编制官制大臣奉命后，经过会议研究，奏陈厘订官制宗旨大略5条，并得到清廷的批准。（1）参仿君主立宪国官制，先厘定行政、司法各官，其余各衙门一律照旧；（2）“此次厘定要旨，总使官无尸位，事有专司，以期各副责成，尽心职守。”（3）根据立宪国通例，实行立法、行政、司法三权分立，“现在议院遽难成立，先从行政、司法厘定”；（4）钦差官、阁部院大臣京卿以上各官作为特简官，各阁、部、院所属三四品人员为请简官，五至七品人员为奏补官，八、九品人员为委用官；（5）另设集贤院、资政院，对裁下来的闲散人员“妥筹位置，分别量移，仍优予俸禄”。旋拟设立内阁，裁撤军机处、吏部、礼部、都察院，归并其它机关。此时，袁世凯野心勃勃，多方贿赂钻营，买通了慈禧太后亲随左右，拉拢一些编纂大臣。9月6日，于海淀奕勖府成立官制编纂馆。袁世凯把亲信党羽塞进编纂馆，把整个编纂工作完全控制在自己手中，并同外放两江总督的端方关系密切，企图通过官制改革，废去军机处，仿效君主立宪各国的体制，设立内阁，拥奕勖为内阁总理大臣，而他则为副总理大臣，控制朝政。
11月2日，奕勖等将改革草案进呈朝廷。该草案由《厘定中央各衙门官制缮单》、《内阁官制清单》、《各部官制通则清单》、《军咨府官制清单》、《阁部院官制节略》、《法部节略》、《资政院节略》、6个《各院官制清单》、12个《各部官制清单》共25个折件组成。其主要内容为：（1）实行三权分立。立法属议院，今日尚难实行，暂设资政院以为预备；行政属内阁各部大臣；司法属法部，以大理院任审判，法部监督之，不受行政官节制。设集贤院、资政院、郜察院、审议院、行政裁判院5院以制衡内阁。（2）内阁设置。内阁由原内阁和军机处改并而成，设总理大臣1人，左、右副大臣各1人。内阁下设11个部：外务部、吏部、民政部、度支部、礼部、学部、陆军部、法部、农工商部、邮传部、理藩部。各部设尚书1人，左右侍郎各1人，不分满汉，尚书均为内阁政务大臣，参加政事，除外务部外，不得兼充他职。各部设承政厅、参议厅及若干司。承政厅设左右丞各1人，负责总核承政兼考核各司重要事务，承政厅掌管机密事项；本部及部辖京外各职员进退升转及各项事故之注册存案，稽核各司人员办事功过事项；编纂、存储并收发各项公文函件、统计报告、管理部办经费及一切预、决算等事项。参议厅负责拟订增删及修改本部法令、章程、草稿等事项，设左右参议各1人；各司设郎中1人，员外郎、主事、七品小京官若干人。（3）裁并、更改各院名称。巡警部改为民政部；户部改为度支部，以财政处、税务处并入；兵部改为陆军部，以练兵处，太仆寺并入，海军部暂隶属陆军部；刑部改为法部；商部兼掌农工，改为农工商部；理藩院改为理藩部；都察院照旧；礼部照1日，将太常、光禄、鸿胪并入；工部以轮、路、邮电合并为邮传部。将练兵处军令司改为军咨府；增设资政院、审计院。
11月6日，清政府厘定官制的上谕颁发。它宣布：内阁、军机处照旧，其各部尚书均充参预政务大臣，轮班值日，听候召对；外务部、吏部、学部仍照旧；巡警部改为民政部；户部改为度支部，以财政处、税务处并入；礼部以太常、光禄、鸿胪3寺并入；兵部改为陆军部，以练兵处、太仆寺并入；应行设立的海军部及军咨府，未设以前，均暂归陆军部办理；刑部改为法部，专任司法；大理寺改为大理院，专掌审判；工部并入商部，改为农工商部；轮船、铁路、电线、邮政设立专司，名为邮传部；理藩院改为理藩部；除外务部堂官照旧外，各部堂官均设尚书1员，侍郎2员，不分满汉；都察院改设都御史1员、副都御史2员，六科给事中改为给事中，与御吏各员缺仍暂如旧；资政院为博采群言，审计院为核查经费，均著以次设立。其余宗人府、内阁翰林院、钦天监、銮仪：卫、内务府、太医院、各旗、营、侍卫处、步军统领衙门、顺天府仓库衙门毋庸更改。同日，清政府命奕勖、瞿鸿机仍留军机处，世续补为军机大臣，林绍年以侍郎用，在军机大臣上学习行走。鹿传霖、荣庆、徐世昌、铁良均开去军机大臣，々管部务。命各编纂大臣编定各省地方官制。7日，新授各部尚书及侍郎若干人。
这次中央官制改革，令各界大为失望，认为官制改革是“伪改革”。不过是“改换几个名目，淘汰几个无势力之大老而已”。《神州日报》发表题为《论国民之前途及救亡之责任》的评论文章，指出：“自去年宣布立宪后，而各种之风潮，非常之惨剧，皆相随而至，不特为立宪诸国所未闻，抑亦为开明专制国所未有。由是观之，政府之于专制也，乃取其实而不欲居其名；于立宪也，则取其名而惟恐蹈其实。”《民报》指出：“今者满洲政府挟愚民之谋，而又不胜其欲速之意，以致其欺不旋踵，而发觉君等咸翻然失望，自后彼将无所复售其欺。”有人认为，新授各部堂官“明为不分满汉，竟变为满七汉四，而蒙古与汉军各旗又恒党于满，因之甚至一向热心立宪之汉大臣官僚，亦有不平之感”。官制改革除了明显地暴露清王朝继续加强其集权的国家机器外，还导致了亲贵大臣间的讧争。
中央官制改革出台后，编纂大臣继续拟订各省官制，作为预备立宪的基础。编纂大臣的意见有两种：载泽、戴鸿慈、瞿鸿机等主张全体性改革，寓有削减督抚权力，加强中央集权的作用；孙家鼐、王文韶、鹿传霖等主张在原有的基础上略加变更，着重在明定权限，以专责成，双方争论不休。编制馆最后决定将两种改革方案电告督抚，征求意见，再决取舍。各省督抚大多赞同第二种方案，而且多数人对中央的“改革”方案进行消极的抵制。1907年7月7日，清廷颁布外省官制，将各省按察使改为提法使，省会增设巡警道1员，专管全省警政事务，劝业道1员，专管全省农工商业及各项交通事务，旧有之分守分巡各道一律裁撤，酌留兵备道。另各省分设审判厅，增易佐治各员，命由东三省先行开办，直隶、江苏两省因风气渐开，亦择地先为试办，俟有成效，逐渐推广，其余各省，由各省督抚体察情形，分年分地请旨办理，统限15年内一律完成。
清廷的官制改革，只是为了强化中央集权，并非要为“仿行宪政”作政治体制的改革。因此这次官制改革后，加剧了清廷内部的矛盾，引起了汉族官僚的不满，也激起了资产阶级立宪派的强烈不满。
废科举兴学堂运动
19世纪后半期，帝国主义列强加强了对中国的侵略活动，形成瓜分中国的局面。1900年，英、俄、日等8个帝国主义列强组成八国联军，发动了对中国的侵略战争，清政府被迫签订了丧权辱国的《辛丑条约》，国内外矛盾进一步激化。为了维护自己的统治，1901年1月29日，流亡西安的清廷发布上谕，宣布在政治、经济、文化教育各方面实行“新政”。
新政在教育上的改革主要有三个方面：废除科举制度；厘订教育宗旨、建立新学制、兴办新式学堂、派遣留学生等；改革教育行政机构。
科举制度自隋唐以来，均为统治者选拔人才的重要手段，到了近代，由于时代的变化，陈腐的科举制度已不适应培养新式人才的需要。维新运动时期，康有为、梁启超等维新派对科举制度所产生的弊病进行了深刻的批判。宣布“新政”之后，清政府被迫逐步废除科举制度。
1901年6月，清廷诏开经济特科。8月，诏废八股文程式，改试策论，考生除解说四书、五经外，还必须了解中西各国历史、政治、艺术。
1905年，直隶总督袁世凯、盛京将军赵尔巽、湖广总督张之洞等奏请停止科举，兴办学堂，清政府无奈，于1905年8月谕令“停科举以广学校”，“著自丙午科为始，所有乡会试一律停止，各省岁科考试亦即停止”。这样，实行了1300多年的科举考试制度终于被废除了。
伴随着科举制度的废除，新式学校教育制度也逐步确立起来。
1901年9月，清政府诏令各省设立学堂。1902年，管学大臣张百熙拟定《钦定学堂章程》，分初等教育、中等教育、高等教育三段，是为“壬寅学制”，但没有实行。
1903年，张百熙、张之洞、荣庆重新拟定一个《奏定学堂章程》（癸卯学制），这个章程对学校系统、课程设置、学校管理、教学宗旨均作了具体规定。
癸卯学制包含从小学到大学的完整体系：初等小学堂，“以启人生应有之知识，立其明伦理爱国家之根基，并调护儿童身体，令其发育为宗旨；以识字之民日多为成效”。
高等小学堂，“以培养国民之善性，扩充国民之知识，强壮国民之气体为宗旨”。学科为修身、读经讲经、中国文学、算术、中国历史、地理、格致、图画、体操九科。