法国人的计划是非常完美的，可他们万万没有想到，当他们刚刚赶到阿尔萨斯时，早已有一支德意志联邦军队恭候在那里。德意志人这次以速度取胜，并且还提前赶走了在这一地区集结起来的奥地利军队。智者千虑，必有一失。这个计划本身是没有什么不妥的，问题主要出在计划的执行者身上。亨利四世所依仗的还是德意志的诸侯们，要想让这些野心勃勃的政治家们忠实地执行这个计划，无疑是相当于让强盗们去做慈善活动。他们个个都是有备而来，希望能够利用这个机会好好地捞上一笔，好扩张自己的实力。在这样的动机指导下，他们的行为可以说是肆无忌惮，随意征税、巧取豪夺简直成了家常便饭。看来以暴制暴真的不是解决问题的好办法，只有尊重秩序的人才有可能平暴安良。
联盟的恶劣行为激起了社会的普遍不满。感到愤怒的群体中，甚至有不少福音新教等级人员。天主教徒不但十分愤怒，而且害怕万分。现在的皇帝不能给他们一点安全感，所以皇帝的威信也一落千丈。天主教徒们只能团结起来，组成新的同盟，与联盟者再次对抗。这一幕，恰恰是联盟者最不愿意看到的，他们必定要想方设法予以阻止。
为了和福音新教联盟有所区别，武尔茨堡主教倡议建立一个天主教同盟，这样就可以显示出两者的区别。天主教同盟的首领是巴伐利亚公爵马克西米利安，成员中绝大多数都是主教。首领巴伐利亚公爵马克西米利安享有远远大于新教联盟首领的权力，掌管着整个同盟的武装力量，他也是天主教同盟中唯一一名世俗成员。相对于联盟而言，同盟的优点是决断果敢、行动迅速、意志坚定，而且他们的经济来源主要是富有的高级教士，远远胜于新教联盟所依赖的贫穷的福音新教各等级。天主教同盟成立前，并没有提前向皇帝报告，似乎是在一夜之间突然崛起一样。同盟的实力也十分强大，拥有自己的武装力量，以消灭新教联盟为目的，将矛头对准了新教联盟。虽然他们是为奥地利而战，但是时间一长，奥地利对其也有所忌惮了。
一开始，新教联盟的优势十分明显，他们占领了整个斯特拉斯堡主教辖区，并将于利希围个水泄不通。但是，法军的撤退令他们措手不及。由于法国国内并不愿负担这场战争的费用，法军的军费基本已经耗尽。结盟的帝国城市只是一味地在付出，却没有收到任何回报，因此深感恼火。
当新教联盟由于军费短缺而陷入困境时，天主教同盟却以一种全新的姿态呈现在世人的面前，现在轮到新教联盟惊恐万分了。为了防止发生意外，他们马上表态愿意进行和谈。很快他们与莱奥波德大公爵达成一致，约定对往事不再追究责任，彼此从阿尔萨斯撤军，并释放俘虏。现在形势已经发生了根本性的逆转，轮到天主教同盟发号施令了。他们用以前新教联盟对待自己的方式，揭发新教联盟的罪行，并要求他们对战争中的损失进行弥补。眼见大势已去，新教联盟不得不忍辱负重，除了祈求和谈，似乎没有什么更好的办法。令他们感到欣慰的是，起码和谈还取得了不错的效果。由于他们承诺补偿战争的损失，天主教倒没有赶尽杀绝。双方均放下了武器，避免了更大规模的战争发生，所以尽管在波希米亚爆发了剥夺皇帝最后一块世袭领地的起义，但这两个宗教派别都没有参与到其中。
新皇帝的登基
皇帝在1612年去世，悼念他的人却没有多少。选取皇位的继承人成了最为紧迫的问题。令人感到意外的是，登上皇位的却是马蒂亚斯，他竟然得到了天主教和新教徒的一致支持。仔细想想，这倒也没有什么奇怪。天主教徒们对其抱有很大的希望，而新教徒则认为他年老体衰，对自己的威胁最小。
新皇登基，总是会给人们带来无限的希望。因此，皇帝的日子肯定也好不到哪里。在第一届帝国议会上，各个阶层相继提出自己的要求，希望皇帝能够同意。只有具备全新的创造力，才能从容应付这样纷杂的局面。马蒂亚斯曾经和帝国各等级打过交道，其实质不过是投桃报李的利益交换罢了，现在这几乎成了他们的交往模式。
马蒂亚斯求助于奥地利和摩拉维亚新教各等级的庇护，帮助自己的兄弟登上王位。这令他十分高兴，却忽视了这样做的同时，等于帮助等级会议开辟了为其君主立法的道路。新教徒们利用朝拜他的机会，要求恢复不受限制的宗教自由权，使新教徒和天主教徒享受同样的权力，否则将不再宣誓效忠。实际上，这种自由已经开始泛滥了，有的城市连曾经被明令取缔的福音新教礼拜仪式也自行恢复了。马蒂亚斯虽然十分不愿，但还是不愿激起人们的不满。他指出根据世袭权利，宣誓效忠不应该附加任何条件。等级议会认为无条件宣誓效忠是不妥当的，为防止受到武力强迫，他们有的人离开了首都，不但四处呼吁天主教各等级采取类似的反抗行动，还打算以建立军队的方式维护自身的利益。
匈牙利人提出的要求实际上要高得更多，但匈牙利共和宪法中规定，等级议会具有当面提出要求的权利，所以马蒂亚斯毫不犹豫地答应了。在整个天主教世界看来，他对匈牙利等级会议的迁就是合情合理的。德意志的情况则有些特殊。马蒂亚斯的前任们拥有最高的统治权，现在他不能坏了传统，否则不但整个天主教会辱骂他，天主教臣民们也将鄙视他，所以他不能拱手让权。他的幕僚们也十分支持他的选择，表态说宁愿被武力夺走所有的权利，也不能和平地进行一点点让步。
但不幸的是，鲁道夫皇帝目击了马蒂亚斯陷入尴尬处境的整个过程，并准备打击马蒂亚斯。恰好此时摩拉维亚邦等级会议提出了充当调停人的建议，为逃过一劫，马蒂亚斯同意其调解他和奥地利之间的矛盾。在调停人的撮合下，双方在维也纳举行了谈判。奥地利代表的要求可谓是一鸣惊人，他们要求在他们祖国享有天主教徒差不多的权利。现在，马蒂亚斯利用他的势力，通过新教贵族逼迫鲁道夫皇帝做出让步，同意了新教徒的要求。有鉴于此，马蒂亚斯实在不愿意步鲁道夫的后尘，毕竟宗教信仰没有现实统治重要。但是调解也不是一帆风顺，摩拉维亚等级会议并没有尽到调解的责任，而新教联盟的固执要求也不利于调解的顺利进行，被逼上绝境的马蒂亚斯迫于无奈，同意了那份有利于福音新教徒的声明。
新教帝国与皇帝间的斗争
德意志兰的新教帝国等级现在开始学习奥地利邦等级会议对他们大公的方式，并取得了明显的成效。1613年，第一届帝国议会在累根斯堡召开。会议本打算处理最紧要的事务——筹措战争必要的款项，支持对土耳其的战争和反对西本彪根贝特伦·加博尔侯爵的战争。但谁也没有想到，新教徒们提出的要求改变了会议的进程。新教徒们除了提出享有与天主教徒的同等权利，还要求停止迫害新教徒，对帝国王家枢密院的专横司法权提出了抗议。他们明确表示，如果他们的上述要求得不到满足，将全部缺席集体讨论。新教徒这么做也是迫于无奈。在诸侯委员会中，占据多数的还是天主教徒。投票的最终结果是按照少数服从多数的原则决定的，即便新教徒们再团结一致，但由于人数上的劣势，他们无法左右投票结果。如果他们的席位占优，那么显然不会采用这样的方式。
马蒂亚斯面临着左右两难的尴尬处境，他的父亲马克西米利安善于应付这种局面，而他却没有这样的政治头脑。一旦他对其中一方做出承诺，就一定会失去另一方的支持。现在如果不能拿出妥善的处理意见，不但帝国议会将从此走向分裂，他的处境也将是岌岌可危的。这是他不愿意看到的。新教徒们步步紧逼，这令在世袭领地里没有牢固基础的皇帝焦头烂额。而整个天主教世界也将目光汇集在他身上，天主教各等级、罗马与西班牙宫廷也传话过来，要求他不能损害天主教的利益。天主教徒们看到皇帝犹豫不决，便告诉皇帝他们是一损俱损、一荣俱荣的共生关系，是绝对不会任凭皇帝的威望下降的。为了进一步鼓舞皇帝的士气，他们详细讲解了天主教同盟的实力以及可能采取的辅助手段。听说具有这样强大的靠山，皇帝也觉得腰杆硬气了不少，断然拒绝了福音新教徒的要求，匆匆结束了还没有做出任何决定的帝国议会。但马蒂亚斯万万没有想到的是，当新教徒拒绝为他提供金钱资助时，天主教徒并没有像之前承诺的那样提供支持，反而是按兵不动，这场争执的唯一牺牲品不过是他自己罢了。
于利希继承权的争执还在继续，但一个纯属偶然的事件给整个局面带来了转机。本来这块公爵领地的占领者是勃兰登堡选侯家族和诺伊堡的普法尔茨伯爵，两家甚至还要联姻。但勃兰登堡选侯在酒后打了他的准女婿——诺伊堡亲王一记耳光，这下可好，一巴掌打散了两大家族的和睦关系。诺伊堡亲王转而投向教廷一方，教廷将一位巴伐利亚公主嫁给他作为奖赏。现在，巴伐利亚和西班牙保护着诺伊堡普法尔茨伯爵。西班牙军队还从尼德兰调入公爵领地，希望能够让普法尔茨伯爵拥有于利希邦国。勃兰登堡选侯也毫不示弱，他不但和新教徒们打得火热，还取得了荷兰的武力支持。于是，这块公爵领地上便驻扎了西班牙和荷兰这两支心怀不轨的军队。
看来这场战争真的到了一触即发的地步。西班牙人的驻兵令新教徒们惊恐万分，而荷兰人的军队也令天主教徒们彻夜难安。似乎战争将要在西部地区爆发，谁也没有想到的是，真正引燃战火的却是东部地区的事变。
从鲁道夫二世的大诏书到马蒂亚斯执政，波西米亚地区一直都维持着安宁。后来，斐迪南·冯·格拉茨继承该王国的王位，打破了这种宁静。他是教皇统治的极端热衷者，甚至曾经在一些世袭邦国中用暴力灭绝新教教义，是波希米亚天主教眼中教会未来的领军人物。他的当政，给了天主教徒无穷的信心，天主教徒们对新教徒的态度越来越不宽容。福音新教臣民首先领教了这种滋味，对天主教徒们的肆无忌惮，他们敢怒不敢言。
在波希米亚王国拥有一处庄园地产的亨利希·马蒂亚斯·冯·屠尔恩伯爵并不是波希米亚人，但是他支持新教教义，对祖国又十分忠诚，在与土耳其人的战争中一战成名。他既有热情，但也缺乏冷静，具有极强的冒险精神。波希米亚宫廷十分信任他，不但授予他卡尔斯泰因城堡伯爵的称号，让他负责护卫波希米亚王冠和王国的自由信函，还把他视为保护人或信仰的庇护者。但这一切都随着那些控制着皇帝的贵族们对他的行为发生了变化。屠尔恩被剥夺了伯爵职位，这令他十分愤慨，激起了他的报复之心，很快这一时机就到来了。
波希米亚人曾经向鲁道夫二世索要了大诏书，但诏书中遗漏了一条重要的条款。大诏书中，仅仅规定各等级会议和一些王国城市拥有设立教会、学校及公开进行新教礼拜的权力，对其余的城市是否拥有宗教自由权，要由这些城市所属的邦等级会议决定。波希米亚的教会邦等级会议的臣民认为，参照宗教和约中的规定，他们也应该像王国城市的臣民一样拥有宗教自由权。教会财富被他们看成是王室的世袭财富。在一些地区，新教臣民擅自修建起了教堂。
根据皇帝的命令，宫廷派人拆除了新教徒们盖起的克洛斯特格拉布教堂，查封了同样属于新教徒的布劳瑙教堂，并囚禁了市民中的一些不安分子。人们认为宫廷的行为践踏了大诏书的条款，纷纷站出来反抗。屠尔恩伯爵抓住这个机会，不断刺激新教徒的情绪。来自王国所有县区的新教徒特派代表们在布拉格集会，起草了一份请愿书，要求皇帝释放所有的被捕者。皇帝毫不客气地拒绝了他们，不但斥责他们违反了法律，还偏袒他的督抚。
屠尔恩伯爵觉得现在还不足以让大家直接反对皇帝，于是不停地煽风点火，试图将局势引向不可收拾的局面。他先是谎称皇帝的回信是由布拉格的总督衙门起草的，设法让人们不满皇家督抚中宫廷总管斯拉瓦塔及卡尔斯泰因城堡伯爵的马尔蒂尼茨男爵。这两人之所以成为众矢之的，也是有原因的。以前讨论如何把大诏书写进波希米亚邦国法的时候，他俩就拒绝出席会议。二人曾经为了强迫人们加入天主教，禁止人们举行洗礼、葬礼及婚礼，还放狗逼迫新教徒做天主教弥撒，现在加上皇帝回信的事件，更是激起了人们的愤怒。