立资产阶级共和国，而是寄希望于光绪帝，祈望光绪复辟，继续推行变法维新，实行君主立宪制度。因此，以孙中山为首的革命派多次同他们倡议“联合”，都被拒绝。
可是20世纪初，在内忧外患刺激下，知识分子通过清政府对爱国运动镇压的反面教育，日益倾向革命。改良派从切身利益考虑，在加紧要求清政府实行真正的君主立宪、抵制革命的同时，又将矛头指向革命派，正面阻止革命运动的发展。为此，双方在1903年、1904年已初步进行了交锋。
同盟会成立后，革命派有了统一的组织和明确的纲领，为革命思想的传播提供了有利的条件。孙中山在《（民报）发刊词》中号召：要把三民主义思想“灌输于人心，而化为常识”。为了实现这一任务，继《民报》之后，在国内外各地遍设宣传机关，出版书报杂志。据统计，1905年至1907年，革命派主办的报纸、杂志达60余种，其它革命出版物“无虑百数十种”。这些刊物都在不同程度上阐述了同盟会的主张，《民报》则更为系统地阐述了三民主义思想；其文章理论透辟，脍炙人口，激动人心，深受广大读者欢迎，每期再版二版以至五版，仍供不应求。对此康、梁十分恐惧，公然宣称“今者我党与政府死战，犹是第二义，与革党死战，乃是第一义”。梁启超以《新民丛报》为阵地，连续发表文章，诋毁同盟会政纲。改良派的活动，成了民主革命的巨大障碍，孙中山立即组织革命派进行有力的回击。这样，以《民报》和《新民丛报》为中心阵地，革命派和改良派在国内外的20多种报刊先后都投入了论战。论战涉及的范围很广，主要有三个方面。
1.要不要革命，要不要推翻清政府。改良派竭力为清政府的民族和阶级压迫政策辩护，宣扬清圣祖康熙皇帝的薄税政策不仅为“中国数千年所无，亦为地球万国古今所未有”；声称在清朝统治下，“举国人民其在法律上本已平等，无别享特权者”，因此民族革命是完全不必要的。
革命派以大量事实揭露清朝统治者施行的种族压迫、奴役及歧视政策，强调救国必先反清排满，铲除异族政府。他们控诉清政府卖国媚外的罪行，强调欲救中国，免除民族灾难，只有坚决推倒清朝专制政府，指出“满洲去，则中国强”。针对改良派曲解革命派“排满”口号是“种族复仇”的谬论，革命派申明“排满”只是“仇一姓”，“不仇一族”，种族革命并非尽杀满族数百万之众，而是“倾覆其政府，不使少数人扼我主权，为制于上之谓也”，明确地把满族平民与满洲贵族区分开来，将打击矛头指向封建统治者。
2.要不要兴民权，建立资产阶级共和国。改良派从本阶层的利益出发，反对共和革命论，鼓吹“渐进论”，说封建专制必须经过君主立宪阶段才能实行民主共和；借口“民智未开”，诬蔑中国人民“既乏自治之习惯，又不识团体之公益”，根本没有享受民主权利、当“共和国民之资格”，宣扬这种资格只有在开明专制时代和君主立宪时代才能养成。
革命派进行了有力的驳斥，指出：事物的发展总是后来居上，当世界上已经有了先进的民主制度，在革除专制建立共和国又已成为大势所趋、人心所向的历史条件下，一个落后的国家在民族革命之后，必然要选取先进的民主制，无须再经过君主立宪的阶段。说“中国之民族，贱民族也，只能受压制，不能与以自由”，“吾民族万古不能有能力，惟宜永世为牛马为奴为隶者”云云，是帝国主义和民贼的语言，是对中国人民的极大诬蔑。因为“疾专制，乐自由，为人类之天性”，是人人具有的。而“以一人擅神圣不犯之号，以一姓专国家统治之权，以势以情，殆皆不顺”。正是这种制度把中国引向世界劣败之林。且人民群众的智慧是在斗争中发展的，在革命时代，群众民主主义觉悟的提高是十分迅速的。改良派强调中国“民智未开”，不能行共和，只能行专制，实际是继续贩卖“君权神授”的传统观念，究其目的，不过是为了“巩固万世不替之皇基”罢了。3.要不要改变封建土地制度，实行“平均地权”。改良派为维护封建土地所有制，反对“平均地权”，说中国的封建经济制度与欧洲不同，既无贵族压制，土地又极为平均，而且“赋税极轻”，即使将来工业发展了，也不会造成欧美那样的“贫富相悬”的社会现象，因此进行“社会革命”是完全不必要的。同时又说地主占有大量土地，都是由“劳动”或“节约”而来；社会经济的发展，“实起于人类之利己心”，私有财产制度的存在，在历史上有其必然性，不能“蔑弃”，是“现社会一切文明之源泉”。实行“平均地权”，“土地国有”，就是“掠夺人民勤劳之结果”，打击人们从事生产的积极性，“推翻现社会之根柢”。他们声言对其他问题尚可让步，对改变土地制度问题，“则寸毫不能让”。