现在，整个巴伐利亚都对瑞典国王大敞国门，瑞典国王的部队占领了摩斯堡、兰茨胡特以及整个弗赖辛主教领地。他的部队势如破竹，在行进过程中没有碰到一支能够抵抗的正规部队。对于他来说，最大的困难是必须消灭巴伐利亚人精神上的敌人——宗教仇恨。信奉新教的士兵们出现在巴伐利亚土地上时，罗马僧侣们把他们描绘成作恶多端、要下地狱的孩子，把瑞典国王说成是基督教的背叛者。所以，受了蛊惑的人们对这帮“撒旦魔鬼们”痛下杀手，认为只要消灭了他们，人们就得救了。落单的瑞典士兵被这一群群野蛮的人用尽了一切严刑酷罚。看着一个个残缺的尸首，军队里怒火蔓延。但是作为领袖，古斯塔夫·阿道夫禁止大家复仇，他不想让自己的英雄荣誉受损。即使巴伐利亚人对他及他的军队很不友善，他也不想放弃人道主义的准则，他尽量克制自己和士兵的情绪，用最友好的态度来改变他们的看法。
巴伐利亚首府的人民整天生活在惶恐之中，他们害怕瑞典国王报复，这座城市已经没有士兵把守，富裕的居民已经带着财产逃走。它现在只能无条件地投降，希望瑞典国王能平心静气地对待居民。这个城市派代表把城门钥匙送到驻扎在弗赖辛的瑞典国王脚下。瑞典国王有理由对巴伐利亚的所作所为进行制裁，德意志人甚至鼓动他严惩肇事者，可是瑞典国王心怀天下，他不愿意做这种心胸狭窄的事情，敌人已经没有丝毫抵抗能力，他还是很欣慰能够不费兵力就取得胜利。他领着普法尔茨伯爵摆着豪华阵势，开进马克西米利安的都城。瑞典国王在进城时，对自己的军队要求十分严格，对人们则表现得宽容多了。
在慕尼黑，瑞典国王发现了一座被巴伐利亚遗弃的宫殿，里面的珍宝早被运到韦尔芬去了。他对皇宫的布局赞叹不已，皇宫的看管人跟他介绍说：“皇宫是选侯亲自设计的。”他非常惊奇，没有想到选侯有这样的才华，于是他说一定要见见他本人，一定要带他去斯德哥尔摩。看管人答道：“他会提防你这么做的。”当他走到军械库时，发现没有一只大炮，一个工人告诉他，选侯把大炮隐藏在地下，他惊讶地嚷了起来。瑞典国王命令赶快把这些大炮搬到地面上来，尽快发挥它们的功能，这些大炮竟然有一百四十门，有的体积特别大，很多是从敌人手中缴获的，更让人雀跃的是，在一门体积较大的大炮里发现了三万杜卡特金币。
如果巴伐利亚选侯看见瑞典国王占领了他的皇宫便立马出兵的话，就会中了瑞典国王的圈套。巴伐利亚选侯并没有露面，大臣们一直在努力说服马克西米利安，希望他能拼力一战，可他并没有听从建议，而是死死守住累根斯堡，希望弗里得兰公爵能从波希米亚赶来救他。为了拖延时间，他想利用谈判稳住瑞典国王。瑞典国王早就看穿了他的险恶用心，对他的请求置之不理，最终，巴伐利亚成了瑞典军队的囊中之物。
古斯塔夫·阿道夫在德意志境内连连打胜仗，没有遇到一个对手，巴伐利亚和其他地区的主教们都对他俯首称臣。在攻打奥地利之前，他一直受到幸运之神的庇佑，取得的功绩也得益于正确的作战计划。沿着邦国中被洗劫的城市一路追下去，他发现了通向奥地利的道路，通过政治或宗教跟他联盟的一些城市会给他提供一切帮助。瑞典国王在战场上的表现，让他可以得到所有想要的东西。如果西班牙人打完尼德兰战争，还有力气来打德意志战争，那么瑞典国王第一时间便会占领莱茵河，切断西班牙人和下普法尔茨的联系。洛林公爵在打了败仗之后也会乖乖待在原地，肯定不会再参与到战争中来。瑞典国王远征德意志，一路下来又留下不少军队沿途驻扎，可是他的军队数量还是那么多，他像刚出征前那样精神百倍。在巴伐利亚的中心，他正积极做准备，预备向奥地利的腹脏插去。
萨克森选侯开辟另一战场
古斯塔夫·阿道夫在德意志战场上捷报连连，在欧洲的另一边，萨克森选侯也是势如破竹。人们或许还没有忘，在莱比锡战役后，他们俩就已经协商好，萨克森选侯攻打波希米亚，瑞典国王攻打天主教同盟诸国。萨克森打的第一个胜仗就是占领莱比锡，在很短的时间里，莱比锡就脱离了皇帝的束缚，皇帝的守卫军也投靠了萨克森选侯，使他的兵力大增，随后，萨克森将军阿恩海姆下令军队朝劳西茨进发。在这之前，斐迪南为了惩罚叛变的萨克森选侯，就命令鲁道夫·冯·蒂芬巴赫将军攻打劳西茨省。劳西茨省防卫较差，蒂芬巴赫对它进行了一番洗劫，并趁机占领了许多城市。德累斯顿时常心惊胆战，害怕随时会遭受蒂芬巴赫的攻击，他在行军途中突然接到皇帝的命令，告诫他不要和萨克森的军队发生冲突。
斐迪南之所以做出这个决定，是因为他意识到以前对萨克森做得太过分，愤怒的萨克森现在已经和敌人连成一气。现在他急于修补这种过错，想用极大的宽容来挽回萨克森的心。他想出一个办法，想让西班牙人当说客，希望萨克森能与他重归于好。可是，饱受创伤的萨克森怎么会轻易就范？他不可能把萨克森从强大的瑞典国王身边拉走，为了能够顺利谈判，他命令蒂芬巴赫立即撤出萨克森领地。皇帝又做错了，他的这种做法不但没能挽回萨克森选侯的心，反而让萨克森注意到自己的重要性。意识到这一点之后，萨克森更加积极地利用其自身的优势。假如当初皇帝善待于他，不做那种背信弃义的事情，他今天也不会背叛曾经发誓要效忠的皇帝。
萨克森军队突然改变方向，不向劳西茨进军了，而是奔着波希米亚去了，那里发生了一连串的事情，只要平息这些事情，他们也就胜利在望了。在波希米亚，战争还没有平息，当政者实施的残暴政策渐渐引起波西米亚人民的不满。放眼望去，满世界都是凄惨景象，所有的土地都换了主人，臣民不得不在天主教主子的压迫下痛苦地活着，占领他人土地的人，用掠夺来的财产取悦皇帝和天主教。另外一些主子投机取巧，低价买来被驱逐出境的人的财产。满腔热血扞卫自由的人被砍了头，幸运逃出去的人颠沛流离、饱受磨难。另外还有一部分见风使舵的小人，无所顾忌地挥霍原来主人留下的财产。跟这些相比，让人们更难忍受的是精神上的压迫，他们被逼着做违背良心的事情，波西米亚整个王国的新教徒更是忍无可忍。没有外国侵略，民族对抗也不是特别严重，这样的经历也并非很恐怖，可是耶稣会会士定下目标：只要有任何地方发生财产纷争，就使用武力解决，这样信奉新教的人就会重新皈依耶稣。耶稣会会士首先对约阿希姆山谷的居民开了刀，两名斐迪南二世的特使和两名耶稣会会士带着十五名士兵来到山谷，开始强行对信奉新教的人们布道。如果有新教徒对他们置之不理，耶稣会会士就派士兵对他们进行恐吓、罚款甚至驱逐出去。可是，这个山谷的人强烈反抗他们的做法，斐迪南最后不得不收回皈依令，这次弱者胜利了。波希米亚境内的天主教徒妄想以宫廷为例，对其他新教徒采取种种压迫政策，并找一个合理的借口。可是，久经迫害的人们希望命运能有所改变，他们时刻盼望着瑞典国王和他的同盟者能尽快带着部队来解救他们。
此刻，萨克森军队快到布拉格了。在路上，只要出现萨克森的部队，敌人就赶快撤退了。不费吹灰之力，施卢克瑙、泰申、奥席希、莱特梅里茨就被攻陷了，他们洗劫了各个天主教区。波希米亚境内的罗马教皇派非常不安，因为他们以前对福音新教徒很残忍，害怕萨克森会来报复。他们不敢在这个地方待上一天，在新教军队到来之前，所有天主教徒和害怕报复的人们便匆匆逃走了，他们带着财产一路逃跑，从乡村逃到首都，又从首都逃到别的地方。作为首府的布拉格因为兵力不足，无法抵挡敌人的围困。皇帝那边过了很长时间才做决定，让蒂芬巴赫元帅带兵守卫都城。当皇帝下达的命令传到蒂芬巴赫的军营时，萨克森军队就要进入布拉格了，在这座城市里，有一半的新教徒，他们没有想过要抵抗，守备军的力量很弱，支持不了多久。在这交困的时候，天主教徒时刻期盼着瓦伦斯泰能赶来救助。可瓦伦斯泰现在正悠闲地过着普通人的生活，他不会分享他的作战经验，也不会保卫这座即将沦陷的城市，他希望看到都城失去他就不能保存下来的场面，如果都城沦陷了，他反而会高兴，他的怨恨也会消失。
虽然瓦伦斯泰并没有把萨克森人带进布拉格，但他的做法却间接帮助了萨克森人。只要皇帝方面死死守住布拉格城，还是能等到救援部队的。一位人称马拉达斯伯爵的上校希望皇帝能赋予他军队指挥权，让他带兵去保卫都城。他很热情、勇敢，可是只要皇帝不点头同意，他不敢擅自冒险，他到弗里德兰公爵那里去，希望公爵能同意他的想法。他为什么要去征求弗里德兰公爵的意见呢？因为在这个邦国里，皇帝让他全权受理波希米亚的军事事务。弗里得兰公爵为了推卸责任，狡猾地对他的下属说自己已经没有任何权力，已经退隐江湖了，而且他也害怕别人说他是强权者。他就这样打发了马拉达斯伯爵，他并不害怕敌人占领布拉格，而且为了表现出害怕绝望，他带着全家人弃城而逃。不久，萨克森人带着部队就占领了布拉格。看到公爵都逃跑了，天主教权贵、部队指挥官、僧侣和王室官员都纷纷效仿。这些权贵连夜撤离，在维也纳的大街小巷，到处都是逃跑的人，他们都往首都赶去，心里想只有首都才是安全的。马拉达斯也对赶来支援布拉格的部队失去了信心，他跟随大家，带着他的小队人马来到泰伯，先在那里驻扎下来，以等待时机。