天主教诸侯尽管对敕令的内容没有分歧，却认识到皇帝不仅想利用军事胜利恢复天主教的信仰，而且还想利用它扩充皇帝的权力。有不少迹象表明了这一点，如斐迪南二世没有经过帝国会议和天主教联盟商议就授予华伦斯坦梅克伦堡领地；再如皇帝还意欲将马格德堡、不来梅和教会侯国哈尔波尔斯塔特封给皇子利奥波德·威廉；最让天主教诸侯坐卧不安的是华伦斯坦向斐迪南二世的谏言。华伦斯坦在给皇帝的奏折中认为诸侯不除，国无宁日，极力建议皇帝削平诸侯，建立一个纯粹世俗而统一的德意志帝国。因此，天主教诸侯无法容忍皇帝无限地扩大权力，他们把矛头指向力图帮助皇帝扩大权威的华伦斯坦，最多的时候，皇帝每天能收到100多封天主教诸侯的抗议奏章。在1630年召开的帝国雷根斯堡选帝侯会议上，以天主教联盟首领马克西米利安一世为首的诸侯们公然威胁皇帝，如果不将华伦斯坦免职，解散其军队，就不选举与他同名的儿子做皇帝的继承人。华伦斯坦尽管是一名受到耶稣会教育的天主教徒，但却对宗教争端感到厌恶，他也明智地看到了外国干涉的危险，故而他对《归还敕令》表示异议，请求予以废除，与新教和好。如果说世界上有一种东西对斐迪南二世能像一块红布对牡牛那样起作用的话，那就是军队统帅干预政治，再就是建议与新教徒和好。在天主教诸侯的压力和皇帝不能容忍华伦斯坦越权的双重作用下，斐迪南二世将华伦斯坦免职，命令其军队解散，并由天主教联盟军队的梯里将军担任帝国军队统帅。
《归还敕令》的颁布，给新教诸侯带来了狐狸出现在鸡窝里的那种印象，恐怖席卷了所有新教诸邦。该敕令涉及两个大主教管区，12个主教管区，100多处以前属于修道院的领地，它如果得以实施，就会有几十名大诸侯在一夜之间变成只占有一个小小城镇以及周围三四个村庄的小诸侯，因此，新教诸侯对敕令表示强烈不满，他们纷纷派出使节赶赴瑞典首都斯德哥尔摩，竭力请瑞典国王阿道尔夫二世相信，新教正遭受着致命的危险，捍卫新教最恰当的时机业已到来。
丹麦的战败和退出战争，让法国开始担心德意志皇帝的政策和哈布斯堡的霸权会给法国带来灾难，迫使他寻求新的干涉者。为了使瑞典能腾出手来介入德意志，在法国的斡旋下，瑞典结束了与波兰的战争。在得到法国的支持下，以信奉新教与掌握波罗的海制海权为立国之本的阿道尔夫二世，对新教诸侯的求援慨然允诺。
1630年7月，阿道尔夫二世亲自率领瑞典军队1.2万人，在波美拉尼亚湾登陆并乘胜占领梅克伦堡。由于华伦斯坦已经被免职，皇帝和天主教联盟的军队无法抵挡瑞典军队的凌厉攻势而节节败退。瑞典军队迅速向德意志中部挺进，勃兰登堡和萨克森很快决定与瑞典军队采取一致行动，反对皇帝。
1631年1月，法国同瑞典缔结《贝尔瓦尔德同盟条约》，法国在5年的期限内每年向瑞典提供100万法郎的援助，而瑞典则派出3万名步兵和6000名骑兵赴德意志作战。9月17日，瑞典与新教诸侯的联军在莱比锡附近同皇帝—天主教联盟军队展开会战。经过6个小时的战斗，皇帝—天主教联军几乎全军覆没。随后，瑞典军队横扫莱茵河畔，占领了德意志西北地区大部。瑞典国王声名鹊起，被誉为“北方雄狮”，大批诸侯纷纷倒向瑞典。11月，瑞典和萨克森联军进入捷克，攻下了布拉格，哈布斯堡王朝的权力中心——奥地利受到威胁。
1632年4月，瑞典国王率领大军进攻南德，占领了巴伐利亚的慕尼黑，巴伐利亚公爵马克西米利安一世落荒而逃，天主教联盟宣告瓦解，南德大部分领土也落入瑞典之手。皇帝斐迪南二世面对这种严峻局面，被迫重新起用华伦斯坦。1632年秋，华伦斯坦趁瑞典军队后方空虚之机，率领重新招募的7万雇佣军以最快速度突入德意志中部，长驱直入萨克森，企图包抄瑞典军队的后路。瑞典国王被迫回军迎战。11月16日，两军在吕岑交锋，华伦斯坦的军队抵挡不住瑞典的进攻而被迫撤退。瑞军虽然取得胜利，却也损失惨重，经验丰富的老兵伤亡殆尽，年仅38岁的国王中弹身亡，瑞典军队被迫停止了大举的军事进攻。华伦斯坦为了利用手中的实力主宰德意志事务和帝国军队，与法国、瑞典态度暧昧，军事行动迟疑不决，同时擅自进行外交谈判，华伦斯坦的做法不仅引起天主教诸侯的不满，也对斐迪南二世构成了威胁。
1634年1月24日，斐迪南二世再次将华伦斯坦免职，华伦斯坦则妄想依靠军队进行反抗，但遭到了部下的背弃。3月24日，皇帝派遣了3名苏格兰籍军官闯入华伦斯坦的城堡，将华伦斯坦及其心腹刺死。华伦斯坦的军队被皇子斐迪南大公所接管。华伦斯坦之死象征着雇佣兵队长制度的终结，军事长官自作主张、自己缔结同盟、自己进行战争的时代，随着这位统帅和最后的贵族雇佣军司令官一同逝去了。
1634年9月，西班牙军队和皇帝军队组成的联军在诺德林根附近大败瑞典和德意志新教诸侯的联军，此后，瑞典军队一退再退，一直退到波罗的海沿岸。萨克森和勃兰登堡随即倒戈。
1635年5月，萨克森与皇帝缔结《布拉格和约》。皇帝在和约中最大的收获是：除萨克森选帝侯所统率的一部分军队外，德意志所有军队都置于皇帝直接控制之下；所有诸侯放弃“武装权”和“结盟权”。德意志其他各邦几乎都赞同这个和约，战争似乎已接近尾声。
4.法国的参战和《威斯特伐利亚和约》
实际上，三十年战争还远未结束。起来反对和破坏《布拉格和约》的不是德国新教诸侯，而是法国。法国首相黎塞留，这位天主教红衣主教，奉行“法兰西民族利益至上”的现实主义理念，虽然主要与西班牙为敌，但他认为德意志帝国的和平是危险的，需要不惜代价来阻止。黎塞留将形势看得很严重，以至于决定改变原来的审慎政策，转而公开直接参战。
1635年2月8日，法国与荷兰结盟，4月28日与瑞典结盟。5月21日，法国向西班牙宣战。自三十年战争发生后，西班牙哈布斯堡家族一直在有力地援助它的奥地利亲属，所以向西班牙宣战同向德意志皇帝宣战完全一样，9月18日皇帝斐迪南二世正式向法国宣战。于是，三十年战争扩大到可怕的地步，战场主要在德国境内，同时也在法国、西班牙、西属尼德兰和意大利进行。战争初期，法国军队分兵数路，突入北意大利、比利时和西德意志。1636年夏，西班牙军队进行了反攻，一度打到巴黎附近，但重新整顿的瑞典军队从德意志北部进入德意志中部，有效地牵制了西班牙军队，迫使哈布斯堡王朝拉长战线。1637年2月，帝国皇帝斐迪南二世驾崩，其子即位，称斐迪南三世（1637—1657年在位）。
由于双方势均力敌，战争变成了旷日持久的拉锯战。直到17世纪40年代，战争优势才转到法国和瑞典方面。
1643年5月，法军在洛可瓦会战中取得重大胜利，西班牙步兵几乎全军覆没，基本丧失了继续参战的能力。与此同时，瑞典军队在布莱滕费尔德战役中战胜德意志皇帝军队后继续南下，法军自西东进，两军于1645年春会师巴伐利亚。支持皇帝的天主教诸侯在失去西班牙的援助之后，已经无力再战。
从1643年起，交战双方便开始了和谈。因为法国和瑞典争论不已，谈判分别在威斯特伐利亚的两个城市奥斯那布吕克、闵斯特举行。在奥斯那布吕克参加谈判的是皇帝、瑞典、德意志新教诸侯和自由市代表。在闵斯特参加谈判的是皇帝、法国、西班牙和德国天主教诸侯的代表。由于谈判期间双方的军事行动并没有停止，军事形势的变化不时影响双方力量的对比，因此各方面的要求与和谈的条款发生过多次变化，直到1648年10月才达成协议，缔结了两个和约。因为上述两个会议地点都在威斯特伐利亚，因此合称为《威斯特伐利亚和约》。
《威斯特伐利亚和约》实际上是神圣罗马帝国的死亡证书，尽管名义上神圣罗马帝国还继续存在了158年之久。三十年战争使德国损失国土4万平方公里。
法国得到了哈布斯堡王朝在阿尔萨斯的领地，在梅斯、图尔和凡尔登3个主教区近百年的统治得到追认。从此，阿尔萨斯成为德法两国世代争执的地区。
瑞典获得了包括吕根岛在内的整个西波美拉尼亚以及东波美拉尼亚的一部分、维斯马城和不来梅、维尔登两个主教区，从而得到了波罗的海和北海沿岸的主要港口，一跃成为北欧的强国。这样瑞典成为了德意志帝国议会的成员，既有席位又有表决权！德意志皇帝还必须向瑞典支付巨额赔款，只有这样他们才马上撤军。
和约正式确认瑞士脱离帝国，荷兰正式摆脱西班牙哈布斯堡家族的统治。
和约对宗教问题做了规定。在教产还俗问题上，规定1624年为标准年，即凡是在1624年1月1日就已经掌握在诸侯手中的教产，诸侯都可以保留下来。而在普法尔茨等地，则以1619年为标准年，这就恢复到三十年战争开始时的状态。在宗教事务问题上，除承认新旧教完全平等外，重申了“教随国定”原则。
和约沉重地打击了德意志，皇帝的最后一点权威已荡然无存，帝国各机构形同虚设，国家分裂进一步加深，地方诸侯成了完全独立的势力。在法国和瑞典的压力下，皇帝斐迪南三世被迫与德意志诸侯拟定了一部帝国宪法。宪法规定，所有帝国的等级，包括选帝侯、各级诸侯和各级城市，都保有外交和内政上的全部主权，对外可以单独与外国订立条约，对内具有无上的君主权力。宪法意味着帝国的瓦解，并用法律的形式确保了帝国的无政府状态。非但如此，该宪法还使得德意志的分裂得到了国际确认，法国和瑞典作为德意志邦国自由的担保方，可以随时以保障德意志邦国自由的名义干预德意志内部事务。
二、霍亨索伦王朝与普鲁士的崛起
这是一堆正在腐朽和解体的讨厌的东西。国内的手工业、商业、工业和农业极端凋敝。农民、手工业者和企业主遭到双重的苦难——政府的搜刮，商业的不景气。贵族和王公都感到尽管他们第七章三十年战争与分裂的确认榨尽了臣民的膏血，他们的收入还是弥补不了他们日益庞大的支出。一切都很糟糕。不满情绪笼罩全国。没有教育，没有影响群众意识的工具，没有出版自由，没有社会舆论，甚至连比较大宗的对外贸易也没有，除了卑鄙和自私就什么也没有了；一切都烂透了，动摇了，眼看就要倒塌了，简直没有好转的希望，因为这个民族连清除已经死亡了的制度的腐败尸骸的力量都没有。
恩格斯在《德国状况》一文中对三十年战争后德意志的可悲境况的描述
然而，就在这样一个悲惨时代，德意志东部的普鲁士崛起了。从17世纪起，它一直影响着整个德意志的历史，它结束了中世纪晚期以来的德意志分裂割据局面。
1.普鲁士崛起的背景
首先了解一下德意志“再版农奴制”和诸侯小邦专制主义。
“再版农奴制”，也叫“第二农奴制”，指的是农奴制的恢复。
本来德意志的农奴制在13世纪就开始瓦解，农奴逐渐摆脱农奴地位而变为自由的农民。但是到1524—1525年德意志农民起义后，农民又开始下降到农奴的地位，农奴制又卷土重来，有的地主趁农民缴不起地租的机会，把农民的份地收归己有。有的地主在农民流入城市时，把闲置的份地收归己有。这种剥夺农民土地的行为令人想起英国的圈地运动。但是与圈地运动不同的是：第一，德意志地主一般不剥夺农民的全部土地，而只夺取一部分，还留下一部分供农民使用；第二，德意志地主不是驱逐农民，而是把他们留在土地上，叫他们为自己服劳役。三十年战争又进一步推进了农民农奴化的过程，使更多的农民变为农奴。
在三十年战争中，德意志有1/3的耕地变成荆棘丛生的荒野，地主们往往把这些荒芜的土地收回。此外，战争使许多农民破产，他们失去劳动工具、家畜、肥料及种子等，地主便利用农民的这些困难，收回农民的一部分份地，然后把这些农民变为农奴，强迫他们服劳役。于是，大多数德意志地区就形成了领主庄园制经济，最为典型的领主庄园制经济处在德意志东部平原地区，具体指易北河以东的勃兰登堡—普鲁士地区。在这里，每个庄园都由一个有骑士封号的贵族俗称容克的统治者。容克原是指征服东部这一地区并进行殖民的德意志骑士贵族的后代，他们拥有领主裁判权，农民被规定不得脱离土地迁往他处。在一个典型的庄园里，庄园主即容克是全部庄园土地、生产工具、建筑物和圈厩的所有者。他既是地主又是农奴主，既是军事首领又享有领主裁判权，集立法、司法、执行于一身，因而成为全权的乡村统治者。所有的农民包括家内奴仆，人身都是不自由的，都是奴隶式的农奴。他们为容克提供无限度的劳役，只能在夜间耕种自己的一小块地。由此可见，容克庄园不仅是一个独立的经济单位，而且是一个独立的政治单位，一个邦中之邦。