在机型相同的情况下，包机航班与定期航班的航路导航费都相同，但包机航空公司通常使用的都是二线机场，因此其支付的起降费较低。例如，伦敦与巴塞罗那之间的定期航班大部分安排在希思罗机场降落，只有少部分安排在盖特威克机场。而绝大部分包机航班使用的都是盖特威克机场或卢顿机场。2008年，一架从盖特威克机场起飞的空客A320 包机需要支付1425 英镑的起降费、旅客服务费和1小时的停场费，卢顿机场的收费略高，为1507英镑。而在希思罗机场，一个定期航班需要支付2261 英镑的各种费用，这意味着每名旅客需要多负担6～8英镑。此外，飞往巴塞罗那的包机一般会选择降落在附近的赫罗纳机场或雷乌斯机场，因为这两个机场的收费较低。总之，在可能的情况下，包机航空公司都会尽量选择收费低廉的机场起降。
如果机型相同，航线一样，包机航空公司的机务维修成本与定期航空公司大致相同，因为两类航空公司机务维修人员的工资水平差别不大。
至于保险费，其在航空公司总运营成本中只占很小的一部分，并且大型航空公司（不论是定期航空公司还是包机航空公司）的保费费率通常都更低。
一般来说，在飞机利用率相同的情况下，包机航空公司和定期航空公司飞机的折旧费或租金是相同的，但实际情况却不是这样。首先，定期航空公司的航段距离长短不一，有些甚至非常短，其飞机在短程航线（如伦敦至阿姆斯特丹）上的年利用率肯定不及在远程航线（如伦敦至巴塞罗那、伦敦至加那利群岛）上的利用率，而包机航空公司一般只飞远程航线，如伦敦至土耳其。
其次，在旺季的时候，包机航空公司会昼夜连续飞行。而定期航空公司在中短程航线上一天最多只能飞行14～16小时，因为旅客不喜欢乘坐早晨7点以前或晚上10点以后的航班。另外，定期航空公司通航的机场经常会有夜间宵禁，英国和德国的很多机场都有这种情况。因此，定期航空公司通常不会在中短程航线上安排夜间航班，而包机航空公司却没有这方面的顾虑，因为包机航班旅客为了获得较便宜的票价，对旅行中的各种不便早已有心理准备。在旅游产品中，航班起飞时间是游客唯一可以选择的因素。旅行团包租的“红眼航班”价格肯定要比白天的航班便宜，而且可以方便旅行团安排在目的地的行程。由于休闲度假旅客可以接受红眼航班，包机航空公司一般会在高峰季节安排夜间飞行，除非机场有宵禁限制。包机航空公司的飞机经常是“连轴转”，一天之内可以在2～3 个小时的航线上往返3 次，而定期航空公司通常只能往返2次。在一些距离较长的航线上，例如从北欧到希腊或土耳其的航线上，包机航空公司可以飞行两个来回，而定期航空公司一般只能飞行一个到一个半来回。
遗憾的是，在一些短程休闲市场上，低成本航空公司高密度的航班安排极大地降低了包机航空公司红眼航班的吸引力。目前，包机航空公司一般只在旺季的时候才安排红眼航班。
包机航班服务一般具有明显的季节性，在淡季，包机航空公司飞机的利用率肯定要低于定期航空公司。为此，包机航空公司会尽量提高旺季时的利用率以进行补偿。此外，一些包机航空公司会在淡季的时候，将飞机租给其他运力短缺的航空公司。例如，君主航空公司、My Travel航空公司等英国包机航空公司经常会在冬季将飞机租给加拿大的包机航空公司，因为每年冬天都有大批的加拿大人前往加勒比地区度假。而康多尔、Thomsonfly等航空公司一般采取另外一种解决办法，这些公司在夏季经营地中海包机业务，而在冬季转而经营加勒比、东非或印度洋等航线上的包机业务。
2008年部分英国包机航空公司与定期航空公司空客A320飞机的利用率情况。由于上述谈到的那些因素，包机航空公司飞机的日利用率要明显高于定期航空公司。在相同的条件下，包机航空公司的飞机每天要多飞行1 ～3 个小时，其每小时的折旧费或租金因此要比定期航空公司低30％左右。当然，飞机利用率高也提高了飞行员和客舱乘务员的劳动生产率。
总之，在泛欧洲短程航线上，包机航空公司并没有太多的成本优势。但是，包机航空公司通过提高飞机的利用率，明显降低了每小时的折旧费或租金；通过减少客舱乘务员人数并降低工资水平，可以节省一部分人工费用；同时，利用一些收费较低的机场，还可以降低一半以上的机场服务费。由于在短程航线上机场服务费可以占到航空公司总运营成本的8％ ～15％，因此这方面的节省意义很大。不过总体而言，包机航空公司在直接运营成本方面的节省是有限的。
7.5.2 间接运营成本
前面分析了欧洲的定期航空公司与包机航空公司在直接运营成本方面的差异。结果表明，两者之间的差别并不大。实际上，这两种商业模式最大的差别是在间接运营成本方面，包括航站及地面服务成本、旅客服务费、票务费用、销售费用、宣传费用及管理费用等。
包机航空公司的航站及地面服务成本一般很低，因为他们通常将与飞机、旅客、行李相关的服务外包给专门的服务公司。此外，由于包机服务具有季节性，因此包机航空公司无须在外站安排长期工作人员或设置办事处。在一些大站，包机航空公司可以安排少量的工作人员，以监督当地地面服务公司的工作情况。即使有时需要安排一些专门的人员，也往往是临时性的。相反，大多数定期航空公司由于每日的航班数量繁多，因此必须要在外站设置一名经理以及其他一些地面工作人员。当然，也有一些定期航空公司将大部分服务工作外包了出去，但即便如此，他们也需要安排工作人员随时监督代理公司的服务质量。这样他们需要在机场或其一些地方租用办公室，于是租金及其他一些办公费用便不可避免。定期航空公司有时还需要购置汽车或其他的地面设备，这样他们的航站及地面服务成本会因此更高。为了向高端旅客提供更加优质的服务，定期航空公司在世界各地的机场均设置了专门的贵宾休息室，或安排其旅客使用其他航空公司的休息室。而包机航空公司则没有这笔额外的开支。
客舱乘务员费用是旅客服务成本的一部分，前面在介绍直接运营成本时已经做过分析。这里需要强调的是，包机航空公司旅客服务成本较低的另一个原因是，包机航班上没有商务舱，航空公司无须为商务旅客准备餐食、报纸、杂志等一系列昂贵的服务。近些年来，也有些包机航空公司开始提供高端服务，但仅仅是加大了座椅的腿部空间，提高了空中餐食的标准而已。包机航空公司事实上一直在力图简化服务，以进一步降低成本，甚至有些包机航空公司开始为餐饮服务单独收费。一般而言，包机航空公司不为旅客提供中转联程服务，因此也就节省了旅客和行李的中转服务成本。
其实，包机航空公司节省成本力度最大的地方在于票务、销售和宣传成本，这与包机航班的运营模式有关。在大多数情况下，包机航空公司会将包机航班的座位预售给旅行社，因此具体的航班订座、售票、票证结算等工作其实是旅行社而不是航空公司的工作。即使航空公司会销售一部分“只卖座位”机票，但这些工作主要也是由旅行社代理完成的，或在网上进行的。
包机航空公司的销售费用也很低。由于无须向公众售票，包机航空公司一般不需要设立售票处，也不用向销售代理支付代理费。只有当包机航空公司通过代理商销售“只卖座位”机票时，才会支付代理费。而对于定期航空公司而言，代理费、支付给全球分销系统和信用卡公司的佣金是一笔庞大的成本支出。在2008 会计年度，销售代理费（扣除应收销售代理费）分别占到了英国航空公司和英国英伦航空公司总运营成本的3.8％和2.2％。
在英国、德国、加拿大和美国等国，有一些超大型的旅游公司，还有一些相当数量的大型旅游公司。包机航空公司通常是将航班座位卖给一家旅游公司名下的数个旅行社。如果座位有剩余，也会出售给其他旅行社。因此，包机航空公司每年的销售和促销费用也就是花在与旅行社开几次会、吃几次饭上而已。包机航空公司的销售队伍可能就是一个经理带上几个工作人员而已。由于不需要向公众宣传、推广自己的服务，包机航空公司一般没有宣传或广告方面的预算。
总体而言，由于没有票务、销售及宣传方面的支出，包机航空公司因此节省了大笔的费用开支。将英国定期航空公司和包机航空公司的人均营销费用做一对比可以清楚地说明这一点。大型定期航空公司花费在每位旅客身上的营销费用一般为7 ～27 英镑，而两家包机航空公司的人均营销开支还不到1.5 英镑。其他英国包机航空公司在此方面的开支更少，甚至没有收录到英国民航管理局的统计数据中。维珍大西洋航空公司在此方面的花费最高，这是因为该公司只经营远程航班且定位于高端市场，不过，事实上君主航空公司和汤姆逊航空公司也有很多远程包机服务。
包机航空公司的行政管理费用往往也非常低，因为这些公司的行政管理人员和财务人员很少。很多在定期航空公司中必不可少的职能部门，在包机航空公司要么不存在，要么配备的人员很少。例如，包机航空公司不需要庞大的计划部门，不需要收益管理人员，不需要大量的财会人员进行票证结算。
包机航空公司在间接运营成本的各个方面几乎都具有优势。其航站成本、地面服务成本以及旅客服务成本都很低。对于短程定期航空公司而言，销售、票务和宣传费用可以占到总运营成本的12％，而包机航空公司在这方面的成本微乎其微。包机航空公司的行政管理费用也很低。因此，在航线、机型相同的情况下，包机航空公司的间接运营成本可以比定期航空公司低一半以上。
在短程航线上，间接运营成本通常要占到航空公司总运营成本的1／3，而直接运营成本约占总运营成本的2／3。在机型和航线相同的情况下，包机航空公司每个来回程的运营成本可以比定期航空公司低20％ ～25％。然而，这仅仅是一方面，另一方面，包机航空公司一般采用高密度舱位布局，并拥有高客座率，这些优势进一步扩大了其成本优势。同样，低成本航空公司也遵循着这样一条道路。
7.5.3 高密度客舱布局
2008年夏，英国航空公司在欧洲航线上使用的飞机主要是空客A320 ，这种飞机的典型布局是双舱152 个座位。法国航空公司空客A320 飞机的客舱布局与此类似。很多包机航空公司也使用了这种机型，但客舱却布置了高达180个座位。在同一条航线上，假设英国航空公司与包机航空公司的航段运营成本相近，但由于包机航空公司的座位数多了18％，其座千米运营成本将比英国航空公司至少低15％。实际上，英国航空公司有些飞机由于设有商务舱，其座位数还不到152个，有些只有143 个。通过提高座位密度来降低单位运营成本，这一优势在宽体飞机上体现得更为明显。君主航空公司和托马斯库克航空公司的波音767－300飞机通常设有310 个座位，而英国航空公司的这种机型只有247～256个座位，前者比后者多了近25％，从而其座千米运营成本比后者降低了约20％。
包机航空公司提高客舱座位密度的方法有很多。他们一般采用单级客舱布局，但也有些例外，某些包机航空公司为争取高端旅客，会加大客舱前几排座位的间距。由于没有头等舱或商务舱，包机航空公司可以充分利用客舱空间。而定期航空公司通常采用的是三级客舱布局。
另外，包机航空公司飞机上的座位间距较小，因此可以在客舱内安排更多的座椅。在短程航线上，包机航空公司一般采用的是29 英寸的座椅间距，而定期航空公司通常采用的是31 ～34 英寸的座椅间距。在宽体飞机上，包机航空公司每排都会多设置一个座位，如在波音767 飞机上，包机航空公司通常每排设置10 个座位，而不是9 个座位。包机航空公司还通过减少衣帽间的数量，缩小厨房、卫生间的空间，尽量扩大客舱的使用面积，以安排更多的座椅。由于提供的餐食服务比定期航空公司简单，也没有头等舱或商务舱服务，包机航空公司的飞机厨房空间可以大幅减小。有些包机航空公司甚至将波音767 的厨房移到了飞机腹舱。这种做法是可行的，因为包机航班一般不携带货物。
7.5.4 高客座率