国民党在京成立，是与宋教仁的努力分不开的。前些日子，是宋一生最为忙碌的日子。他的“毁党造党”工作是卓有成效的。在很短的时间内，他就与谷钟秀和吴景濂为首的“统一共和党”，以伍廷芳为会长的“国民共进会”，以岑春煊和伍廷芳为总理的“国民公党”，以及董之云等所组织的“共和实进会”达成协议，四个小党愿与同盟会合并，以适应民初议会政治斗争的需要，通称国民党。也即是孙中山到京的第二天——8月25日下午3时在北京宣告成立。
孙中山作了热情洋溢的讲话，他说：“五党合并，从此成一伟大政党，或处于行政地位，或处于监督地位，总以国利民福为前提，则我中华民国将可日近富强。故兄弟于五党合并，有无穷之希望。”“同盟会素所主张者有三主义，一民族主义，二民权主义，三民生主义。今民族、民权已达目的，唯民生问题尚待解决。”
关于男女平等问题，他说：“男女平权本同盟会之党纲。此次欲组织坚强之大政党，既据五大党之政见，以此条可置缓图，则吾人以国家为前提，自不得不暂从多数取决。然苟能将共和巩固完全，男女自有平权之一日。”
最后，大会选出孙中山为理事长，孙中山、黄兴、宋教仁、王宠惠、王人文、王芝祥、吴景濂、贡桑诺尔布等八人为理事，张继、柏文蔚、胡汉民等29人为参议。上海、汉口设交通部，上海交通部长为居正，评议部长邓家颜，陈其美为名誉总干事。
后因孙中山正致力于铁路建设，不能常驻北京，便委托宋教仁为代理理事长。
国民党本部设在北京湖广会馆。
在当天的欢迎大会上，孙、黄、陈及贡桑诺尔布先后发表演说。陈其美的演说尤为精彩。他强调了政党党德的重要性。
他说：
现在国家前途，最要者联络五族之感情，巩固政党之根基。政党可以扩张，可以巩固，即国家权力可以扩张，可以巩固，其所以集政党即所以造国家也，但是政党中最重要之点，在于党德。人无道德，即无人格；党无道德，即不党；国无道德，即不国；盖道德之重要有如此。然党德从何处发表，则又观乎时势为转移。从前同盟会之党德，全在破坏而救同胞，嗣后同盟会之党德在建设，建设一党不足以集事，乃联合他党以集联合党以合成国民党，同负建设之责任，同负巩固国家根基之负（责）任。国家根基巩固，五族感情联络，即是本党之幸，即是国家前途之幸。
兄弟在上海时，常与友人谈及中国革命，不特救中国，并且救世界。何以谓之救世界？盖中国革命之作用，在以破坏之手段，求和平之幸福，破坏而后永不再讲决裂，唯求永远和平。中国自己永远和平，世界上亦无战争发现，世界亦可以永远和平。不然中国有战争发现，世界亦不能和平，故救中国即救世界。兄弟以此语对外国朋友说，外国朋友亦以此为然。既以为然，就是赞同和平，就是同施辅助，而国民所以讲和平之方法，亦就在组织完全之大政党。政党之内第一要意见相同，不可因小事而起误会，一德一心以维持国家前途则不独本党之幸福，亦世界之幸福也。
黄先生顷谓内忧外患非常紧急，贡桑先生顷谓蒙古并非反对共和，实在不知共和幸福，愿担疏通之责任。凡此设想疏通之方法，消除内忧外患之筹备，第一要五族之感情联络，国家之根基巩固，然后始能得共和之精神，享共和之幸福，民国国民切无误会蒙古不可以联络，内忧外患之困难不能一时解决，总之无论用如何之方法如何之手续，总要和平解决不可再起争端，以扰乱和平。兄弟是极端主张和平之人，以为破坏而后建设未完，万不可再因蒙古之故，启猜疑不决之嫌，而复施破坏手段。莫永明、范然著：《陈英士纪年》，南京大学出版社1991年版，第192页。
……
9月17日，陈其美与黄兴兴致勃勃地出席了共和党在北京农事试验场举行的游园欢迎会。陈、黄在农事试验场参加了植树活动会后，共和党公宴黄兴与陈其美，并邀请章太炎出席作陪。
章太炎此时对黄兴、陈其美仍然余怒未消，不仅拒绝赴宴，而且在报纸上公开发表《却与黄、陈同宴书》，对黄、陈大加攻击：
共和党诸君子鉴：
昨者见招，令与黄兴、陈其美同食。……中山行迹，不无瑕疵，然而秕政，皆黄兴迫胁为之，非出自中山腹中。解职以还，大体不误，其于张、方逆谋，绝无牵挂，此尤为难得者。外人多以皮相抑之，仆诚不能不为讼直。若黄兴者，招募无赖，逼处金陵，兵无伍两，供饷巨亿，身虽辞职，而江南脂膏，自此垂尽。其募集国民捐法，比于摸金争丘，残酷尤甚，非所谓民贼者乎？张、方之事，路透电啧有烦言，仆虽不敢指为实证，参以武昌二次革命之迹，及身在武昌所闻者，不能臆断以为尽虚也。若陈其美者，阎茸小人，抑无足道，上海光复，攘李燮和之功以为己有，偷儿成群，拥为都督，自言饷糈匮竭，日有征求，而珍翠细饰，逋负数万，斯岂军中所用。陈来京时，债家恐其逸走，持不得行，黄兴为之保证，乃出发。陶成章之狱，罪人已得，供辞已明，诸君子亦当闻其崖略。自陶之死，黄兴即电致陈其美，属保护章太炎，仆见斯电，知二竖之朋比为奸，已发上冲冠矣。诸君子不以菲目视二子，引与为欢，岂承张、方之遗嘱，抑为湘吴谰言所簧鼓耶。……仆若与于斯宴，惧为各国公使所笑，昨已将花枝证券却还，今更陈其旨趣如此。汤志钧编：《章太炎年谱长编》（上册），中华书局1979年版，第418页。
章太炎与黄兴、陈其美等人昔日本为并肩战斗的战友。辛亥革命一起，革命阵营自相内讧，成为势如水火的仇敌，这种情况只对袁世凯有利。
在此后的十多天里，陈其美与黄兴还参与了一系列的应酬活动，包括国民党的一切事务。作为总部理事长的宋教仁给予了很高的评价。
10月4日，陈其美与黄兴邀请全体国务员、国民党籍参议员、国民党本部各部正副领导人、干事、记者百余人，在六国饭店举行了告别答谢宴会。在记者的提问中，陈其美再次提到了出国访问、想搞实业的想法。
10月6日，陈其美偕黄兴离开北京南行。
人贵有自知之明。陈其美在北京逗留期间，由于地位关系，很少公开发表政见。国民党宣传干部潘公展写的《陈其美评传》，对陈其美的北京之行却做了这样的描述：
陈其美在沪军结束之后，因为孙中山先生、黄兴等电邀入京，便北上，一觇北方的虚实。他会到了袁世凯，会到了世凯的若干重要干部，也看透了世凯的政治、军事、财政、外交等各方面的部署。但他只是很沉着地在观察，在评价，很少表示意见。有一次世凯问他革命完成了，还愿意干什么事？这一回打破了他的沉默，他很坚定地说：我相信还有些事可以干，就是：我愿意扶助共和的人；同样地：我亦愿以全力反对那些破坏共和的人！这简单而斩钉截铁的答复，怔住了袁世凯，半晌说不下去。过后，世凯常常向人称道他的机警和敏捷，不失为同盟会中的健将，在世凯的内心里，对其美，显然地有着两种矛盾的意识，就是：第一，觉得在目前其美仍旧是一个最难应付的反对派；第二，如果能够把其美收为己用，而削弱同盟会的力量，岂不更妙。从此，世凯不时以各种的勋位勋章颁布给其美，只是都被其美婉拒了。
世凯的居心叵测，其美自然看得很清楚。回沪以后，劝勉各同志秘密戒备；尤其属望蒋公，劝他积极练兵，为将来讨贼之用。他曾撰了联语两句：“安危他日终须仗；甘苦来时要共尝。”并请中山先生亲笔书写，赠给蒋公，互相勖勉。秦孝仪主编：《陈英士先生纪念集》，中国国民党党史委员会1970年版，第203页。
对于孙、黄与陈其美的北京之行，作家张继学则作了基本评论：
（它）所起的作用完全是负面的。孙、黄身为革命党领袖，在北京期间为袁世凯的假象所迷惑，对袁世凯这么一个专制独裁的枭雄大唱赞歌，说什么袁世凯“忠心谋国”、绝无“野心”，所谓“帝制自为”，纯属无识之徒妄为猜忌，而且同意了袁世凯提出的旨在加强其专制统治的所谓“八大政纲”，这在实际上麻痹了革命党和全国人民的革命斗志，加强了袁世凯的地位。其严重后果在不久以后即暴露了出来。陈其美由于地位关系，在北京虽然很少发表政见，但有证据表明，陈其美与孙、黄并没有异议。10月3日，孙中山在上海回答记者提问时即指出：
“北京安谧异常，黄克强、陈英士与北人感情甚俱佳……”
虽然孙、黄等革命党领袖对袁世凯大唱赞歌，但袁世凯对革命党人却并没有放松警惕。特别是陈其美在上海方面的影响和力量使袁更感如芒刺在背。据说，陈其美在北京时，袁世凯当面向陈施加了压力，并拿共进会“闹事”问题压陈，要陈“南返时，便中调查”。陈与黄兴回到上海后，袁世凯方面仍对陈其美进行了严密的监视，他们神经过敏，对陈旧部的一举一动感到草木皆兵。捕风捉影的情报，连篇累牍。他们想方设法要让陈其美出国，脱离国内政局的漩涡。1912年10月16日，袁世凯的机要秘书张一麛密电江苏都督程德全的秘书乃弟张一爵说：“奉谕，可由雪老（即程德全）电请公债票为卧子（隐指陈其美）还债。中央已发三万元游历费，陈至今未行，若债票到手，仍不出发，将若之何？似应由雪老嘱卧子开债户，（指沪军都督储债户）清单，担任出发后为其代偿，俾卧子出洋，不致仍前中止。”由此看来，袁世凯千方百计想让陈其美出国。
但是任何事情都应该一分为二，他们的北京之行有负面作用，也有正面效果，那就是国民党的成立，同盟会联合四小党组成国民党，这是有远见的，为以后的政党议会打下了基础，为制约袁世凯的权力埋下了地雷。应该说，袁世凯心知肚明。因此他对长住北京的国民党总部理事长宋教仁恨之入骨。这种恨之入骨不久便表现在他的行动上。