万历的童年是比较多舛的，因为痴迷道教的爷爷嘉靖皇帝一心求长生不老，又坚信道士告诫的“二龙不可相见”的歪理，竟真避着不与儿孙见面，也没有给孙子万历起名，这倒霉孩子直到怪爷爷死后，即太子之位时才拥有了自己的名字：朱翊钧。然而没过几年，父亲隆庆皇帝也因靡乱的酒色生活掏空了身体，早早地晏驾了。年仅九岁的小朱正式君临天下，年号万历。
小万历虽年幼，但很聪明很有主见。有个故事讲，他刚继位时，有位先帝的妃子犯罪了，因为她偷偷让人带着一只金壶出宫，在当时皇上赏赐的东西是要记录在案的，有使用权但不能据为私人所有，更不能带出宫了。面对此事万历的处理是：不予治罪，且赏银与她救急，但叮嘱她，缺钱我给你，先帝赏的器物可是不可带出宫的呀。这孩子有思想啊！处理得十分巧妙，法、情两不误，还博了个仁德的名！可见他是很聪慧的，有这样一个这么小就聪慧而明事理的君主，根据民间“三岁看大七岁看老”的理论，实乃大明之幸事！
既然是人才，必须要得到好的培养才对得起他至尊的大脑和至尊的身份哪！于是，登基后的万历立刻受到三位一体的捆绑教育，分别来自母亲李太后、太监冯保，及首辅大臣张居正。
首先是母亲，万历的母亲李太后原是先帝隆庆还在裕王府时，府里的一名宫女，后来被裕王看上，又因为肚子争气，生了太子朱翊钧。母凭子贵，一步一步爬到了后宫之巅。根据这宫斗剧里都烂了的狗血桥段，不难猜想，这是个不简单的女人。儿子是她唯一的希望与寄托，在培养这未来独步天下的大明天子之事上，这不一般的女人怎可能马虎！史料记载李太后“教帝颇严”，若万历犯了错，便严厉训斥，甚至要长时间罚跪，小万历对母亲又恭敬又惧怕，经常被训斥得“伏地发抖、涕泗横流”。事实也证明，李太后在之后的许多国家大事上，都起过不小的影响作用，比如扶持张居正扳倒高拱，比如“国本之争”。这是后话，总之，母亲在万历的成长过程中，是个轴心，是个坐标，极为严格地约束着他每一步走向成熟的足迹。
那么，李太后是怎样知道儿子的表现而管教他的呢？来自照顾皇帝起居生活的太监冯保。冯保曾是嘉靖时期司礼监秉笔太监，提督东厂兼官御马监，有这样高的地位，在宦官届就可谓相当得宠信了。后来万历即位之初与张居正密谋，合力驱逐当时的内阁首辅高拱，因得到李太后的支持，政变成功，张居正上位，他也晋升成为了对小皇帝监事督察的第一负责人。万历喊他作“大伴”。“大伴”形影不离地伴在万历左右，以此密切观察他的一举一动。一有不合适之处便向李太后汇报。对于这样一个“监控器”，万历肯定心存怨恨，但又不敢直接造次。所以，《万历野获篇》中就记载了一个很著名的故事，小万历书法功夫了得，在一次为大臣们挥毫题字时，不知出于什么样的心理冲动，顺手甩了冯保一身的墨汁，在众人尴尬愣神之际，小皇帝却淡定自如地把字写完了。这事可见万历对他这“大伴”的不满，更重要的是这个还是孩子的君王颇深的心机以及对自主的渴望。
最重要的学习与工作，则是精明强干的首辅大臣张居正亲自管理，教他治国之道、统治之术。张居正，历史上大名鼎鼎的“救时宰相”，明神宗朝初的内阁首辅大臣，大刀阔斧为行将就木的明王朝创造了一场奇迹般的“万历中兴”，堪称史上一代名相。这样一位能干的贤臣做万历的老师，教辅到位之外，也不难想象对其要求之严、督诲之细。张老师亲自为万历编撰了独家教材《帝鉴图说》，以图例和故事形象地向年幼的万历传达治乱兴衰的强国之道。例行的经筵讲学课，张老师也亲自督导，对这位皇帝学生可谓尽心尽力、耐心教育。万历呢，对于老师也是格外尊敬，以“先生”“元辅”称之，从不敢直呼其名。为时刻提醒自己反思学习心得，小朱翊钧还让随从帮他在宫中挂了一块牙牌，上书“谨天成、任贤能、亲贤臣、远嬖佞、明赏罚、谨出入、慎起居、节饮食、收放心、存敬畏、纳忠言、节财用”十二事，时刻提醒自己要做位励精图治的好皇帝。
在这样强大的团队管理下，万历逐渐长成一位尊听教导、熟知礼法的好少年。
然而，乖乖好少年万历在学会听长辈话的同时，也形成了一种内敛、柔韧的性格。母亲、先生长年的捆绑式教育使他修炼成一个不温不火、中庸安然的淡定哥，这，决定了他在亲政之后的态度也是比较忍让温和的。但是，从容淡定的性格并不代表有个简单软弱的内心，万历这个人，一直都是个腹黑深沉的主，他的心机深不可测，没有人能猜出他在想什么，所以后来，他才干出了那么多令人匪夷所思、捉摸不透的事。前朝后宫甚至后人，一代代史学家评论者，都在为他的举动和动机吵得唾沫横飞、面红耳赤的时候，他依然若无其事地做着自己，偶尔瞥一眼乌烟瘴气的臣民朝政，嘴角挂上一抹似有似无的颜色，只有他愿意管的事情才出面，不愿意理的事呢，任天下风起云涌狂澜万丈，至少他的宫里还有一角可躲。这就够了。
眼前风平浪静，心里海阔天空。