另一方面农地制度内在冲突。我国宪法、土地管理法、农村土地承包法虽然都明确规定了农地实行集体公有产权，并实行农户承包经营制度，但按现行体制，“集体”分为三级，即乡、村、组，“集体”究竟属于哪一级，各级权利如何分配，法律没有明确。农村土地所有权的主体是“集体”，农民拥有的只是不完全的土地使用权，这是事实上的集体所有权主体的虚置化。[18]
一是所有权权能在集体与农户之间的冲突。法律规定，耕地的所有权属于集体（乡、村或村民小组），但国家“赋予农民长期而有保障的土地使用权”，这种权利具体表现为农户对土地的所谓承包权。从法律条文上看，集体这个土地所有者的权利受到极大的限制。集体不拥有土地的收益权、抵押权。集体必须把耕地发包给农户，而集体的权利只是对农户使用土地进行监督。集体的义务也在于保障农户的土地承包权利，甚至还要为农民提供服务，要保障政府土地规划的落实。仅仅从法律条文的字面上看，“集体”这个“主体”的权利和义务是不对称的。它的义务多于它的权利。“发包权”之外，“集体”的权利实际上是虚拟的；而从义务上看，它在代理国家行使职能。“依照承包合同约定为承包方提供生产、技术、信息等服务”这一法律条款是模糊不清的，在集体和农户之间这是一种商业关系。集体和农户对土地所有权发生分割，但各种法律却没有明确地、合理地界定它们之间的权利边界。当法律不能清晰界定权利边界，或者界定之后又不能维护这种界定的有效性，实际的政治力量就要发生作用。这其中最大的问题是在政治关系中处于弱势地位的农民会受到利益的侵害。
二是所有权人格化在乡村干部与农民之间的冲突。“集体所有权”是抽象的或者是虚拟的，这是不争的实事。但作为实际的集体所有权的人格化代表，村集体的代理者（干部）来行使与所有权有关的各种具体权力，这也是不争的事实。在2004年上半年清理整顿开发区工作中，全国清理了70%的开发区，发现土地违法行为4.69万件。[19]据国土资源部统计，1999年至2002年，全国立案查处土地违法案件达54.9万件，涉及土地面积12.2万公顷，即达12.2亿平方米。对土地违法责任人给予行政或党纪处分的3433人，刑事处罚的363人。国土资源部先后对23起土地违法案件进行了曝光。[20]大多数土地违法违规的主体是地方政府，针对这一现象，国土资源部会同相关部门发起了多场整顿运动。仅从2006年10月到2007年初，就有大约1500名官员因为土地违法违规被处分，包括了两名地厅级官员和100多名县处级官员。[21]
三是农户的土地财产权与现实之间的冲突。其一，农民没有退出集体经济的权利。《土地承包法》规定，“承包期内，承包方全家迁入小城镇落户的，应当按照承包方的意愿，保留其土地承包经营权或者允许其依法进行土地承包经营权流转。”[22]“承包期内，承包方全家迁入设区的市，转为非农业户口的，应当将承包的耕地和草地交回发包方。承包方不交回的，发包方可以收回承包的耕地和草地。”[23]法律还规定：“承包方在承包期内交回承包地的，在承包期内不得再要求承包土地。”[24]按这个规定，农户的土地使用权仅仅限于农村，一旦农民离开农村，土地使用权立刻消失。其二，农民没有完整的自主经营权。《基本农田保护条例》：禁止任何单位和个人闲置、荒芜基本农田。承包经营基本农田的单位或者个人连续两年弃耕抛荒的，原发包单位应当终止承包合同，收回发包的基本农田。[25]这个规定显然是不合适的。农业生产已经是一种市场化程度比较高的经营活动，农民在一个季节里是耕作还是休耕，取决于他对投入和产出的计算。其三，“少数服从多数”原则侵害部分农民权利。土地承包法规定：“承包方案应当按照本法第十二条的规定，依法经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意。”[26]这意味着三分之一农民不同意承包方案时，承包方只能被迫接受。土地管理法也一样：“农民集体所有的土地，可以由本集体经济组织以外的单位或者个人承包经营，从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产。农民集体所有的土地由本集体经济组织以外的单位或者个人承包经营的，必须经村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。”[27]这一条款同样有上述问题。
5.5现行农地制度下的“和谐之遥”
一方面助动经济基础分割。中国的经济结构不仅具有发展中国家二元经济结构的特征，而且具有特殊性，其总体特征表现为两方面：其一，“双层刚性二元经济结构”。总体上是城市与乡村的二元经济结构，而每一元中又分为两层：从城市来看是现代工业与传统工业并存，从农村来看是传统农业与以乡镇企业为代表的现代农业的并存，而且不同层次之间关联程度差，表现出刚性特征。其二，中国的二元经济是转型二元经济。中国现存的二元经济不同于发展经济学主流思想所说的二元经济，而是一种转型二元经济，是发展经济学家所描述的常规二元经济在中国经济转型背景下的一个新的表现，是在经济转型过程中，原有的二元经济结构与制度的变迁结合在一起形成的一个特殊的二元经济。在这个过程中，农村土地制度作为我国二元土地制度的重要一个部分，从很大意义上助动了我国经济的二元结构，是经济二元结构“刚性”的具体表现之一。
一是现行农地制度破坏了二元经济结构的转化机制。中国的二元经济结构是由多重原因而造成的。因此，在促进二元经济结构的转化过程中，要依据特殊转型二元经济的特征，建立多重转化机制，如：结构转化机制，从产业结构入手，加大农业投资，调整农业结构，增大对农业中农、林、牧业的投资，加强基础设施建设，并且根据不同的地区优势，选择优势产业，促进城乡合理分工等等。又如：非农化机制，通过农村非农产业的发展，加快传统部门向现代部门的转化，促进二元经济结构向现代经济结构转化。工业化和城镇化，缩小城乡之间的差距，推动我国二元经济向一元经济快速转换。再如：制度创新机制，推进经济体制、社会保障制度和户籍制度的改革，提高人力资本积累水平等等。而现行农村土地制度是上述二元经济结构转化机制发挥作用的重要障碍，其牵涉面和影响力之深，足以渗透到上述各种机制之中。
二是现行农地制度限制了工业化的进程。工业化需要包括土地在内的各类资源和要素的自由流动和市场配置。在城乡统一的大市场中，城市和农村市场是全国统一大市场的两个板块，城市家庭居民户和农村居民户是市场经济主体的两个组成部分，要协调城乡关系，首先要协调城乡两大市场和两大经济主体的关系，而协调这些关系需要发挥市场机制的作用，加强城乡之间的商品交换关系，建立和健全城乡统一、规范、竞争有序的大市场。由于农村土地的性质和制度特征，土地资源不能按照市场需要最有效地进行配置，阻碍了要素资源统一市场的建立；同时，农村人口由于农村土地的社会保障功能而不愿离开土地，不但延缓两大经济主体互动的城市化进程，而且一定程度上加剧了土地要素市场的隔离状态，加剧城乡分割和城乡市场体系的不对称问题。
三是现行农地制度阻碍了城市化的步伐。在城市化过程中要推动城市化与城镇化的结合。城市化是指人口向城市的集中过程，城镇化是农村人口向县城范围内的城镇集中和农业人口就地转移为非农业人口的过程。但不管怎样，农村人口是要离乡离土的。发展经济学界刘易斯、拉尼斯、乔根森等人的模型提出二元经济结构转化的基本思路都是假定城市对劳动力的吸纳具有无限性，随着城市工业部门的扩张，劳动力会由农村转移到城市中。但是中国城市对劳动力的吸纳不具有无限性，同时人口基数大，更重要的是现有的农村土地制度对农村人口有着较大的“吸附”作用，加快农村剩余劳动力的转移必须要从束缚农村劳动力的农村土地制度入手。