在海军航空兵中，编队飞行是日常任务中非常普通的一部分。例如，被派出在恶劣天气情况下执行任务的一小组飞机（例如双机）的机组可能需要进行编队起飞，然后互相之间保持很小的距离，在互相不失去目视联系的情况下共同爬升穿越很厚的云层。当天气好转后，飞机之间可以稍微增大间距，以使飞行员们放松压力并进行各种武器检查，而当与海军陆战队的K C-130或海军的F/A-18E加油机相会合时又要重组编队。当与加油机组成编队后，飞行员驾机飞到加油机尾部伸出的加油软管末端的锥套后下方的位置。同时他们伸出本机上的受油探头并稳定好飞机。一旦找准位置后，他们会以2～3kn的相对速度靠近锥套，并轻柔地把受油探头插入锥套，与加油软管连接起来。整个过程中，飞机的移动范围是以英寸来计算的。
在完成空中加油后，双机继续执行任务。在完成整个飞行的战术部分后，他们可能需要在返回基地前再次进行空中加油。（很可能在着陆时遭遇恶劣天气，会对降落造成不利影响。这需要两架飞机组成间距只有几英尺的密集编队，由长机带领编队进行仪表进场，并可能进行编队着陆。）
驾机与其他飞机紧密靠近飞行所需的技巧在初级训练阶段就进行过训练，但这种早期训练仅仅是一种对在一线部队中飞行所需技能的预备性尝试。为了组成高效的编队，被分配驾驶战术喷气机的飞行员必须能在不加刻意思考的前提下精确地控制他们的飞机，调整范围仅仅为几英寸。
T-45学员学习每个飞行员必须在编队中所扮演角色所需的相关知识和技能。长机对编队的安全飞行负责，并带领编队进入和离开作战区域。长机还负责飞行中编队与外界的无线电通信工作，并协调处理编队飞行过程中遭遇的各种紧急情况。僚机负责维持编队的完整性，即保持位置和保持被长机看见。编队飞行是从地面开始的，学员们学习如何以及在哪里进行编组，然后进行编队滑行。起飞后，有几种不同的集合方式，学员们会逐渐精通所有方式。在首次升空进行多机飞行前，学员需要非常熟悉不同的手势信号。这些手势信号非常重要，因为它们可以在无线电失效的情况下允许编队飞机间进行交流。
升空后，学员进一步练习在初级训练阶段学习的知识。在密集编队（阅兵编队）飞行中，会练习水平直线飞行。学员们将学会利用长机上的某些点作为参考点，以帮助自己定位。同时，他们学习周期性地扫视其他飞机，以保持整体队形、高度预测和态势感知。编队飞行要求飞行员对飞机进行持续而微小的姿态和推力控制，在编队转弯过程中每次修正都必须要补偿一定的反修正。学员必须快速掌握如何加入和退出僚机位置这两种简单的飞行动作。编队的脱离和集合更是被非常频繁地训练。很显然，编队飞行实际上是一种三维空间中的飞行训练。
因为编队飞行的整个概念如此不同寻常，需要对出现的很多情况做出快速的反应，所以学员们表现出紧张和挫折感就不足为奇了。然而，编队飞行却要求飞行员处于放松的状态，这看起来是有悖常理的。事实上，后舱中的教员们一直保持着冷静和镇定，并试图把这种情绪传递给他们的学员。当学员们表现出紧张情绪，动作开始僵硬时，教员们会使用一种老办法，就是用脚尖踢他们一下。这个办法有很好的精神放松的效果，可以让学员的操纵恢复自如，因此飞机的摇摆也会平静下来。
编队飞行的要点并不仅仅是关于保持飞机之间的距离。长机飞行员虽然不用像僚机飞行员那样担心保持位置的事情，但他也有自己的重要职责。他必须预先规划整个编队的飞行，以确保编队可以安全地从一点飞到另一点。长机不能进行剧烈的转弯来带领编队飞到所需的方向上。长机的每一次机动和推力调整都必须是平稳而谨慎的，以使僚机可以跟得上长机的动作并保持自己的位置。长机飞行员必须有一种深思熟虑和小心行事的心态。就算是在控制一架敏捷的战斗机，飞行员也必须小心翼翼地进行操纵，就好像飞机两翼上趴着一个光着身子的可怜婴儿似的。
经过一段时间后，学员们会逐渐适应，并熟练地与其他飞机非常靠近地飞行。然后他们开始接受夜间编队飞行训练和巡航编队飞行训练。在巡航编队中，飞机的间距要比密集编队更大一些，长机的动作也更加积极，甚至会进行特技飞行。训练中会引入四机编队（分队编队），学员们会学习如何在更大的编队中保持位置和进行机动。完成编队飞行训练后，T-45学员们已经进行了约25次编队飞行，其中5次为单飞，4次为夜间飞行。在包括武器投放阶段、空对空作战阶段和舰载取证阶段等的后续训练中，几乎每一次的飞行中都会涉及编队飞行。当飞行员加入海军舰队后也是如此。
在武器投放训练阶段中，T-45学员们将学习如何使用空地武器。这是一个非常重要的阶段，因为未来在海军舰队中他们的工作正是杀伤敌人。飞行训练大纲中关于该训练阶段的介绍如下：
军用飞机是被设计用来摧毁敌方发动战争的潜力。完成这一任务的基本方式就是向敌军人员、装备和设施投放各种武器。海军航空兵的基本任务之一就是向地面目标精确地投放种类繁多的特种和常规武器。投放技术的种类就像武器的种类一样多，包括各种角度的常规俯冲投弹和由计算机计算弹着点的投弹动作。为了成为一个真正的专家，作为海军飞行员必须精通各种空地武器投弹方式。
在T-45学员们被允许带弹（虽然是不能爆炸的训练炸弹）飞行前，他们需要接受很多关于空地武器投放的课程和计算机辅助教学。除了教学外，学员们还会进行多次模拟器飞行，以熟悉武器投放时的动力学特性。他们学习与武器相关的机载系统及其在空对地任务中的作用。最关键的设备之一便是装在学员们面前的平视显示器（平显）。平显上显示出可调整的亮环，亮环中心为被称为“准星”的点，用于武器的瞄准。准星的角度设定视所携带武器的类型和投放参数的种类而变。虽然T-45拥有一种先进的计算机辅助轰炸模式，而海军舰队中的飞机上有更先进的同类能力，但训练中还是非常注重手动投弹的基础技能。
之后就要学习自由落体弹道的基本理论了。学员们学习多种能够影响投弹精度的因素。首先，准星的角度（俯角）设置必须与所使用的武器和投放方式相适应。飞行员们必须控制好飞行，从而使飞机到达空中时准星能够立刻准确地对准目标。他们的飞机必须保持机翼水平，并处于良好的平衡状态，由精确计算得出的空速、俯冲角度和高度，此外飞行员必须对风的影响进行修正。
如果不能在制定参数范围内投放武器（例如炸弹），会导致严重偏离目标。例如，如果投放高度过高，炸弹会超过目标；如果投放高度过低，炸弹又会够不着目标。如果飞机有一定的滚转角，即侧向滑行，会导致炸弹偏离目标；而空速过低会导致炸弹够不着目标。俯冲角度过大会导致炸弹超过目标，俯冲角过小则导致炸弹够不着目标。这些错误的各种不同组合会把学员搞得晕头转向。
在恰当的时机满足所有参数要求无疑是一件非常困难的事情，但学员们必须为此做好准备。在熟悉飞行训练阶段培养起来的对飞机的适应性和深入了解，以及在仪表飞行训练阶段养成的仪表“扫描”能力，都有助于提高学员们在飞行中轰炸的效能。此外，他们不久前学习的编队飞行技能，在飞往和离开目标区域的飞行中都有不可估量的价值。
学员们的第一次轰炸飞行是一个精心设计的训练，由四架飞机沿着一个围绕目标的圆形航线飞行，在其中他们一般都会遭遇一定的困难。所有飞机必须严格地保持圆形航线，否则一个学员的失误就会导致所有飞机过于靠拢或分散。如果飞得不好，整个圆形航线就有可能变成四架橘红色与白色相间的教练机的滑稽马戏表演。不仅达不到训练的效果，而且增加了空中相撞的危险。另外，还要非常注意通信，因为每名飞行员必须在特定的时机进行无线电呼叫。
之后就要进行真正的投弹了。学员驾机每环绕圆形航线一次就要进行一次投弹。训练的俯冲角度有10°、20°和30°三种。在接近适当的点时，学员必须掌握好从恰当的距离上进行滚转，以进入合适的俯冲角并进行修正。向着目标进行俯冲时，要求飞机滚转到几乎倒飞的程度。这对学员们来说是一种很不寻常的经历，在最初几次投弹中通常会丧失方向感。发动机的推力设置也非常重要，因为飞机必须保持稳定。在进入俯冲后，学员们便全神贯注于平显定位目标，适当地移动准心，扫视空速、高度和俯冲角等参数的仪表显示，最后打开武器保险并按下炸弹释放钮。事实上，在头几次俯冲投弹中没有撞到地上就足以让学员们获得一点点成就感。
训练中最常使用的武器是Mk-76训练炸弹。Mk-76可以被海军舰队的所有型号的飞机使用，它是一种25l b重的训练弹，带有一个用来标定弹着点的烟雾装药。在可获得的前提下，也使用70mm火箭弹进行训练。尽管T-45没有安装航炮，有时也进行航炮射击的飞行训练。
在这个训练阶段的后半段被允许练习飞机的“连续计算命中点”（CCIP）投弹模式。这种模式与许多现代飞机使用的系统类似，在平显上会显示一个十字，以指示在一定距离上投弹时的弹着点。该模式无须飞行员建立并精确保持一系列的投弹参数，即系统可以计算出投弹方案，从而可以使飞行员集中注意力关注敌方火力或其他飞机。学员们共需要进行15次武器飞行，其中部分为单飞。该阶段的训练是学员们未来在海军舰队中应用更高级的战术和武器系统的重要基础。
作战导航训练旨在培养学员们使用基本航位推测法技术在低空飞向目标的能力。与他们接受直升机和多发飞机训练的同行们类似，喷气机学员学习如何进行航线规划，并通过航向指示器、时钟和航线图进行导航。他们还学习如何辨识和看懂不同的地形特征，以及如何规避障碍，还有在偏离预定航线时如何调整空速和航向以进行修正。与直升机和多发飞机训练的同行们在较低的空速时接受这些训练不同的是，T-45学员规划航线时的速度达到了360kn，相当于超过400mile/h。在这样高的速度时迷航是一个很大的问题，而学员们努力做到最好，并希望永远不用使用修正航线的技巧。