12月中旬，汉口、上海各省区代表分途到达南京，大家聚首一堂，所谓的地区和职权都不存在了。通过协商，决定根据《临时政府组织大纲》，在12月16日开会选举临时总统。
接着，又有消息传来，说唐绍仪曾在汉口表示：“袁世凯并不反对共和制。”于是，又有不少代表在选举临时总统的问题上动摇起来。
12月16日代表会议上，有人临时动议：“应当根据12月2日汉口代表会议的决定，暂时不选举临时总统虚之此席，以待袁君世凯反正归来。”
又有人提议：“在此过渡时期应先成立中央军政府代行临时政府的职权。”
以上两项提议均获通过，大元帅的问题因而又被重新提到会场上来，同盟会代表与非同盟会代表通过协商，采取了相互迁就的态度，将留沪代表所选出的两个元帅颠倒了一下，以黎元洪为大元帅，黄兴为副元帅，大元帅在武昌主持军事不能分身来宁，由副元帅黄兴代行其职权。
组织军政府的问题决定后，很多人希望黄兴早日到南京组织军政府。此时，陈其美接到胡汉民来电，说孙中山已在回国的途中，准备迎接孙中山。
孙中山回国后的1911年12月26日，在上海寓所召开同盟会高级干部会议。会上，在中华民国政府形式、结构等重大问题上出现了分歧。
宋教仁主张责任内阁制，效法法国，总统为名义国家元首，由总理执掌大权。孙中山主张美国总统制。他说：“在国家政治生活正常情况下，实行内阁制是可以的。但是当前是个非常时期，实行内阁制就不适宜了。我们不能对一个唯一可以信赖的人加以种种限制，我也不愿意处处依从别人的意志，耽误革命大事。”
但宋教仁不顾陈其美、黄兴、张静江等大多数人的反对，依旧坚持己见，孙中山为了顾全大局，同意了宋的方案，并提议黄兴任内阁总理。但是，各省都督府代表会却以16比1的绝对优势否定了内阁制而通过了总统制。
接着，在上海宝昌路408号孙氏寓所，孙中山主持的这次同盟会在沪领导人会议，形成了一个重要的文件：《同盟会本部宣言书》。
会上，尽管汪精卫等人竭力主张要同清廷议和，但因为孙中山坚决主张以革命武力统一中国，彻底扫除北方的专制余孽。《宣言书》号召：“愿我将士少希望于和议之可成，急整军旅，俟一旦停战期满，即率大军北进，以慰国民之热望。”这份宣言一扫当时的和谈风。
孙中山到底高瞻远瞩啊！这使陈其美、黄兴赞叹、钦佩。他在原则问题上寸步不让，但对党内同志却宽容厚道。百川之所以归海，本来是因为大海能够容纳。这才是领袖的风范！孙中山回国以前，革命阵营内部对大总统的职位之争，从武汉到上海，又从上海到南京，始终争斗不已。孙中山一回国，一切其他选择都因之相形见绌而烟消云散。未来的大总统，非孙中山莫属。
孙中山出任临时大总统
1912年元旦，孙中山从上海出发，到南京宣誓就职。为孙中山在这样的神圣时刻、庄严场合穿什么样的服装，党内高级领导层颇费了一番脑筋。清朝的长袍马褂显然不行。西装呢，又有些人认为，别人穿可以，总统不行；平时穿可以，而今天不行。他们坚持说西装毕竟是外国人的服装，今天民国初始，民族新生，总统穿外国人的服装有伤国体，有失民族尊严；因为几十年来西方列强给中国人民造成的伤害太深了，穿西装恐怕老百姓感情上不好接受，甚至可能引起误解。而孙中山亲手设计、中国人一直穿到现代的“中山服”这时又没有设计出来。议来议去，莫衷一是。最后决定还是穿刚回国在军舰上换上的那种军服。
这身军服是连夜特制的。最高档的呢料，更合身的尺码，镀金的大铜扣闪闪发亮，精神焕发的孙中山穿上后平添了一股威严、正气和帅气。但是他坚决拒绝一切绶带和徽章，坚持以简朴和平实的形象面对人民。
孙中山乘坐的专列停在上海北站。这是慈禧太后用过的专车，它豪华舒适，车厢内还有许多珠宝装饰，里里外外透着一种皇家气象。今天车头上又披红挂彩，成了一辆地道的花车。
孙中山由宝昌路寓所出发，前往北站登车。查理和党内汪精卫、陈其美其他高层人士簇拥在孙中山周围。霭龄则是手提机要箱，寸步不离地紧跟在孙中山身后。上海北站早已人山人海，欢送的人群身着节日盛装，手持气球彩旗，人人脸上喜气洋洋。孙中山到达车站时，惊雷般的掌声自发地响了起来，口号此起彼伏。陈其美力劝孙中山直接进入车厢，马上开车。孙中山却被热情的群众感染，坚持在月台上走了一个来回，向群众挥手致谢。
上午11时，陈其美安排的花车从上海北站徐徐驶出。沿途到处是迎送的人群。孙中山心头燃烧着烈火，他觉得不能冷落拥护革命的人民，不顾警卫人员的劝阻，一次次拉开窗帘，向沿途群众招手。同时他也想饱览一下江南的大好河山，这是他在海外一直魂牵梦萦的祖国风光啊！
车过苏州、无锡、常州、镇江等大站，都有成千上万的群众迎送。人海、旗海、军乐、鞭炮，那场面任何人看了都会感动。
列车走走停停，直到下午5时，才汽笛高鸣驶进南京下关车站。这里欢迎的场面更为壮观。下关江面上停泊着的中外军舰齐放礼炮21响，隆隆的炮声既是对大总统莅临的热烈欢迎，也是对亚洲第一个共和政权建立的祝贺。
黄兴在上海向孙中山汇报完情况，已连夜赶回南京，亲自组织了车站的欢迎仪式和总统的就职典礼。霭龄紧跟孙中山下车的时候，只听得礼炮雷鸣，十几支军乐队争相鸣奏，“共和万岁”、“中华民国万岁”、“大总统万岁”的口号响遏行云。车站上成千上万的人都踮起脚尖，竞相目睹新总统的丰采，人群像潮水一样涌来涌去。各种肤色的外国驻南京领事也来到车站迎候。大街上都挤满了人，沿街店铺、房屋张灯结彩。孙中山兴致勃勃，首先同黄兴率领的17省代表一一握手，接着同各国领事见面，向他们表示感谢，并请他们转达自己对各国元首和政府首脑的敬意。
孙中山同群众见面的时候，陈其美忽然得到一份情报，一股清军已经化装潜入城里，伺机对孙中山行刺。按照预定计划，孙中山在这里要换乘马车前往总统府。从车站到总统府几公里的路上早挤满了人，甚至房顶、树杈上都有人，虽然黄兴对警卫工作检查了又检查，但这人山人海之中，谁分得清哪是热情的群众，哪是阴险狡诈的敌人？何况马车对炸弹、子弹几乎没有什么防护能力，这段路上怎么保证总统的安全？眼看孙中山一边向群众挥手，一边向马车走去，大庭广众之前，如何向孙中山报告这个最重要最机密的情况？陈其美心急如焚，情急之中，他连忙写了一个纸条：发现敌情，总统不能走预定路线！！！一转身，交给了走在孙中山右后侧的黄兴。黄兴看罢纸条，心里咯噔一下，不管情况是否确实，都必须做出改变，万一发生问题，那就无法交代。他把纸条塞进口袋，决定改走第二条进城路线。
孙中山走近了马车，几十辆披红挂彩的马车已经做好了一切准备，驭手们一手高举挂着红缨穗的长鞭，一手扶着车辕；侍卫人员在车前摆好了大红毡垫，已伸手请总统登车。孙中山正要迈过去，只见黄兴紧走几步，跨到孙中山前面，用手向前一伸，示意孙中山继续向前。孙中山疑惑地望了黄兴一眼，只得又向前走去。黄兴引路，他们绕场一周，又回到了车站跟前，进了休息室。这时黄兴才向孙中山汇报，实行第二方案，继续乘专车进市内铁轨，直接开到总统府。陈其美悬着的心才放了下来。
总统府是由清朝两江总督衙门改成的，太平天国建都南京，这里曾是洪秀全的天王府。黄兴主持对这里进行了修葺。孙中山对选择这里也比较满意，年轻时他曾以洪秀全第二自诩。
6点15分，孙中山一行抵达总统府。按原定计划，吃过一顿简单的便饭，就举行就职典礼，但是为《临时大总统誓约》和《临时大总统宣言书》这两份最重要的文件，各方意见还不统一，还在为临时大总统的任期和去职时间、条件等争论不休。陈其美对那些坚持和谈，并主张袁世凯一旦答应逼清室退位，孙中山就应自动辞职让位给袁世凯的人恨得直咬牙，但这样的场合他是插不上话的，只好干坐在一边生闷气。
眼看时间一分一秒过去，胡汉民提议说：“今天天气已经不早，总统宣誓就职是件隆重的大事，半夜三更的恐怕不好，是否延迟到明天上午进行。今夜仔细斟酌，把文件改好。”
孙中山勃然变色：“不行！今天是1912年元旦，中华民国一定要在今天宣告成立。1912年的元旦也就是民国元年元旦，这样的时间有特殊意义。半夜三更怕什么？民国新生，普天同庆！上午虽好，小时间不如大时间。一定要马上把文件改好，赶在12时之前举行仪式。”
在孙中山亲自主持下，两份文件又逐句作了敲定。
晚上11时，胡汉民、陈其美等人陪同孙中山走进礼堂。会场上每一个人都目不转睛地盯着孙中山，向他欢呼致意。孙中山稳步走上主席台，庄严地举起右手，朗声读道：
“倾覆满洲专制政府，巩固中华民国，图谋民生幸福，此国民之公意也，文实遵之以忠于国，为众服务。”
读到这里，孙中山稍微停了一下。接着朗朗的声音又在整个礼堂轰响起来：
“至专制政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，斯时文当解临时大总统之职。谨以此誓于国民。中华民国元年元旦。孙文。”
典礼结束，霭龄立即把经汪精卫改定的孙中山简历散发给中外记者。她想象着，民国成立、总统就职和孙中山的革命功绩将通过一束束电波传遍中国的山山水水，传遍世界上每一个重要的地方。明天当人们读到报纸，得知消息，海内外的炎黄子孙和一切关注中国命运的外国友人都将为此而欢呼。中国，一个新的世纪到来了！