和约的签订只是暂缓了矛盾的升级，但终究不是解决矛盾的办法，这个和约并不受正义、法律的保护。天主教不可能给予新教宗教自由的权利，而福音新教也不能容忍和约中不公平的种种条款，假如换作他们掌权，也同样会对天主教实行宗教压迫，喀尔文教徒同样不能对合约持宽容态度。在人们都未考虑清楚的状态下签署宗教和约，想必都没有预料到结果会产生争执。这两大宗教派别在和约之后所得到的利益是靠武力得来的，以后他们想要维持既得利益，还必须继续使用武力，否则和约便徒有虚名，没有实际意义。所以，现在德意志的两派都是剑拔弩张，哪一方都不敢先放下武器，不然将会被对方灭掉。
和约签订以后，帝国恢复了往日的宁静。两派都暂时放下了武器，表面上看起来两教派之间是和平共处的，在本质上他们却不可能和解。在合约中，双方的权限分得清清楚楚。可是天主教认为新教夺去了属于他们的东西，而福音新教则认为和约给予他们的东西太少。虽然两教为此争吵，但彼此都不敢迈出毁掉和约的第一步。
整个德意志因为新教的势力大些，一些诸侯在签订合约之后就迫不及待地想侵占天主教会的资产。德意志地区因为天主教的势力比较大，并且对新教进行迫害，因此这一地区的矛盾非常激烈。新教诸侯无法阻止天主教对新教民众的欺扰，只好去法庭进行控告。在帝国法庭上，堆满了天主教控告新教的诉状。由于缺乏足够的支持者，帝国法庭难以判决天主教的行为，对新教徒的这种控诉也就不了了之。
宗教和约赋予帝国各等级享有宗教信仰的自由，以及臣民在宗教受迫害国去留随意的权利。但实际上，想要离开并不是一件容易的事情，国君会为这些异教者设置种种障碍。在新教占主导地位的邦国，想要离开的天主教徒宣扬新教违反合约规定，而新教臣民则埋怨对方实行宗教迫害。执掌宗教的神学家们因为属下的教徒利益得不到保障而情绪激烈。每当偶然事件发生时，神学家们激昂的声调总会带动人们的情绪，但不幸的是，这种愤怒并没有对准他们共同的敌人天主教，而是对准了自己的宗亲。
如果新教徒的内部能够团结一致，那么两派也能势均力敌，人民也能享受到比较长久的和平。但事情没有朝着人们预期的方向发展，新教内部的矛盾愈来愈激烈，不同的领袖在不同的地区有了各自的信徒。在苏黎世地区茨温格里有了一批追随者，在日内瓦地区的喀尔文也有了响应者。新教分成两派，他们已经与五十年前的新教徒不一样了，他们不愿联合起来对付教皇。按道理讲，他们应该联合起来，因为新教徒对罗马教皇不满、对罗马教会的压迫不满、对天主教义也不赞同，这几点足以让新教教会达到统一。但是在签订和约时，为了大局，一些教徒是作为教团的追随者才签订和约的，但这些追随者却没有享受到合约带来的好处，因此新教内部出现了分裂。茨温格里新教徒坚持合约的规定，喀尔文教徒却脱离这一合约规定，双方关系破裂。
新教两个部分之间的斗争，已经让他们无暇顾及天主教的威胁。现在他们之间的不和谐、不统一对敌人来说是绝佳的机会。新教的这两个派别除了相互斗争带来不快的消息外，并没有喜悦的事情发生。他们彼此取笑对方，称自己所信仰的宗教才是正统，甚至不惜动用武力。对同一问题产生分歧时，他们认为自己信仰的才是最权威的，并且用长辈们的发言和少数服从多数的表决办法对所信仰的宗教进行辩护。当新教两派间陷入无休止的吵吵闹闹时，谁还有精力去跟天主教斗争？谁还有能力把天主教压下去，让它永世不得翻身？新教徒很被动，因为内部不团结的局面让自己陷入麻烦，宗教和约的声明只是针对“告白”派教友的，天主教很想知道正在互相排挤的新教两派中哪一方才是和自己志同道合的。为了心安，也为了不把现在的敌人推到以前的敌人那里去，让他们有机会联合起来对付自己，福音新教就想办法把宗教改革家推到孤立的位置上去，但令人头疼的是，他们又不能把这些宗教改革家排除掉。新教两派间互相猜疑、责备、攻击，让天主教阴险的人乘虚而入。假如新教徒们只是为了宗教自由单纯地从罗马教会中分离出来，不是奥格斯堡“告白”的追随者，不在新教宗典全书中寻找共同点，那么新教徒就不会同时害怕天主教和新教徒中的对手。这样的话，新教徒也不会失去和罗马教会平起平坐的机会。
虽然人们不能在所有问题上达到一致，但他们在安全上还是有认同感的。他们彼此认为双方只有在势均力敌的状态下才能相安无事，如果有一方的力量超过对方，那么就会存在安全隐患，说不定会出现一方消灭另一方的情景，所以当某一派全力以赴进行宗教改革时，另一派就站出来反对。他们无时无刻不在对和约内容争执着，只要一方做任何一件事，另一方就说他是在践踏和约，而自己对对方的干涉或者做出任何决定，就可以冠冕堂皇地说成是在扞卫和约。
以上是新教两派间的不和谐因素，那么对于天主教来说，他们对新教的指责，很多时候是为了自卫，并不是真正一味地去打击新教。如果天主教被新教打败，那么新教徒也会厚颜无耻地去做天主教曾经做过的“坏”事。新教徒因为对旧教有种种不满才脱离出去，但从新教徒对利益的追求，特别是对教会财产的追求来看，他们也并不是毫无私欲、宽宏大量的。他们对天主教对自己所做过的事情忌恨在心，假如有一天他们能骑在天主教的头上，那么他们会毫不吝啬地使出卑鄙的手段来报复。
因为教皇们背信弃义、自食其言，新教徒们对教皇越来越不信任，这种信任危机是可以理解的。西班牙、法国和尼德兰经过教皇们的同意，用违反约定、暴力的方法去对付他们的教友，更令新教徒们不能接受的是，教皇竟然违背在耶稣面前立下的神圣誓言，还借口是天主教诸侯的意愿。从上到下，天主教各个等级有一个统一的信条，那就是异教徒是不可信的，永远不能对他们产生信任，也不要对异教徒讲诚信。这个信条让具有良好品质的所有诚信者大失所望，他们很惊讶天主教会做出这种不合情理的事情。也正因为这个信条，让天主教失去了声望，以后的任何一位教皇不管如何保证、如何发誓都不能取得新教徒的信任，也无法抚平新教徒受伤的心灵。罗马教皇曾经义正词严地拒绝签订和约，因此和约被认为只是暂缓战争、临时保障和平，它不可能成为整个德意志永远的保护伞。
和约里有一项是天主教和新教要召开共同教会，这个会议天主教单方面决定在特兰特城召开。会议的内容是讨论如何使两派宗教向统一方向发展，如何实现两大宗教的和平交流。很遗憾的是，新教徒拒绝参加会议，他们的这种态度让天主教大为恼火，为此，天主教借机猛烈抨击新教徒。为了促成两大宗教的和谈，天主教对这次会议是费尽心机，但是新教徒并不领情，他们认为带有政治目的、武力威逼利诱促成的合约不能保证他们的安全。即便能保证安全，那也只是暂时的，他们终究会遭受天主教的惩罚。再有，这种有附加性质的和平条约肯定会随着大会的结束而结束。如果天主教的势力越来越强大，那么他们会更加无视合约的存在，甚至会蔑视国家法律，如果将来连法律都不能保障新教徒们的基本权利，那么之前努力争取的一切将付诸东流。所以，现在新教徒除了壮大自己的势力，让对方不敢小觑之外，没有其他办法来保护自己。
一件又一件事情让天主教的信誉荡然无存。因为德意志信奉的主要宗教是天主教，因此这个邦国不得不把西班牙当作靠山。但现在西班牙人正在和尼德兰人打仗，随着战争场地的转移，西班牙的主要军事力量也就朝德意志边境转移。如果想要进行决战，那么德意志的国土上会立刻出现西班牙的大部队。欧洲的强权国家把目光转移到德意志身上，每一个强权国家都准备在德意志的土地上大显身手，并从战争中获得一点利益。西班牙和尼德兰的战争也是由宗教而起，有大量因为受和约影响失去立足之地的士兵参战了。有很多想发战争财或被迫受驱使的诸侯，利用战争的机遇，召集军队，把部队以买卖的方式出让给外国强权。德意志的诸侯就是出于这种或那种目的，在邦国中招募起一支军队，招募军队的决定让两大宗教派别都受到了惊吓。对于新教徒来说，邦国召集军队就是天主教以战争为幌子对他们实行宗教压迫。对于天主教徒来说，对外发动战争总不是好事，任何一方都不能置身事外，独善其身。无休止的外国公使、罗马教皇的特派员来访、诸侯聚会让德意志全民上下惴惴不安，更不用提发生的意外事件。最终，这支从德意志召集起来的部队发挥了作用，他们被腓力二世用来抵挡尼德兰军队的进攻。德意志的人民不得已拿起武器，在未来的五十年中过起了惶惶不可终日的生活。能从战争中受益的，绝对是处在社会上层的精英贵族；饱受战争苦难的，永远是手无寸铁的平民百姓。