此后，列强在中国大肆划分势力范围，强占租借地，中华民族同外国列强矛盾日趋激化。以“扶清灭洋”为口号的义和团运动迅速在中国北方兴起（南方也有类似性质的运动，规模较小）。义和团运动在反侵略的同时也极端排外，仇视一切外来事物；在华北四处杀害外国人与信仰基督教的中国人，烧毁教堂、铁路等一切跟外国有关的事物。外国人纷纷躲入使馆避难。列强以保护侨民为名，英法美俄德日意奥八国联合起来，组成联军进入中国，在天津登陆后向北京进发。清政府则以“义和团可用”，让义和团及清兵在北京围攻外国使馆，并向11国宣战。八国联军攻入北京后，清皇室仓皇离开；并以政府之前是被义和团挟持为名，由李鸿章出面跟列强求和。义和团则被中外联合剿杀。同时俄国更乘机占领中国东北。1901年，李鸿章代表清政府同11国签订了《辛丑条约》。因为列强之间的矛盾，中国免于被瓜分。但条约加给中国惩罚性的条款，包括允许外国在北京至天津驻兵，并对各国赔偿大额军费。李鸿章不久病死。这些条约像一条条绳索勒紧了中国人的脖子，人不人，鬼不鬼，国将不国。
这些条约让中国人窒息。
“善长典”的高墙让陈其美窒息。
当高墙内的陈其美听到这些不平等条约时，陈其美认为：这不平等条约比“善长典”的高墙更令他窒息。
“善长典”的高墙尽管阻隔了外界的联系，但是它永远阻隔不了陈其美渴望了解外界的心。
江浙沪是当年革命风暴的中心。尤其是上海是新文化的发源地，离石门仅百余公里，离杭州更近，不足百公里，离南京稍远，不足两百公里。上海出版的《申报》《时务报》《昌言报》《新学报》《励志报》当天都能传到石门。以抨击清王朝腐败的小说《官场一形记》《二十年目睹之怪现状》等，也通过进步报纸进行连载。进入20世纪，一批进步的作家又创作了一批革命排满的书籍，在《大陆》《童子世界》《萌芽》等杂志上连载，纷至沓来。陈其美置身于书报的海洋中，每日不辍地阅读上海各报，广泛地了解国际国内形势，虽然置身于石门，却眼望中国、世界。天长日久，耳聪目明。一种埋藏在心底的革命的种子要发芽了——我要救国！我要革命！终于让他从胸中呼喊出来了。
此时此刻，他觉得石门小了，自己的工作不大称心了，他要走出石门，去外界寻找真理，一种朦胧之心也开始萌生了。
当《马关条约》签订的消息传到石门时，陈其美对清当局内行暴政、丧权辱国的行径极为愤慨。他“愤慨殊甚”，驰书亲友，预言中国人必须卧薪尝胆，自图振作，20年后始能重振国光，洗雪国耻。他致函其弟陈其采，劝习西学，以求实用。表达了一个爱国青年对国家民族命运的关切之情，同时也表明了“位卑未敢忘忧国”的态度。第二年，陈其采获得清府选派，赴日留学。初始，他进的是成城学校，不久又升入士官学校。他给二哥陈其美回信说：进入士官学校后，又欲改习文学，校方没准。陈其美又回复说：“吾弟改文，谅难如愿，足见洋人办事认真，不容中改。畏难苟安，殊亦非理。”并鼓励他说：“凡能立志不苟，断不致降落人后。”
1898年6月11日，清光绪皇帝接受资产阶级维新派的主张，下诏变法维新，史称“戊戌变法”，但变法很快遭到以慈禧太后为首的顽固派的强烈反对。9月21日，顽固派发动政变，囚禁光绪皇帝，维新派领袖康有为、梁启超被迫亡命海外，谭嗣同、杨锐等六君子喋血京城，戊戌变法彻底失败。次年，又发生了义和团运动，八国联军侵华。八国联军攻陷天津、北京，清朝最高统治者慈禧太后挟持光绪帝仓皇出逃西安。陈其美从报上获悉这一连串重大事件后，义愤国事不振，痛恨满人内行暴政，外辱于强权，他在致陈其业的信中愤言清廷昏庸，妄信妖惑，并赞许两江总督刘坤一“能见其大”。徐咏平编：《民国陈英士先生其美年谱》，（台湾）商务印书馆1980年版，第16页。
陈其美及其“恶作剧”
许多年后，人们来石门采访时，石门还留有陈其美的“恶作剧”的传说。
那传说活灵活现，甚至有些滑稽……
石门县城总管衙门口，墙上绘有无常的鬼像，香火甚旺。
当地石门老百姓都认为：这个无常鬼像“灵应如响，莫敢撄其锋”。
陈其美听后极为愤怒，说：“此魅竟敢祟人乎？”
于是他趁弄里无人的机会，对着此像说：国将不国，你白吃俸禄，吃我一刀！于是他一刀下去，将其身首分家。
1892年12月的一天，正是所谓城隍菩萨诞辰之日。
陈其美与一位朋友结伴来到城隍庙游玩。进入庙门，只见到处香烟缭绕，一群群善男信女正跪在泥菩萨前顶礼膜拜。陈其美看到此情此景，不禁又好气又好笑，便在心中怒斥泥菩萨：“老百姓已经受到愚弄，你还在这里骄横自在，假作正经。”说完，便乘人不备，挑了两尊菩萨带回“善长典”，将其鞭打数百下，随后丢进了烘坑里，并道：“尔无端受民之香烟久矣。今以臭务相委，亦当恪守其职。”
第二天早晨，陈其美的同事朱和庭发觉后，将泥菩萨捞起洗干净，送回城隍庙。陈其美得知后，“怒甚，仍袖之以返，碎其形，投之于溺”。
“善长典”的主事知道后，狠狠训斥了陈其美，这也为陈日后离开“善长典”埋下了伏笔。
还有一次，正当当地百姓在城隍庙里问卜求签时，陈其美偷偷地将庙内的仙方签与西寺观音殿的仙方签对换了位置。求签人不知其故，以为是菩萨在发怒，地方要遭殃，因此惊骇异常，逢人便说，见人便讲。但久而久之，无有异样，人心这才安定下来。但乡民们并不知其故，直到陈其美离开石门后，才有人说破嘴，是陈其美当年搞的恶作剧。
……
不过，陈其美在石门的恶作剧和思想言行，在石门这个弹丸之地，还是开风习之先的。笔者认为，陈之所以有这样的恶作剧，表明他自己在向石门人提醒：快醒来吧，烧香磕头是不顶用的，只有靠我们自己！从来就没有救世主，我们要做新世纪的主人！陈的思想言行还是开历史先河的。
应该看到，当年这种恶作剧只是起到对神灵的嘲讽，直到若干年后，许多石门人才开始了对神灵的质疑。
男大当婚
陈其美自1891年进“善长典”，直到1903年离去，一共当了12年的学徒。
有言道：男大当婚，女大当嫁。
在他当学徒第十个年头时，也即是1901年，陈其美年方25岁，家里有人给提亲。姑娘是同乡湖州人，大户人家，姓姚，名文英。陈其美与其只见了一面，就回乡迎娶了新娘。有记载：姚氏“性温恭，事姑孝，协理家务，有条不紊”，二人结婚后，相敬如宾，日子过得和和美美，不过使陈其美遗憾的是，爱妻姚氏一生没有生育。
这在当时“无后为大”影响下，陈其美又纳妾田氏。
田氏1913年11月生子陈祖华（字先夫）。1932年陈祖华考入杭州笕桥航空学校。同年9月9日在试飞时，空中发生飞机相撞事故，遇难身亡，陈其美痛不欲生。
1915年2月13日，陈其美在日本又与一名叫神谷山川的日本女子相见心动，与之结合。当年9月，生下次子陈祖和（字甘夫）。
有关陈其美私生活的资料极为缺乏。但1914年陈其美从大连写给陈其业、陈其采的信中透露出对小妾田氏的评价和二人间的紧张关系：
小妾田氏，年幼无知，其家人毫无教育，种种悖理妄为，祈勿与之认真可也。美现在亦只有听之自然而已。
同一年，陈其美又致函侄儿陈果夫，再次提及田氏，信中说：
家事，叔不能兼顾。田氏妾属种种无理犯上，叔亦不能遥制，唯心中甚觉不安也。
另外，楚厂在《陈英士先生五十年祭》一文中讲了一个陈其美以风流自诩的故事，顺手拈来，以飨读者：
民初军政要人豪商巨绅，每多于伎家宴客，银灯珠箔，锦桁明簾，清歌载酒，不亚东山丝竹，如上海之书寓、京津之小班，规矩綦严，比于日本之艺妓，只容侑酒，不许留须。申江十里，开埠最先，声色甲东南，一般人士，于周末或度假休憩时，或有所征选，癸丑后袁氏报纸及反动政敌，竟以之为诋毁之具，称英士为“风流都督”，闻者多为不平，英士转不以为意，有时笑咏东坡“大江东去”，以公瑾当年自解。
在日时，日本名士冈田有民、出云弥助、藤田进、宫崎寅藏、山田纯三郎、萱野长知等，多通汉字，每邀英士、展堂、精卫、仲恺诸人，为文酒之会。一日，聚于热海酒家，依山面海，风景殊胜，一艺妓颇明艳，能通华语，指点林泉邱涧，远近无遗。
英士先生极度近视，于其指之绚丽风景，仅能仿佛依稀，漫为领略，艺妓见状嘤然。时因联吟，诸人中聆声而集栏旁的有戴季陶、汪精卫，因询以何事？英士备述所以，精卫因得句：“下临谿壑疑无地”，这句是写景，也含有嘲近视之意，遂叫艺妓取笔写下，居然笔致娟秀，作管道升体。英士喜其慧且多能，回顾二人以上海话对戴说：“簪花妙格也。”季陶因以日语详说管仲姬故事，并询问其名，知为“雪子”，英士问：“你能作对句吗？”雪子深思有顷，取笔在原纸上写“再造可山赖有人”。
诸人激赏叫绝，冈田有民等并举杯为诸党人贺，以为佳谶。
因述“风流都督”，并忆及此，以见前辈之流风余韵。秦孝仪主编：《陈英士先生纪念集》，中国国民党党史委员会1977年版，第263页。
其弟赴日归来
1902年的冬天。
早晨，一场瑞雪刚落下。
“善长典”铺的营业红门还没开启，一位西装革履的先生已在叩门了。
他不是别人，正是陈其美在东洋留学的弟弟陈其采。陈其采结束了在日留学的五年生涯，昨天到达上海港，今天一早就匆匆赶到石门镇，与五年没有见面的二哥相见。
咚咚咚……
他终于敲开了红门。
一个当铺的小伙计开了门，问：“先生，你找谁？”
“陈其美。”
“你是——？”
“我是他的弟弟其采。”
“他在后院。”小伙计点点头：“你屋里坐。”
陈其采进了屋，找一座位坐下来，小伙计又奉上一杯香茶，便说你先暖和一下，我去后院把其美喊来。
不一会儿，陈其美从后院跑过来，与其弟拥抱而泣，令所有目睹者感动。
“小弟，你什么时间回来的？”其美问。
“我是昨天到的上海，今天就来看你了。”其采答。
“早饭吃了吧？”
“没有。”
“咱们一块儿吃早饭。”陈其美说完就带着其采去街边一家老店吃早饭。
兄弟二人在店中落座，要了三笼小蒸包，两碗热米粥，外加两碟小菜，便有说有笑地吃起来。
对于留洋归来的弟弟，陈其美最想问的是：日本为什么这么快就富强起来呢？
陈其采想了想，说：“我看日本富强的源头应当是明治维新，维新后大办实业，国力日增。经过明治维新而渐趋富强的日本，利用强盛的国力，逐步废除了与西方列强签订的不平等条约，收回国家主权，摆脱了沦为殖民地的危机；而后随着经济实力的快速提升，军事力量也快速强化，分别于中日甲午战争与日俄战争中击败昔日强盛的两个大国——大清帝国与沙皇俄国，受到西方列强的注意，成为亚洲第一强国。”
“明治维新是怎么回事？”陈其美又问。
接着，陈其采讲述了在留学期间对他刺激得最深的两件事：
一是有一次与一个日本同学闲谈时，日本同学说：“我们日本本国有许多东西都是从中国学来的，我们的法律是从你们那里学来的，我们的佛教是从你们那里学来的，我们的文字是从你们那里借来的，我们的京都是从你们那里学来的，甚至我们生活中的茶道、书道等等也是从你们那里学来的，但我们能打败你们靠的却不是这些从你们那里学来的东西。我们所靠的是从西方学来的东西。要不是明治天皇革新变法，我们大日本国也和你们中国一样要面临亡国灭种的危险了！”
陈其采深以为然，点点头。
同学接着又说道：“中华民族是个优秀民族。但是我却不明白如此优秀的民族为何却不思进取呢？好不容易有个康有为出来倡导变法，却不为你们所容，只好跑到我们这儿来。难道你们中国人都不懂得变法图强吗？”
陈其采说：“懂得的人还是有的，只是力量太小了。”
另一件事是在一家书屋，陈其采想买一些书消遣。
店主在交谈中得知他是中国人后，随即向他推荐了两本书，一本是有关文天祥的，一本是有关岳飞的。店主说：“岳飞、文天祥是贵国的恐龙，也是我们大和民族所尊敬的英雄。如果你们中国人现在再多几个像他们一样的英雄，中国也许就不会亡于满族人手中。”
停了停，店主又很倨傲地摇了摇头，“可惜你们现在还没有。”
店主的话刺痛了陈其采的心，在默不作声地买下有关文天祥和岳飞的两本书的同时，他又从书架上找出诸葛亮、王阳明、史可法等人的传记，一并买下。
说着，陈其采从行李箱中拿出十几本书递给陈其美，“你要有兴趣，就读读这些书吧，一些不易懂的地方，我都用汉文注释了。”
以后的日子里，陈其美如同饿汉遇到面包一样，每日身心全放在了那些书上。越读，他心里感慨越多，越读，他越觉国事日非。中国必须作一番彻底的改造，才能跟上世界潮流，才能摆脱亡国灭种的危险。虽然他只是一个普通的青年国民，但他坚信：“天下兴亡，匹夫有责。”
这一年的冬天很冷，很多夜晚陈其美都难以入睡。他原以为，自己终年苦读，见识极高，但弟弟留学归来后，见闻比自己广博无比。想想自己身居石门，苦苦挣扎，至今才混到现在的份上，实在是有点儿井底之蛙的味道。
大丈夫当以天下为己任，石门这地方是再也不能待了，不然，此生都将一事无成。白希著：《上海第一都督陈其美》，金城出版社1997年版，第26—27页。