两个大人物的争夺
短短几个月的时间，形势发生了很大变化。凭借着其治国手腕，斐迪南将一切纳入了正轨。生性懈怠且政策失当的弗里德里希，正面临着更加严峻的局面。由于特权获得了承认，下奥地利的等级会议宣誓了效忠，未出席宣誓效忠的人被指控犯有侮辱陛下和谋叛罪。对内，斐迪南稳扎稳打，将一个个世袭领地有序地管理起来。对外，他努力做好周边关系，创造良好的外部环境。波希米亚战争的结局，由于福音新教联盟和天主教同盟的参与而改变，同时受到影响的还有弗里德里希和皇帝的命运。波希米亚王国得到了德意志新教的支持，皇帝则得到了天主教的帮助，双方的领袖分别是弗里德里希和斐迪南。两大势力都希望自己能够取胜，在波希米亚展开激烈的博弈。新教如果失掉了战争，那么他们会被皇帝统治起来。如果他们取胜了，那么将得到天主教的领地。巴伐利亚公爵之所以死心塌地地支持皇帝斐迪南，是因为他是皇帝的妹夫，两个人又从小一起长大，有着共同的宗教信仰。当新教联盟蠢蠢欲动、天主教宗面临的局势越来越紧张的时候，他和天主教同盟的所有诸侯一样，义不容辞地把皇帝的事业当作自己的事业，尽最大努力帮助斐迪南。
斐迪南和巴伐利亚公爵签订了一个条约。按照条约的规定，巴伐利亚公爵获得了天主教同盟军的指挥权，帮助镇压波希米亚的叛乱者。对于战争中他的开支和损失，皇帝都将予以补偿。天主教和皇帝的结合，对于新教徒而言绝对是弊大于利的，按说他们应该想方设法予以阻止，而实际情况却是他们全力加速了这一进程。因为只有这样，才能刺激更多的新教徒效仿天主教团结起来。现在他们利用波希米亚的动乱，用恐吓性的语气向天主教徒的首领——巴伐利亚公爵提出了保障宗教信仰、解除一切压迫的要求。如果马克西米利安没有答应，那么新教徒就找到了发动战争的理由。如果他答应了，则正中新教徒的下怀。马克西米利安根据自己的利益，认为与新教徒的战争将不可避免，他非但没有答应他们的要求，反而加快了军备。同时，巴伐利亚和天主教同盟还就补助费的问题同西班牙宫廷展开谈判，不但获得了一百万古尔登预付金，还得到了西班牙从西属尼德兰派兵攻击下普法尔茨的承诺。
天主教强权在结成同盟的同时，继续保持与新教同盟针锋相对的抵制。新教联盟试图动摇萨克森选侯和多数福音新教各等级的信心，四处散布他们将受到迫害的谣言。天主教同盟及时向萨克森选侯写了一封安抚信，稳定了局面。由于以前在国王选举时，波希米亚人曾超过自己，所以萨克森选侯情感的天平已经偏向奥地利一方。
斐迪南在努力改变自己面临的困境，而弗里德里希的所作所为却把自己推向了更加艰难的境地。人们本来就不太愿意他和西本彪根侯爵结盟，这时又有传言说他以公谋私，激起了强烈的不满情绪。他实行的沉重赋税更是失去了民心，期望受挫令大部分波希米亚人的热情不断下降，外部援助的失约也极大地打击了他们的信心。此时的弗里德里希并没有意识到当务之急是勤政安民以保住自己的皇冠，他把大部分的时间都耗费在四处搜刮财富和个人的纵情娱乐上，全然忽视了国内已经持续发酵的不满情绪。
弗里德里希还在对外国援助抱有很大的期待，却不知道由于形势的变化，原来加入联盟的成员已经变了心思。出于对皇帝势力的害怕，有的联盟成员开始宣誓效忠皇帝了。萨克森选侯邦和黑森-达姆斯塔特现在已经加入了皇帝的阵营，同时这样做的还有下奥地利。本来波希米亚人是打算从这里对皇帝发动一次猛烈进攻的，现在一切都成了泡影。在与皇帝签署停战协定后，贝特伦·加博尔退出了。丹麦在维也纳宫廷的游说下保持了中立，瑞典和荷兰正分别忙于对付波兰、西班牙，根本抽不出兵力来帮忙。威尼斯、萨伏依以及英国，都没有伸出援手。短短几个月的时间，弗里德里希只看到朋友们陆续离开，他的希望就这样成了泡影。
皇帝和天主教同盟的兵力在马克西米利安的率领下，集结在多瑙沃尔特。在安斯巴赫马克伯爵的率领下，新教联盟方的军队聚集在乌尔姆。双方虎视眈眈，眼看一场具有决定性的战役即将打响，这场战役将结束长期的纷争局面，给纷乱的宗教关系画上一个句号。可是谁也没有想到，法国在这时意外地提出了调停的建议，终结了这场即将爆发的大战，双方分别撤军离开。
法国此时的国内局势也发生了较大的变化，亨利不再领导内阁，他的治国方式也越来越不符合国内的实际。喀尔文教派势力的扩张是法国特别担心的，所以法国不愿意看到坐上波希米亚王位的是普法尔茨王室家族。在国内，法国正忙于处理同喀尔文教徒的纷争，万一处理不当，胡格诺派秘密团体将成为下一个大麻烦，只有尽快将波希米亚的新教秘密团体镇压下去，才能保证国内政治局势的稳定。对于新旧两教即将爆发的大战，法国愿意出面调停，以便使皇帝能够腾出手来对付波希米亚人。实际上，两个教派也乐于接受和平的结局。法国的及时出面化解了一场灾难，给新旧两派一个缓和的机会。和约中有一款规定：“新教联盟可以参与波希米亚的争执，但要适当限制向弗里德里希五世提供的援助，特别是不能扩展到他的普法尔茨诸领地。”这对新教联盟而言是耻辱和不公的，马克西米利安极力劝说新教联盟接受和解。
法国的调停，令波希米亚人陷入四面楚歌的境地，现在整个巴伐利亚和天主教同盟的势力都是反对他们的。明天将会在哪里，波希米亚人一点也不清楚。上奥地利等级会议对马克西米利安的突然出兵备感惊愕，这是他们无论如何也没有预料到的。惊诧之余，为了自身的利益着想，他们只好迅速无条件地宣誓效忠，并将布阔伊伯爵的尼德兰部队交与马克西米利安。在兵力增加到五万人之后，皇帝和巴伐利亚联军采用快速作战的方式，拿下一个又一个城市，驱散了波希米亚骑兵中队，快速向波希米亚地区挺进。有一些沿途的城市为了免受可能遭遇的惩罚，未加任何抵抗便将城市献了出来，联军所向披靡，无可阻挡。波希米亚军队在克里斯蒂安·冯·安哈尔特侯爵的指挥下，只能一退再退，最终在布拉格的近处安营扎寨。很快，马克西米利安的部队就赶了过来，双方在布拉格的城墙外展开了对峙。
弗里德里希仓皇而逃
弗里德里希的军队装备很差，在与马克西米利安公爵的作战中，根本就抵挡不住对方的快速进攻，所以一败再败。这时，他不足三万人的兵力根本无法抵挡，即便加上贝特伦·加博尔一万人的匈牙利队伍和冯·安哈尔特侯爵八千人的援兵，总兵力也处于劣势。他本来还打算从劳西茨和西里西亚那里得到增援，但萨克森选侯对劳西茨的进攻使他的希望落了空。奥地利和贝特伦·加博尔都按兵不动，弗里德里希想从这里得到援助的可能已经为零。现在，他已经被新教联盟所出卖，唯一的资本只剩下波希米亚了。可波希米亚人又不是能依靠的，他们缺乏意志和勇气，内部也不团结，由于缺衣少食，士兵们缺乏斗志、纪律涣散，引起了百姓的痛恨，贵族们也没有了热情。在军营里，弗里德里希想方设法地去鼓舞士兵的斗志，但也没有取得什么效果。
白山距离布拉格不远，是这次战争的主战场。战争伊始，安哈尔特亲王率领的波西米亚骑兵部队还取得了一些胜利，但由于实力过于悬殊，他们很快就将主动权还给了对方。在巴伐利亚人和瓦龙人的强大攻势面前，首先逃跑的是匈牙利的骑兵部队，紧随其后的是波希米亚步兵。皇帝和天主教同盟以不过数百人的兵力，在短短一个小时内就战胜了四千波希米亚人，并缴获了弗里德里希整个炮兵部队所拥有的十门大炮，取得了决定性的胜利。
城外士兵们正在浴血奋战，城内弗里德里希却在设宴款待客人。听到战败的消息后，他急忙向马克西米利安公爵要求停战二十四小时，得到马克西米利安公爵同意给八小时的回复后，弗里德里希利用这段时间，带领自己的家人和亲信匆匆出逃，甚至连皇冠都忘了带。他还不忘自我解嘲，说只有这样的经历才能更好地认识自己。本来波希米亚人还是有胜利的可能的，疾病、饥饿和寒冷的气候都会对敌人带来不小的麻烦，贝特伦·加博尔也表示将尽快提供援助。但弗里德里希的仓皇出逃，让一切的可能彻底消失，布拉格不可避免地沦为敌人的领地。
弗里德里希之所以逃跑，也是害怕万一战败，反复无常的波希米亚人会给他严厉的处罚，所以与其待在宫殿内等候审判，还不如脚底抹油溜之大吉。他在布勒斯劳稍作停留后，便逃向了勃兰登堡选侯的宫廷，最终在荷兰找到避难处。
布拉格战败投降后，其他城市也纷纷效仿，整个波希米亚都俯首称臣了。战胜者将叛乱者的首领押上了断头台，许多民众遭到逮捕并被杀害，他们的财富也被没收。更严重的是，斐迪南将所有新教的传教士驱逐出境，大诏书被他亲手撕毁了，新教在波希米亚王国再无生存空间了。战争的胜利远远超过了斐迪南的预期，他不但拥有了更广阔的领地，而且摆脱了大诏书对他君权的限制，拥有了更大的权力。现在，他掌握着整个德意志的命运，他的一举一动都关系着成千上万人的幸福和苦难，这在以前是从未有过的事情。