天京失陷后，李世贤奉幼主到广德。侍王陈炳文，初与康王汪海洋俱守杭州，至是走江西。扶王陈得才，初属陈玉成。玉成败后，自湖北走豫南，入汉中。是年夏间，回救天京，至安徽，闻天京已陷，自杀。世贤尚未之知，劝攻湖州的堵王黄文金，同奉幼主，合海洋、炳文的兵出湖南，北连陈得才。文金必欲破湖州以泄愤。湖州破而清兵大至，文金中炮死。世贤奉幼主入福建，至延平。时汪海洋亦至福建，两军相距仅30里。世贤军为清将席宝田所破，与秀成子荣椿俱走海洋军求救。幼主随难民行，误投敌军，为清营官苏元春所得。元春要将他释放，而事为席宝田所知，将幼主取去，有人对宝田说：“你的祸不远了，曾国藩奏称洪氏无遗类，你却擒获了幼主，他怎肯和你干休呢？”（(陈恭禄《中国近代史》云：李秀成言天王家人皆死，实为免祸之计。左宗棠获其养子，知其母、妻、幼子，均免于难。见左氏《奏疏》，据闻其子收养于外人，今尚存在。)宝田乃将幼主送交沈葆桢，为其所杀。世贤匿民间，奉秀成母以终。陈炳文为汪海洋所杀，海洋以是年十二月，战死于广东嘉应州。石达开自别为一军后，出没于安徽、江西、福建之间。太平天国九年，败于南安，入湖南，又为巡抚骆秉章所败，入广西。明年，入广东，出没湘粤间。十一年，入四川。清以骆秉章为四川总督御之。达开入贵州，十二年，再入四川，转入云南。十三年，再自云南入四川。将渡大渡河，为清兵所扼，又贿土司绝其退路。达开对手下的人说：“吾一人自赴敌军，尔等可免死。”乃张黄盖，服黄袍，乘白马，从数人入清军。至成都，见骆秉章，说：“吾来乞死，兼为士卒请命。”清人磔达开于市，而使诸将围歼其兵2000余人。
太平天国自起兵至灭亡，前后共历15年。兵锋所至之地，共17省（内地18省，惟甘肃一省未到）。但得城多不能守。所恃为根据地的，实止自天京至九江、武汉的一线，及皖南北若干州县。其后九江、武汉皆失，仅恃安庆与天京相犄角，而皖南北亦日受攻击，形势就更危险了。太平军在军略上的失策：一、未能于初起时全军北上，与清人争一旦之命。二、在南方又未立定规模。三、初起时藉长江的便利，未久即下天京，后来水师之利反为清人所有。至其军队，初起时确甚优良。广西军人，强悍善战，其纪律颇严，并无奸淫杀掠之事，所以人民颇为欢迎。清张德坚撰《贼情汇编》称“贼至则争先迎之，官军至皆罢市。此等情形，比比皆然，而湖北为尤甚”。可见光复军兴时，箪食壶浆的盛况。此时太平军军队未甚多，其首领的骄奢淫佚亦未甚。所破州县，到处都有蓄积，取之已足敷用。人民亦有自动进贡，以求免祸的，故其财政宽然有余，无事诛求。其后财政渐窘，军队中旧兵渐少，胁从渐多，军纪亦渐坏，掳掠焚杀之事，遂不能免。天国四年，曾国藩奏疏云：“前此官军有骚扰之名，贼匪有要结之术。百姓不甚怨贼，不甚惧贼，且有甘心从逆者。自今年以来，贼匪往来日密，抢劫日甚。升米尺布，掳掠罄空。焚毁屋庐，击碎瓦缶。百姓无论贫富，恨之刺骨。”军纪的好坏，影响于民心的向背和士气的盛衰，这确是天国失败的一个大原因。
至于政治，则天国诸人都起下层社会中。大凡下层社会中人，都抱有均贫富及平等的思想。起事之后，乃表现于其宗教及政治制度中。上帝会规制，入会的男称兄弟，女称姊妹，一律平等。天京建后，创立田制，分田为九等（上上，上中，上下，中上，中中，中下，下上，下中，下下。上上田一亩等于下下田三亩)，各地方有无相通（此处不足，则迁彼处，彼处不足，则迁此处。又此处荒，则移彼丰处，以振此荒处，彼处荒亦然。此即所谓移粟移民），民年十六则受田。自食有余，概归公库。二十五家立一库，婚丧等事，均用库中款项。军士有得财货的，则概归天朝圣库。又立女馆，凡处女、寡妇及从征军士眷属，均居于其中。禁烟、禁酒、禁赌。又禁女子缠足。禁妾媵及娼妓。并禁卖买奴婢。其思想不可谓不正。案当隆古部族时代，人民生活，本有一定规则。此时内部安和，而对外亦能讲信修睦，即孔子所谓大同，其后各部族接触日多，渐以兵力相争夺。战败的，固夷为农奴及奴隶。战胜的，亦因其生活日流于淫侈，并且专以争斗为事（读《礼记·文王世子》篇可知。这一篇是述古代公族，即国君的同族的生活的），而其风纪日趋于败坏。此即所谓封建时代。然部族时代良好的规则，仍有存留。民间生活，仍有其合理的轨范。即贵族亦不能不俯就其范围，此即古人所谓礼（古代的所谓礼，并非指应对进退等，此乃所谓仪。知仪的，古人亦谓其不能冒称知礼。《左氏》议论鲁昭公的话，即其一例。所谓礼，实指大众生活的轨范。如凶荒札丧之岁，贵人的生活亦不能不贬损；丰登之年，大众的生活仍不能奢侈等便是。所以《礼记·礼器》说：“年虽大杀，众不恇惧，则上之制礼也节矣。”）。所以此时的生活，尚非全不合理。封建制度完整之世，孔子亦称为小康。封建时代之后，再加以资本的侵蚀，生活的轨范，无人留意及之。即有觉其不安，欲去其泰甚的，其所欲建立者，让步已至极点，然仍不能实行。此实为社会不安的根本原因。此等病根，上中流社会中人，因其处于压迫地位，生活较为优裕，往往不能觉得。
只有下层社会中人身受切肤之痛，会有矫正的思想。历代藉宗教以煽惑人民的，除迷信的成分外，总尚略能改正经济制度，示人民以生活的轨范，即由于此（如汉末的张鲁便是。可看《三国志》本传《注》引《典略》）。这个并非迂阔，实可说是社会真正而且迫切的要求，但其事经纬万端，断非径行直遂的手段所能有济。起于草泽的英雄，思想虽纯，而学识不足，运用其简单的思想，直率的手段，想达到目的，无怪其不能有成了。天国诸人，宗教思想颇为浓厚。凡事皆欲称天以济之。故其国称天国，京称天京，军称天军，法律亦称为天条。军行所至，辄设高台讲演，谓之讲道理，又印行讲道的书颇多。那更陷入极端的观念论了。尝开科以取士，所命题目，亦极可笑（其命的题目，有《贬妖穴为罪隶论》等。案天王尝有诏，贬直隶省为罪隶省）。其官制，则有天地春夏秋冬六官，又有丞相、军师、录尚书事等名目。外官有州牧、郡守、县令，又有行省。军制以五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师，五师为军。又有监军、总制、将军、指挥、点检等名目。今古杂糅，一望而知为乡曲学究所定。此等制度，亦多未能实行。实际的政治，则因天王入天京后，百事不管，朝内又无能主持之人，以至紊乱。总而言之，天王之为人似只长于宗教，而短于政治及军事。天王手下，亦无此等人才。只有一个李秀成，而用之太晚，且不能专。实为太平天国失败最大的原因。且如天王的宗教思想，在当时，决不能得多数人的赞同。民族革命之义，如能始终标举，是可以引起一部分人的归向的。太平军出湖南时，亦曾发布讨胡之檄，后竟未曾再提，而仍欲推行其不中不西，不古不今的政教，即此就可见得不认识环境，难于有成了。然事虽失败，毕竟替民族革命播下了种子。到孙中山革命时，其余党还有存留海外的。
（三）捻党始末
当太平天国和清军在江域相持时，直、鲁、豫、苏、皖间，又有捻党。捻党的起源：有的说是乡民逐疫，“裹纸然膏”，后来因而行劫，故称为捻。有的说皖北人称一聚为一捻，因称为捻。二说未知孰是。其起源颇早，清仁宗嘉庆年间，河南巡抚，已经奏定“结捻”三人以上，加等治罪了。然此时所谓捻党，人多势盛之时，偶出攻打州县，官军到又回原居，和平民无异。并不正式和官军对敌。到天国兴起后而其势乃渐盛。其渠魁张乐行，居雉河集（即涡阳县治，捻平后设县），李兆受居霍邱。清官令人民筑寨自保。诸寨既无力抵抗捻党，而官军又残暴，乃依违于两者之间。又有本系土匪，亦借团练为名的，局势益复杂。寿州苗沛霖，本系诸生，后为练总，反侧于太平天国和清军之间，曾受天国之封为北平王，尤为跋扈。
捻党虽据数省，其最大的根据地，则尤在安徽。清朝迭派大员进攻，都无效（清朝初命周天爵驻徐、宿，旋代以袁甲三，驻颍、亳，又命牛鉴驻陈州，而以河南巡抚英桂总其成。太平天国五年，即清咸丰五年，罢袁甲三，命英桂进攻安徽。明年，又起甲三助英桂。至七年，胜保督安徽军务后，仍命袁甲三管苏、鲁、豫三省事。均无功）。太平天国七年（清咸丰七年，1857年），命胜保总督安徽军务。张乐行走依李兆受。兆受伪降，苗沛霖亦阳受抚。然其蟠踞恣肆如故。胜保所带马队，旦有降于捻党的。捻党行动益敏捷。天国九年，出击山东，还道河南，攻周家口。十年，陷清江。清漕督等皆遁走。是年，英、法和议成。清命僧格林沁移兵而南。初战亦不利，后乃从鲁南入苏北，进至亳州。天国十二年（清同治元年，1862年），苗沛霖合太平军攻颍州，为湘军所败。陈玉成走依沛霖，沛霖将其执送清军，被杀。安徽局势稍定。而陈得才合捻众入陕西，攻商、华。胜保及多隆阿奔命。胜保旋遭逮治。降捻宋景诗因之叛于合阳。声称为胜保诉冤。自山西入直隶，附从者甚多。清调刘长佑督直，到明年才把他打平。是年，僧格林沁亦陷雉河集，杀张乐行。又杀苗沛霖。乐行从子宗禹入鄂豫。又明年，陈得才回援天京。至英、霍间，闻天京已陷，自杀。遵王赖文光、鲁王任柱（柱本名化邦，亳州人，最勇猛善战。据《太平天国战纪》：僧格林沁伏诛后，宗禹等共矫天国幼主诏，封宗禹为沃王，柱为鲁王），均与宗禹合。于是捻党得天国之名将以指挥之，而其用兵的方略一变。
遵、鲁二王和张宗禹既合，再道湖北入河南。天京陷之明年（清同治四年，1865年）入山东。时清倚僧格林沁为主力，而僧无将略，专恃蒙古马队，和捻党相驰逐。步不及马，弩马不及良马，其队伍遂参差不齐。军行不赍粮秣，专责成州县供应，州县因兵荒不能具，则剽掠于民间，因行淫杀。人民控诉的，僧格林沁概置不理。人民恨之切骨。捻党知其如此，专引之东奔西走，以疲敝其兵力，而僧格林沁不悟。是年，两军相遇于曹州。宗禹弟小黑，年19，与任柱猛攻之。僧军发炮，弹如雨下。小黑及任柱不顾，令马队脱衔猛冲。僧兵大败，僧格林沁伏诛。捻党之诛僧格林沁，事见罗惇曧《太平天国战纪》。此书系将韦昌辉嫡子以成所着《天国志》删润而成，于天国亡后所记事极疏略。盖由无记注，专恃传闻记忆而然。然僧格林沁的伏诛，系两军争斗中的一大事，所记捻党一方面的军情，该不会有误。况且《战纪》说僧格林沁系堕马为乱兵所杀，宗禹兄弟至，又刃碎其尸；而清薛福成所撰僧格林沁《死事略》，亦说其死在麦塍之中，身受数伤；二说符合，可见《战纪》之不诬。僧格林沁是科尔沁郡王，因攻捻晋爵为亲王的。科尔沁是蒙古诸部中最早投降清朝的，清人与之世通婚姻。清朝的宗旨是要封锁东三省及蒙古地方，合满蒙二族之力，以制汉族的。僧格林沁一军，尤为当时清朝所倚恃的劲旅。任柱、张小黑，功虽不成，然能歼此渠魁，亦足以寒猾夏者之胆了。
僧格林沁死后，清朝命曾国藩督直隶、河南、山东军务。曾国藩说：捻党已成流寇，与之驰逐非计。主张“以有定之兵，制无定之寇”。乃以徐州、临淮关、济宁、周家口为四锁。自沙河、贾鲁河，北抵汴梁，南接运河，筑成长墙一道（自周家口下至正阳关守沙河，上至朱仙镇守贾鲁河。朱仙镇经开封抵黄河，掘濠而守），实行其所谓“圈制”之法。而捻党的厄运乃渐至。捻党将其汴梁一段防线突破，进攻运墙，不克，乃分为二：任柱、赖文光东行，张宗禹西上。天国亡后二年（清同治五年，1866年），曾国藩回两江总督本任，李鸿章继其任。左宗棠督办陕西军务。明年，东捻突破运防。清军反守运河西岸。旋又扼之胶莱河及潍河之东。其潍河一段，仍为捻党所突破。然卒不能越运河而西。乃自鲁南入苏北。清军云集，任柱死于赣榆，赖文光在扬州被执，东捻亡。西捻入陕西后，渡渭而北，入延、绥，自宜川渡河。下河东，入豫北。天国亡后四年（清同治七年，1868年）入直隶。左宗棠随之而东，李鸿章亦北上会攻，令直隶人民筑寨自保，实行坚壁清野之法。又沿黄、运二河，自天津至茬平，筑长墙以蹙之。西捻乃被困于黄河、徒骇河之间而灭。案《太平天国战纪》说：僧格林沁死后，捻党议仍入汉中。左宗棠扼河筑长墙拒之，乃仍入汴。文光等聚谋，言“敌军甚众，江南我兵绝迹，不如渡黄河，直捣燕京，成则取其国都，不成死耳”。乃履冰而过，清兵逐之，一战大败。任柱、小黑皆死，宗禹不知所终。此其记事自极疏略，然赖文光等当日有直捣燕京之志，事当不诬。不过有志未遂耳。赖文光逃扬州被获，《战纪》并不讳饰，则其谓张宗禹不知所终，事或得实，而清朝一方面的记载，谓其赴水而死，恐实不足信了。
综观捻党，自太平天国灭亡以前，和天国灭亡以后，其用兵的方略绝不相同，即可知其纵横驰骤于直、鲁、山、陕、豫、鄂、苏、皖八省，使清朝的君臣为之旰食者数年，实由天国的名将指挥驾驭而然。当天京沦陷，幼主殉国之后，而天国的余威犹如此，可见天国初起时，不能悉众北上，及其后天王不从李秀成之言，出征赣鄂的可惜了。清朝攻击捻党时，其残暴仍与其攻天国时无异。曾国藩奏疏说：“官兵骚扰异常，几有贼过如篦，兵过如洗之惨。民圩仇视官兵，于贼匪反有恕辞。”西捻再入直隶时，左宗棠写给他儿子的信说：“大名、顺德、广平一带，和山东、河南接壤各处，民团专与兵勇为仇，见则必杀，杀则必毒。”清人所自言如此，倘使其敌国方面，有人执笔记载，未知又当如何？太平天国和捻党，不免有残暴的行为，我们诚不能为讳，然至少并不甚于清兵，则是事实。而从前论史的人，都把这一个时期的破坏，专归罪于天国及捻党方面，真可谓清朝的忠臣了。