古斯塔夫·阿道夫在向德意志进军之前做了周密的安排，为了保证本土的安宁，他必须让邻居做出保证，不能骚扰瑞典边境。在出发前，他与丹麦国王以及莫斯科、波兰、荷兰、德意志宫廷达成了和平协议，还让卢卑克城和汉堡城答应先借钱给他，同时，瑞典国王还派人动员西本彪根侯爵一起向皇帝宣战。
斐迪南签署赔偿敕令及影响
斐迪南在波西米亚暴动结束后，就开始实行反宗教改革。由于福音新教等级还有一定的势力，所以反宗教改革进行得很慢，是有节制地进行的。斐迪南看到将军们在下德意志节节胜利，受到了极大的鼓舞，要将改革进行到底。于是，他发出通告，只要是在他的世袭领地，所有新教徒只有两种选择，要么放弃新教信仰，要么离开祖国。奥地利乡民怨声载道，这是多么痛苦可怕的事情。斐迪南不仅把弗里德里希从普法尔茨邦驱逐出去，而且取缔新教的礼拜，在海德贝格高级学校，教师们因为信仰新教也被赶出了学校。
这仅仅是反宗教改革的开始。选侯们在米尔豪森举行了一次聚会，天主教教徒要求把新教徒霸占的财产全部归还给他们，并且赔偿因战争带来的所有损失。斐迪南是天主教的忠实信徒，他们以为皇帝绝不会反对。但是，斐迪南还不想过于激怒整个德意志新教。对大多数新教诸侯来说，如果斐迪南听从天主教的建议，就是剥夺他们的部分领地，而诸侯的财产积累就是来源于这些领地。如果收回领地财产，绝对会激怒这些诸侯。宗教和约里也没有规定要剥夺新教教会财产，但是新教占有教会财产已经有一个世纪的时间了，在这么长时间里，前四任皇帝和法律已经允许新教徒与天主教徒在教会财产上份额相同。这些都可以作为新教徒反驳天主教徒收回教会财产的理由。假如归还这些教会财产，新教徒势必会发生暴乱，届时局面会无法收拾。此外，如果把新教从主教的位置赶下去，减少他们在帝国会议中的议席，新教诸侯将会受到巨大损失。皇帝不想在德意志战争还未结束时激怒新教徒。萨克森选侯如果联合整个新教对付自己，那后果将不堪设想。为了试探人们的反应，他就先让上德意志的一些帝国城市和符腾姆贝格公爵交出教会财产。
斐迪南的胆子越来越大，他逼迫信奉新教的马格德堡和哈尔伯斯塔特大教堂牧师们，列出新教主教辖区。瓦伦斯泰的军队占领了除马格德堡城外的两个主教辖区。在哈尔伯斯塔特的克里斯蒂安公爵恰巧去世，克里斯蒂安·威廉被马格德堡大修道院废黜，斐迪南就让一个天主教主教和自己的亲王占据了哈尔伯斯塔特的教区。为了不让更多的新教教会财产落入对方之手，马格德堡的牧师想马上把大主教的位子让给萨克森选侯之子。但教皇却让奥地利亲王做了大主教，因为他有这个权力。人们惊讶斐迪南高超的政治手腕，他能把反宗教改革和家族利益合二为一。
签订《卢卑克和约》，皇帝就放下了对丹麦的担心，天主教看起来完全击垮了德意志的新教徒，他们急不可待地想要收回教会财产。1629年，斐迪南在向四位天主教选侯征求意见之后，就签署了声名狼藉的赔偿敕令。在敕令中，他宣布皇帝拥有至高无上的权力，两大教派若发生争议，他有绝对的仲裁权，并且对模棱两可的宗教和约有最终解释权。他的这种权力是祖先留下来的，并且得到等级会议的认可。可是现在，如果萨克森选侯对奥地利表示忠诚，就意味着要损害新教的利益。宗教和约的内容模糊不清，作为天主教的皇帝，如果按照他的意愿来解释，那么他肯定会不平等地对待新教一方，这样就是对宗教和约的践踏，两大教派百年来的纷争就不能很好地解决。为保证德意志的自由，皇帝应该在两教争执的问题上置身事外。
而现在，斐迪南依据对《卢卑克和约》的最终解释权做出以下决定：取缔新教徒在和约签订之后的所有非法教会财产，这些财产必须交还给皇家专员，如有违抗者，立即逐出教会。
此外，斐迪南还列了一张单子：两个大主教辖区、12个主教辖区、众多的修道院，所有在列的地产都要被没收。这个命令震惊了所有信奉新教的德意志人，他们之前非常恐惧，害怕皇帝会毁了一切，现在看来，皇帝和天主教是想把他们一网打尽，不仅毁掉新教，也要毁掉德意志的自由。皇帝派出军队，任命专员，先迫使奥格斯堡恢复天主教的主权，并关闭城内六个新教教堂。之后，又逼迫符腾姆贝格公爵交出修道院。福音新教的帝国等级十分害怕皇帝动武，因此他们打算用和平的方式解决矛盾。作为投降条件，天主教答应缓一年执行这一敕令，但在这个缓期执行期限内，瑞典军队的胜利改变了整个事态的发展。
1630年，斐迪南亲自出席了累根斯堡选侯大会，会上对德意志的安定发展做了商讨，会议内容涉及两大教派双方各自的利益。斐迪南同意承担所有天主教同盟成员的损失，对选侯资格重新分配，并让普法尔茨领地承担起对天主教的首领义务。令人没有想到的是，皇帝启用瓦伦斯泰却破坏了他和天主教同盟的关系。之前，傲慢的巴伐利亚选侯想统治德意志，对皇帝的事情也要干涉，自从皇帝任命了新统帅瓦伦斯泰后，他就变得无足轻重。现在新统帅上任了，皇帝也忘了他以往立下的汗马功劳。骄傲自满的弗里德兰公爵——瓦伦斯泰开始嘲讽诸侯们，轻视皇帝。这让巴伐利亚选侯很不痛快，由于受到了不公平的对待，他便与法国结成联盟。皇帝实行对外扩张计划，受命的瓦伦斯泰便大肆行动起来。瓦伦斯泰利用军队向各个邦国勒索巨额钱财，天主教教徒和新教徒在反对暴行上达成了共识，愤怒的人们求救无门，他们聚集到一起涌向皇宫，皇帝对他们的控诉很诧异，他没有想到瓦伦斯泰会背着他干出这等残暴的事情，于是他立刻裁掉一万八千名骑兵。瑞典这时候正要攻打德意志，于是这些被裁掉的士兵便转身投奔瑞典部队。
诸侯对弗里德兰公爵的报复
巴伐利亚选侯抓住斐迪南偏听偏信的弱点，提出更过分的要求。诸侯们打算报复弗里德兰公爵，于是巴伐利亚选侯利用这一点，号召全国乃至西班牙人向皇帝请愿罢免瓦伦斯泰，皇帝没有料到他们会这样团结一致，他陷入了深思。当知道人们聚会是要反对自己后，瓦伦斯泰便来到累根斯堡，可是他的出行阵势过于豪华奢侈，皇帝和其他人都惊呆了。
对于人们请求罢免瓦伦斯泰的请愿，皇帝犹豫不决，他现在所拥有的都是瓦伦斯泰挣来的。如果答应人们的要求罢免瓦伦斯泰，他会失去很多，也会触怒瓦伦斯泰。可现在是他儿子继承匈牙利王国的关键时刻，需要得到选侯们特别是马克西米利安的支持，为了儿子的事业，他不得不听从巴伐利亚选侯的意见，罢免瓦伦斯泰。
法国带着君主的使命，出席了累根斯堡选侯大会，他们需要调解一场即将发生在意大利的战争。曼图亚和蒙费拉的文岑茨公爵没有继承人，留下大笔遗产便去世了，作为亲属，讷韦尔的卡尔公爵没有向皇帝请示便擅自继承了这笔遗产。皇帝准备制裁他，可是卡尔公爵认为皇帝应该给他继承的权利。在背后，法国和讷韦尔煽风点火支持卡尔对抗皇帝，此时西班牙也煽动斐迪南用武力制裁卡尔。西班牙人的目的就是想借助皇帝占领意大利的部分领地。为了使意大利远离战争，教皇乌尔班八世做了巨大努力，可是愤怒的斐迪南还是下令德意志军队攻打意大利。人们很害怕，这支军队力量非常强大，他们认为奥地利又要发动战争来统一欧洲了。人们恐惧的情绪越传越广，皇帝的部队迅速攻陷了曼图亚市，部队所经之处都遭受到破坏。现在整个意大利平原都充斥着对皇帝的咒骂声，甚至连天主教教士都在秘密地祷告新教军队能打胜仗。皇帝由于远征意大利而遭到人们的普遍仇恨，他也疲于应付法国的百般请求，于是，他答应把曼图亚市赏给卡尔公爵。
巴伐利亚出力不少，法国也应该给予回报。于是黎塞留他们计划在累根斯堡期间，设计先把皇帝骗入圈套，之后再激起天主教诸侯们的愤怒，让选侯大会的结果对皇帝越来越不利。为了能顺利进行，黎塞留推举约瑟夫神甫担当大任。他要动摇皇帝的决心，把瓦伦斯泰一步步赶下台。如果这个计划实现了，奥地利也就失去了主帅，这对军队来说将是个巨大的损失。简单地打比方：一位有绝对权力的常胜邦国国王，他要反对皇帝，那么他就要先把皇帝身边最有才能的军事最高统领赶下台去。巴伐利亚选侯同意这个办法，于是约瑟夫神甫便花言巧语地迷惑皇帝，让他下定决心罢免瓦伦斯泰。约瑟夫神甫利用皇帝被困的时机献计：先把选侯们稳住，让他们高高兴兴地为他儿子投赞成票，等事成之后再让瓦伦斯泰复职。约瑟夫神甫是个狡猾的人，他非常了解皇帝，所以他才跟皇帝讲这些话。
后来，斐迪南二世在给忏悔神父的信上说：约瑟夫神甫非常聪明，他解决了我正在苦恼的事情，我如果同时遇到一位天使和一位宗教骑士团的僧侣，那么我会先向能解决实际问题的僧侣鞠躬致意，然后再向天使鞠躬致意。于是，斐迪南就下定决心解除瓦伦斯泰的职务。
在累根斯堡，修士们很机警地阻挡着皇帝为儿子所做的一切努力。法国大臣对皇帝保证，在战争中会采取中立的态度。但是黎塞留却在背后与瑞典国王签订条约，鼓动瑞典参战，并且硬把他拉入法国君主的联盟。黎塞留成功后，他就收起谎言，而约瑟夫神甫则因为他犯的罪，躲在某个修道院中忏悔。当斐迪南发现上了当，不过为时已晚，人们都在嘲笑他的无知。他愤恨地对人说：“邪恶的修士们用信仰欺骗我，让我罢免统帅，他把好几顶选侯王冠都塞到他那顶小帽子中去了。”
皇帝被诡计欺骗了，而此时在德意志战场上，人们还是把他看作威力巨大的人，他的军队力量确实很强大。但是在累根斯堡战争中，他损失了一万五千的兵力，还失去了一位军功卓着的统帅，他没有实现愿望却付出了惨重的代价。当瑞典人还未攻击他时，巴伐利亚选侯和约瑟夫神甫对他的欺骗已经深深伤害了他，他灰心丧气地离开了累根斯堡。在离开之前，他召开累根斯堡大会，决定同瑞典人开战，并要求在曼图亚结束战争。诸侯们在会上替梅克伦堡公爵们求情，英国公使趁机也为普法尔茨伯爵索要年俸，但皇帝都没有答应。
瓦伦斯泰被解职后的生活
瓦伦斯泰治下有十万人的兵力，绝大多数军官是他一手提拔起来的，部下对他言听计从。拥有的巨大权力使他极端狂妄自大，可是皇帝要把他从权力的顶端抛向深渊，让他变成一无所有的平民。谁都知道瓦伦斯泰的性格，谁都不敢把罢免的消息直接告诉他。于是，人们推荐瓦伦斯泰的两个朋友去完成这一使命，并且还要告诉他，皇帝以后还会继续重用他的。