格拉茨的安全现在很难保障，斐迪南·冯·格拉茨自己静静地等待着暴乱的到来，并安排他的孩子前往蒂罗尔避难。他的手下并没有多少有战斗力的士兵，更何况现在这些士兵由于缺乏食物和金钱，根本不愿意为他卖命。实际上，对于可能出现的长时间围困，维也纳并没有做好准备。维也纳城中，新教徒们也按捺不住内心的激动，他们摩拳擦掌，随时准备加盟到波希米亚人的运动中去。大家发现，修道院里封锁着大公爵，他的邦国也是四分五裂，明处暗处的敌人都站了出来，向他发起猛烈的进攻，皇帝的城堡终于遭到了枪炮的袭击。斐迪南在自己的房间遭到了16名奥地利男爵的责难，他们要求他同意与波希米亚人组成邦联，并且立刻签字。
斐迪南的本来愿望是打算成为神圣的罗马帝国皇帝。没想到还没有实现愿望，却先要在这里遭受考验。在这种可怕的境地下，他除了选择屈服或者逃跑，实在是没有别的办法了。天主教士们给出的建议是屈服，而他的伙伴们则劝他逃跑，以图东山再起。他不愿意将维也纳拱手交给自己的敌人，因为一旦失去维也纳，就相当于失去了奥地利，失去了皇位。因此，斐迪南想继续待在他的都城。皇宫里男爵们和斐迪南还在继续纠缠，城堡广场上的军号声突然传来。人们纷纷传言，大家都在逃往屠尔恩营地。达皮埃尔骑兵团的到来，在这个危机的时刻改变了维也纳城中的局势。他们是来保卫大公爵的，紧随他们之后的是一支步兵部队。局势的变化给了天主教市民强大的鼓舞，就连学生们也受到了感染，他们重新拿起了武器，拾起了勇气。在布德韦斯，在彻底击垮曼斯费尔德伯爵后，尼德兰将军布阔伊乘胜向布拉格挺进。波希米亚人赶紧撤军，赶回去支援首都。就这样，他们对维也纳的包围被意外事件解除了，斐迪南得到拯救。
通往法兰克福的道路在战争刚开始时被叛乱者封锁了，现在又重新开放了，这对斐迪南而言十分重要。因为如果他想参加皇帝选举登上德意志王位的话，必须经过这一地区。实际上，如果能够被任命为皇帝，那么就相当于认可了他之前的所作所为，是对他个人和事业的一种肯定，他也有可能得到更多的外部援助。斐迪南是西班牙和耶稣会会士的忠实守护者，不应该再让他登上王位。为了阻止他，人们从马蒂亚斯统治时就建议将德意志王冠授予巴伐利亚公爵。巴伐利亚拒绝后，人们又建议授予萨伏依公爵。不过在随后的细谈中，由于未能达成一致，这件事就暂时搁置下来。现在，为了阻止斐迪南的计划，新教联盟成员详细地向萨克森选侯邦讲明利害关系，希望他们明白斐迪南和西班牙非比一般的关系，以及可能给新教教宗、帝国宪法带来的极大威胁。他们发出警告，德意志将在斐迪南出任皇帝后陷入个人利益的纷争之中，波希米亚人将会和德意志人展开殊死较量。尽管新教徒们费尽了心机，却没有收到任何效果，斐迪南还是在如期举行的选举中成为波希米亚的合法国王。波希米亚等级会议一再抗议，但由于三个教会和萨克森选侯的赞成票，加上勃兰登堡选侯未投反对票，斐迪南获得的选票还是合法的，很快在1619年他被加冕为皇帝。斐迪南认为人们将他加冕为皇帝的原因，就是想让他失去在波希米亚的一切，所以可以说他得到了皇位，但同时也失去了王位和很多财产。
重选波希米亚国王
在此期间，斐迪南可以说是众叛亲离，几乎所有的德意志世袭领地都和波希米亚联合起来了。帝国大会于1619年8月17日举行，会上人们控诉皇帝的暴行，包括滥用武力、纵容外国侵略、出让国土给西班牙，指责他是波希米亚宗教和自由的敌人，完全不应该继续赖在王位上，现在有必要抓紧进行新的选举。可选举谁也是比较麻烦的问题，新教徒们的提议自然不能让天主教得到被选举权，而新教内部也是钩心斗角，并不团结，所以一时间想选举出新教国王是不现实的。最终，凭借精密细致和积极的活动，喀尔文派教徒战胜了路德宗教徒，尽管后者在人数上占据优势。
在所有的候选人中，显然没有一个人能够平衡所有的关系和利益，博得各方的一致认可，唯一一个具有相对优势的，就是普法尔茨的弗里德里希五世选侯了。他为人忠厚慷慨，富有自由精神，是新教联盟的领军人物。同时，他也是大不列颠国王的女婿，肯定会得到对方的支持。在与巴伐利亚的关系上，他也有先天的优势，由于与巴伐利亚公爵的近亲关系，他肯定能够确保波希米亚的安全。因此，波希米亚人最有理由信赖他。喀尔文教派充分利用了弗里德里希所具备的这些优势，赢得了这场选举。在一片祈祷和欢呼声中，弗里德里希五世在布拉格的王国议会上被正式选举为波希米亚国王。
面对突如其来的王冠，弗里德里希有些意外，又有些惊喜。他突然意识到自己既要面临巨大的幸福，也将要承担起重大的责任。他自己并不是十分自信，需要借助外部对他的评价来审视自己。萨克森和巴伐利亚分别向他提出建议，告诉他说他的计划已经超过了他的可控范围，应该趁早收手，不然只能越陷越深。他的岳父英格兰国王雅各布宁说得更加直白，告诉他在被剥夺王位和国王的神圣尊严受到损害之间，他宁愿选择前者。尽管周边都是劝谏的声音，但在巨大利益的诱惑下，他哪里还能保持清醒。人们将他选为首领，自然是希望他带领这个强大的民族去收获自由和荣誉，去开创属于这个时代的丰功伟绩。在这种情况下，难道他还能说自己不敢承担这样的责任吗？他又哪里敢背叛宗教和自由？再者，他的信心还来自敌人的软弱。一切的一切，都令他信心倍增。
在他看来，他将会以微小的代价，收获巨大的成功。他的身边也全是希望他勇往直前的声音。事实上，他应该冷静深刻地思考，可惜他身边没有这样的直谏之士。在所有普法尔茨臣民看来，君主就应该扩张自己的势力，这样臣民们既有面子，也能得到实际利益。在顾问们花言巧语的鼓动下，一个本性软弱的人不知道自己的实力如何，也不知道自己有多大的谋略和力量，更不知道敌人的势力究竟有多大。从宫廷宣教士，到他的情人，都在向他灌输这样不切实际的思想。
弗里德里希就这样稀里糊涂地戴上了波希米亚王冠，并在布拉格举行了豪华盛大的加冕仪式。宗教改革在这个地区取得了初步的成功，人们兴奋不已。整个波希米亚成为了欢乐的海洋，人们尽情地庆贺弗里德里希的登基，也庆贺新教的胜利。弗里德里希的国王地位，也得到了荷兰、丹麦、威尼斯、瑞典以及众多的德意志邦国的一致认可。弗里德里希更是兴奋不已，他打算在这个王位上坚守下去，有所作为。
贝特伦·加博尔侯爵来自西本彪根，是奥地利和天主教教会可怕的敌人。对于自己的侯爵封地，他并不满足，总希望能够抓住机会进行扩张，同时在扩张中沉重打击那些拒绝承认他为西本彪根主人的奥地利亲王们。因为这些原因，弗里德里希对贝特伦·加博尔侯爵寄予很大的希望。现在加博尔和波希米亚叛乱者在首都面前会合，准备向匈牙利和奥地利发动联合进攻。贝特伦·加博尔善于伪装，别人还并不知道他的真正意图。到了上匈牙利，他突然一反常态，扮演起了敌人的角色。很快，匈牙利王冠被他在普雷斯堡收入囊中。紧接着他又命令布阔伊将军火速增援，将皇帝的军队赶出了维也纳。维也纳第二次被波希米亚军队围困，这支军队现在实力强大，拥有兵力一万两千人，主要来自于西本彪根和贝特伦·加博尔的部队。眼看维也纳已经快要成为一片废墟，没想到天公作美，突然降临的严寒给波希米亚军队的后勤带来了巨大压力，士兵们缺衣少食，根本抵抗不了寒冷的天气，不得不撤出维也纳，而贝特伦·加博尔也需要去匈牙利支援，所以也得撤军。就这样，斐迪南侥幸地又逃过一劫。