城外士兵们正在浴血奋战，城内弗里德里希却在设宴款待客人。听到战败的消息后，他急忙向马克西米利安公爵要求停战二十四小时，得到马克西米利安公爵同意给八小时的回复后，弗里德里希利用这段时间，带领自己的家人和亲信匆匆出逃，甚至连皇冠都忘了带。
波希米亚起义
马尔蒂尼茨和斯拉瓦塔的命运从此彻底改变了。愤怒的人们在1618年5月23日冲进王宫，把正在大厅里聚会的马尔蒂尼茨、斯拉瓦塔、罗伯柯维茨和施特恩贝格总督抓了个正着。人们将他们几个围在那里，严厉地拷问他们是否参与了撰写皇帝的回信，是否反对新教徒的行为。施特恩贝格和罗伯柯维茨说话的态度较好，得到了人们的宽恕，随后被架出了大厅。态度蛮横的马尔蒂尼茨和斯拉瓦塔却没有这样的好命运，人们将他们从八十英尺高的窗户中扔了出去，重重地落在王宫的壕沟里。愤怒未平的人们觉得还不解恨，紧接着又把他俩的秘书法布里丘斯扔了出去。对于这样的处理方式，大家在稍感意外之余，更觉得比较公平。被扔出的几个人幸运地掉在粪堆上，狼狈不堪地捡回了一条性命。
事情才刚刚开始，屠尔恩伯爵希望能把事情闹得更大，最好发展到不可收拾的地步，这样人们就没有任何回旋和后悔的余地了。对于这种暴行，等级会议最开始是认同的，现在却被逼到了毫无退路的地步。暴力一旦毫无约束地开始，那么只能通过更大的暴力行为来调解。他们认为，有必要采取一系列的行动，以便维护皇家的政权和法律。在这种思想的指导下，他们先是任命了三十个人负责领导这场起义，并要求波希米亚人们团结起来，共同为这次起义负责。政府机构和征收的税款也被他们抢占而去。随后，他们指责耶稣会会士是所有事件的罪魁祸首，并将他们强制驱逐出去。
波希米亚起义的消息传到了皇宫，并没有引起多么大的轰动。该如何对待这次起义事件，马蒂亚斯皇帝犹豫不决。的确，在他起义夺权时他是很果敢的，可现在随着角色的变换，改变了他思考问题的方式，他原有的勇气也荡然无存了。面对首先武装起来的波希米亚的反叛者，按理说他应该立即出兵平叛。可如果他真的这样做了，只会更加激怒新教徒们。出于共同利益的考虑，新教徒们必将团结起来一致反抗他的统治。他自然不愿意输掉战争，可即便是他赢了，结果也无非是自己的领土上硝烟弥漫，一片荒凉，白白耗费大量的资源。因此，无论最后战争的结果如何，他都将是最大的受害者。
不是谁都能站在皇帝的角度思考问题，所以皇帝和他的顾问打算采取和平方式解决问题的想法不可能得到普遍的赞同。大公爵斐迪南·冯·格拉茨的想法就很有代表性，他认为新教徒无视法律，是暴乱的发动者，希望皇帝能够对新教徒采取武力行动。以前，正是由于历任皇帝对等级会议的纵容，助长了新教徒的目无法治，他们的反抗也将步步升级，直到将皇权彻底颠覆。当下只有武力才是最好的解决办法，否则大家都将陷入危险的境地。天主教信仰的安全需要建立在对新教徒武力打压的基础之上。通过战争，可以给新教徒、邦等级会议以深刻的教训，使他们学会遵纪守法。因此，放弃战争的想法是错误的。
由于皇帝未做任何令新教徒担忧的事，波希米亚新教徒针对的并不是皇帝本人，而是皇帝的继承人。在皇帝面前，他们起码还愿意保持一种表面上的顺从。他们拿起武器，只是为了阻止皇帝的继承人登上波希米亚的王位。
最终，波希米亚人还是拿起了武器，他们的军备是由西班牙出资援助的，另外，西班牙还从意大利和尼德兰派兵予以协助。军队的总司令是尼德兰人布阔伊伯爵，负责指挥的则是达皮埃尔伯爵。皇帝赶紧写了一封信，希望能缓解当前的局势，在信中他表明，自己尊重大诏书，也尊重他们的宗教和特权，绝不愿看到兵戎相见的场面。在波希米亚民族放下武器的前提下，他愿意进行和谈。可惜这封信并没有被大家看到。叛乱者的首领们将它隐匿下来，并四处散布新教徒将要遭到屠杀的谣言。形势一下子紧张起来，很多城市都加入到暴动的行列中。克鲁莫、布德韦斯和比尔森这三个城市，由于天主教徒占多数，成为少有的没有参与暴动的城市，皇帝的兵力可以随时借道于此进入波希米亚。屠尔恩伯爵对此十分担心，不愿让这么重要的三个城市落入敌人之手。他先是突然出现在克鲁莫城前，用惊吓的手段征服了这个城市。当他用同样的手段对付布德韦斯城市时，却遭到了顽强的反击。
现在皇帝也开始认真地思考对策了，他派出两支部队，分别由布阔伊和达皮埃尔率领，开进波希米亚地区。军队在前往布拉格的道路上，到处都是反抗者制造的困难和障碍，这远远超过了他们的预料。军队中匈牙利人和瓦龙人的放纵行为，也严重影响了军心的稳定。好不容易部队抵达波希米亚，这时皇帝还没有放弃和谈的念头，他再次表态愿意与叛乱者握手言和。此时，摩拉维亚的等级会议也赶来支持，曼斯费尔德伯爵也从德意志率兵前来支援，这给了叛乱者很大的信心，他们自然更不愿意和谈了。
对于发生在波希米亚的一系列事件，福音新教联盟是十分关注的，他们也需要反对旧有宗教，争取自己的宗教自由权。透过波希米亚事件，他们也看到了自己的未来，他们盼望能够给叛乱者提供一些帮助，以支持这一德意志的联盟最神圣的事业。很快，这个机会就来了。
功勋卓着的奥地利臣仆恩斯特·冯·曼斯费尔德之子，彼得-恩斯特·冯·曼斯费尔德伯爵也是战功赫赫，他曾经率领西班牙军队在尼德兰连连告捷，也曾为了反对新教宗在于利希和阿尔萨斯激战。这样一个常胜将军，却在向申请补偿他战争时期的花费时碰了一鼻子灰，这使他心灰意冷，不久后便投靠了福音新教联盟。恰好此时新教联盟的同盟者萨伏依公爵需要武力支援，便把新占领的地区让给了曼斯费尔德伯爵。萨伏依公爵负责提供军费，帮助曼斯费尔德在德意志兰建立了一支四千人的军队。当战火在波希米亚熊熊燃烧时，萨伏依公爵将这支军队交由福音新教联盟使用。这支军队在曼斯费尔德伯爵的带领下，浩浩荡荡地开进波希米亚王国，并按照波希米亚的编号职制，这样人们就看不出这支军队的真正来源。
曼斯费尔德先是占领了比尔森，在波希米亚有了立足之地。同样赶来支援的还有一支西里西亚的等级会议派来的军队。有了新生力量的加盟，叛乱者的士气更加高涨，对于未来的信心更加充足。有人向皇帝建议赶紧再次提出和解，实在不行的话让萨克森出面调解也行，但皇帝还没来得及采纳人们的建议便离开了皇位，谈判的计划再次夭折。
马蒂亚斯的让位
当时马蒂亚斯推翻了他的前任登上了皇位，人们对他抱有很大的期望。通过不光彩的手段，他夺取了鲁道夫二世的皇位，在任的几年也谈不上称职，几乎没有获得什么荣誉，可以说他是碌碌无为的一个人。更要命的是，皇帝的自由权利在他的手中一点点削弱。等级会议扩大了权力后，皇帝多少还拥有一点主动权，可他又被男系宗亲紧紧束缚着，到最后连这点权利也没有了。他体弱多病，而且膝下无子，留下一堆烂摊子不知道该怎么收拾。对有政治抱负的人而言，此时恰好是一个绝佳的建功立业的机会。
奥地利的德意志王室的执政世系在马蒂亚斯执政时期已近灭绝。阿尔布雷希特大公爵是马克西米利安所有儿子中唯一生活在尼德兰的，可是他体弱多病，下无子嗣，不得不把继承权转让给格拉茨世系。与此同时，在一份秘密的保证书中，西班牙王室家族也放弃了对奥地利领地的所有权利。这对施泰尔马克的大公爵斐迪南而言，无疑是天大的好消息。在德意志新增一个旁系的哈布斯堡族系将有可能恢复往日的辉煌。
斐迪南二世的母亲是巴伐利亚公主，他的父亲是皇帝马克西米利安二世的弟弟卡尔大公爵。他幼时丧父，12岁时便没了父亲。他的母亲只好将他交给他舅舅——威廉公爵照看。为了让他接受到良好的教育，威廉公爵将他送到英戈尔斯塔特学院。在那里，他接受了耶稣会会士的教育和授业，成了一个虔诚的稣会会士，自然对新教有着非比寻常的仇视，他的教育背景决定了他是绝对不愿意看到对新教教宗采取容忍态度的。现在，他就好比是一个坚强的斗士，准备随时拿起神圣的武器扞卫旧有宗教的权威。在巴伐利亚待了五年之后，他前往管理世袭领地——克赖因、克恩滕和施泰尔马克。在这里，他坚决地拒绝了等级会议要求获得宗教自由权的请求。他告诉他们，宣誓效忠不应该有什么附加条件，必须是无条件的，特别是与宗教自由毫不相干。等级会议只得无条件地宣誓效忠。
斐迪南二世想把新教从占优势的地区驱逐出去，这符合他的信仰。他还想将邦国内贵族骑士等级的特权合法化，这是他父亲曾经的承诺。这样做的影响将会十分巨大，而且一旦这么做了，就不可能再走回头路。身为一名虔诚的耶稣会弟子，斐迪南二世不怕任何困难。更何况，施泰尔马克等级会议曾经滥用宗教自由，引起了人们的不满，帝国等级会议在他们的邦国执行宗教改革权也没有受到抗议，这均从侧面证明了暴力行动的合法性。理性和公正法则已经被人们所抛弃，在采取这种不公正行动时，斐迪南的坚强和勇气实在是令人惊讶、令人称道。在一个又一个的城市里，他不遗余力地使用残酷的手段镇压新教，只用了几年时间便完成了这项非常危险的工作，整个德意志都对此感到十分惊讶。
斐迪南的行为得到了天主教徒的热烈拥护，他也被视为整个教会的英雄和骑士，受到人们的崇拜。但在新教徒眼中，早已把他当作最危险的敌人。新教徒们抓紧武装自己，以免遭到不测。可即便如此，在波希米亚和奥地利的一些选举邦国，人们最开始并没有怎么反对马蒂亚斯传位给斐迪南的请求，人们打算接受他成为新的国王。但是人们没有想到的是，斐迪南的政治主张并不利于他们的利益。特别是斐迪南与西班牙签订的一个秘密家族条约，使人们恐惧和害怕的情绪彻底成了愤怒。该条约规定，斐迪南同意在男性继承人死后由西班牙管理波希米亚王国，这个约定不但没有尊重波希米亚王位的自由选举权，更没有听取民族的意见。事已至此，人们发现斐迪南将对皇帝的政府产生非常糟糕的影响，纷纷开始忧虑起来。本来就有很多新教徒对斐迪南在施泰尔马克的宗教改革心怀不满，现在他们在波希米亚掀起了新的反抗浪潮。一些斯泰尔马克人在流亡到波希米亚之后，更是四处制造混乱。在波希米亚民族如此敌对情绪的历史背景下，斐迪南从马蒂亚斯皇帝手中接过皇权，开始了他的统治。
陷入困境的斐迪南
在如此糟糕的政治环境下，王位候选人与这个地区的关系实在难以好转。由于有外部的支援和内部的团结一致，波希米亚民族手握武器，热情高涨，信心十足。等级会议更是宣称要进行自由的选举，对已经转让给斐迪南的权力有些反悔，事情的发展已经远远超出了和平解决的范畴。斐迪南通往波希米亚王位的道路，只有两种可能：一是收买波希米亚人，满足他们的欲望；二是拿起武器，用暴力夺得政权。现在看来，只能走第二条道路了。
要想征服波希米亚人，只靠自己的力量还有些不够，他需要借助外部的帮助。但放眼四周，似乎也没什么好的援手。早已卷入波希米亚起义之中的西里西亚无暇提供帮助，摩拉维亚的情况也是这样，民心涣散的上奥地利和下奥地利，连一个愿意效忠的邦等级会议也没有，更是指望不上了。贝特伦·加博尔侯爵在西本彪根正筹划对匈牙利的攻击，土耳其人也忙于壮大军备攻击东部的省份。在斐迪南父亲的世袭邦国中，新教徒不但在人数上占有优势，而且还有独立的收入，可现在斐迪南不得不与他们开战了。国内的种种势力都心怀鬼胎地观望着这场战争。叛乱者们甚至得到了半个德意志的支持，而斐迪南的支持者——西班牙援军还处在遥远的邦国，远水救不了近火。这场战争，既可能成就斐迪南的一切，也可能毁了他的一切。
形势已然如此，即使这会儿斐迪南向波希米亚叛乱者提出和平的建议，估计也不会得到他们的同意。当摩拉维亚省对投靠哪一方还在犹豫不决时，屠尔恩伯爵已经率领着一支军队赶到这里，逼迫这个省尽快做出决定。摩拉维亚的新教徒在看到外援的出现后，再也难掩内心的躁动，他们开始发动叛乱。在各个地方，暴乱如燎原之势不可阻挡。对从其他地方乘胜赶来的叛乱者，上奥地利的新教徒热烈欢迎，他们认为所有的基督教会应享有平等的权利，宗教不应该有区别。有人传言外来族民也参与到镇压波希米亚人的行动中，结果这些外来者遭到人们的疯狂搜寻。叛乱者们在维也纳四周安营扎寨，将他们的君主紧紧包围。